Using SOMbrero for clustering and visualizing complex data

Over the years, the self-organizing map (SOM) algorithm was proven to be a powerful and convenient tool for clustering and visualizing data. While the original algorithm had been initially designed for numerical vectors, the available data in the applications became more and more complex, being frequently too rich to be described by a fixed set of numerical attributes only. This is the case, for example, when the data are described by relations between objects (individuals involved in a social network) or by measures of resemblance/dissemblance. This presentation will illustrate how the SOM algorithm can be used to cluster and visualize complex data such as graphs, categorical time series or panel data. In particular, it will focus on the use of the R package SOMbrero, which implements an online version of the relational self-organizing map, able to process any dissimilarity data. The package offers many graphical outputs and diagnostic tools, and comes with a user-friendly web graphical interface based on R-Shiny. Several examples on various real-world datasets will be given for highlighting the functionalities of the package.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Caractéristiques cliniques et parcours médical des patients atteints de la maladie de Rendu-Osler suivis au CHUV

Objectifs : Les objectifs de ce travail ont consisté à décrire les caractéristiques cliniques et la prise en charge des patients atteints de maladie de Rendu-Osler (MRO) évalués par le réseau multidisciplinaire du CHUV, le parcours médical de ces patients (événements cliniques, informations reçues, examens, traitements) et comparer la prise en charge de patients avant et après la mise en place du réseau multidisciplinaire Rendu-Osler. Méthodes : Les critères d'inclusion ont été un diagnostic de MRO « certain » (3 critères de Curaçao) ou « possible » (2 critères de Curaçao). Le critère d'exclusion était un diagnostic « improbable » de MRO (1 critère de Curaçao). L'identification des patients a été réalisée par une recherche dans les bases de données informatisées du CHUV. Les données ont été recueillies de manière rétrospective par questionnaire. Les variables étudiées ont concerné les différentes manifestations cliniques, les examens et traitements entrepris ainsi que les informations fournies aux patients. Résultats : 56 patients avec MRO ont été identifiés, dont 40/56 (71%) patients ont eu un premier contact avec le CHUV avant 2011 et 16/56 (29%) patients sont entrés au CHUV après 2011. La prévalence des principales manifestations cliniques était : épistaxis 91%, télangiectasies cutanéo-muqueuses 90%, malformations artério-veineuses (MAVs) 70%, dont MAVs pulmonaires 46%, MAVs hépatiques 46%, MAVs digestives 43% et MAVs neurologiques 15%. Un bilan de base complet (formule sanguine, ferritine, échocardiographie, scanner thoracique, échographie ou IRM hépatique) à 2 ans de l'entrée au CHUV a été réalisé chez 10% des patients avant 2011 et 44% des patients après 2011 (p=0.008). L'information aux patients sur les modalités de transmission de la maladie a augmenté de 25% à 75% (p<0.001), et la pratique du diagnostic génétique de 20% à 69% (p=0.001) après 2011. Conclusions : La prévalence des principales manifestations cliniques était similaire aux données de la littérature. Malgré le fait que la majorité des patients pris en charge au CHUV n'a pas encore bénéficié d'un bilan de dépistage ni d'un suivi approprié, une amélioration significative a été mise en évidence depuis la mise en place du réseau multidisciplinaire en 2011

Uitkomstbekostiging in de zorg: een (on)begaanbare weg?

__Abstract__ In veel landen – waaronder Nederland – groeien de zorgkosten sterker dan de economie, schiet de kwaliteit van zorg op diverse punten tekort, en duidt praktijkvariatie op ruimte voor het verhogen van de doelmatigheid van zorg. Inadequate bekostigingssystemen en de gebrekkige transparantie van de kwaliteit van zorg worden vaak genoemd als belangrijke oorzaken van deze problemen. Zo was een belangrijke conclusie van de recente evaluatie van het zorgstelsel dat het bij zorgaanbieders vaak nog ontbreekt aan financiële prikkels voor kwaliteit en doelmatigheid

Les carrières ouvrières à l’épreuve de la polyvalence, analyse de deux cas français

La polyvalence fait partie des formes d’engagement dans le travail qui permettent aux ouvriers d’évoluer, en particulier dans des organisations où la spécialisation fonctionnelle des tâches est très poussée. Qu’en est-il lorsque la polyvalence devient une exigence adressée à tous ? Nous voudrions montrer ici que l’intégration de la polyvalence à la définition des emplois ouvriers transforme les conditions d’accès à la mobilité promotionnelle. La généralisation de la polyvalence va de pair avec une segmentation accrue des emplois ouvriers et une plus grande rigidité des seuils qui permettent d’y accéder : elle enferme ainsi les opérateurs dans des espaces de mobilité réduits. Notre analyse s’appuiera sur deux terrains : une entreprise de construction automobile où le travail reste profondément parcellisé et où la polyvalence est implicitement exigée de tous les opérateurs et une entreprise sidérurgique qui intègre, avec la mise en place d’une « logique compétence », l’exigence de polyvalence aux postes de travail

Fibrose pulmonaire idiopathique : les recommandations sont-elles appliquées en pratique clinique quotidienne ?

