Étude du potentiel synergique des mutations de résistance aux inhibiteurs de la β-lactamase blac de mycobacterium tuberculosis

La résistance bactérienne aux antibiotiques de type β-lactame est un problème majeur menaçant le succès des traitements contre les maladies infectieuses à travers le monde. Mycobacterium tuberculosis a toujours été particulièrement résiliente contre les β-lactames en raison de sa β-lactamase BlaC, une hydrolase à spectre large encodée dans son chromosome pouvant inactiver la vaste majorité des β-lactames utilisés en clinique. Néanmoins, de récentes études ont montré que certaines combinaisons de β-lactames et d’inhibiteurs de β-lactamases peuvent être utilisés pour inhiber la croissance des souches extrêmement résistantes aux médicaments (XDR) de M. tuberculosis, procurant avec succès de nouveaux outils à employer contre les souches résistantes. Dans la présente étude, nous avons effectué des substitutions combinatoires dans le site actif de BlaC pour démontrer que des mutations spécifiques aux positions 69, 130, 220 et/ou 234 peuvent agir de manière synergique pour générer des variantes possédant une résistance au clavulanate plusieurs milliers de fois supérieure in vitro. Alors que la plupart des mutants simples et doubles demeurent sensible au clavulanate, les variantes double R220S-K234R et S130G-K234R sont substantiellement moins affectées par l’inactivation par le clavulanate, montrant une activité hydrolytique résiduelle de 46% et 83% après 24 h d’incubation avec l’inhibiteur. Ces résultats démontrent que des altérations dans le site actif de BlaC peuvent générer des mutants résistants qui demeurent actifs et stables pour une durée de temps compatible avec la prolifération de M. tuberculosis. Ces résultats mettent en emphase le formidable potentiel d’adaptation des mutations de résistance aux inhibiteurs chez les β-lactamases, jetant potentiellement une ombre sur certaines combinaisons de β-lactames et d’inhibiteur de BlaC étant utilisées comme traitement contre M. tuberculosis

Avancées et nouvelles technologies en Toxinologie

Collection Rencontres en Toxinologie ISSN 1760-6004 ; http://sfet.asso.fr/images/stories/SFET/pdf/Ebook-RT18-2010-signets-110322.pdfInternational audienc

Propriétés anti-virales des peptides β-amyloïdes associés à la maladie d'Alzheimer : implication dans le développement et la progression de la maladie

Les plaques amyloïdes sont l’une des principales caractéristiques pathologiques de la maladie d’Alzheimer (MA). Elles sont composées de peptides amyloïdes-β (Aβ) 1-40 et 1-42 fibrillaires et ont été décrites comme responsable de la réponse inflammatoire et de la neurodégénérescence. L’Herpès simplex virus 1 (HSV-1) a été impliqué comme facteur de risque de la MA et retrouvé à l’intérieur des plaques amyloïdes. Des données récentes suggèrent que les peptides Aβ possèdent une activité antimicrobienne et antivirale in vitro. La première partie des travaux décrits dans cette thèse concerne l’étude du rôle antiviral des peptides Aβ contre les virus HSV-1. Pour cela, des cellules fibroblastiques, épithéliales et neuronales ont été exposées aux peptides Aβ40 et Aβ42 et infectées avec le virus HSV-1. L’analyse quantitative par PCR a montré que les peptides Aβ40 et Aβ42 inhibent la réplication des virus HSV-1, qui possèdent une enveloppe mais n’inhibent pas l’infection par les adénovirus-5 qui n’en possèdent pas. Nos résultats ont aussi montré que les peptides interagissent directement avec les virus HSV-1 dans un modèle acellulaire et inhibent leur entrée dans les cellules. Dans une deuxième partie de l’étude, nous avons utilisé un modèle de cocultures de lignées cellulaires de neuroblastomes (H4) et microgliales (U118-MG) en tant que modèle minimal in vitro afin de déterminer si les cellules H4 produisent des peptides Aβ et si cette production induit une protection antivirale contre le virus HSV-1. Les résultats ont montré que les cellules H4 sécrètent Aβ42 en réponse à une infection par les virus HSV-1 et que les cellules U118-MG internalisent le peptide Aβ42. De plus, le peptide Aβ42 exogène induit une forte production de cytokines pro-inflammatoires mais l’infection des cellules par les virus HSV-1 n’augmente pas significativement cette production. Par ailleurs, la protection antivirale du peptide Aβ42 a été confirmée lors d’expériences de transferts impliquant des milieux de cultures conditionnés provenant de cellules H4 infectées par le virus HSV-1. Ces milieux confèrent une protection Aβ-dépendante, contre les infections par les virus HSV-1 dans des essais de nouvelles cultures de cellules H4. Dans le but de mettre en évidence le mécanisme responsable de l’effet antiviral des peptides Aβ, nous avons proposé que l’homologie de séquence entre les peptides Aβ et la région proximale transmembranaire de la glycoprotéine de fusion B (gB) du virus HSV-1 pourrait être responsable de l’interférence des peptides Aβ avec la réplication des virus HSV-1 en s’insérant dans l’enveloppe externe des virus. Cette explication a été appuyée par des expériences de FRET. Les résultats ont montré que l’interaction peptide Aβ42 et gB-GFP implique une distance de 10 nm ou moins, suggérant que le peptide Aβ42 peut s’insérer dans l’enveloppe virale. L’ensemble de nos données suggère qu’une production de peptides Aβ par les neurones pourrait les protéger lors d’une infection par les virus HSV-1 latents et, contre d’autres pathogènes. Par contre, une surproduction pourrait contribuer à la formation des plaques amyloïdes, expliquant ainsi pourquoi les infections ont un rôle dans la pathogénicité de la forme sporadique de la MA

