基于线粒体ND4基因序列的七种条纹光唇鱼系统发育及对半刺光唇鱼分类地位的质疑

光唇鱼属(Acrossocheilus)隶属于鲤形目(Cyprini-formes)鲤科(Cyprinidae)鲃亚科(Barbinae Oshima,1919),广泛分布于东南亚和东亚,其中包括中国南部(包含台湾和海南岛)、越南和老挝。伍献文等[1]于1977年鉴定了本属的19个种或亚种,并将光唇鱼属划分为两个亚属:

基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的应用

本研究探讨了线粒体CO1基因作为DNA条形码对鲌属鱼类进行物种鉴定的可行性。研究中获得了鲌属4种鱼类共32个个体长度为816bp的CO1基因序列。利用MEGA软件计算鲌属鱼类种间及种内遗传距离,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和Bayesian方法分别构建分子系统树。结果显示,鲌属鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离。在系统树中,鲌属鱼类每一物种的个体分别形成各自独立的分支。基于CO1基因的DNA条形码在识别鲌属鱼类物种方面和传统形态学基本一致,而且该基因可以探讨鲌属鱼类种间的系统发育关系。本研究表

基于线粒体COⅠ基因的沙鳅亚科鱼类DNA条形码及其分子系统发育研究

选择线粒体 COⅠ基因作为分子标记,进行沙鳅亚科鱼类（Botiinae）DNA 条形码及其分子系统发育研究。研究获得了沙鳅亚科7属19种共131个个体的COⅠ基因序列,利用MEGA5.0软件分析了沙鳅亚科鱼类COⅠ基因的序列特征,计算了种内及种间遗传距离。沙鳅亚科鱼类的分子系统发育关系的重建分别采用NJ法和Bayesian法。研究发现,沙鳅亚科COⅠ基因的碱基组成为：A 24.4%、T 29.5%、G 18.0%、C 28.1%。沙鳅亚科鱼类种内平均遗传距离为0.002±0.000,种间平均遗传距离为0.148±0.008。DNA条形码研究结果显示,所分析的19种沙鳅鱼类各自分别聚成单系分支,表明 COⅠ基因在本研究中具有100%的物种鉴别率。同时,系统发育分析支持各属的单系性,并且结果显示沙鳅亚科鱼类聚为两个分支,其中一支由薄鳅属和副沙鳅属构成,另一分支则包括：（沙鳅属、色鳅属）和中华沙鳅属、（缨须鳅属、安彦鳅属）。因此, COⅠ基因可以作为有效的分子标记对沙鳅亚科进行DNA条形码研究以及分子系统发育研究

伊洛河马口鱼遗传差异及其种群分化研究

研究利用细胞色素b(Cyt b)基因分析了采自于伊洛河的48个马口鱼(Opsariichthys bidens)个体间的遗传距离,并构建其系统发育关系。分析结果显示, 48个个体聚为两个支持率为100%的分支,分支间没有共享单倍型。每个分支的样本覆盖了所有的采样点,分支内个体间的平均遗传距离为0.2%,而分支间的遗传距离为3.1%。微卫星分析结果显示, 99.88%的遗传差异来自于种群内个体间,种群间的差异只占了0.12%,两个分支种群并没有发生显著的遗传分化(F_(st)=0.0012, P=1)。以&delta;~(13)C和&delta;~(15)N构建了两个分支的生态位,结果显示,伊洛河马口鱼的两个分支的营养生态位没有发生分离。基于线粒体Cyt b基因的遗传分歧,伊洛河马口鱼的两个分支可能代表不同的物种。但它们在种群遗传结构上并没有发生显著的种群分化,个体间亲缘关系树与系统发育树的分歧暗示种群间不存在生殖隔离,营养生态位也没有分离。研究结果并不符合隐存种的解释,伊洛河马口鱼两个分支间线粒体DNA的遗传差异可能源自于祖先种群或者种间杂交。</p

