생명정보 콘텐트 구축 매뉴얼

납본여부: 납본

Establishment of Service System for Bioinformatics

funder : 과학기술부agency : 과학기술부agency : Ministry of Science & Technology본 연구개발의 목적은 국내 생명공학 연구진흥을 위해 바이오인포매틱스 관련 인프라를 조성하고 이를 연구자들에게 지원하는 것이다. 이를 위해 생명정보 시스템의 구축 및 지원, 생명정보 시스템 이용자 지원체제 구축, 생명정보 컨텐츠 구축 등의 사업을 추진하였다. (1) 생명정보 시스템 운영체제 구축 SMP 클러스터와 리눅스 클러스터 등의 장비 도입 및 운영 , 통합 운영방안 수립 , 어카운팅 시스템 개발 등 지원시스템의 효율적인 운영체제 수립 업무를 수행하였다. 사용자 데이터와 장비의 보안을 위해 암호화, 방화벽과 별도의 네트워크 구성, 보안정책 수립 등을 수행하였다. 사용자들에게 편리한 작업환경을 제공하기 위해 웹 기반의 원격 배치서비스 시스템을 구축하였다. (2) 생명정보 시스템 이용자 지원체제 구축 이용자 요구 및 만족도 조사를 6 회 실시하였고, 유관기관과의 협력을 위해 국내외 MOU 2건, 해외전문가 초청 세미나를 2회 , 심포지움을 2 회 (국내, 국제) 개최하였다. 사용자를 위한 지침서를 발간하였고, 홍보를 위한 국영 브로슈어를 2회 제작하여 국내 산.학.연 및 정부기관에 배포하였다. 바이오인포매틱스센터 홈페이지 개편 및 유지보수, 각종 컨텐츠(학회정보, 최신 뉴스, 연구동향등) 제공 등의 업무를 1년간 지속적으로 수행하였다. (3) 생명정보 컨텐트 구축 GenBank, PDB 등 중요 DB 의 관리 및 데이터 최신성을 유지하는 중요 기능을 수행하였다. 해외유명 연구진과 협력하여 SCOP, Pfam, GeneCards 를 미러링하는 서비스를 제공하고 있으며, 관련저널, 소프트웨어, DB, 인터넷 사이트 등을 관리하고 있다. 또한, 단백질 상호작용을 예측할 수 있는 PreSPI 시스템을 개발하였다.The main contents and scope of the study are the following: o Construction of the operation system for bioinformatics - Introduction, operation, and maintenance of computing system - Building the security system of servers and firewall - Building the remote batch service system for clusters o Construction of user-support system for bioinformatics - Surveying the user's requirement and satisfaction - Building the collaboration network with other institutes - Holding symposiums on bioinformatics - Reorganizing and maintaining center's homepage o Constructing bioinformatics content - Construction and maintenance of bioinformatics databases and tools - Expanding FTP sites and maintenance - Providing computer facility and technical support for computational biology(chemistry) - Constructing web-based protein-protein interaction prediction syste

Infrastructure Establishment for IT based Bioinformatics and Collaborative Research for Its Application

funder : 과학기술부agency : 한국과학재단agency : Korea Science and Engineering Foundtion생명정보데이터 및 도구통합시스템 구축 ○ 다양한 종류의 생물정보 데이터를 저장하기 위한 관계형 데이터베이스 시스템 구축 ○ 대용량의 생물정보에 대한 검색 고속화를 위한 검색엔진 도입 ○ 검색결과에 대한 다양한 사용자 화면 제공 ○ 현재 110개의 생물정보 데이터베이스 통합 및 서비스 ○ 각종 바이오인포매틱스 분석도구에 대한 통합 ○ 분석의 고속화를 위한 배치큐 시스템과의 연동으로 슈퍼컴퓨터 활용 ○ 현재 100개의 분석도구 통합 및 서비스 ○ 다양한 생명과학분야의 분석을 연계적으로 자동 수행하기위한 워크플로우 개발 ○ 사용자 자료 저장 관리용 데이터베이스 구축 ○ 사용자 자료 접근권한 (ACL) 개발 ○ 고급사용자를 위한 클라이언트 프로그램 개발 및 서비스 ○ 여러 사이트의 정보를 검색 및 분석도구 실행할 수 있는 IBS네트워크 시스템 개발 생명과학 문헌정보 네트워크(BioInfoNet) 시스템 구축 ○ 국내 생명과학 관련 문헌조사 및 연구자 요구사항 조사 ○ 생명과학 문헌정보 네트워크 프로토타입 설계 및 개발 ○ KISTI 학회마을, DOAJ 등 국내외 관련사이트 조사 분석 ○ Open Archiving Community모듈, Open Acess Service모듈, 관리자 모듈 설계 구현 ○ Open Archiving Community구성을 위한 이용자 요구조사를 통한 홍보실시 ○ 생명과학 문헌정보 네트워크 시스템 구축 및 서비스(1) Development of integrated bioinformatics system ○ Design and construction of integrated database for biological data - Investigation and understanding of existing integrated database - Design of integrated database for biological data - Analysis of data and development of the data input program ○ Implementation of search engine to improve searching speed in the constructed biological database. - Indexing of massive biological data - Development of data migration program from RDB to the search engine - Development of user interface between user and the search engine ○ Development of web interface - Development of web interface using high information technology in IT field(Spring, JSF