Contexte : La fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) est une pneumopathie infiltrante diffuse d'étiologie inconnue touchant principalement des personnes âgées de 60 à 70 ans. Elle se caractérise par une destruction irréversible du parenchyme pulmonaire avec péjoration progressive de la fonction respiratoire. Des directives internationales concernant le diagnostic et la prise en charge de la FPI ont été publiées pour la première fois en 2000 et mises à jour en 2011. L'adhérence aux directives a été précédemment évaluée au moyen d'enquêtes sur les pratiques des médecins, mais jamais par des séries de cas. Méthodes : Analyse rétrospective des processus diagnostiques et de l'adhérence aux directives chez une série de patients diagnostiqués avec FPI après la publication des directives de 2000 (avant la mise à jour de 2011). Les données ont été récoltées précédemment par un groupe de travail suisse (SIOLD). Résultats : Les cas ont été rapportés par 19 institutions (incluant 4 hôpitaux universitaires) ou médecins de 9 cantons différents. Parmi 92 patients avec un diagnostic de FPI (hommes 70%, âge médian 72 ans, médiane de la capacité vitale forcée initiale 84%, médiane du facteur de transfert du monoxyde de carbone initial 53%), seuls 26% remplissaient tous les critères diagnostiques de 2000, alors que 49% ne remplissaient pas tous les critères requis et 25% avaient des caractéristiques considérées comme incompatibles avec une FPI. Des taux similaires ont été trouvés pour l'adhérence aux directives de 2011. 30% des patients ont eu une biopsie pulmonaire chirurgicale. Ces derniers étaient significativement plus jeunes (66 vs 75 ans, p<0.001). La biopsie pulmonaire chirurgicale était moins fréquente lorsque les caractéristiques typiques de la FPI étaient présentes à l'imagerie thoracique (20 vs 60%, p=0.007). 62% des cas ont été diagnostiqués en pratique privée ou dans un hôpital régional, et 33% des cas ont été diagnostiqués dans un service hospitalier de pneumologie. Seuls 54% des patients ont été évalués par un centre de soins tertiaire. Une évaluation multidisciplinaire formelle n'a eu lieu que dans 13% des cas. Conclusions : Les critères diagnostiques n'étaient souvent pas remplis. Comme recommandé, la biopsie pulmonaire était plus souvent réalisée lorsque l'imagerie n'était pas typique pour la FPI. L'évaluation multidisciplinaire ainsi que l'évaluation par un centre de soins tertiaire doivent être encouragées

Evaluation de l’Unité de traitement des addictions Nord (UTAd) : période janvier-mars 2015

Ce rapport présente les résultats de l’évaluation de l’Unité de traitement des addictions (UTAd) au terme de sa phase pilote. L’évaluation a examiné, d’une part, la clientèle de l’UTAd et les prestations dont elle bénéficie et, d’autre part, les aspects de fonctionnement et d’organisation de l’Unité, ses missions et objectifs, ainsi que son intégration dans le réseau socio-sanitaire de la région Nord. Ce premier chapitre présente le mandat et les aspects méthodologiques de l’évaluation, ainsi que le contexte dans lequel s’inscrit la nouvelle structure qui est évaluée. Mandat: L’Institut universitaire de médecine sociale et préventive (IUMSP) de Lausanne a été chargé de l’évaluation de l’Unité de traitement des addictions (UTAd) sur mandat du Service de la Santé publique (SSP) au terme de sa phase pilote et en vue de sa pérennisation. L’évaluation porte sur les questions suivantes : • Comment s’est déroulé la mise en oeuvre du projet ? • Quelles sont les prestations effectivement délivrées par l’UTAd ? • Quel est le profil des usagers ? • En matière de gestion, quelles sont les ressources pour la bonne gouvernance dont il faudrait tenir compte en vue de la pérennisation de l’UTAd ? • Comment l’interdisciplinarité est-elle mise en place au sein de l’UTAd et quel est son fonctionnement ? • Dans quelle mesure l’UTAd travaille-t-elle avec le réseau? • Dans quelle mesure l’UTAd favorise-t-elle la continuité des soins dans le réseau de prestations socio-sanitaires du Nord vaudois