Species Differentiation Of Fish Samples By Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis Of Cytochrome B Gene

Metode pengukuran polimorfisme fragmen hasil pemotongan produkreaksi polimorfik berantai oleh enzim restriksi spesifik (polymerase chainreaction-restriction fragment length polymorphism, RFLP-PCR) telah digunakanuntuk membedakan beberapa jenis ikan mentah. Situs cytochrome b mitokondria,yang diamplifikasi oleh primer universal, dipotong menggunakan empat enzimrestriksi (Bfa I, Hinf I, Msp I, Mbo II) sehingga dapat dianalisa fragment-fragmentpendeknya. Hasil yang diperolah dari pemotongan oleh enzim restriksi tersebutternyata dapat digunakan untuk membedakan tiap jenis ikan sampel. Hasilpenelitian ini menunjukkan bahwa PCR dan RFLP-PCR merupakan metode yangsensitif dan dapat dilakukan dalam waktu singkat untuk membedakan berbagaijenis ikan mentah

Association of Calpastatin (CAST) Gene with Growth Traits and Carcass Characteristics in Bali Cattle

Calpastatin (CAST) gene is well known as an inhibitor of muscle protein degradation and relates to muscle growth and meat tenderness. The objective of this study was to determine the association of CAST gene with growth traits and carcass characteristics in Bali cattle. A number of data from 35 Bali bulls were collected from BPTU Bali Cattle to obtain growth traits, carcass characteristics, and blood samples. Polymorphism of CAST gene in Bali bulls was analyzed by using PCR-RFLP and DNA sequencing. The association of CAST gene with growth traits and carcass characteristics were analyzed by using General Linear Model (GLM). The result showed that there were two genotypes (GG and AG) of CAST gene with allele frequencies of 0.857 and 0.143, respectively, for G and A. Notably, mutation A to G occurred in 253 bp CAST fragment gene in Bali Cattle. Genotypes GG and AG of CAST gene significantly affected (P<0.05) the back-fat thickness and longissimus dorsi without a significant effect on the growth traits. It could be concluded that CAST gene had a potency as a marker gene for carcass quality in Bali cattle

Molecular and enological characterization of autochthonous <i>Saccharomyces cerevisiae</i> strains isolated from grape-musts and wines Cannonau

Fermentation by autochthonous yeasts may produce wines with enological properties that are unique of a specific area or variety of grape must. In order to identify yeast starter strains for the production of the Sardinian wine Cannonau DOC, 66 Saccharomyces cerevisiae strains, isolated from musts and wines Cannonau of six vitivinicole areas in Sardinia, were subjected to enological characterization and molecular identification. The RFLP-PCR fingerprinting of the ITS region of rRNA (ITS1-5,8S- ITS2) as well as ethanol, foam, and H2S production were analysed

Linajes de Trypanosoma cruzi en pacientes con enfermedad de Chagas y coinfección por VIH

