A crystal base for the genetic code

The quantum enveloping algebra U_q(sl(2) \oplus sl(2)) in the limit q \to 0 is proposed as a symmetry algebra for the genetic code. In this approach the triplets of nucleotids or codons in the DNA chain are classified in crystal bases, tensor product of U_{q \to 0}(sl(2) \oplus sl(2)) representations. Such a construction might be compared to the baryon classification from quark building blocks in elementary particles physics, one of the main differences standing in the property of a crystal base to provide a natural order in the state constituents, this order being crucial in the codon. Then an operator ensuring the correspondence codon/amino-acid can be constructed out of the above algebra. It will be called the reading operator, and be such that two codons relative to the same (resp. different) amino-acid(s) acquire the same (resp. different) eigenvalue(s).Comment: LaTeX-2e document, package amsfonts, 11 page

Deformation of the stem of containerized black spruce seedlings

When containerized black spruce seedlings (Picea mariana (Mill.) B.S.P.) are grown rapidly, they often bend over, grow horizontally and become deformed. This phenomenon, commonly referred to as spiralization, has had a severe impact on the containerized seedling industry in Quebec, particularly for producers using heated greenhouses. Research programs at Universite Laval and the Universite du Quebec a Chicoutimi have attempted to determine causes as well as possible solutions. The physiological basis of stem spiralization appears to be associated with a redubed capacity of root systems to convert the amino acid, phenylalanine, into lignin precursors that will permit the stem to lignify in a normal manner. High light levels together with an aerobic root environment were found to stimulate lignin synthesis in black spruce. The development cf spiralized stems was found to result from the sum total of a series of relatively small bending movements as well as minor corrective movements (i.e. 0-15°) measured every 2 to 3 days but integrated over the production cycle. A direct relationship was found between the maximal angle of bending and the risk that the seedling would have a significant defect at the end of the production cycle. A seedling which bent at more than 90° from the vertical at any time nearly always was classified as a defective seedling at the end of the production period. Vector analyses of seedling movements indicated that seedlings tended to move in the direction of the dominant light source. Le gauchissement de la tige est un défaut de croissance, provenant d'une verse partielle ou complète du semis pendant sa phase de croissance exponentielle. Cette déformation se retrouve principalement sur les semis d'épinette noire (Picea mariana (Mill.) B.S.P.) en récipients, produits en serre pendant l'hiver. Le gauchissement de la tige entraîne des pertes importantes pour l'industrie du plant en récipient au Québec. Les travaux de recherche effectués a l'Université Laval et a l'Université du Québec a Chicoutimi ont démontré que le gauchissement de la tige était associé a la diminution du taux de transformation d'un acide aminé, le phénylalanine, en un composé qui est un précurseur de la lignine. De plus, il a été démontré que la combinaison des traitements de forte intensité lumineuse et d'oxygénation du substrat racinaire augmentait la lignification des semis d'épinette noire. La mesure de Tangle et de l'orientation de la tige, tous les 2 à 3 jours pendant la période de production, a démontre que le gauchissement de la tige résultait dune sommation de mouvements de faible amplitude (i.e. 0-15°). L'angle de la tige à la fin de la période de production était corrélé avec l'angle maximal atteint par le semis pendant sa croissance. Ainsi, un semis ayant atteint un angle supérieur à 90° pendant sa croissance était presque toujours classé inacceptable pour le reboisement, avec un angle de la tige supérieur a 15° à la fin de la période de production. L'analyse vectorielle des mouvements du plant a démontré que l'orientation de la source lumineuse dominante avait un effet significatif sur l'orientation des mouvements de la tige

