Effect of APC promoter gene methylation on beta-catenin activity in different meningioma grades

Meningeomi su primarni tumori središnjeg živčanog sustava klasificirani u 15 podgrupa unutar tri histološka gradusa. Najveći broj ovih tumora karakterizira spori rast i niska stopa pojavnosti recidiva, dok tek manji broj njih pokazuje agresivno ponašanje s višom stopom pojavnosti recidiva i manjim preživljenjem. Aktivacija kanonskog signalnog puta Wnt, koja vodi translokaciji β-katenina u jezgru gdje isti sudjeluje u aktivaciji transkripcije ciljnih onkogena, smatra se važnim događajem u tumorigenezi meningeoma. Protein APC negativni je regulator signalnog puta Wnt/β-katenin, a sudjeluje u citoplazmatskom destrukcijskom kompleksu čija je uloga fosforilacija β-katenina te njegovo usmjeravanje na proteasomalnu razgradnju. Cilj ovog diplomskog rada bio je ispitati ulogu metilacije promotora 1A gena APC na aktivaciju signalnog puta Wnt/β-katenin. U ovom istraživanju metilacija promotora 1A gena APC bila je kasni događaj u tumorigenezi meningeoma povezan s malignim oblikom, odnosno gradusom III (p=0,000). Analiza unutarstanične ekspresije i lokalizacije proteina β-katenina nije otkrila povezanost metilacije promotora gena APC i ekspresije β-katenina. Ipak, translokacija βkatenina u jezgre bila je vezana uz atipične meningeome (p=0,002). Rezultati ovog istraživanja sugeriraju aktivaciju i ulogu signalnog puta Wnt u progresiji meningeoma, u čijoj podlozi metilacija promotora tumor supresor gena APC nije nužno jedinstven događaj te upućuju na mogućnost sudjelovanja drugih mehanizama utišavanja njegove ekspresije.Meningioma are primary neoplasms of the central nervous system classified into 15 subgroups within three histological grades. Mostly these tumors are benign with low recurrence rates, but some might display aggressive behavior causing frequent relapse and lower rates of overall survival. Canonical Wnt signaling activation, which leads to β-catenin nuclear translocation where it acts as transcriptional coactivator, is found to be important oncogenic event in meningioma tumorigenesis. APC protein is a negative Wnt/β-catenin regulator, taking part in cytoplasmic destruction complex that phosphorylates and targets β-catenin for proteasomal destruction. The aim of this master thesis was to examine the role of APC gene promoter 1A hypermethylation in Wnt/β-catenin signaling activation. The results indicate that APC gene promoter 1A methylation is event distinctive to anaplastic meningioma (p=0,000), but no β-catenin was found in tumor cells of meningioma samples with previous determined methylation pattern. The results also indicate connection between atypical meningioma and β-catenin nuclear translocation (p=0,002). These results presume the involvement of Wnt signaling pathway in meningioma progression but cannot confirm that APC gene promoter methylation is unique event in Wnt activation, suggesting the role of other mechanisms of gene silencing

Analysis of SQL queries execution on different types of relational databases

U ovom radu opisane su glavne karakteristike relacijskih baza podataka, prikazan je postupak stvaranja, te usporedba izvršavanja upita na različitim vrstama relacijskih baza podataka. Također je prikazan razvoj testne aplikacije, te konačni rezultati mjerenja opterećenja sustava i vremena izvršavanja kod obje baze podataka u tabličnom i grafičkom obliku.In this thesis, the main characteristics of relational databases are described, the creation process is presented, and a comparison of query execution on different types of relational databases is presented. The thesis also presents development of the test application and the final results of measuring system usage and database execution time in tabular and graphical form

