University of Liège

Open Repository and Bibliography - Liège
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    196142 research outputs found

    On the styx bank - characterization of the headspace cadaveric volatiles released by submerged decaying rats

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    peer reviewedThe cadaveric volatilome of terrestrial decomposition, including buried corpses, has been extensively studied in recent taphonomic research. However, there has been comparatively less attention given to the volatile organic compounds associated with submerged vertebrate remains. This decaying process is distinct, as evidenced by the succession of decay stages that significantly differ from terrestrial decomposition. Indeed, five stages can be delineated: fresh, early floating, floating decay, deterioration, and sunken remains. Due to the unique nature of underwater decomposition, we anticipate the release of different cadaveric volatiles from submerged remains. In this study, we characterize the volatile compounds emitted during underwater decomposition and that reach the surface. Rat cadavers were placed individually in glass chambers filled with water. The volatiles released at the surface were subsequently collected three times per week over the course of a month. Two types of water, fresh and marine, were used to assess the potential influence of the salinity level on the cadaveric volatilome. A total of 33 volatile compounds were identified, with the majority having previously been reported in the headspace of cadavers undergoing decomposition in a terrestrial environment. Among these compounds, those containing sulfur were the most abundant, with dimethyl disulfide being the major one. Our findings did not reveal any discernible impact of salinity levels on the volatile profile, which was, however, affected by the specific decaying stage. Notably, 3-methyl-indole emerged as a promising candidate for distinguishing between the first two stages of decomposition and the subsequent third stage