Deformation of the stem of containerized black spruce seedlings

When containerized black spruce seedlings (Picea mariana (Mill.) B.S.P.) are grown rapidly, they often bend over, grow horizontally and become deformed. This phenomenon, commonly referred to as spiralization, has had a severe impact on the containerized seedling industry in Quebec, particularly for producers using heated greenhouses. Research programs at Universite Laval and the Universite du Quebec a Chicoutimi have attempted to determine causes as well as possible solutions. The physiological basis of stem spiralization appears to be associated with a redubed capacity of root systems to convert the amino acid, phenylalanine, into lignin precursors that will permit the stem to lignify in a normal manner. High light levels together with an aerobic root environment were found to stimulate lignin synthesis in black spruce. The development cf spiralized stems was found to result from the sum total of a series of relatively small bending movements as well as minor corrective movements (i.e. 0-15°) measured every 2 to 3 days but integrated over the production cycle. A direct relationship was found between the maximal angle of bending and the risk that the seedling would have a significant defect at the end of the production cycle. A seedling which bent at more than 90° from the vertical at any time nearly always was classified as a defective seedling at the end of the production period. Vector analyses of seedling movements indicated that seedlings tended to move in the direction of the dominant light source. Le gauchissement de la tige est un défaut de croissance, provenant d'une verse partielle ou complète du semis pendant sa phase de croissance exponentielle. Cette déformation se retrouve principalement sur les semis d'épinette noire (Picea mariana (Mill.) B.S.P.) en récipients, produits en serre pendant l'hiver. Le gauchissement de la tige entraîne des pertes importantes pour l'industrie du plant en récipient au Québec. Les travaux de recherche effectués a l'Université Laval et a l'Université du Québec a Chicoutimi ont démontré que le gauchissement de la tige était associé a la diminution du taux de transformation d'un acide aminé, le phénylalanine, en un composé qui est un précurseur de la lignine. De plus, il a été démontré que la combinaison des traitements de forte intensité lumineuse et d'oxygénation du substrat racinaire augmentait la lignification des semis d'épinette noire. La mesure de Tangle et de l'orientation de la tige, tous les 2 à 3 jours pendant la période de production, a démontre que le gauchissement de la tige résultait dune sommation de mouvements de faible amplitude (i.e. 0-15°). L'angle de la tige à la fin de la période de production était corrélé avec l'angle maximal atteint par le semis pendant sa croissance. Ainsi, un semis ayant atteint un angle supérieur à 90° pendant sa croissance était presque toujours classé inacceptable pour le reboisement, avec un angle de la tige supérieur a 15° à la fin de la période de production. L'analyse vectorielle des mouvements du plant a démontré que l'orientation de la source lumineuse dominante avait un effet significatif sur l'orientation des mouvements de la tige

Protein-protein docking based on shape complementarity and Voronoi fingerprint

National audiencePredicting the three-dimensional structures of protein-protein complexes is a major challenge for computational biology. Using a Voronoi tessellation model of protein structure, we showed previously that it was possible to use an evolutionary algorithm to train a scoring function to distinguish reliably between native and non-native docking conformations. Here, we show that this approach can be further improved by combining it with rigid body docking predictions generated by the Hex docking algorithm. This new approach is able to rank an acceptable or better conformation within the top 10 predictions for 7 out of the 9 targets available from rounds 8 to 18 of the CAPRI docking experiment.La prédiction de la structure tri-dimensionnelle des complexes protéine-protéine est un enjeu majeur pour la bioinformatique. Nous avions montré dans des travaux précédents que grâce à la modélisation par un diagramme de Voronoï de la structure des protéines, et à l'utilisation d'algorithmes génétiques, il était possible d'optimiser des fonctions de score permettant de distinguer avec une bonne fiabilité les conformations natives des conformations non-natives. Nous montrons dans cet article que cette approche peut être sensiblement améliorée en combinant celle-ci avec des modèles en corps rigide générés par l'algorithme de docking Hex. Cette nouvelle approche, testée sur les cibles CAPRI des rounds 8 à 18, permet de classer dans les 10 meilleures, une conformation quasi-native pour 7 cibles sur les 9 disponibles

Основы естествознания. Практические работы

В пособии представлены практические работы по основным темам курсов биологии и экологии. По каждой теме изложены теоретические основы, описание практической работы, а также контрольные вопросы и задания. Предназначено для студентов-иностранцев подготовительных факультетов