Using Workflows to Explore and Optimise Named Entity Recognition for Chemistry

Chemistry text mining tools should be interoperable and adaptable regardless of system-level implementation, installation or even programming issues. We aim to abstract the functionality of these tools from the underlying implementation via reconfigurable workflows for automatically identifying chemical names. To achieve this, we refactored an established named entity recogniser (in the chemistry domain), OSCAR and studied the impact of each component on the net performance. We developed two reconfigurable workflows from OSCAR using an interoperable text mining framework, U-Compare. These workflows can be altered using the drag-&-drop mechanism of the graphical user interface of U-Compare. These workflows also provide a platform to study the relationship between text mining components such as tokenisation and named entity recognition (using maximum entropy Markov model (MEMM) and pattern recognition based classifiers). Results indicate that, for chemistry in particular, eliminating noise generated by tokenisation techniques lead to a slightly better performance than others, in terms of named entity recognition (NER) accuracy. Poor tokenisation translates into poorer input to the classifier components which in turn leads to an increase in Type I or Type II errors, thus, lowering the overall performance. On the Sciborg corpus, the workflow based system, which uses a new tokeniser whilst retaining the same MEMM component, increases the F-score from 82.35% to 84.44%. On the PubMed corpus, it recorded an F-score of 84.84% as against 84.23% by OSCAR

Intégrer des connaissances linguistiques dans un CRF : application à l'apprentissage d'un segmenteur-étiqueteur du français

International audienceDans cet article, nous synthétisons les résultats de plusieurs séries d'expériences réalisées à l'aide de CRF (Conditional Random Fields ou "champs markoviens conditionnels") linéaires pour apprendre à annoter des textes français à partir d'exemples, en exploitant diverses ressources linguistiques externes. Ces expériences ont porté sur l'étiquetage morphosyntaxique intégrant l'identification des unités polylexicales. Nous montrons que le modèle des CRF est capable d'intégrer des ressources lexicales riches en unités multi-mots de différentes manières et permet d'atteindre ainsi le meilleur taux de correction d'étiquetage actuel pour le français

Named Entity Recognition for Bacterial Type IV Secretion Systems

Research on specialized biological systems is often hampered by a lack of consistent terminology, especially across species. In bacterial Type IV secretion systems genes within one set of orthologs may have over a dozen different names. Classifying research publications based on biological processes, cellular components, molecular functions, and microorganism species should improve the precision and recall of literature searches allowing researchers to keep up with the exponentially growing literature, through resources such as the Pathosystems Resource Integration Center (PATRIC, patricbrc.org). We developed named entity recognition (NER) tools for four entities related to Type IV secretion systems: 1) bacteria names, 2) biological processes, 3) molecular functions, and 4) cellular components. These four entities are important to pathogenesis and virulence research but have received less attention than other entities, e.g., genes and proteins. Based on an annotated corpus, large domain terminological resources, and machine learning techniques, we developed recognizers for these entities. High accuracy rates (>80%) are achieved for bacteria, biological processes, and molecular function. Contrastive experiments highlighted the effectiveness of alternate recognition strategies; results of term extraction on contrasting document sets demonstrated the utility of these classes for identifying T4SS-related documents

An empirical study of maximum entropy approach for part-of-speech tagging of Vietnamese texts

International audienceThis paper presents an empirical study on the application of the maximum entropy approach for part-of-speech tagging of Vietnamese text, a language with special characteristics which largely distinguish it from occidental languages. Our best tagger explores and includes useful knowledge sources for tagging Vietnamese text and gives a 93.40%overall accuracy and a 80.69%unknown word accuracy on a test set of the Vietnamese treebank. Our tagger significantly outperforms the tagger that is being used for building the Vietnamese treebank, and as far as we are aware, this is the best tagging result ever published for the Vietnamese language.Nous présentons dans cet article une étude empirique de l'application de l'approche de l'entropie maximale pour l'étiquetage syntaxique de textes vietnamiens. Le vietnamien est une langue qui possède des caractéristiques spéciales qui la distinguent largement des langues occidentales. Notremeilleur étiqueteur explore et inclut des connaissances utiles qui, en terme de performance pour l'étiquetage de textes vietnamiens, fournit un taux de précision globale de 93.40% et de 80.69% pour les mots inconnus sur un ensemble de test du corpus arboré vietnamien. Notre étiqueteur est nettement supérieur à celui qui est en train d'être utilisé pour développer le corpus arboré vietnamien, et à l'heure actuelle c'est le meilleur résultat obtenu pour l'étiquetage de textes vietnamiens

