Konstruksi Pustaka Genom Kakao (Theobroma Cacao L.) Untuk Sekuensing Genom Total Menggunakan Next Generation Sequencing HiSeq2000

Pemuliaan kakao secara konvensional memerlukan waktu panjang (10-15 tahun). Pemanfaatan marka DNA akan memperpendek siklus pemuliaan kakao. Tujuan penelitian ini adalah mengkonstruksi pustaka genom tiga genotipe kakao yang dapat digunakan untuk sekuensing genom total kakao menggunakan NGS HiSeq2000 dan mendapatkan data resekuen genom total tiga genotipe kakao. Bahan tanaman terdiri dari tiga klon unggul kakao (ICCR02, ICCR04, dan SUL02) diperoleh dari Balittri, Pakuwon. DNA genomik diisolasi dari daun muda sebagai bahan konstruksi pustaka genom total. Sekuensing pustaka dilakukan pada mesin HiSeq2000 mengikuti protokol dari Illumina. Pustaka genom yang telah berhasil dikonstruksi berukuran 300 pasang basa (bp) masing-masing dengan konsentrasi 14,70 ng/µL (ICCR02), 15,20 ng/µL (ICCR04), dan 12,90 ng/µL (SUL02). Ukuran dan konsentrasi pustaka genom yang dihasilkan sangat ideal untuk sekuensing menggunakan HiSeq2000. Sekuensing ketiga genom menghasilkan data sekuen 52,9 x 109 bp. Klaster DNA pustaka genom memiliki nilai Q scores>30 (75,0%) dengan tingkat kesalahan pembacaan basa rendah (1,47%). Nilai densitas klaster, persen klaster PF, intensitas basa, persen phasing, dan persen prephasing menunjukkan kualitas klaster pustaka genom ketiga genotipe kakao termasuk kategori pustaka ideal. Data sekuen yang dihasilkan juga sangat ideal untuk identifikasi marka SNP genom kakao. Koleksi marka SNP digunakan untuk identifikasi gen pengendali karakter penting kakao dan pemuliaan berbasis marka DNA untuk memperpendek siklus pemuliaan kakao. Genomic Library Construction Of Cocoa (Theobroma Cacao L.) For Whole Genome Sequensing Using A Next Generation Sequencer Hiseq2000Conventional cocoa breeding is slow and takes about 10-15 years to complete a breeding cycle. Applying genomic technology using DNA markers will significantly decrease cocoa breeding cycle. The objectives of this study were to construct cocoa whole genome genomic libraries to be used for resequencing the whole genome of cocoa and obtain whole genome resequence data of three cocoa genotypes. Three Indonesian cocoa genotypes (ICCR02, ICRR04, and SUL02) were used. DNA genomic was isolated from young leaf and used to construct genomic DNA libraries and generate DNA clusters. DNA clusters were sequenced using a HiSeq2000 platform. The whole genome libraries of the cocoa genotypes were successfully constructed. The library size was 300 bp with concentrations of 14.70 ng/µL (ICCR02), 15.20 ng/µL (ICCR04), and 12.90 ng/µL (SUL02), respectively. The genomic library size and concentrations are suitable for sequencing study using the NGS HiSeq2000. Total sequencing output obtained was 52.9 x 109 bp. The genomic library clusters resulted during the sequencing process demonstrated the Q scores > 30 of 75.0% with low error sequencing rate of 1.47%. Cluster densities, percentage of cluster PF, base intensity, and percentage of phasing and prephasing indicated the cluster quality of the genomic libraries is classified as an ideal one to be used for resequencing study using NGS HiSeq2000. The resequence data were ideal for SNP marker discovery. SNP markers are used to identify economically important genes of cocoa and marker-aided cocoa breeding to decrase the cocoa breeding cycle

Evaluasi Perkuliahan Genetika untuk Calon Guru Biologi di Universitas Nusantara PGRI Kediri

Biology teachers are expected to have competence of 21st century skills, including mastering aspects of genetic material that continues to be advented. Therefore, studies that aim to empower genetic study needs to be done. This study aimed to describe some of the obstacles encountered during the course of genetics for prospective teachers UNP Biology in Kediri to be immediately followed up. This research was a case study, conducted by participant observation for three academic years (2013 - 2015) in the lecture class genetics. This study shown that the unavailability of relevant teaching materials, genetics practices were not supported of the concept, yet supported tools - genomic analysis, and lecturing genetics have not utilized the development of genomic data base that continues to grow. This condition causes the students still have misconceptions about the structure of the genetic structure, the regulation of gene expression, mutation, and recombination of genes