Social network based on surveys

U ovom završnom radu razvijena je mobilna android aplikacija koja omogućava postavljane anketa na platformu, te razmjenu komentara i glasova, tj. stavova oko ankete s drugim korisnicima aplikacije. Korisnicima je omogućena registracija i prijava u aplikaciju te su s podacima koje unesu tijekom registracije predstavljeni u daljnjem korištenju. Glavni cilj aplikacije je omogućiti anonimnu objavu i komentiranje različitih anketa koje korisnici objavljuju. Aplikacija je izrađena u programskom okruženju Android Studio u Java programskom jeziku. Za bazu podataka je korišten Firebase servis i njegova baza podataka u stvarnom vremenu. U radu su objašnjeni ključne funkcionalnosti aplikacije te su algoritmi kao i izgled korisničkog sučelja popraćeni slikama kako bi se prikazalo što je objašnjeno u radu.In this final paper, a mobile Android application was developed and it allows posting new polls on the platform and posting comments and votes on other users polls. Users must register and log in to the application in order to use it. The main objective of the application is to allow anonymous posting and commenting on various surveys published by users. The application was created in the Android Studio programming environment in the Java programming language. The Firebase service and its real-time database were used for the database. The paper explains the key functionalities of the application and the algorithms as well as the appearance of the user interface are accompanied by images to show what is explained in the paper

Creation of a three-dimensional model of the laboratory

U ovome radu biti će objašnjen postupak kreiranja 3D prikaza prostorije Laboratorija za projektiranje izradbenih i montažnih sustava. Upotrebom stereo kamere Intel RealSense D435 navedeni prostor je snimljen i iz dobivenih snimki se pomoću programa RTAB-Map kreira oblak točaka (engl. Point Cloud). U cilju generiranja što vjernijeg prikaza laboratorija bilo je potrebno otkloniti višak točaka koje su raspršene u prostoru te ne predstavljaju nikakvu funkcionalnu cjelinu prostora laboratorija nego su one šum nastao tijekom snimanja prostorije. Otklanjanje šuma i generiranje 3D mreže u takvom novom oblaku točaka te optimiranje 3D mreže primjenom programa MeshLab također su teme kojih će se ovaj rad dotaknuti. Cilj ovog rada je dobiti takav 3D model laboratorija koji će biti što sličniji onom stvarnom. Da bi se taj pokušaj prikaza stvarnog prostora u virtualnom svijetu mogao evaluirati, model će biti integriran u okolinu za virtualnu stvarnost. Upotrebom VR naočala moći će se steći stvarni doživljaj kvalitete integracije realnog svijeta u onaj virtualni.In this thesis 3D view creation procedure of Laboratory for designing production and assembly systems will be explained. Using stereo camera Intel RealSense D435 room is recorded and point cloud is created in software RTAB-Map from obtained recordings. In order to generate as faithful a representation of laboratory as possible it’s needed to exclude excess points which are dispersed in space and they don’t represent any functional part of laboratory room, they are the noise created while recording of the room. Noise removing and generating 3D mesh in this new point cloud and optimising 3D mesh in software MeshLab are subjects that will be subject of this thesis too. Goal of this thesis is to create 3D model of laboratory which will be as similar as possible to the real one. In order to evaluate this attempt to represent the real space in the virtual world, the model will be integrated into the virtual reality environment. By using VR glasses, it will be possible to get a real experience of the quality of the integration of the real world into the virtual one

