Analyze and visualize the relationship of domestic academic disciplines using bibliographic coupling

학위논문 (석사)-- 서울대학교 융합과학기술대학원 : 융합과학부(디지털정보융합전공), 2014. 2. 이교구.본 연구에서는 인용 관계 분석 기법의 하나인 서지결합분석을 활용하여 국내의 학문 영역 간 유사 관계를 도출하고, 도출된 결과를 시각화하여 광역 과학 지도를 생성하였다. 학문 영역 간 유사 관계 도출 및 시각화를 위해, 국내의 다양한 학술지에 대한 등재 문헌 정보 및 인용 정보를 제공하고 있는 한국학술지인용색인(Korea Citation Index, KCI)의 인용 데이터베이스를 활용하였다. 학문 영역 간 유사 관계 도출에는 빈도 행렬에 기반을 둔 단순 방법, 최소 방법, 그리고 혼합 방법을 활용하거나, 유사성 행렬에 기반을 둔 자카드 유사 계수, 코사인 유사도, 그리고 피어슨 상관계수를 활용하였다. 다음으로, 정의된 유사 관계 설정 방법에 따른 학문 영역 간 유사 지수 행렬을 도출하고, 각각의 도출 방법에 따른 시각화 결과를 비교하여 공통점 및 차이점을 분석하였다. 학문 영역 간 관계의 시각화 과정에는 패스파인더 네트워크 알고리즘을 적용하여 유사성이 높은 학문 영역 간 연결이 명확하게 드러날 수 있도록 하였다. 위의 일련의 과정을 통하여, 지난 10년간 활발히 연구되었던 국내 주요 학문 영역 간 유사 관계를 다양한 방법을 활용하여 계량적으로 도출하였다. 또한, 각 방법으로 도출된 결과를 바탕으로 학문 영역 간 유사 관계를 직관적으로 파악할 수 있는 광역 과학 지도를 생성하였다. 최종적으로 생성된 지도들에 대한 비교 분석 및 평가를 통하여 학문 영역 간 관계 시각화에 적절한 유사 지수 도출 방법을 실험적으로 확인하였다.제 1장 서론 1 1.1 연구 배경 1 1.2 연구 목적 2 제 2장 이론적 배경 4 2.1 인용분석과 동시인용분석 4 2.2 저자동시인용분석 6 2.2.1 정의 및 특징 6 2.2.2 선행 연구 8 2.3 저자서지결합분석 11 2.3.1 정의 및 특징 11 2.3.2 선행 연구 16 2.4 네트워크 분석 기법 19 2.4.1 다차원척도법 20 2.4.2 패스파인더 네트워크 22 2.5 과학지도학 26 2.5.1 정의 및 특징 26 2.5.2 선행 연구 26 제 3장 연구 문제 29 제 4장 연구 방법 31 4.1 연구 대상 선정 31 4.2 데이터 수집 31 4.3 데이터 사전 처리 32 4.4 서지결합분석 수행 33 4.5 관계 시각화 35 제 5장 결과 및 논의 36 5.1 빈도 지수 기반 관계 분석 36 5.1.1 단순 방법 활용 결과 36 5.1.2 최소 방법 활용 결과 39 5.1.3 혼합 방법 활용 결과 41 5.1.4 빈도 지수 기반 결과의 상호 비교 44 5.2 유사도 지수 기반 관계 분석 46 5.2.1 자카드 유사 계수 활용 결과 46 5.2.2 코사인 유사도 활용 결과 50 5.2.3 피어슨 상관계수 활용 결과 53 5.2.4 유사도 지수 기반 결과의 상호 비교 57 5.3 활용 지수에 따른 시각화 결과 비교 58 5.4 연구의 한계 59 5.4.1 동일 참고문헌의 판별 문제 60 5.4.2 KCI 참고문헌 데이터의 미비 61 5.4.3 도출된 관계에 대한 평가의 어려움 62 제 6장 결론 63 참고문헌 65Maste

결합된 떨개의 무질서한 그물얼개에서의 때맞음

Thesis (doctoral)--서울대학교 대학원 :물리학과,1998.Docto

Shear stress-induced granular assembly of α-Synuclein leading to the amyloid fibril formation

Thesis(masters) --서울대학교 대학원 :화학생물공학부,2008.8.Maste

Genetic analysis on familial nonsyndromic hearing loss using next-generation sequencing

학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 의과학과, 2014. 2. 김종일.Introduction: Hearing loss is a common sensorineural disorder and half of hearing loss is derived from genetic causes. Due to complexity of hearing mechanism, about 50 genes have been found to have genetic aberrations from previous studies. Next-generation sequencing (NGS) using massively parallel sequencing of DNA is a technology for detection of genetic information and variations from large datasets. I could apply several analytical methods from this platform to pinpoint the causal variations of hearing loss. Methods: Two independent approaches were used for different familial nonsyndromic hearing loss cases. Whole exome sequencing (WES) for one large family and targeted re-sequencing (TES) for a group of probands of hearing loss were used, respectively. WES was performed with four patients and four normal members in the family and multiphasic analysis was conducted upon copy number variation(CNV), linkage analysis and single nucleotide variation (SNV) calling. TES was performed with 20 probands after pre-screening and I filtered the candidate variants from TES by the multistep criteria to elucidate the possibly causal variants. Results: In WES study, there were no candidate CNVs that co-segregated with the disease. I detected six regions that had LOD score > 1 from linkage analysis and one SNV in gamma-actin 1 (ACTG1) was a novel mutation. ACTG1 was a known causal gene of hearing loss and the mutation site was predicted to interact with ATP. In TES study, 32 cases were originally collected. Due to failure of pre-screening genetic analysis, 20 cases were analyzed by TES with SNV and indel in the targeted genes. I filtered the candidate variants by multi-steps with inheritance pattern of the gene, Sanger sequencing of the case, the control and/or the family members and clinical features. 13 of 20 cases had final candidate variations and 25 of total 32 cases had candidate variations in sum. Conclusions: Trial for potential therapeutics and genetic counseling can be considered, if precise genetic diagnosis for hearing loss is possible. Especially, with analysis of NGS technology, the genetic diagnosis of hearing loss could be more accessible and efficient. * This work is published in Multiphasic analysis of whole exome sequencing data identifies a novel mutation of ACTG1 in a nonsyndromic hearing loss family. BMC Genomics. 2013 Mar 1814:191 and Diagnostic application of targeted resequencing for familial nonsyndromic hearing loss. PLoS One. 2013 Aug 228(8):e68692.Abstract i Contents iii List of tables and figures v List of abbreviations vii General Introduction 1 Genetics of hearing loss 1 Next-generation sequencing to study NSHL 2 Whole exome sequencing and targeted resequencing 4 Technical purposes of this study 5 Biological and clinical implications of this study 8 Previous studies on genetic hearing loss using NGS 10 Chapter 1 12 Multiphasic analysis of whole exome sequencing data identifies a novel mutation of ACTG1 in a nonsyndromic hearing loss family Introduction 13 Material and Methods 17 Results 25 Discussion 40 Chapter 2 46 Diagnostic application of targeted resequencing for familial nonsyndromic hearing loss Introduction 47 Material and Methods 50 Results 63 Discussion 85 References 89 Abstract in Korean 99Docto