고추황화잎말림 Thailand 바이러스의 감염클론 개발 및 토마토황화잎말림 Kanchanaburi 바이러스의 병원성 인자 발견

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :농업생명과학대학 식물생산과학부(원예과학전공),2019. 8. 강병철.황화잎말림바이러스 (Yellow leaf curl virus)는 Geminivirus 계통의 Begomovirus 그룹에 속하는 원형의 단일가닥 DNA 바이러스로 열대 및 아열대 국 특히 토마토와 고추에서 심각한 손실을 일으킨다. 본 실험에서는 고추에 감염된 PYLCThV를 분리하여 유전체를 확인 및 분석했다. PYLCThV 유전체 정보를 바탕으로 recombinant DNA technology를 이용하여 바이러스 감염 클론을 개발했다. PYLCThV 감염클론은 agroin filtration법으로 담배, 토마토, 고추에 접종했다. 접종된 담배는 바이러스 증상이 확인된 반면, 토마토와 고추에서는 PYLCThV의 감염 증상이 나타나지 않았다. 바이러스의 감염 여부는 중합효소 연쇄반응(PCR법을 이용하여 재 확인 하였다. 이 결과를 바탕으로, 실험실에 보유하고 있던 병원성이 높은 TYLCKaV 감염클론을 사용하여 게놈 교환 실험을 수행했다. 그 결과 TYLCKaV-B 게놈이 토마토의 병원성을 일으킨다는 것을 밝혔다. 또한 TYLCKaV-B 게놈의 병원성 인자를 매핑하기 위하여 5개의 키메라 클론을 제작하였다. 그 결과 TYLCKaV의 유전자간부위 (intergenic region)가 토마토의 병원성을 결정하는데 핵심적인 역할을 한다는 것이 밝혀 졌다. PYLCThV와 TYLCKaV간의 병원성인자인 intergenic region간 변이를 확인해 본 결과 바이러스 유전자 복제 개시와 관련된 조절 유전자 (regulatory gene)들의 변이를 발견할 수 있었다. 본 연구에서 개발된 PYLCThV 감염 클론은 앞으로 병저항성 연구에 유용한 도구로 이용될 것이다. 또한 토마토의 병원성을 결정하는 인자는 앞으로 Begomovirus와 식물간의 상호작용을 이해하는데 분자적 기초를 제공할 것이다.Yellow leaf curl symptoms caused by Pepper yellow leaf curl Thailand virus (PYLCThV) and Tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus (TYLCKaV) are belonging to the begomovirus group in the geminiviridae family. begomoviruses, circular single-stranded DNA viruses cause severe crop losses in tropical and subtropical countries, particularly in tomato and pepper. In this study, PYLCThV were isolated from the yellow leaf curl symptomatic leaves of pepper. The viral genome sequence was confirmed and an infectious PYLCThV clone was developed. Both DNA-A and DNA-B of PYLCThV were inserted into a binary vector pICH86988. Agrobacteria containing each clone were infiltrated in to N. benthamiana, tomato, and pepper to test infectivity of the infectious PYLCThV clone. N.benthamiana showed high infectivity to the infectious clone, whereas, no viral symptoms and no virus accumulation were observed in tomato and pepper. This result allowed us to conduct a genome swapping analysis by using TYLCKaV infectious clone that have strong infectivity in tomato. The genome swapping analysis revealed that the B genome of TYLCKaV was responsible for pathogenicity in tomato. Moreover, we mapped using a series of chimeric DNA-B genome. Among the chimeric clones, a chimeric clone containing PYLCThV-B with the TYLCKAV-B backbone showed infectivity in tomato. This result demonstrated that the TYLCKaV UTR region plays a role as a pathogenicity determinant in tomato. This study provides molecular basis of understanding TYLCKaV infectivity and the interaction between begomovirus and plants.LITERATURE REVIEW 14 Plant immune system 14 Plant immunity against virus 15 Genetics of plant of virus 15 Geminivirus 17 MATERIALS AND METHODS 19 Virus inocula and plant materials 19 Isolation and sequencing of viral genomes 19 Construction of PYLCThV infectious clone 20 Construction of TYLCKaV/PYLCThV chimeric clone 23 Virus inoculation 26 Detection of TYLCKaV and PYLCThV accumulation 26 Infectivity test of infectious clones in pepper 27 Phylogenetic analysis 28 RESULTS 29 Characterization of PYLCThV 29 Pathogenicity test of PYLCThV infectious clone in N.benthamiana and tomato 33 Genome swapping analysis of PYLCThV and TYLCKaV DNA-B 36 Mapping the pathogenicity factor of TYLCKaV in tomato 40 Sequence comparison of the UTR regions of PYLCThV and TYLCKaV 46 DISCUSSION 48 REFERENCES 53 ABSTRACT IN KOREAN 58Maste

Modelling and measuring production of Korean universities : knowledge production function and scientific collaboration