Adsorption of cobalt ions on pistachio shells : diploma thesis

U ovom je diplomskom radu ispitana adsorpcija kobaltovih iona na ljuskama pistacija u ovisnosti o različitim početnim koncentracijama otopina kobaltovih iona (3,543; 7,028; 10,061; 17,138 te 24,452 mmol dm -3 ) pri stalnoj temperaturi od 303 K, brzini miješanja od 200 okr min -1 , u trajanju od 96 h. Uočava se, na temelju dobivenih rezultata, eksponencijalan porast količine adsorbiranih kobaltovih iona na ljuskama pistacija ( qe ) s porastom početne koncentracije kobaltovih iona u otopini ( c0 ). Pri najvišoj odabranoj koncentraciji postignute su i maksimalna vrijednost količine adsorbiranih kobaltovih iona koja iznosi qe = 0,529 mmol g -1 i najviša učinkovitost adsorpcije kobaltovih iona koja iznosi 10,826%. Uzimajući u obzir izračunate vrijednosti za koeficijent korelacije R 2 može se zaključiti kako Langmuirov adsorpcijski model bolje opisuje adsorpciju kobaltovih iona na ljuskama pistacija od Freundlichovog adsorpcijskog modela.In this diploma thesis, the adsorption of cobalt ions on pistachio shells was studied depending on different initial concentrations of cobalt ions solutions (3.543, 7.028, 10.061, 17.138 and 24.452 mmol dm -3 ) at a constant temperature of 303 K, a stirring speed of 200 rpm -1 for 96 h. Based on the results obtained, an exponential increase in the amount of adsorbed cobalt ions on pistachio shells ( qe ) with an increase in the initial concentration of cobalt ions in solution ( c0 ) was observed. At the highest selected concentration, the maximum value of the amount of adsorbed cobalt ions, with the value of qe = 0.529 mmol g -1 , and the highest adsorption efficiency of cobalt ions, with the value of 10.826%, were achieved. Taking the calculated values for the correlation coefficient R 2 into account, it can be concluded that the Langmuir adsorption model better describes the adsorption of cobalt ions on pistachio shells unlike the Freundlich adsorption model

Experiences and habits of specialty coffee consumption among consumers in Croatia

Konzumacija i proizvodnja specialty kave rastući je trend u industriji kave u posljednja dva desetljeća. Cilj ovog istraživanja je ispitati razlike između potrošača kave, onih koji konzumiraju i onih koji ne konzumiraju specialty kavu, u sociodemografskim obilježjima, iskustvu i navikama konzumacije te znanju i percepciji koncepta pravedne trgovine. Istraživanje je provedeno putem online anketnog upitnika na uzorku od 201 sudionika. Većina sudionika živi u gradu Zagrebu, zaposleni su te prosječnog životnog standarda. Sudionici najčešće piju tursku ili espresso kavu u društvu prijatelja u kafiću kako bi odmorili te zbog smirujućeg djelovanja kave. Potrošači specialty kave navode kako specialty kava ima prepoznatljiv i bolji okus i aromu. Koristeći podatke dobivene ovim istraživanjem, marketinški stručnjaci i ugostitelji mogu bolje uvidjeti preferencije potrošača te prema njima kreirati marketinške strategije.The consumption and production of specialty coffee is a growing trend in the coffee industry in the last two decades. The aim of this research is to examine the differences between coffee consumers, those who consume and those who do not consume specialty coffee, in sociodemographic characteristics, consumption experience and habits, and knowledge and perception of the concept of fair trade. The research was conducted through an online questionnaire on a sample of 201 participants. Most of the participants live in the city of Zagreb, are employed, and have an average standard of living. Participants usually drink Turkish or espresso coffee in the company of friends in a cafe to rest and because of the calming effect of coffee. Consumers of specialty coffee state that specialty coffee has a recognizable and better taste and aroma. Using the data obtained from this research, marketing experts and restaurateurs can better understand consumer preferences and create marketing strategies according to them

Influence of porosity on the mechanical behaviour of glass fibre-reinforced PBT resin

