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크로노박터 사카자키를 감염시키는 박테리오파지의 분리 및 특성분석과 서로 다른 수용체를 이용하는 파지 칵테일 구축
학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 농생명공학부, 2013. 8. 유상렬.박테리오파지는 숙주 특이성을 갖는 바이러스로서, 식품 안전성 측면에서 새로운 항생제 대체제로 긍정적인 평가를 받고 있다. 크로노박터 사카자키는 분유 산업에서 악명 높은 식중독 원인균으로 이에 감염된 유아는 괴사성 장염으로 55%에 이르는 사망률을 보인다. 본 연구에서는 크로노박터 사카자키를 감염시키는 박테리오파지들을 분리하여 수용체를 확인하였고, 이에 따라 서로 다른 수용체를 이용하는 박테리오파지 두 가지를 섞는 파지 칵테일을 구축함으로써 파지 요법의 효율을 증대시키고자 하였다. 편모를 수용체로 하는 파지인 CR8과 LPS를 수용체로 하는 파지 S13은 수축성 꼬리를 갖는 미오비리대 과에 속한다는 공통점이 있지만 유전체, 복제 주기, 활성 등에서는 서로 다른 특성을 보였으며, 이 두 가지의 파지를 섞은 칵테일은 각각의 파지를 단독으로 처리했을 때에 비해 시너지 효과를 보였다. 이 파지 칵테일에 저항성을 갖게 된 돌연변이 균주 CSR에 대한 표현형 분석을 통해 파지 수용체에 생긴 결함으로부터 그 저항성이 나타났다는 것을 알 수 있었다. 이러한 운동성의 결여와 LPS 구조의 결함은 균주의 병원성을 저하시켜 CSR 균주가 사람의 상피 세포인 Caco-2에 정상적으로 침투할 수 없음을 확인하였다. 또한 LPS와 편모를 수용체로 이용하지 않는 새로운 파지 YR1, YR2는 비수축성 꼬리의 시포바이러스이며, 기대했던 바와 같이 CSR 균주를 감염시킬 수 있었다. 이들 파지들을 조합한 파지 칵테일은 사카자키 균을 제어하는 데 위의 칵테일보다 더 좋은 효과를 보였다. 이러한 결과들은 수용체를 기반으로 한 파지 칵테일의 실제적 적용에 대한 가능성을 제시함과 동시에 가장 좋은 파지 칵테일 조합을 위해서는 각 파지의 분류, 수용체, 숙주 범위, 용해능 등과 같은 다양한 특성들이 고려되어야 함을 시사한다.Application of bacteriophage as novel antimicrobial agent has been given a positive assessment in the food safety aspect with their host cell lysis activity and specificity. Novel phages specific to Cronobacter sakazakii, notorious foodborne pathogen often contaminating powdered infant formulae, were isolated. To gain more effectiveness of phage treatment, phage cocktail consisting of two phages targeting different receptors was constructed. Phage CR8 and phage S13 utilize flagella and LPS as host receptors, respectively. Also they showed distinct characteristic in genome, replication cycle, and activity, but except for that they belong to the same Myoviridae family. The cocktail of these phages has synergistic activity compared to single phage. Phenotypic analysis the resistant mutant to the phage cocktail (CSR strain) revealed that the resistance came from the impairment of receptor for phages such as defects in motility and LPS structure. And consequentially, CSR strain couldnt normally invade into human epithelial cell, Caco-2. Newly isolated phages exploiting not LPS or flagella, YR1 and YR2, could infect CSR strain and the phage cocktail containing them also showed more effectivity than the single phages. These results suggest that the construction of phage cocktail based on receptor information has potentialities as practical method in phage treatment and that it needs many considerations such as family, receptor, host range, and lytic activity of each phage to construct the best phage cocktail.ABSTRACT i
CONTENTS iii
I. INTRODUCTION 1
Ⅱ. MATERIALS AND METHODS 4
1. Bacterial strains and growth condition 4
2. Isolation and propagation of bacteriophages 4
3. Transmission electron microscopy 6
4. Genome sequencing and bioinformatics analysis 7
5. Construction of candidates for phage receptor deletion mutants and complementation 8
6. Bacteriophage adsorption assay 9
7. Bacteriophage host range analysisSpotting assay 9
8. Bacteriophage one-step growth curve 10
9. Bacterial growth inhibition assay 10
10. Isolation of phage cocktail-resistant C. sakazakii mutant 11