    Biodegradable microcarrier for cell therapy

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    Les cellules souches sont intéressantes en thérapie cellulaire car elles permettent de reconstruire des parties endommagées du corps ou de libérer des actifs biologiques et elles ont un effet anti-inflammatoire et immunosuppresseur. La culture de cellules souches sur des microbilles (± 200 µm) en suspension dans des bioréacteurs permet d'obtenir une dose thérapeutique (2,0 x 10^7 cellules) avec un volume de 1 à 3 litres comparé à une surface d'environ 4,5 m^2 avec les pratiques actuelles en 2 D (plaques en plastique (puits), flacons (T75, T25..), etc). Même si des microporteurs commerciaux sont disponibles sur le marché, leurs propriétés de surface ont été reconnues comme non optimales pour favoriser l'adhésion et la prolifération des cellules, mais aussi non adéquates pour favoriser leur détachement sans affecter leur viabilité et leur potentiel de différenciation. La revue bibliographique menée sur la culture de cellules souches sur microbilles a montré : 1) la nécessite d'apporter une charge (surtout positive) et l'ajout de protéines extracellulaires aux billes pour améliorer l'adhésion et la prolifération cellulaires et, 2) le potentiel des microporteurs dégradables. L'objectif de cette thèse vise à optimiser des microporteurs (d'une taille entre 180 et 350 µm) dégradables et biocompatibles destinés à l'amplification des cellules souches. Ces billes sont composées de trois polyesters acceptés par l'Agence fédérale américaine des produits alimentaires et médicamenteux (FDA): le poly(lactide-co-glycolide) (PLGA), le poly(L-lactide) (P(L-LA)) et la poly(ɛ-caprolactone) (PCL). La première stratégie étudiée est une association stable bille-cellules pour promouvoir l'intégration et la colonisation locale des cellules souches au niveau du site ciblé (par exemple la réparation de cartilage). Ces billes sont composées de P(L-LA) (choisi par un test in vitro et pour sa dégradabilité pour cette application) enrobées par un coating en simple et multicouche à base de chitosane (chit) et de poly(2-(dimethylamino)ethyl méthacrylate) (PDMAEMA) de deux masses molaires moyennes en nombre différentes : 20 000 g/mol (P20) et 90 000 g/mol (P90). Ces polycations ont été sélectionnés pour leur différence de densité de charge, de flexibilité des macromolécules et de longueur de chaînes. L'adsorption des trois polycations en simple et en multicouche sur les billes de P(L-LA) est démontrée par la mesure du potentiel zêta et qualitativement par microscopie optique à fluorescence avec l'utilisation des polymères fluorescents de PDMAEMA-RhoB et de Chit-FITC. Ceux-ci permettent également de quantifier leurs adsorptions (même en fonction de la concentration en solution utilisée) au spectromètre à fluorescence. Les billes de P(L-LA) sans coating ont un potentiel zêta positif prouvé par une électrolyse, ce qui est contraire à la littérature (charge négative). L'étude de mise en suspension en spinner flask des billes coatées d'une simple couche de P20 ou de Chit pour valider leur application en bioréacteur, a montré qu'aucune fragmentation des billes n'a été obtenue ni un détachement du coating déposé. Une culture in vitro avec des fibroblastes L929 a démontré que deux combinaisons en multicouche, P20+P90+Chit et P20+Chit+P20, ont une prolifération cellulaire plus élevée que celle des microporteurs commerciaux Plastic® et que celle des microporteurs en P(L-LA) munis d'un seul revêtement de P20 (les plus performants en simple couche). Cependant, ce dernier (P20) reste le support optimal pour son sa fabrication simple et pour l'amplification cellulaire obtenue. Enfin, cette culture a également permis de définir les valeurs du potentiel zêta optimisées pour les revêtements multiples qui sont comprises entre +28 et +48 mV, en dehors de cette gamme, la prolifération cellulaire chute. La deuxième stratégie de cette thèse, plus exploratoire, est une bille en PCL (choisi par un test in vitro et ses propriétés mécaniques plus importantes) munie d'un revêtement solubilisable à base d'alginate réticulé au calcium pour faciliter la séparation des cellules adhérées aux billes. Cette solubilisation est obtenue par la complexation du calcium du réseau d'alginate avec de l'EDTA. Comme la première stratégie, la caractérisation et la solubilisation du coating déposé ont été étudiées avec des polymères fluorescents. C'est un coating composé d'une couche d'alginate réticulée au calcium qui a été retenu et a montré le plus haut détachement obtenu du coating après l'action de l'EDTA (10 mM non nocive pour les cellules). Dû au caractère non favorable à l'adhésion des cellules de l'alginate, une couche de P20 a été ajoutée. Son ajout n'impacte pas le caractère soluble du coating d'alginate obtenu sans lui. Ces études ont montré la capacité du P20, du P90, du Chit et de l'alginate de former des multicouches sur eux-mêmes par des liaisons hydrogène et van der Waals. Les caractéristiques physiques des billes en PCL et en P(L-LA) (diamètre, sphéricité, circularité, masse volumique,...) ont été déterminées. L'analyse par SEM et par AFM démontre que l'ajout d'un revêtement en simple couche de P20, de P90 ou de Chit n'impacte pas la morphologie des billes en PCL et en P(L-LA) et qu'il est d'une épaisseur nanométrique. Enfin, le procédé employé pour la fabrication des billes durant la thèse par une dispersion liquide-liquide suivi d'une évaporation a nécessité une standardisation de sa géométrie (ajout de contre-pales, changement de cuve,..). Cette géométrie a permis d'augmenter le rendement en billes de tailles désirées de < 20 % jusqu'à 40 %. Sur base des caractéristiques du procédé utilisé standard, la corrélation de Calderbank permet d'estimer théoriquement la taille moyenne des gouttelettes formées durant la dispersion liquide-liquide. Puis, la taille moyenne des billes finales obtenues peut être déterminée car la taille d'une goutte après l'évaporation pour former une bille est divisée par deux

    A world of chattering magpies

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    Follow-up strategy of ILMT discovered supernovae

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    peer reviewedThe 4m International Liquid Mirror Telescope (ILMT) is presently under commissioning phase at Devasthal Observatory (Nainital, India). This facility continuously scans the same strip (22' wide) of the sky (in g, r and i bands) with a fixed pointing towards the zenith direction. Consequently, it provides a unique opportunity for supernovae (SNe) detection and study. We estimated the SNe detection rate with the ILMT by considering the progenitor mass range for Type Ia SNe and core-collapse supernovae (CCSNe) as 3-8 MSun and 8-50 MSun, respectively. Here, the CCSNe mass range is for different types of events (Ibc, IIL, IIP, and IIn). Our calculation indicates that it is possible to detect hundreds of supernovae each year by implementing an optimal image subtraction technique. The photometric classification of SNe is also possible with the ILMT data. The observatory hosts two additional optical facilities (1.3m DFOT and 3.6m DOT) along with the ILMT and therefore, immediate monitoring of ILMT-detected transients/SNe is planned under the target of opportunity mode. The spectroscopy with DOT facility will be useful for the classification of SNe

    Molecular mechanism of IKK catalytic dimer docking to NF-κB substrates.

