Búsqueda y caracterización de RNAs catalíticos a través de aproximaciones bioinformáticas

Abstract

El descubrimiento de que los RNAs son capaces de catalizar reacciones bioquímicas tuvo lugar en los experimentos del grupo de Cech, en el año 1981. Este grupo de investigación demostró el autoprocesamiento no enzimático del intrón del RNA ribosomal de Tetrahymena. Entre las ribozimas naturales descritas desde entonces, destacan la familia de las pequeñas ribozimas de autocorte, siendo la más común y sencilla la de cabeza de martillo (o hammerhead) además de la ribozima del virus de la hepatitis delta, en las cuales se centrará este estudio. El estudio a realizar se centrará fundamentalmente en el análisis de diversos motivos y secuencias de RNAs tanto catalíticos como circulares, y siguiendo fundamentalmente aproximaciones bioinformáticas. Dichas aproximaciones consistirán por un lado en el análisis y búsqueda de motivos autocatalíticos en genomas virales y eucarióticos utilizando software específico basado en estructuras de RNA (RNAmotif) como de genómica comparada (BLAST).The discovery that RNAs are capable of catalyzing biochemical reactions took place in the experiments of Cech's group, in 1981. This research group demonstrated the non-enzymatic autoprocessing of the intron of Tetrahymena ribosomal RNA. Among the natural ribozymes described since then, we can highlight the family of small self-cleaving ribozymes, such as the hammerhead ribozyme, as the most common and simple example, or the hepatitis delta virus ribozyme, in which will focus this study. The study to be carried out will mainly focus on the analysis of various motifs and sequences of catalytic and circular RNAs, and fundamentally following bioinformatic approaches. These approaches will consist on the one hand in the analysis and search for autocatalytic motifs in viral and eukaryotic genomes using specific software based on RNA structures (RNAmotif) and comparative genomics (BLAST).El descobriment que els RNAs són capaços de catalitzar reaccions bioquímiques va tenir lloc en els experiments del grup de Cech, l'any 1981. Aquest grup de recerca va demostrar l'autoprocesamiento no enzimàtic de l'intró de l'RNA ribosomal de Tetrahymena. Entre els ribozims naturals descrites des de llavors, destaquen la família de les petites ribozims de autotall, sent la més comuna i senzilla la de cap de martell (o hammerhead) a més de la ribozim de virus de l'hepatitis delta, en les quals es centrarà aquest estudi. L'estudi a realitzar es centrarà fonamentalment en l'anàlisi de diversos motius i seqüències de RNAs tant catalítics com circulars, i seguint fonamentalment aproximacions bioinformàtiques. Aquestes aproximacions consistiran d'una banda en l'anàlisi i recerca de motius autocatalítics en genomes virals i eucariòtics utilitzant programari específic basat en estructures de RNA (RNAmotif) com de genòmica comparada (BLAST)