11. Phenotype analysis of phage cocktail-resistant C. sakazakii mutant 12
12. Gentamicin protection assay 13
13. Nucleotide sequence accession number 13
Ⅲ. RESULTS 16
CHAPTER 1 16
1. Isolation and morphology analysis of bacteriophages 16
2. Genome sequencing and bioinformatics analysis 18
3. Identification of phage receptor 25
4. Host range of phages 28
5. One-step growth curve 30
6. Synergistic effect of phage cocktail 32
7. Spontaneous mutagenesis of C. sakazakii against to phage cocktail 34
CHAPTER 2 37
1. Isolation and morphology analysis of bacteriophages 37
2. Genome sequencing and bioinformatics analysis 39
3. Identification of phage receptor and host range of phages 41
4. Bacterial growth inhibition of phages 45
Ⅳ. DISCUSSION 48
Ⅴ. REFFERENCES 55
국문초록 64Maste
Media Struggles and Contestations Over Life and Death: A Genealogic Perspective of Historicising Sewolho Disaster
여성 탈북민에 대한 감정경제: 여성 탈북민 출연 프로그램의 생산 및 수용의 회로를 중심으로
이 연구는 여성 탈북민 출연 프로그램을 매개로 진행되는 여성 탈북민의 사회적 의미작용의 회로를 생산으로부터 수용에 이르는 과정으로 입체적으로 분석한다. 이 시도는 최근 증폭되고 있는 여성 탈북민의 방송 현상이 이들에 대한 남한사회의 관계가 감정적이고 성적인 방식으로 전환, 확장, 심화되는 문화적 변화에 조응한다는 입장에 바탕을 둔다. 그 구체적인 분석을 위해 종합편성 방송 채널을 통해 부상하고 있는 탈북민 출연 프로그램을 중심으로, 해당 프로그램의 생산자(제작진, 출연진)와 수용자(남한 시청자, 탈북민 시청자)들을 대상으로 심층인터뷰를 수행했다. 인터뷰 자료 분석을 통해 생산 영역에서 제작자와 탈북민 출연자사이에 선의와 신뢰에 근거한 도덕경제가 형성되어 작동하고 있음을 밝힌다. 이러한 도덕경제는 가부장적이고 자본주의적인 논리에 긴밀하게 결합되어 연동, 강화됨으로써 여성 탈북민에 대한 대중적 감정과 남성적인 욕망을 촉발한다. 수용 영역에서 남북한 출신의 수용자들은 각기 다른 사회 정체성에 따라 교섭적이거나 저항적인 해독을 행하고 있음이 제시된다. 이 결과는 이념화된 방송 프로그램에 대해 수용자들이 타협하거나 비판하는 등의 비지배적인 의미작용을 통해, 대안적인 의견과 활동으로 발전할 수 있는 잠재성을 시사한다
A Certain Way of Contemporary Korean Cinema Remembering The Tragedy of Sewol Ferry: Focused on Tunnel(2016)
Yilan Jin
학위논문(석사)--아주대학교 일반대학원 :의학과,2014. 8MasterOsteoporosis is a common skeletal disease. It is caused by decreased bone mass and enhances the risk of bone fracture. In this study, I aimed to discover novel herbal extract(s) for the treatment of osteoporosis.
I screened 64 ethanol extracts of edible plants native to Korea for their ability to increase the cellular proliferation and differentiation of two osteoblastic cell lines: C3H10T1/2 and MC3T3-E1. I selected a Lycii Radicis Cortex (LRC), Lycium Chinense root bark, as the primary candidate. Treatment with LRC extract showed enhanced alkaline phosphatase activity and an increased expression of bone metabolic markers Alpl, Runx2, and Bglap genes in both cell lines. There was no effect on the osteoclastic differentiation of primary-cultured monocytes from the mouse bone marrows.
Furthermore, the effect of LRC extract in vivo was examined in ovariectomized (OVX) mice. The OVX mice administered LRC extract for 8 weeks and 16 weeks, respectively, exhibited significantly increased bone mineral density (BMD) compared to the non-treated control OVX mice, and no toxic effects were observed. My results indicated that LRC extract reduced the OVX-induced BMD loss in mice via promoting the differentiation of osteoblast linage cells. It also suggested that LRC extract may be a good candidate for the treatment of osteoporosis with few side effects. This is the first report demonstrating the effect of LRC extract on bone formation in vitro and in vivo