학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 협동과정 기술경영·경제·정책전공, 2014. 8. 이정동.본 연구는 지식 생산의 과정을 탐구하는 데 그 목적을 가진다. 이를 위해 과학계량학적 관점, 계량경제학적 방법론, 사회 연결망의 견해, 성장 이론의 생삼함수 접근법 등을 차용하였다. 이들을 종합적으로 이용하여 연구협력의 특성을 포함한 지식 생산 과정의 성격을 규명하는 데 치중하였다. 첫째로, 최상위 대학을 포함한 대학 간 협력이 영향력 높은 학술지 논문을 생산함을 설명하였다. 또한 우수 대학들은 하위 대학들과의 협력 시 영향력에 있어 손해를 보는 반면, 하위 파트너들은 협력을 통한 영향력 이득을 취함을 밝혔다. 한국 대학들은 같은 층위의 대학들과 협력하지 않는 경향성을 보였다. 둘째로, 공저자 행위와 같은 상호 관계를 연구하는 데 적합한 사회연결망분석(SNA)을 사용하여 한국 대학들로 구성된 연구협력망 내에서의 구조 관계를 그려냈다. 이러한 목적으로 국내 비 대학 기관들과 외국 기관들을 묶어 대학 외부라 정의하고, 이를 대학 내부와 구분지어 비교하였다. 그런 다음 한국 학계의 학술지 공저자 연결망 내에서의 구조 관계를 조사하기 위한 연결망 그림을 완성하였다. 셋째로, 학술지 생산 과정에서의 협력적 특성을 고려한 지식생산함수의 모형을 개발하였다. 대학의 입장에서 바라보면 연구 활동이 대학의 내부뿐 아니라 외부에서도 영향을 받는다는 가정 하에 지식의 생산 과정을 모형화 하였다. 세부적으로, 학술지 단위의 연구개발 투자수익을 결과로 제공하는 지식생산함수를 대학 간 스필오버 및 미국 발 스필오버의 두 가지 스필오버 효과를 포함하여 확장하였다. 실증분석의 결과, 한국 대학의 지식 생산 과정에서 스필오버 효과는 실존하며 연구협력과 관계가 깊은 것으로 드러났다. 또한 연구개발의 투자수익에 비해 상대적으로 스필오버 효과가 작게 나타난 것은 국내 대학들의 협력이 양적·질적으로 부족한 현실을 반영한 것이라 볼 수 있기에 연구협력을 유도하는 다양한 정책이 필요한 실정이라 할 수 있겠다.This study explores the nature of the knowledge production process. For this purpose, we exploit the scientometric perspective, econometric methods, social network standpoint, and production function approach derived from the endogenous growth theory. All of them combine to help us better understand the nature of the knowledge production process, with a focus on scientific collaboration. First, we demonstrated that multi-university collaboration produces higher-impact articles when it includes a top-tier university. It is also found that elite universities experience impact degradation of their scientific results when they collaborate with lower-tier institutions, whereas their lower-tier partners gain impact benefits from the same collaboration. We also revealed that Korean universities are unlikely to work with other universities from the same tier. Second, we performed social network analysis (SNA), which is appropriate for examining interactive relationships such as co- authorships, to depict structural relations within the scientific collaboration networks of Korean universities. We defined the external world as the coupling of domestic non-university institutions with organizations from foreign countries, separating them from the university world. Then, we have drawn a bigger picture to investigate structural relationships in scientific co-authorship networks for Korean academia. Third, we developed a model of knowledge production function, embedding a better understanding of the collaborative characteristics in the scientific production process. The analysis was undertaken from a university world perspective, based on the hypothesis that universities should be affected by both the inside and the outside of the university world. It provided an assessment of the scientific returns to investment in university research, particularly considering the existence and characteristics of two spillover effects: One is cross- university, and the other is from the US. The results implicate that spillover effect has a real existence and a deep relation with scientific collaboration, while this effect is weaker than the influence of research and development (R&D) expenditures on scientific results. The small spillover effect requires either much greater collaboration or improving the efficiency of co-operation.Chapter 1. Introduction ...................................................................... 1 1.1 Science Economics.................................................................... 1 1.2 Universities as Engines of Knowledge Economy ..................... 1 1.3 Science as an Output ................................................................. 2 1.4 Outline....................................................................................... 3 Chapter 2. Conceptual Framework .................................................... 4 2.1 Introduction ............................................................................... 4 2.2 Returns to R&D......................................................................... 5 2.3 Science and Technology Studies ............................................... 8 Chapter 3. Scientific Impact and Partner Selection ......................... 13 3.1 Introduction ............................................................................. 13 3.2 Data and Methodology ............................................................ 20 3.3 Empirical Results .................................................................... 28 3.4 Conclusion............................................................................... 42 Chapter 4. Social Structure of Scientific Network........................... 44 4.1 Introduction ............................................................................. 44 4.2 Data and Methodology ............................................................ 47 4.3 Network Development and Divided Network ......................... 52 4.4 Structure of Scientific Network............................................... 58 4.5 Relating Node Characteristics to Scientific Production .......... 67 4.6 Conclusion: Partner selection strategy for more scientific production ............................................................................... 73 Chapter 5. Knowledge Production Function for Korean University 75 5.1 Introduction ............................................................................. 75 5.2 Data ......................................................................................... 78 5.3 Methodology ........................................................................... 88 5.4 Empirical Results .................................................................... 99 5.5 Conclusion............................................................................. 113 Chapter 6. Conclusion.................................................................... 116 6.1 Summary of Results .............................................................. 116 6.2Implications........................................................................... 118 6.3 Contribution and Limitation .................................................. 120 Bibliography....................................................................................... 122 Appendix 1: Deriving the Basic Knowledge Production Function.... 136 Abstract (Korean)............................................................................... 138Docto