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    peer reviewedThe inhibitor of κB (IκB) kinase (IKK) is a central regulator of NF-κB signaling. All IKK complexes contain hetero- or homodimers of the catalytic IKKβ and/or IKKα subunits. Here, we identify a YDDΦxΦ motif, which is conserved in substrates of canonical (IκBα, IκBβ) and alternative (p100) NF-κB pathways, and which mediates docking to catalytic IKK dimers. We demonstrate a quantitative correlation between docking affinity and IKK activity related to IκBα phosphorylation/degradation. Furthermore, we show that phosphorylation of the motif's conserved tyrosine, an event previously reported to promote IκBα accumulation and inhibition of NF-κB gene expression, suppresses the docking interaction. Results from integrated structural analyzes indicate that the motif binds to a groove at the IKK dimer interface. Consistently, suppression of IKK dimerization also abolishes IκBα substrate binding. Finally, we show that an optimized bivalent motif peptide inhibits NF-κB signaling. This work unveils a function for IKKα/β dimerization in substrate motif recognition

    Characterisation of bitter vetch (Vicia ervilia (L.) Willd) ecotypes: An ancient and promising legume

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    peer reviewedAbstract Bitter vetch (Vicia ervilia (L.) Willd) is a promising legume, drought tolerant, mainly used in the Mediterranean area for its grains as a source of proteins in animal feed. However, it is an underused crop cultivated in marginal soils. Ecological, agro-morphological, and bromatological diversity evaluations were conducted to study its reintroduction potential. Seeds of seventeen ecotypes were collected in seventeen farms located in Northern Morocco in 2018. The cultivation was realised during the 2019 and 2020 growing seasons using a randomised complete block design with three replicates. Agro-morphological data were collected at the start of flowering, full flowering, and pod setting phenological stages. Yield component assessment and grain and straw bromatological characterisation were performed at maturity. The results indicated significant variations between ecotypes for almost all parameters and interesting results about yield (1 t ha–1) but lower protein content (22.9% of dry matter) compared to other ecotypes of the Mediterranean region. The estimated genetic parameters could emphasise the possibility of selecting highly productive and nutritive cultivars. However, interannual variations were also detected, making the selection of the ecotypes harder. No significant correlations were observed between agro-morphological and bromatological traits of grains and geographical distances. Multivariate analyses (principal component analysis and heatmap) clustered ecotypes into five groups, where the ecotypes included in the second cluster were the most interesting candidates for developing high-yielding and nutritive varieties. That is why this plant could be considered of interest, especially in these times of climate change.13. Climate action12. Responsible consumption and production2. Zero hunge

    An overview of an intense 6-year monitoring study of eels : life history traits, epidemiology, ecotoxicology and trophic ecology

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    peer reviewedDéfinitions des bases scientifiques et techniques pour une optimisation et une évaluation de l’efficacité des pratiques de repeuplements en civelles d’anguille européenne (Anguilla anguilla)14. Life below wate

    Combined in situ niche analysis and pulse-chase labelling experiments unravel energy acquisition strategies in cold-water corals

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    editorial reviewedCold-water corals (CWCs) are reef-building foundation species occurring worldwide in the aphotic zone of the ocean. Those reefs are considered biodiversity hotspots in the deep-sea. In the absence of endogenous production, CWCs mostly depend on exported photosynthetic production for their nutrition. Energy acquisition is therefore a major challenge for CWCs. In this context, we investigated feeding habits of three syntopic CWC species forming reefs in the Lampaul Canyon (Bay of Biscay) at depths ranging from 800 to 1200 m: Desmophyllum pertusum, Madrepora oculata and Solenosmilia variabilis. Specifically, we tackled the following questions: 1) What is the realized trophic niche of CWCs in the Lampaul Canyon?; 2) Do the three species rely on the same resources?; and 3) Are the trophic niches of CWCs overlapping with those of associated fauna, particularly suspension feeders? Joint carbon, nitrogen and sulfur stable isotope analysis showed that CWC exhibit marked resource segregation with associated fauna. However, coral niches largely overlapped. Species-specific trends in niche size were present, suggesting variable trophic diversity. Fatty acid analysis highlighted the importance of zooplankton for CWC feeding, which could favor this resource for its high nutritional value. Furthermore, pulse-chase experiments in pressurized tanks suggested that all species are, to some extent, able to function as holobionts. They notably obtain part of their nitrogen from mutualistic relationships with the microbiome living in the mucus secreted by the polyps. Ultimately, reliance upon these multiple, non-mutually exclusive ecological mechanisms could be a key factor to facilitate CWCs future survival under changing environmental conditions

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