Pembentukan Pustaka Genom, Resekuensing, Dan Identifikasi SNP Berdasarkan Sekuen Genom Total Genotipe Kedelai Indonesia

Resequencing of the soybean genome facilitates SNP marker discoveries useful for supporting the national soybean breedingprograms. The objectives of the present study were to construct soybean genomic libraries, to resequence the whole genome offive Indonesian soybean genotypes, and to identify SNPs based on the resequence data. The studies consisted of genomiclibrary construction and quality analysis, resequencing the whole-genome of five soybean genotypes, and genome-wide SNPidentification based on alignment of the resequence data with reference sequence, Williams 82. The five Indonesian soybeangenotypes were Tambora, Grobogan, B3293, Malabar, and Davros. The results showed that soybean genomic library wassuccessfully constructed having the size of 400 bp with library concentrations range from 21.2–64.5 ng/μl. Resequencing of thelibraries resulted in 50.1 x 109 bp total genomic sequence. The quality of genomic library and sequence data resulted from thisstudy was high as indicated by Q score of 88.6% with low sequencing error of only 0.97%. Bioinformatic analysis resulted in atotal of 2,597,286 SNPs, 257,598 insertions, and 202,157 deletions. Of the total SNPs identified, only 95,207 SNPs (2.15%) werelocated within exons. Among those, 49,926 SNPs caused missense mutation and 1,535 SNPs caused nonsense mutation. SNPsresulted from this study upon verification will be very useful for genome-wide SNP chip development of the soybean genome toaccelerate breeding program of the soybean

KAJIAN BIOLOGI MOLEKULER PERAN ESTROGEN /FITOESTROGEN PADA METABOLISME TULANG USIA MENOPAUSE

Tahun 2015 diperkirakan jumlah wanita usia menopause di Indonesia mencapai lebih kurang 24 juta orang. Lebih kurang 35% osteoporosis dan 50% osteopenia. Osteoporosis merupakan salah satu penyakit degeneratif yang belakangan menjadi masalah di Indonesia sebagai efek peningkatan usia harapan hidup. Osteopororosis menurut WHO adalah penyakit metabolisme tulang dengan ciri pengurangan kepadatan tulang (T score < -2,5) yang mengarah pada terjadinya fragilitas tulang sehingga meningkatkan risiko patah tulang Metabolisme tulang melibatkan banyak faktor, namun demikian estrogen merupakan salah satu faktor yang cukup potensial terhadap pengaturan kepadatan tulang pada perempuan demikian juga pada laki-laki, namun demikian mekanisme peran estrogen dalam memempengaruhi kepadatan tulang belum banayak diungkap. Kajian ilmiah ini bertujuan untuk mengungkap kejelasan mekanisme aksi biologi estrogen/fitoestrogen pada metabolisme tulang dalam mempengaruhi kepadatan tulang atas dasar pendekatan biologi molekuler. Hasil kajian ini diharapkan dapat menjadi informasi tentang bagaimana peran estrogen/fitoestrogen dalam mempengaruhi kepadatan tulang pada umumnya dan menjadi tambahan wawasan untuk menyiapkan bahan ajar Endokrin untuk sekolah menengah maupun perguruan tinggi

Azoospermia: a Genomic Review

Azoospermia or the absence of sperm in semen is one of the sperm disorders that results in male infertility. There are two types of azoospermia, the first one isazoospermia caused by obstruction of the vas deferens (obstructive azoospermia) and the second one is azoospermia due to the damage of testes (nonobstructive azoospermia). The etiology of azoospermia could be genetic or non-genetic. Genetic factors may occur in genomics starting from chromosome until gene level or single nucleotide polymorphism (SNPs). At the chromosome level, there is Klinefelter&rsquo;s syndrome (47, XXY) to the Y chromosome microdeletion, whereas at the gene level there is mutation of jsd, Bmp8b and other genes. At the level of SNPs, Genome Wide SNP Association Study (GWAS) had uncovered 20 SNPs which were related significantly to azoospermia. Extensive knowledge of genomics review on male infertility, is expected to promote the development of investigation and management of azoospermia

Kajian Biologi Molekuler Peran Estrogen /Fitoestrogen pada Metabolisme Tulang Usia Menopause

