Modulación taxonómica de la microbiota cecal en pollos de engorde alimentados con inclusión de extractos de camellia sinensis y vitis vinifera : implicaciones en la salud intestinal

Abstract

RESTRICCION HASTA DIC-2028. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la composición taxonómica de la microbiota cecal de pollos de engorde alimentados con inclusión de extractos botánicos. Se utilizaron 528 aves de un día de edad, distribuidas en tres grupos experimentales. El primer grupo fue conformado por pollos alimentados con dieta comercial (CP), el segundo grupo alimentados con dieta con inclusión de 200 ppm de semilla de uva (TSU) y el tercer grupo alimentados con inclusión de 200 ppm de extracto de té verde (TET). Diferentes pollos de cada tratamiento fueron sacrificados a los 21 y 42 días de edad. A partir de cada individuo fueron tomadas muestras de ciego las cuales se utilizaron para la extracción de ADN microbiano, el cual se utilizó para secuenciación de la región v3-v4 del ARNr 16S. Las secuencias obtenidas se identificaron taxonómicamente y se compararon con la base de datos RDP (ARNr16S), considerando solo OTUs con abundancia relativa >1%. La composición microbiana cecal entre tratamientos (CP, TSU, TET) y edades (21 y 42 días) se analizó mediante mapas que mostraron taxones compartidos y exclusivos. El procesamiento y visualización de datos se realizó en R (v4.3.3) con paquetes como pheatmap, VennDiagram, ggplot2 y dplyr. Para detectar diferencias en abundancia relativa, se aplicó la prueba de Kruskal-Wallis y comparaciones múltiples con la prueba de Dunn (p 0,05) a nivel de género y especie. A los 42 días, se encontró una mayor frecuencia (p0,05) en los niveles inferiores. La inclusión de extractos botánicos en la dieta de pollos de engorde favoreció una mayor diversidad microbiana cecal con un incremento de Actinobacteria y Verrucomicrobia. Estos resultados sugieren un efecto modulador de los extractos sobre la microbiota intestinal, con potencial beneficio para la salud y el rendimiento de los pollos.The aim of this work was to characterize the taxonomic composition of the cecal microbiota of broilers fed with the inclusion of botanical extracts. 528 day-old birds were used, distributed in three experimental groups. The first group was made up of chickens fed a commercial diet (CP), the second group fed a diet including 200 ppm of grape seed (TSU), and the third group fed a diet of 200 ppm of green tea extract (TET). Different chickens from each treatment were slaughtered at 21 and 42 days of age. From each individual, blind samples were taken and used for the extraction of microbial DNA, which was used for sequencing of the v3-v4 region of the 16S rRNA. The sequences obtained were taxonomically identified and compared with the RDP database (rRNA16S), considering only OTUs with relative abundance >1%. The cecal microbial composition between treatments (CP, TSU, TET) and ages (21 and 42 days) was analyzed using maps that showed shared and exclusive taxa. Data processing and visualization was performed in R (v4.3.3) with packages such as pheatmap, VennDiagram, ggplot2 and dplyr. To detect differences in relative abundance, the Kruskal-Wallis test and multiple comparisons with Dunn's test were applied (p 0.05) at the genus and species level. At 42 days, a higher frequency (p0.05) observed at the lower levels. The inclusion of botanical extracts in the diet of broilers favored a greater cecal microbial diversity with an increase in Actinobacteria and Verrucomicrobia. These results suggest a modulating effect of the extracts on the gut microbiota, with potential benefit for chicken health and performance.CONTENIDO Pág 1. INTRODUCCIÓN . 1 3 2. OBJETIVOS . 1 7 3. MATERIALES Y MÉTODOS . 1 8 1. Localización, distribución de animales y tratamientos 2. Toma de muestras 3. Extracción de ADN, electroforesis y secuenciación 4. Procesamiento, clasificación taxonómica y análisis estadístico 4. RESULTADOS . 2 1 1. Diversidad de la microbiota cecal 2. Composición de la microbiota cecal a los 21 y 42 días de edad 3. Composición de la microbiota cecal a los 42 días de edad 4. Efecto de té verde y semilla de uva sobre la microbiota cecal 5. DISCUSIÓN . 3 2 6. CONCLUSIONES . 4 2 7. RECOMENDACIONES . 4 3 8 . BIBLIOGRAFÍA . 4 4 Lista de figuras X II LISTA DE FIGURAS Figura 1. Descripción de secuencias de la microbiota cecal de pollos de engorde de 21 y 42 días de edad, alimentados con extracto de té verde (TET); extracto de semilla de uva (TSU); control positivo (CP). A: Género, B: Especie . 21 Figura 2. Dendograma agrupado por especie en ciego de pollos a los 21 días de edad, alimentados con dietas: Control positivo (CP); Extracto de té verde (TET); Extracto de semilla de uva (TSU ) . 22 Figura 3. Dendograma agrupado por especie en ciego de pollos a los 42 días de edad, alimentados con dietas: Control positivo (CP); Extracto de té verde (TET); Extracto de semilla de uva (TSU ) . 23 Figura 4. Composición de la microbiota cecal de pollos de engorde de 21 días de edad alimentados con inclusión de extractos botánicos. A: grupos a nivel de filum, B: grupos a nivel de clase, C: grupos a nivel de orden, D: grupos a nivel de familia, E: grupos a nive l de género y F: grupos a nivel de especie. CP, tratamiento control positivo; TSU tratamiento con extracto de semilla de uva; TET tratamiento con extracto de té verd e 25 Figura 5. Composición de la microbiota cecal de pollos de engorde de 42 días de edad alimentados con inclusión de inclusión de extractos botánicos. A: grupos a nivel de filum, B: grupos a nivel de clase, C: grupos a nivel de orden, D: grupos a nivel de fa milia, E: grupos a nivel de género y F: grupos a nivel de especie. CP, tratamiento control positivo; TSU tratamiento con extracto de semilla de uva; TET tratamiento con extracto de té verde 27 Figura 6. Abundancia relativa de la microbiota cecal en pollos de engorde de 42 días de edad, alimentados con la inclusión de extractos botánicos A. filum, B. género, C. especie. CP (control positivo), TSU (tratamiento con extracto de semilla de uva) y TET (tratamie nto con extracto de té ver de . 29 Figura 7. Abundancia relativa de la microbiota cecal en pollos de engorde de 21 días de edad, alimentados con la inclusión de extractos botánicos A. filum, B. género, C. especie. CP (control positivo), TSU (tratamiento con extracto de semilla de uva) y TET (tratamie nto con extracto de té verde . 30Incluye bibliografíaPregradoMédico(a) Veterinario ZootecnistaProducción Animal Sostenibl