Location of Repository

Telurooxetanes : crystallographic studies, molecular modeling and docking for biological applications

By Stella Hernandez Maganhi

Abstract

Este trabalho é composto de 4 capítulos. No capítulo 1 encontra-se uma descrição dos problemas abordados aqui, começando com as características da proteína, a sua importância biológica e social, as interações responsáveis tanto pela sua estrutura como pela formação de complexos proteína-ligante; também há uma breve descrição dos compostos de telúrio seguido da apresentação dos fundamentos dos métodos experimentais utilizados, ou seja, cristalografia e docking. No capítulo 2, os objetivos deste trabalho são apresentados. O Capítulo 3 inclui os procedimentos experimentais que foram utilizados para determinar as estruturas cristalinas e moleculares, a modelagem dos compostos que não têm estrutura cristalográficas, bem como do docking molecular. No capítulo 4 são descritos e discutidos os resultados. As estruturas cristalinas das telurooxetanas (3E)-2-cloro-3-(cloromethilidene)-2-(4-metoxifenil)-1-oxa-2λ4- telluraspiro [3,6]decano (1) e de (3E)-2-cloro-3-(clorometilidene)-2 λ4- 4- telluraspiro[3,5]nonano (2), mostram que o poliedro de coordenação ao redor do átomo de Te é uma pseudo-bipirâmide pentagonal. O synthon supramolecular é diferente nos dois casos, apesar de o átomo Te, em ambos os casos, realizar uma interação secundária com um haleto. Os resultados de docking para todos os compostos de telúrio estudados monstraram que estes formam complexos com a catepsina B através da formação de uma ligação covalente entre o Te e S da Cys29 da enzima. As diferenças nos valores dos escores de docking e no número de interações são devidos, principalmente, o tamanho da cadeia de carbono. Finalmente as conclusões e as perspectivas podem ser encontrados.This work is composed of 4 chapters. In Chapter 1 is a description of the problems addressed here, starting with the characteristics of the protein, its biological and social importance, and the interactions responsible for both its structure and the formation of ligand-protein complexes, there is also a brief description of Te(IV) compounds followed by the presentation of the grounds of the experimental methods used, namely crystallography and docking. In Chapter 2 the objectives of this work are presented. Chapter 3 includes the experimental procedures that were used to determine the crystal and molecular structures, the modeling of the compounds that did not have crystallographic structure, as well as the molecular docking. In Chapter 4 are described and discussed the results. The crystal structures of the telluroxetanes (3E)-2-chloro-3-(chloromethylidene)-2-(4- methoxyphenyl)-1-oxa-2 λ4- telluraspiro[3.6]decane (1) and of (3E)-2-chloro-3-(chloromethylidene)-2-(4- methoxyphenyl)-1-oxa-2 λ4- telluraspiro[3.5]nonane (2) show that the coordination polyhedron around the atom of Te is a pseudo-pentagonal bipyramid. The supramolecular synthon is different in the two cases, in spite that the Te atom makes a secondary interaction with a halide, in both cases. The docking results for all tellurium compounds have shown that these ligands form complexes with Cathepsin B through the formation of a covalent bond between the Te and S of Cys29 of the enzyme. The differences in the values of scores from the docking and the number of interactions are due, mainly, the size of the carbon chain. Finally the conclusions and outlook can be found

Topics: Docking, Telúrio, Raio x - difração, Inibidor de cisteino protease, QUIMICA, QUIMICA
Publisher: Universidade Federal de São Carlos
Year: 2009
OAI identifier: oai:agregador.ibict.br.BDTD_UFSCAR:oai:ufscar.br:2580
Download PDF:
Sorry, we are unable to provide the full text but you may find it at the following location(s):
  • http://www.rcaap.pt/detail.jsp... (external link)
  • Suggested articles


    To submit an update or takedown request for this paper, please submit an Update/Correction/Removal Request.