The BioExtract Server: a web-based bioinformatic workflow platform

The BioExtract Server (bioextract.org) is an open, web-based system designed to aid researchers in the analysis of genomic data by providing a platform for the creation of bioinformatic workflows. Scientific workflows are created within the system by recording tasks performed by the user. These tasks may include querying multiple, distributed data sources, saving query results as searchable data extracts, and executing local and web-accessible analytic tools. The series of recorded tasks can then be saved as a reproducible, sharable workflow available for subsequent execution with the original or modified inputs and parameter settings. Integrated data resources include interfaces to the National Center for Biotechnology Information (NCBI) nucleotide and protein databases, the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-Bank) non-redundant nucleotide database, the Universal Protein Resource (UniProt), and the UniProt Reference Clusters (UniRef) database. The system offers access to numerous preinstalled, curated analytic tools and also provides researchers with the option of selecting computational tools from a large list of web services including the European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS), BioMoby, and the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). The system further allows users to integrate local command line tools residing on their own computers through a client-side Java applet

Concepção, implementação e validação de um enfoque para integração e recuperação de conhecimento distribuído em bases de dados heterogêneas

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia e Gestão do Conhecimento, Florianópolis, 2010Com o crescimento da demanda e da composição de Bases de Conhecimento para os mais diversos fins e a sua disponibilização através da rede mundial de computadores, passou-se a observar a necessidade de organizar este conhecimento e também integrá-lo para possibilitar maior acessibilidade e facilidade na sua manutenção e utilização, devido à caracterização da disposição dispersa e o formato heterogêneo das referidas bases. Neste trabalho é proposto um sistema que efetua integração do conhecimento de bases de dados em contexto genérico, utilizando como estudo de caso o atendimento emergencial no CIT - Centro de Informações Toxicológicas de Santa Catarina - além de possibilitar a manutenção e manipulação deste artefato através do agrupamento de técnicas de recuperação de informação, aperfeiçoamento semântico, expansão de consulta, fonética em um único mecanismo. Foram avaliadas - através de uma revisão sistemática da literatura - as melhores opções disponibilizadas por estudos prévios em pesquisas realizadas nestas áreas a fim de encontrar a melhor combinação a ser utilizada no mecanismo, além da análise do produto final em um comparativo feito entre mecanismos previamente utilizados pelos profissionais no atendimento de urgência.With growth demand and composition of knowledge bases for different purposes and making them available through internet, it#s possible to see the need to organize this knowledge and also integrate it to provide greater accessibility and ease maintenance and use, due to the characterization of dispersed persistence and format of such heterogeneous databases. This dissertation proposes a system that performs integration of knowledge databases in generic context, using as a case study of emergency care at CIT - Toxicological Information Center of Santa Catarina - besides facilitating the maintenance and manipulation of the artifact by grouping techniques of information retrieval, semantic processing, query expansion, phonetics in a single mechanism. Were evaluated - through a systematic literature review - the best options available in previous studies on research conducted in these areas to find the best combination to be used in the mechanism, besides the analysis of the final product in a comparison made between mechanisms previously used by professionals in emergency care