Ovaj diplomski rad je napravljen u suradnji Yazaki Europe Ltd. Yazaki je jedna od svjetskih proizvođača električnih komponenata za automobilsku industriju. Između ostalog bave se proizvodnjom, razvojem i istraživanjem električnih distributivnih sistema (EDS), elektroničnih komponenata i instrumenata, konektora i terminala. Na cijel skup proizvoda se postavljaju visoki zahtjevi koji uključuju dobre mehaničke i električne karakteristike, te otpornost na toplinu i tekućine. Rad je izrađen sa ciljem da se analizira jedan od problema koji se javlja kao posljedica injekcijskog prešanja komponenata kompleksnih geometrija. Materijal koji se analizira je heterogen i anizotropan te sastoji se od osnovnog PBT-a (Polibutilen tereftalat) i staklenih vlakana (GF) čiji udio može biti raznovrstan, no uzet će se vrijednost od 20%. S obzirom da se takva miješana talina ubrizgava u kalup koji je složene geometrije, zbog lošeg strujanja i struganja po površini kalupa, talina ne uspijeva kvalitetno ispuniti kalup i dolazi do pojavljivanja poroznosti. Poroznost za posljedicu ima smanjenje mehaničkih svojstava i cilj ovog rada je analizirati kakav je upravo taj utjecaj poroznosti. Staklena vlakna, u obliku štapića, koja se dodaju u osnovni PBT materijal su izrazito mala i njihovo modeliranje stvara određene probleme, kao što je nemogućnost definiranja realne geometrije i dimenzija. Pretpostavljeno je linearno ponašanje konstituenata i male deformacije. Područje istraživanja ovog rada se može podijeliti u četiri cjeline: 1. Istražiti svojstva anizotropnih i heterogenih materijala te proučiti metode homogenizacije pomoću kojih ih je moguće opisati sa ciljem određivanja mehaničkih karakteristika. 2. Odrediti 2D i 3D reprezentativne volumenske elemente (RVE) materijala koji se sastoje od PBT-a i 20% staklenih vlakana i pronaći veličinu RVE-a pomoću kojega je moguće na mikro razini opisati mehaničko ponašanje materijala na makro razini. 3. Uz PBT i 20% staklenih vlakana, modelirati reprezentativne volumenske elemente (RVE) sa udjelom pora. 4. Dobivene numeričke rezultate usporediti sa vrijednostima dobivenima eksperimentom. U prvom i drugom poglavlju su opisana heterogena i anizotropna svojstva materijala. Materijal koji se proučava je heterogen jer se sastoji od osnovne faze, Polibutilen tereftalata i uključina u obliku staklenih vlakana, a orijentacije vlakana je raznovrsna te se može reći da je materijal i anizotropan. Također je proučena metoda homogenizacije heterogenih materijala, od kojih je posebno izdvojena Mori-Tanaka metoda. U trećem poglavlju se pomoću programskog paketa Digimat provela analitička MF (Mean-field) homogenizacijska metoda i rezultati su se uspoređivali sa rezultatima proizvođača materijala. U četvrtom poglavlju su se pomoću Digimat-a i Abaqus-a, generirale različite veličine 2D i 3D reprezentativnih volumenskih elemenata (RVE-a) materijala sa različitim orijentacijama staklenih vlakana. Razmatrale su se 3 različite orijentacije staklenih vlakana te 4 različite veličine RVE-a. Svi dobiveni rezultati su se uspoređivali sa - dijagramom i tražili su se oni modeli koji dobro opisuju stvarno ponašanje materijala uz uvjet da daljnjim povećanjem RVE-a ne dolazi do značajne promjene u dobivenim rezultatima. Razmatrala se periodična geometrija sa nametnutim periodičnim opterećenjem i rubnim uvjetima. U petom poglavlju je bio cilj provesti analizu modela iz prethodnog poglavalja no uz dodatak pora u materijalu. Odabran je RVE određene veličine i određene orijentacije vlakana iz razloga što se pokazalo da dobro opisuje stvarno ponašanje materijala te uz daljnje povećanje geometrije ne dolazi do značajnih promjena u rezultatu. S ciljem usporedbe dobivenih rezultata, proveo se eksperiment na testnom uzorku epruvete. Epruvete su dobivene postupkom injekcijskog prešanja uz poseban dodatak Hidrocerola čije prisustvo je omogućilo nastanak proznosti unutar strukture materijala. Kako bi se analiza i eksperiment što kvalitetnije usporedili, epruvete su posnimane CT metodom, te su dobivene vrijednosti volumnog udjela i prosječne veličine pora, koje su onda korištene u generiranju računalnih modela. Tlačni test na epruvetama je napravljen i rezultati dobiveni DIC (Digital Image Correlation) metodom su služili za usporedbu numeričkih rezultata sa eksperimentom. Zadnje poglavlje sadrži zaključke provedenog istraživanja i njemu su dane upute za daljnji rad.This thesis is made in collaboration with Yazaki Europe Ltd. Yazaki is one of the world's manufacturers of electrical components for the