南方鲇线粒体基因组全序列与骨鳔鱼类分化时间的估算

用PCR方法获得了南方鲇(Silurus meridionalis)的线粒体基因组全序列,长度为16533bp,南方鲇线粒体基因组中A和T的含量略高((A+T)为55.17%),12S rRNA,16S rRNA,tRNA和控制区的(A+T)含量分别为52.44%,55.23%,55.97%和60.24%).基于选取的36种代表性种类线粒体全序列中的11个蛋白编码基因,构建了骨鳔鱼类系统发育树,并以骨鳔鱼类化石记录为标定点,运用松散分子钟方法估算物种分化时间.结果表明,耳鳔系鱼类为强烈支持的单系,鲤形目位于该类群的基部,脂鲤目和电鳗目构成姐妹群,然后和鲇形目构成姐妹群.骨鳔鱼类起源于三叠纪(约为231Mya),耳鳔系起源于三叠纪晚期(约为216Mya),其代表类群均起源于侏罗纪晚期(鲇形目、鲤形目、脂鲤目、电鳗目的分化发生在161～139Mya),南方鲇的物种分化时间约为白垩纪中期,估算的分化时间远早于化石记录

肺鱼干扰素调节因子1基因(irf-1)的克隆及其在肉鳍类中的分子进化

肉鳍类是脊椎动物的重要类群,分为总鳍鱼类和四足类.其中总鳍鱼类现生的物种包括腔棘鱼和肺鱼.四足动物则包括两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类.为了比较肉鳍类irf-1基因的结构特点和系统发育意义,本研究克隆了肺鱼irf-1基因cDNA全序列,并与肉鳍类中其他物种的irf-1基因进行了比对分析.IRF是与自然免疫相关的蛋白质,目前已发现了11个家族成员,其中irf-1和irf-2是最先被发现的2个成员,在天然免疫中起着重要的作用.但有关IRF-1的报道主要集中在哺乳动物,其他类群中鲜有报道.与已报道的irf-1基因一样,肺鱼的irf-1基因可读框的前345核苷酸非常保守,在其C端也含有1个反式激活区(transactivationdomain)和1个IRF结合域2(IAD2)的模体.虽然肺鱼与四足动物最近的共同祖先距今有417个百万年之久,但跨肉鳍类的序列分析显示,IRF-1氨基酸及其基因序列在肉鳍类中都具有较强的保守性和显著的系统发育意义.用IRF-1氨基酸序列所构建的肉鳍类系统发育与已有报道的结果也是一致的

鲤科鱼类的c-myc CDS及其系统发育关系

鲤科鱼类在东亚的物种多样,分布广泛,物种特征尺寸差异明显,弄清其功能基因的系统演变,对于理解物种分化和功能进化具有重要意义.以具有重要生长调控作用的c-myc基因为标记,通过PCR扩增、克隆和测序,共获得41种鲤科鱼类和外类群c-myc基因全序列,发现并分析了c-myc编码区的两个高变异区.基于c-myc CDS序列,分别采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和Bayesian法重建了鲤科鱼类的系统发育关系.3种方法所得系统发育关系较为相似.当以亚口鱼科的胭脂鱼(Myxocyprinus asiat

肺鱼干扰素调节因子1基因（irf-1）的克隆及其在肉鳍类中的分子进化

肉鳍类是脊椎动物的重要类群,分为总鳍鱼类和四足类.其中总鳍鱼类现生的物种包括腔棘鱼和肺鱼.四足动物则包括两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类.为了比较肉鳍类irf-1基因的结构特点和系统发育意义,本研究克隆了肺鱼irf-1基因cDNA全序列,并与肉鳍类中其他物种的irf-1基因进行了比对分析.IRF是与自然免疫相关的蛋白质,目前已发现了11个家族成员,其中irf-1和irf-2是最先被发现的2个成员,在天然免疫中起着重要的作用.但有关IRF-1的报道主要集中在哺乳动物,其他类群中鲜有报道.与已报道的irf-1基因一样,肺鱼的irf-1基因可读框的前345核苷酸非常保守,在其C端也含有1个反式激活区（transactivationdomain）和1个IRF结合域2（IAD2）的模体.虽然肺鱼与四足动物最近的共同祖先距今有417个百万年之久,但跨肉鳍类的序列分析显示,IRF-1氨基酸及其基因序列在肉鳍类中都具有较强的保守性和显著的系统发育意义.用IRF-1氨基酸序列所构建的肉鳍类系统发育与已有报道的结果也是一致的