Learning Chinese language structures with multiple views

Motivated by the inadequacy of single view approaches in many areas in NLP, we study multi-view Chinese language processing, including word segmentation, part-of-speech (POS) tagging, syntactic parsing and semantic role labeling (SRL), in this thesis. We consider three situations of multiple views in statistical NLP: (1) Heterogeneous computational models have been designed for a given problem; (2) Heterogeneous annotation data is available to train systems; (3) Supervised and unsupervised machine learning techniques are applicable. First, we comparatively analyze successful single view approaches for Chinese lexical, syntactic and semantic processing. Our analysis highlights the diversity between heterogenous systems built on different views, and motivates us to improve the state-of-the-art by combining or integrating heterogeneous approaches. Second, we study the annotation ensemble problem, i.e. learning from multiple data sets under different annotation standards. We propose a series of generalized stacking models to effectively utilize heterogeneous labeled data to reduce approximation errors for word segmentation and parsing. Finally, we are concerned with bridging the gap between unsupervised and supervised learning paradigms. We introduce feature induction solutions that harvest useful linguistic knowledge from large-scale unlabeled data and effectively use them as new features to enhance discriminative learning based systems. For word segmentation, we present a comparative study of word-based and character-based approaches. Inspired by the diversity of the two views, we design a novel stacked sub-word tagging model for joint word segmentation and POS tagging, which is robust to integrate different models, even models trained on heterogeneous annotations. To benefit from unsupervised word segmentation, we derive expressive string knowledge from unlabeled data which significantly enhances a strong supervised segmenter. For POS tagging, we introduce two linguistically motivated improvements: (1) combining syntax-free sequential tagging and syntax-based chart parsing results to better capture syntagmatic lexical relations and (2) integrating word clusters acquired from unlabeled data to better capture paradigmatic lexical relations. For syntactic parsing, we present a comparative analysis for generative PCFG-LA constituency parsing and discriminative graph-based dependency parsing. To benefit from the diversity of parsing in different formalisms, we implement a previously introduced stacking method and propose a novel Bagging model to combine complementary strengths of grammar-free and grammar-based models. In addition to the study on the syntactic formalism, we also propose a reranking model to explore heterogenous treebanks that are labeled under different annotation scheme. Finally, we continue our efforts on combining strengths of supervised and unsupervised learning, and evaluate the impact of word clustering on different syntactic processing tasks. Our work on SRL focus on improving the full parsing method with linguistically rich features and a chunking strategy. Furthermore, we developed a partial parsing based semantic chunking method, which has complementary strengths to the full parsing based method. Based on our work, Zhuang and Zong (2010) successfully improve the state-of-the-art by combining full and partial parsing based SRL systems.Motiviert durch die Unzulänglichkeit der Ansätze mit dem einzigen Ansicht in vielen Bereichen in NLP, untersuchen wir Chinesische Sprache Verarbeitung mit mehrfachen Ansichten, einschließlich Wortsegmentierung, Part-of-Speech (POS)-Tagging und syntaktische Parsing und die Kennzeichnung der