automotive industry. Among other things, they are engaged in the production, development and research of electrical distribution systems (EDS), electronic components and instruments, connectors and terminals. The entire product set is subject to high requirements that include good mechanical and electrical performance, as well as resistance to heat and fluids. This thesis is made with goal to analyze one of the problems that occurs as a result of injection molding of components of complex geometries. The material to be analyzed is heterogeneous and anisotropic and consists of basic PBT (Polybutylene terephthalate) and glass fiber (GF) whose fraction may be varied, but 20% will be taken. Because such mixed melt is injected into a mold of extremely complex geometries, due to poor flow and scraping on the mold surface, the melt fails to fill the mold well and porosity occurs. Porosity results in a decrease in mechanical properties and the aim of this thesis is to analyze exactly what the effect of porosity is. Glass fibers in the form of sticks that are added to the basic PBT material are extremely small and their modeling creates certain problems, such as the inability to define realistic geometries and dimensions. The linear behavior of the constituents and the small deformations were assumed. The research area of this thesis can be divided into four sections: 1. Investigate the properties of anisotropic and heterogeneous materials and study homogenization methods that can be used to determine mechanical properties. 2. Determine 2D and 3D representative volume elements (RVE) of materials consisting of PBT and 20% fiberglass and find the size of the RVE by which it is possible to describe at the micro level the mechanical behavior of the material at the macro level. 3. With PBT and 20% glass fiber, model representative volume elements (RVEs) with porosity 4. Validate numerical results by comparison with the experiment. The first and second Chapter describe the heterogeneous and anisotropic properties of the material. The material under study is heterogeneous because it consists of the basic phase, polybutylene terephthalate and glass fiber inclusions, and the fiber orientation is varied and can be said that material is anisotropic. The method of homogenization of heterogeneous materials was also studied, of which the Mori-Tanaka method is singled out. In Chapter three, an analytical MF (Mean-field) homogenization method was implemented using the Digimat software package and the results are compared with those of the material manufacturer. In Chapter four, different sizes of 2D and 3D representative volume elements (RVEs) of materials with different glass fiber orientations are generated using Digimat and Abaqus. Three different orientations of glass fibers and four different sizes of RVE were considered. All the results obtained were compared with the - diagram and those models that required a good description of the actual behavior of the material were sought, provided that further increase in RVE did not lead to a significant change in the results obtained. Periodic geometry with imposed periodic loading and boundary conditions was considered. In Chapter Five, the aim was to carry out an analysis of the models in the previous chapter but with the addition of pores in the material. A RVE of a certain size and a specific fiber orientation was selected for the reason that it was shown to describe well the actual behavior of the material and that with a further increase in geometry no significant changes in the result occurred. In order to compare the results obtained, an experiment was conducted on a test sample of the test tube. The tubes were obtained by injection molding with the special addition of Hydrocerol, the presence of which allowed the formation of a pores within the material structure. In order to better compare the analysis and the experiment, the tubes were imaged using the CT method, and the values of volume fraction and average pore size were obtained, which were then used in the generation of computer models. A tensile test on the tubes is made and the results obtained by the DIC (Digital Image Correlation) method were used to compare the numerical results with the experiment. The last chapter contains the conclusions of the research conducted and is given directions for further work. Key words: polybutylene terephthalate, glass fibers, porosity, Mori Thin method, homogenization, finite element method, representative volume element (RVE), Abaqus, Digima