Introducción. Las poblaciones naturales de T. cruzi han sido clasificadas en seis linajes filogenéticos o unidades de tipificación discreta: T. cruzi I, IIa, IIb, IIc, IId y IIe, que pueden jugar un rol en el tropismo tisular y patogénesis de la enfermedad de Chagas. El impacto de la infección por VIH en la diversidad genética de T. cruzi en pacientes coinfectados es un campo poco explorado en parasitología. Objetivo. Caracterizar linajes de poblaciones parasitarias naturales en muestras clínicas de pacientes coinfectados por T. cruzi y VIH. Materiales y Métodos. Se analizaron muestras de sangre y/o lesiones de 25 pacientes residentes en Argentina: 8 pediátricos nacidos de 7 madres coinfectadas, 3 adultos con Chagas indeterminado y VIH y 7 con encefalitis chagásica por SIDA. El diagnóstico molecular y seguimiento de tratamiento etiológico se realizó por PCR hacia secuencias del minicírculo y/o satélite. Los linajes de T. cruzi fueron identificados por PCR para fragmentos de genes para miniexón y ARN ribosomal 24s. La diversidad infra-linaje fue caracterizada por polimorfismo de fragmentos de restricción de las regiones variables del minicírculo. Resultados. De las 7 madres coinfectadas, 2 transmitieron tanto VIH como T. cruzi a sus hijos y 4 sólo transmitieron T. cruzi. El otro caso fue una mujer embarazada que al entrar en coma por presentar un cuadro de Chagas cerebral fue tratada con Benznidazol y no transmitió ni Chagas ni VIH a su hija. En los casos tratados se observó la negativización de la PCR. La mayoría de las poblaciones parasitarias sanguíneas fueron T. cruzi IId, con perfiles de minicírculos particulares de cada paciente, excepto en pares madre-niño infectados, en que resultaron idénticas. Se hallaron poblaciones mixtas con T. cruzi I-IId. En pacientes con reactivación chagásica se encontró tropismo diferencial de T. cruzi IIb y T. cruzi I en lesiones. En estos pacientes los perfiles de minicírculos mostraron patrones complejos sugiriendo poblaciones policlonales. Conclusiones. La elevada proporción de muestras PCR positivas es indicativa de cargas parasitarias más elevadas que en población chagásica sin VIH. Esta exacerbación estaría también implicada en la alta tasa de transmisión vertical. La prevalencia de linaje IId en sangre periférica concuerda con lo hallado en población chagásica en la región. La asociación de linajes infrecuentes en lesiones asociadas a encefalitis chagásica sugiere tropismo diferencial. El análisis directo de linajes parasitarios en muestras clínicas permitió detectar una mayor prevalencia de infecciones mixtas que la detectada a partir de aislamientos en cultivo.Background. Natural populations of T. cruzi have been classified into six phylogenetic lineages or discrete typing units, T. cruzi I, IIa, IIb, IIc, IId, and IIe, believed to play a role in tissue tropism and disease pathogenesis. The impact of HIV infection in the T. cruzi genetic diversity in coinfected patients is a scarcely explored field of parasitology. Objective. To characterize parasitic lineages in clinical samples from patients co-infected with T. cruzi and HIV Materials and Methods. We analyzed blood and lesions samples from 25 patients residing in Argentina, namely 8 infants born to 7 HIV - T. cruzi co-infected mothers, 3 indeterminate adult chagasic patients with HIV co-infection and 7 presenting cerebral Chagas due to AIDS. Molecular diagnosis and monitoring of etiological treatment was carried out by PCR targeted to kinetoplastid (kDNA) and/or satellite sequences. T. cruzi lineages were identified by means of PCR targeted to the intergenic spacer of miniexon gene and 24s ribosomal ARN genes. To characterize the infra-lineage diversity, restriction fragment length polymorphism (RFLP) of KDNA amplicons was carried out. Results. Out of the 7 co-infected mothers, two transmitted both HIV and T. cruzi to their siblings, four transmitted only T. cruzi. The remaining case was a pregnant woman with cerebral Chagas disease who entered into a coma being treated with benznidazole; she did not transmit congenital Chagas disease nor HIV to her newborn. Most bloodstream populations belonged to T. cruzi IId, with unique minicircle signatures for each patient´s strain, but identical signatures between strains from mothers and their congenitally infected infants. Mixtures of lineages T. cruzi I and T. cruzi IId were also detected. Differential tissue tropism of T. cruzi IIb and T. cruzi I was found in patients with cerebral chagas. Minicircle signatures showed complex patterns suggestive of polyclonal populations. Conclusions. The higher proportion of PCR positive samples suggests higher parasite loads that in chagasic population without HIV. The higher prevalence of T. cruzi IId in bloodstream is in agreement with previous findings in this region. The association of rare lineages at sites of encephalytis suggests differential tropism. The direct characterization of parasite lineages in clinical samples allowed identification of a higher prevalence of mixed infections, than previously assumed, from studies based on culture isolates.Fil: Bisio, Margarita María Catalina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Cura, Carolina Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Duffy, Tomás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Altcheh, Jaime Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez"; ArgentinaFil: Giganti, Salvador Óscar. Servicios de Neurocirugía y Clínica Médica; ArgentinaFil: Begher, Sandra. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Agudos "Ignacio Pirovano"; ArgentinaFil: Scapellato, Pablo Gustavo. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Agudos "D. F. Santojanni"; ArgentinaFil: Burgos, Juan Miguel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Levin, Mariano Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Schreck, Ricardo. Servicios de Neurocirugía y Clínica Médica; ArgentinaFil: Freilij, Hector León. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez"; ArgentinaFil: Schijman, Alejandro Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentin

Identificación rápida de bacterias aisladas de pacientes fibroquísticos mediante espectroscopía infrarroja y análisis multivariante