semantische Rolle (SRL) in dieser Arbeit . Wir betrachten drei Situationen von mehreren Ansichten in der statistischen NLP: (1) Heterogene computergestützte Modelle sind für ein gegebenes Problem entwurft, (2) Heterogene Annotationsdaten sind verfügbar, um die Systeme zu trainieren, (3) überwachten und unüberwachten Methoden des maschinellen Lernens sind zur Verfügung gestellt. Erstens, wir analysieren vergleichsweise erfolgreiche Ansätze mit einzigen Ansicht für chinesische lexikalische, syntaktische und semantische Verarbeitung. Unsere Analyse zeigt die Unterschiede zwischen den heterogenen Systemen, die auf verschiedenen Ansichten gebaut werden, und motiviert uns, die state-of-the-Art durch die Kombination oder Integration heterogener Ansätze zu verbessern. Zweitens, untersuchen wir die Annotation Ensemble Problem, d.h. das Lernen aus mehreren Datensätzen unter verschiedenen Annotation Standards. Wir schlagen eine Reihe allgemeiner Stapeln Modelle, um eine effektive Nutzung heterogener Daten zu beschriften, und um Approximationsfehler für Wort Segmentierung und Analyse zu reduzieren. Schließlich sind wir besorgt mit der Überbrückung der Kluft zwischen unüberwachten und überwachten Lernens Paradigmen. Wir führen Induktion Feature-Lösungen, die nützliche Sprachkenntnisse von großflächigen unmarkierter Daten ernte, und die effektiv nutzen als neue Features, um die unterscheidenden Lernen basierten Systemen zu verbessern. Für die Wortsegmentierung, präsentieren wir eine vergleichende Studie der Wort-basierte und Charakter-basierten Ansätzen. Inspiriert von der Vielfalt der beiden Ansichten, entwerfen wir eine neuartige gestapelt Sub-Wort-Tagging-Modell für gemeinsame Wort-Segmentierung und POS-Tagging, die robust ist, um verschiedene Modelle zu integrieren, auch Modelle auf heterogenen Annotationen geschult. Um den unbeaufsichtigten Wortsegmentierung zu profitieren, leiten wir ausdrucksstarke Zeichenfolge Wissen von unmarkierten Daten. Diese Methode hat eine überwachte Methode erheblich verbessert. Für POS-Tagging, führen wir zwei linguistisch motiviert Verbesserungen: (1) die Kombination von Syntaxfreie sequentielle Tagging und Syntaxbasierten Grafik-Parsing-Ergebnisse, um syntagmatische lexikalische Beziehungen besser zu erfassen (2) die Integration von Wortclusteren von nicht markierte Daten, um die paradigmatische lexikalische Beziehungen besser zu erfassen. Für syntaktische Parsing präsentieren wir eine vergleichenbare Analyse für generative PCFG-LA Wahlkreis Parsing und diskriminierende Graphen-basierte Abhängigkeit Parsing. Um aus der Vielfalt der Parsen in unterschiedlichen Formalismen zu profitieren, setzen wir eine zuvor eingeführte Stacking-Methode und schlagen eine neuartige Schrumpfbeutel-Modell vor, um die ergänzenden Stärken der Grammatik und Grammatik-free-basierte Modelle zu kombinieren. Neben dem syntaktischen Formalismus, wir schlagen auch ein Modell, um heterogene reranking Baumbanken, die unter verschiedenen Annotationsschema beschriftet sind zu erkunden. Schließlich setzen wir unsere Bemühungen auf die Bündelung von Stärken des überwachten und unüberwachten Lernen, und bewerten wir die Auswirkungen der Wort-Clustering auf verschiedene syntaktische Verarbeitung Aufgaben. Unsere Arbeit an SRL ist konzentriert auf die Verbesserung der vollen Parsingsmethode mit linguistischen umfangreichen Funktionen und einer Chunkingstrategie. Weiterhin entwickelten wir eine semantische Chunkingmethode basiert auf dem partiellen Parsing, die die komplementäre Stärken gegen die die Methode basiert auf dem vollen Parsing hat. Basiert auf unserer Arbeit, Zhuang und Zong (2010) hat den aktuelle Stand erfolgreich verbessert durch die Kombination von voll-und partielle-Parsing basierte SRL Systeme