Synthesis, characterization and thermal transformation of new styryl-heterocycles and quantum-chemical study of the reaction mechanism

Cilj ovog rada bio je prirediti nove heterocikličke stilbenske sustave koji će se podvrgnuti termičkim ispitivanjima u pokušaju sinteze indanskih i indenskih derivata. Početni prekursori pripravljeni su Wittigovom reakcijom, pri čemu su dobiveni stilbenski i monosupstituirani sustavi. Termička ispitivanja u kiselom mediju provedena su na pripravljenim stilbenskim sustavima, a prisutnost indanskih i indenskih produkata uočena je samo kod tiofenskih derivata. Kvantno-kemijskim metodama ispitana su sva eksperimentalna zapažanja dobivena u radu.The aim of this work was to prepare heterocyclic stilbene systems that will be subjected to thermal reaction in an attempt to synthesize indane and indene derivatives. The initial precursors were prepared by the Wittig reaction, whereby stilbene and monosubstituted systems were obtained. Thermal reactions in acidic medium were performed on the prepared stilbene systems, and the presence of indane and indene products was observed only in thiophene derivatives. All the experimental observations obtained in the work were examined by quantum-chemical methods

Theoretical calculation and analysis of WiFi signals with machine learning

Cilj istraživanja je korištenjem analize WiFi signala otkriti prisustvo ljudi u WiFi polju. Podatci koje analiziramo su intenziteti elektromagnetskog (WiFi) polja u danim točkama prostora, za danu konfiguraciju objekata koji se nalaze u prostoriji. Koristimo tri različite metode strojnog učenja na istim setovima podataka. Gledamo rješenja koja nam daje strojno učenje za pojedinu metodu te ih uspoređujemo s ostalim metodama. Zanima nas koja metoda daje bolje rezultate te što možemo u budućnosti poboljšati da dobijemo bolja rješenja. Jedan set podataka je dobiven teorijski koristeći program COMSOL, dok je drugi set podataka dobiven eksperimentalno.The goal of the research is to detect the presence of people in the WiFi field using WiFi signal analysis. The data that we analyze are the intensities of the electromagnetic (WiFi) field in given points of space, for a given configuration of objects located in the room. We are using three machine learning methods on same datasets. Machine learning give us results for individual method and then we compare those results with other machine learning results. We do that because we want to see what method works the beast and how we can upgrade to get better results. One dataset was obtained theoretically using the COMSOL program, while the other dataset was obtained experimentally

Parental understanding of the professional identity of school pedagogues

Tema ovog rada roditeljsko je shvaćanje profesionalnoga identiteta školskoga pedagoga. U teorijskom djelu rada prvo se objašnjavaju pojmovi profesionalnoga identiteta i profesionalnoga identiteta školskoga pedagoga koji postavljaju svojevrsni okvir za razvoj središnjeg teorijskog djela u kojemu se razmatraju odabrane odrednice profesionalnoga identiteta školskoga pedagoga u kontekstu suradnje s roditeljima. Nakon teorijskog okvira slijede prikaz i analiza rezultata provedenog kvalitativnog istraživanja kojemu je cilj bio otkriti kako roditelji učenika osnovnih škola definiraju pojedine odrednice profesionalnoga identiteta školskoga pedagoga i koja iskustva s praktičnim materijalizacijama istih imaju. U istraživanju je sudjelovalo osmero roditelja učenika osnovnih škola s područja nekoliko hrvatskih gradova. Rezultati pokazuju kako su pojedini dijelovi profesionalnoga identiteta školskoga pedagoga roditeljima nepoznati te kako s njima gotovo nemaju praktičnih iskustava. U zaključku rada sumiraju se dobiveni rezultati istraživanja uz navođenje ograničenja i smjernica za buduća istraživanja te doprinosa ovog diplomskoga rad