A partir del año 2004 se ha registrado en el Hospital de Niños de La Plata, un aumento en el número de aislamientos de B. cepacia en pacientes fibroquísticos (FQ), así como también en niños con otras patologías. La identificación rápida y precisa de estas bacterias resulta esencial para la iniciación del tratamiento adecuado. Los métodos bioquímicos empleados de rutina para la identificación microbiológica, no brindan por lo general resultados certeros, demandan al menos 5 días de análisis y sólo permiten discriminar hasta el nivel de especie. Sin embargo, las bacterias identificadas como "B. cepacia" comprenden un grupo de 9 especies o genomovares altamente relacionados, denominado colectivamente el Complejo B. cepacia. El objetivo de este trabajo fue desarrollar una estrategia que permitiera la identificación y caracterización rápida de organismos aislados de muestras de esputo de pacientes FQ a nivel de subtipo de genomovar, basada en el empleo de espectroscopia infrarroja con transformada de Fourier (FTIR) combinada con técnicas de análisis multivariante. Se obtuvieron espectros de 14 aislamientos hospitalarios y 16 cepas de referencia previamente confirmadas por técnicas de biología molecular (PCR y corte con enzimas de restricción) en un espectrómetro Perkin Elmer (Spectrum One). Para ello se utilizaron colonias obtenidas en medio sólido en condiciones estandarizadas, proveniente de un cultivo confluente resuspendidas en H2O, transferidas a una celda de ZnSe y llevadas a sequedad hasta obtener un film homogéneo y transparente. Los espectros se normalizaron y sus derivadas primeras fueron sometidas a diferentes análisis multivariantes para su diferenciación y construcción de librerías espectrales. Se desarrollaron y compararon dos sistemas de caracterización, diferenciación e identificación basados en: 1) análisis de clusters (AC) empleando el coeficiente de Pearson y el algoritmo de Ward (software OPUS V.4.0, Bruker Optics, USA) y 2) un sistema de redes neuronales artificiales (ANNs) que discrimina en tres diferentes niveles (género, genomovar y subtipo), entrenado aplicando diferentes algoritmos (NeuroDeveloper© software, Germany). Se demostró que FT-IR combinada con AC y/o ANNs permite la identificación rápida (menos de 36 horas), precisa y a bajo costo de organismos de interés clínico.Ganador al premio Mejor Trabajo Científico de las Cuartas Jornadas de Actualización en Clínica Pediátrica 200

Differentiation between Aspergillus flavus and Aspergillus parasiticus from Pure Culture and Aflatoxin-Contaminated Grapes Using PCR-RFLP Analysis of aflR-aflJ Intergenic Spacer

Aflatoxins (AFs) represent the most important single mycotoxin-related food safety problem in developed and developing countries as they have adverse effects on human and animal health. They are produced mainly by Aspergillus flavus and A. parasiticus. Both species have different aflatoxinogenic profile. In order to distinguish between A. flavus and A. parasiticus, gene-specific primers were designed to target the intergenic spacer (IGS) for the AF biosynthesis genes, aflJ and aflR. Polymerase chain reaction (PCR) products were subjected to restriction endonuclease analysis using BglII to look for restriction fragment length polymorphisms (RFLPs). Our result showed that both species displayed different PCR-based RFLP (PCR-RFLP) profile. PCR products from A. flavus cleaved into 3 fragments of 362, 210, and 102 bp. However, there is only one restriction site for this enzyme in the sequence of A. parasiticus that produced only 2 fragments of 363 and 311 bp. The method was successfully applied to contaminated grapes samples. This approach of differentiating these 2 species would be simpler, less costly, and quicker than conventional sequencing of PCR products and/or morphological identification

Radiological sacroiliitis, a hallmark of spondylitis, is linked with CARD15 gene polymorphisms in patients with Crohn's disease

Background: Sacroiliitis is a common extraintestinal manifestation of Crohn's disease but its association with the HLA-B27 phenotype is less evident. Polymorphisms in the CARD15 gene have been linked to higher susceptibility for Crohn's disease. In particular, associations have been found with ileal and fibrostenosing disease, young age at onset of disease, and familial cases. Objectives: To investigate whether the presence of sacroiliitis in patients with Crohn's disease is linked to the carriage of CARD15 polymorphisms. Methods: 102 consecutive patients with Crohn's disease were clinically evaluated by a rheumatologist. Radiographs of the sacroiliac joints were taken and assessed blindly by two investigators. The RFLP-PCR technique was used to genotype all patients for three single nucleotide polymorphisms (SNP) in the CARD15 gene. Every SNP was verified by direct sequencing. The HLA-B27 phenotype was determined. Results: Radiological evidence of sacroiliitis with or without ankylosing spondylitis was found in 23 patients (23%), of whom only three were HLA-B27 positive. In contrast, 78% of patients with sacroiliitis carried a CARD15 variant v 48% of those without sacroiliitis (p = 0.01; odds ratio 3.8 (95% confidence interval, 1.3 to 11.5)). Multivariate analysis (logistic regression) showed that the association between sacroiliitis and CARD15 polymorphisms was independent of other CARD15 related phenotypes (ileal and fibrostenosing disease, young age at onset of disease, familial Crohn's disease) (p = 0.039). Conclusions: CARD15 variants were identified as genetic predictors of Crohn's disease related sacroiliitis. An association was demonstrated between these polymorphisms and an extraintestinal manifestation of Crohn's disease

