Small molecule modulation of protein-protein interactions

Abstract

Diese Dissertation untersucht mittels computergestützter Methoden das Potential kleiner Moleküle Protein-Protein-Interaktionen (PPI) und Proteinkonformationen zu beeinflussen. In dieser Dissertation wird der Einfluss einer molekularen Pinzette (CLR01) auf $\beta$-Amyloid (A$\beta$42), Huntingtin, das menschliche Insel-Amyloid-Polypeptid (IAPP) sowie die PPI 14-3-3$\zeta$, untersucht. Zu diesem Zweck werden Molekulardynamik Simulationen (MD), Quantenmechanik/Molekülmechanik (QM/MM) Berechnungen und freie Energie Simulationen eingesetzt. Die Ergebnisse dieser Dissertation gewähren Einblicke in die Einschlusskomplexe von CLR01 mit Lysin- und Arginingruppen verschiedener Proteine und bestätigen die Rolle von CLR01 als mögliches Mittel gegen Krankheiten, die mit diesen Proteinen assoziiert werden. Gewonnene Informationen über die Struktur von ME118 können für die weitere Entwicklung von Molekülen genutzt werden, die die Dimerisierung verschiedener 14-3-3 Isoformen beeinflussen