Perception du risque lié aux maladies infectieuses évitables par la vaccination au Québec

Ce mémoire s’inscrit une démarche exploratoire d’un nouveau concept en santé publique, celui de la perception du risque lié aux maladies infectieuses. Cette étude a pour objectif principal d’étudier comment certaines maladies infectieuses évitables par la vaccination sont perçues par différents groupes incluant des experts et des étudiants, et voir dans quelle mesure cette perception peut influencer la propension à investir dans la prévention. Pour cela un, questionnaire issu du paradigme psychométrique a été conçu et adapté aux maladies infectieuses. Ce questionnaire a été soumis aux experts du CIQ (Comité sur l’Immunisation au Québec), aux résidents en pédiatrie, et aux étudiants en santé communautaire et en épidémiologie. Cette étude a permis de décrire la perception du risque lié à certaines maladies infectieuses évitables par la vaccination au Québec selon les caractéristiques du paradigme psychométrique élaboré par Slovic. Elle a permis aussi de décrire la propension à payer et la propension à investir des participants pour prévenir ces maladies. Cette étude met en évidence des difficultés dans l’application du paradigme psychométrique pour caractériser les maladies infectieuses concernées. D’autres études doivent être menées pour confirmer ces résultats.This study is an exploration of a new concept in public health, the perception of the risk of infectious diseases process. It aims to explore how primary target for vaccine-preventable infectious diseases are perceived by different groups including experts and students, and see how this perception may influence the propensity to invest in prevention. Thus, the questionnaire from the psychometric paradigm was designed and adapted to infectious diseases. This questionnaire was submitted to experts of the QIC (Québec Immunization Committee), the pediatric residents, and students in community health and epidemiology. This study described the risk perception about some preventable infectious diseases by vaccination in Quebec according to the characteristics of psychometric paradigm developed by Slovic. It also helped to describe the willingness to pay and willingness to invest participants to prevent these diseases. This study highlights the difficulties in the application of psychometric paradigm to characterize the infectious diseases. Further studies are needed to confirm these results

Liver cell circuits and therapeutic discovery for advanced liver disease and cancer

Hepatocellular carcinoma (HCC) is a major global health challenge with rising incidence. Despite the previous approval of several novel therapeutic approaches, HCC remains the second common cause of cancer-related death worldwide. The vast majority of HCCs arises in the context of chronic fibrotic liver diseases caused by viral or metabolic etiologies. In patients with advanced liver disease the risk of HCC persists even after viral cure or control of infection. Moreover, given the change in the lifestyle and increase of obesity and metabolic disorders, HCC incidence is predicted to drastically augment in the next decade. Early detection, improvement of the screening method in patient at-risk and development of chemopreventive strategies are therefore urgently needed to reduce HCC risk. This review summarizes the major challenges in the identification of patient at risk for HCC and the emergent strategies for HCC prevention to improve patients’ outcome