Molecular diagnosis and typing of Trypanosoma cruzi populations and lineages in cerebral Chagas disease in a patient with AIDS

Trypanosoma cruzi DNA was amplified from an intracranial biopsy and peripheral blood of an HIV patient with encephalitis; this episode was indicative of AIDS and congenital Chagas disease. The analysis of a microsatellite locus revealed a multiclonal parasite population at the brain lesion with a more complex minicircle signature than that profiled in blood using restriction fragment length polymorphism (RFLP)-PCR and low stringency single primer (LSSP) PCR. Interestingly, different sublineages of T. cruzi II were detected in blood and brain by means of spliced-leader and 24s ribosomal-DNA amplifications. Quantitative-competitive PCR monitored the decrease of parasitic load during treatment and secondary prophylaxis with benznidazole. The synergy between parasiticidal plus antiretroviral treatments probably allowed the patient a longer survival than usually achieved in similar episodes. This is the first case report demonstrating a differential distribution of natural parasite populations and sublineages in Chagas disease reactivation, showing the proliferation of cerebral variants not detectable in peripheral blood.Fil: Burgos, Juan Miguel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Bergher, Sandra B.. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Ignacio Pirovano"; ArgentinaFil: Freitas, Jorge M.. Universidade Federal de Minas Gerais; BrasilFil: Bisio, Margarita María Catalina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Altcheh, Jaime Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez"; ArgentinaFil: Teijeiro, Ricardo. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Ignacio Pirovano"; ArgentinaFil: Begher, Sandra B.. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Ignacio Pirovano"; ArgentinaFil: Freilij, Hector León. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez"; ArgentinaFil: Deccarlini, Florencia. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Ignacio Pirovano"; ArgentinaFil: Levalle, Jorge. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Ignacio Pirovano"; ArgentinaFil: Lopez Alcoba, Horacio. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital "Ignacio Pirovano"; ArgentinaFil: Burgos, Juan Miguel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; ArgentinaFil: Levin, Mariano Jorge. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Duffy, Tomás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Macedo, Andrea M.. Universidade Federal de Minas Gerais; BrasilFil: Schijman, Alejandro Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentin

Virulence profile comparison between LEE-negative Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) strains isolated from cattle and humans

For comparison purposes, the prevalence of 8 virulence markers was investigated, by PCR, in 153 cattle and 47 human Locus for Enterocyte Effacement (LEE)-negative Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) strains isolated in Argentina. Also, their correlation with severe disease was established. The virulence markers studied comprises 5 fimbrial and nonfimbrial adhesin-encoding genes (fimA, iha, efa1, lpfAO113, and saa) and 3 toxin genes (cdt-V, subAB and astA) in addition to the Shiga toxins. The most prevalent virulence marker found was that encoded by the lpfAO113 gene (199/200, 99%). Comparatively, the lpfAO113, fimA, iha, saa, subAB, cdt-V and astA genes were detected in 100%, 92.8%, 85%, 52.9%, 36%, 11.8% and 9.8% of the cattle strains and in 97.9%, 95.7%, 89.4%, 40.4%, 32%, 17% and 10.6% of the human strains, respectively. All STEC strains were efa1 negative. The most prevalent profile observed among cattle and human STEC strains was lpfAO113 iha fimA. These results show that bovine LEE-negative STEC strains possessed genes encoding virulence factors present in human LEE-negative STEC strains that are associated with disease. Despite a great diversity of virulence profiles observed, further studies comparing wild type strains and their allelic mutants are needed to evaluate the role of each factor in the pathogenesis of LEE-negative STEC strains during human infections.Fil: Galli, Lucía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Miliwebsky, Elizabeth. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Irino, Kinue. Instituto Adolfo Lutz; BrasilFil: Leotta, Gerardo Anibal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; ArgentinaFil: Rivas, Marta. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud “Dr. C. G. Malbrán”; Argentin