EMME basic: Experimental Metadata Management Environment through ISAtools

Support utilisé lors de la formation EMME du 15 novembre 2013. Ce document présente l'utilisation des différents outils mis à disposition à travers le portail EMME, également accessible via la section e-Infrastructure/Data-centered World/Metadata management du HUB eBGO

Tutorial : Premiers exercices sous Galaxy

Support utilisé lors de premiers exercices d'entraînements sous Galaxy pour les formation

Séquençage des génomes et médecine personnalisée : perspectives et limites.

==Reunion du 16 juin 2015==\ud ----\ud \ud Présents: ''Amyra Alliouat, Forent Denoual, Wilfrid carré, Marc Aubry et Marie de Tayrac''\ud \ud '''Objectifs:''' Discussion autour des différents projets à réaliser autour de la bioinformatique, [[BR]]\ud de la biologie computationnelle et de l'informatique pour le diagnostic au CHU. \ud \ud '''Serveur CHU / iCompute''' [[BR]]\ud * Difficultés liées aux mises à jour sur le serveur du CHU (ex. PGM et date des analyses) [[BR]]\ud * Problèmes liés au transfert de..

Tutorial : RNAseq sous Galaxy, le cas du poulet

Support utilisé lors de la formation RNAseq proposée par l'Agrocampus Ouest de Rennes. L'idée est de partir des données poulet générées et utilisées par Pierre François Roux et Sandrine Lagarrigue (Laboratoire de Génétique, UMR INRA Agrocampus Ouest PEGASE Rennes/St-Gilles) dans le cadre du module analyse de données RNAseq en utilisant un cluster de calcul

Assessing citizen science data quality: an invasive species case study

An increase in the number of citizen science programs has prompted an examination of their ability to provide data of sufficient quality. We tested the ability of volunteers relative to professionals in identifying invasive plant species, mapping their distributions, and estimating their abundance within plots. We generally found that volunteers perform almost as well as professionals in some areas, but that we should be cautious about data quality in both groups. We analyzed predictors of..

Docker compose

Overview of Docker Compose\ud Compose is a tool for defining and running multi-container applications with Docker. With Compose, you define a multi-container application in a single file, then spin your application up in a single command which does everything that needs to be done to get it running.\ud \ud Compose is great for development environments, staging servers, and CI. We don’t recommend that you use it in production yet.\ud \ud Using Compose is basically a three-step process.\ud \ud *Define your..

Utilisation de Filezilla pour envoyer des données sur Genotoul

Document PDF présentant l'utilisation de Filezilla pour envoyer des données sur la plateforme Bioinformatique Toulousaine : Genotou

Linux/Unix: A short introduction

A very short introduction to Unix/Linu

Galaxy Workbench for Metagenomics

Galaxy Docker repository for metagenomics (Galaxy metagenomics flavour