Tahun 2015 diperkirakan jumlah wanita usia menopause di Indonesia mencapai lebih kurang 24 juta orang. Lebih kurang 35% osteoporosis dan 50% osteopenia. Osteoporosis merupakan salah satu penyakit degeneratif yang belakangan menjadi masalah di Indonesia sebagai efek peningkatan usia harapan hidup. Osteopororosis menurut WHO adalah penyakit metabolisme tulang dengan ciri pengurangan kepadatan tulang (T score &lt; -2,5) yang mengarah pada terjadinya fragilitas tulang sehingga meningkatkan risiko patah tulang Metabolisme tulang melibatkan banyak faktor, namun demikian estrogen merupakan salah satu faktor yang cukup potensial terhadap pengaturan kepadatan tulang pada perempuan demikian juga pada laki-laki, namun demikian mekanisme peran estrogen dalam memempengaruhi kepadatan tulang belum banayak diungkap. Kajian ilmiah ini bertujuan untuk mengungkap kejelasan mekanisme aksi biologi estrogen/fitoestrogen pada metabolisme tulang dalam mempengaruhi kepadatan tulang atas dasar pendekatan biologi molekuler. Hasil kajian ini diharapkan dapat menjadi informasi tentang bagaimana peran estrogen/fitoestrogen dalam mempengaruhi kepadatan tulang pada umumnya dan menjadi tambahan wawasan untuk menyiapkan bahan ajar Endokrin untuk sekolah menengah maupun perguruan tinggi

Teknik PCR Kualitatif Untuk Deteksi Produk Rekayasa Genetika Jagung Event BT11 Dan GA21

In some countries, including Indonesia, labelling of GMO products is mandatory for giving consumers the right to choosebetween GMOs and conventional products. Therefore, development of methodology that can detect a specific geneticallymodified (GM) crops and to verify the absence or presence of GM material in a product including raw materials (e.g. grains)and/or their derivatives is needed. The objectives of this study were to find the most efficient screening methods to detectwhether or not a product is GM material and to develop a specific detection method to identify GM product BT11 and GA21. Inaddition, present study was also aimed to obtain a duplex detection method for both GM products. Two GM-maize, including theBT11 and GA21 lines of maize (Zea mays L.), and one plant, namely NK11 as the nontransgenic control, were used as plantgenetic materials in the event-specific detection of maize. The target gene from each sample was amplified in different reaction(simplex) using both the event specific primer and the endogenous maize reference, Zein, as internal control. Furthermore, induplex PCR, two targets were simultaneously amplified in the same reaction. The results showed that detection method of theGM product obtained from present study enabled us to screen the GM products and specifically the event of BT11 and GA21using simplex and duplex methods. The duplex method is more efficient because it can detect two GM crops in one timecompared to simplex method that only can detect GM crop one by one

Keragaman Sekuen Gen Reseptor Hormon Pertumbuhan Exon 10 sebagai Informasi Dasar Seleksi pada Sapi Pesisir Plasma Nutfah Sumatera Barat

Dari 216 ekor sapi Pesisir berusia 1,5 tahun , 60 ekor dipilih berdasarkan berat badan, 30 ekor dengan bobot tertinggi (125 ± 9 kg), dan 30 ekor dengan bobot badan rendah (65 ± 6 kg). Keragaman gen reseptor hormon pertumbuhan (GHR) dilihat dengan sekuensing (SNP) dan dengan PCR - RFLP. Lima delesi terdeteksi di posisi 34, 39, 45, 50, dan 115 dengan frekuensi alel berturut-turut 0,45, 0,15, 0,46, 0,46, dan 1,00 dan 4 insersi terdeteksi di posisi 67, 74, 113, dan 133 dengan frekuensi alel berturut-turut 0,19, 0,19, 0,25, dan 0,45 masing-masing dengan genotip insersi T , A , G , dan G. Empat mutasi terdeteksi di posisi 32, 50, 109, dan 150 dengan genotip T C, G A, A C, dan G C dengan frekuensi alel 0,50, 0,23, 0,19, dan 1,00. GHR-NlaIII alel T dan C masing-masing adalah 0,017 dan 0,983. Uji chi-square menunjukkan bahwa populasi ini tidak dalam keseimbangan Hardy - Weinberg. Temuan ini menunjukkan bahwa GHR-NlaIII tidak dapat digunakan sebagai penanda untuk keturunan Bos indicus. Tidak ada hubungan antara keragaman gen GHR dengan dua kelompok ternak. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen GHR bersifat polimorfik sehingga perlu dicari hubungannya dengan performance dan pertumbuhan ternak

Pelajar UPM, Angeli menang kali kedua Berend Houwen Travel Award

SERDANG, 30 Sept - Pelajar Sarjana Sains (Haematologi), Fakulti Perubatan dan Sains Kesihatan, Universiti Putra Malaysia (UPM), Angeli a/p Ambayya @ Ampiah mencipta sejarah tersendiri apabila memenangi anugerah Berend Houwen Travel Award untuk dua tahun berturut-turut