La santé reproductive de l'homme : méthodologie et statistique

La santé reproductive de l'homme est un indicateur de la santé générale de celui-ci. Elle est également intimement liée aux expositions de l'environnement et du milieu de vie. Aujourd'hui, on observe une baisse séculaire de la qualité du sperme et une augmentation des pathologies et malformations de l'appareil reproducteur masculin. L'objectif de ce travail est d'étudier la santé reproductive de l'homme d'un point de vue épidémiologique et par le biais de différents outils statistiques. Nous nous sommes intéressés à l'incidence et aux facteurs de risque du cancer du testicule. Ensuite, nous avons étudié le parcours thérapeutique d'une population d'hommes ayant consulté pour infécondité masculine en analysant la relation entre leurs paramètres du sperme et leurs investigations andrologiques, ainsi que l'issue de leur projet parental. Enfin, l'événement naissance a été analysé en tenant compte de son délai de réalisation en utilisant des modèles de durées de vie incluant la censure à droite : modèles de Cox et arbres de survie. En y associant des techniques de sélection stable de variables (stepwise, pénalisation de type L1, bootstrap) les performances prédictives de ces méthodes ainsi que leur capacité à fournir aux cliniciens un modèle facilement interprétable ont été comparées. Dans le sud de la France, l'incidence du cancer du testicule a doublé au cours des 20 dernières années. L'effet cohorte de naissance, c'est-à-dire l'effet générationnel, suggère un effet délétère des expositions environnementales sur la santé reproductive de l'homme. Toutefois, aucune exposition du milieu de vie de l'homme durant sa vie adulte ne semble être un facteur de risque potentiel de survenue du cancer du testicule, suggérant l'hypothèse d'une exposition à des perturbateurs endocriniens in utero. Actuellement, la responsabilité de l'homme dans des difficultés à concevoir représente 50% des causes d'infertilité. La prise en charge de l'homme est donc essentielle. Dans notre cohorte de couples consultant pour des problèmes d'infertilité, un examen andrologique anormal est observé chez 85% des partenaires masculins. Une relation significative est observée entre l'examen de sperme et l'examen andrologique, suggérant la nécessité de pratiquer des investigations cliniques afin d'identifier les causes d'infertilité masculine. Finalement, un couple sur deux réussit à avoir un enfant. Et l'âge des hommes de plus de 35 ans apparaît comme un facteur de risque majeur, ce qui devrait encourager les couples à entamer leur projet parental le plus tôt possible. En prenant en compte la composante temporelle dans l'issue reproductive de ces couples inféconds, les modèles de durée de vie obtenus sont très souvent instables du fait du grand nombre de covariables. Nous avons intégré des techniques de rééchantillonnage à des approches de sélection de variables. Bien que l'approche Random Survival Forests soit la meilleure en qualité de prévision, ses résultats ne sont pas facilement interprétables. Concernant les autres méthodes, les résultats diffèrent selon la taille de l'échantillon. L'algorithme stepwise intégré au modèle de Cox ne converge pas si le nombre d'événements est trop faible. L'approche qui consiste à choisir la meilleure division en bootstrappant l'échantillon à chaque noeud lors de la construction d'un arbre de survie ne paraît pas avoir une meilleure capacité prédictive qu'un simple arbre de survie quand l'échantillon est suffisamment grand. Finalement, le modèle de Cox avec une sélection de variables par pénalisation de type L1 donne un bon compromis entre facilité d'interprétation et prévision dans le cas de petits échantillons.Male reproductive health is an indicator of his overall health. It is also closely linked to environmental exposures and living habits. Nowadays, surveillance of male fertility shows a secular decline in sperm quality and increased disease and malformations of the male reproductive tract. The objective of this work is to study the male reproductive health in an epidemiologic aspect and through various statistical tools. Initially, we were interested in the pathology of testicular cancer, its incidence and its risk factors. Then, we studied the population of men consulting for male infertility, their andrological examination, their therapeutic care and their parenthood project. Finally, the birth event was analyzed through survival models: the Cox model and the survival trees. We compared different methods of stable selection variables (the stepwise bootstrapped and the bootstrap penalisation L1 method based on Cox model, and the bootstrap node-level stabilization method and random survival forests) in order to obtain a final model easy to interpret and which improve prediction. In South of France, the incidence of testicular cancer doubled over the past 20 years. The birth cohort effect, i.e. the generational effect, suggests a hypothesis of a deleterious effect of environmental exposure on male reproductive health. However, the living environment of man during his adult life does not seem to be a potential risk factor for testicular cancer, suggesting hypothesis of exposure to endocrine disruptors in utero. The responsibility of man for difficulties in conceiving represents 50% of cases of infertility, making the management of male infertility essential. In our cohort, 85% of male partners presented an abnormal clinical examination (either a medical history or the presence of an anomaly in andrological examination). Finally, one in two couples who consulted for male infertility successfully had a child. The age of men over 35 appears to be a major risk factor, which should encourage couples to start their parenthood project earlier. Taking into account the survival time in the reproductive outcome of these infertile couples, the inclusion of large numbers of covariates gives models often unstable. We associated the bootstrap method to variables selection approaches. Although the method of Random Survival Forests is the best in the prediction performance, the results are not easily interpretable. Results are different according to the size of the sample. Based on the Cox model, the stepwise algorithm is inappropriate when the number of events is too small. The bootstrap node-level stabilization method does not seem better in prediction performance than a simple survival tree (difficulty to prune the tree). Finally, the Cox model based on selection variables with the penalisation L1 method seems a good compromise between interpretation and prediction