Morphological justification of organ-preserving methods of surgical treatment of patients with liver echinococcosis

The purpose of the research is the study of the morphological structure of echinococcal cysts to assess the possibility of using organ-preserving methods of surgical treatment.Materials and methods. A clinical, instrumental, and morphological fundamental study was performed in the Surgical Clinic of the Botkin Hospital when radiation and morphological data in addition to clinical data were studied for 28 patients who underwent surgical treatment for liver echinococcosis. Excised gross specimens were examined to study the capsule structure, and the penetration of germinal elements of the cysts through membranes of the parasite (64 successively excised primary operated echinococcal cysts).Results and discussion. The fibrous capsule of the echinococcal cyst is a good barrier against Protoscolexes penetrating into the liver tissue. None of the 64 specimens studied in detail was found to have germinal elements of any echinococcal cyst penetrating through its fibrous capsule. The morphological justification of organ-preserving methods in the treatment of patients with liver echinococcosis allows a conclusion that these interventions are safe and radical

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics

For a decade, The Cancer Genome Atlas (TCGA) program collected clinicopathologic annotation data along with multi-platform molecular profiles of more than 11,000 human tumors across 33 different cancer types. TCGA clinical data contain key features representing the democratized nature of the data collection process. To ensure proper use of this large clinical dataset associated with genomic features, we developed a standardized dataset named the TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR), which includes four major clinical outcome endpoints. In addition to detailing major challenges and statistical limitations encountered during the effort of integrating the acquired clinical data, we present a summary that includes endpoint usage recommendations for each cancer type. These TCGA-CDR findings appear to be consistent with cancer genomics studies independent of the TCGA effort and provide opportunities for investigating cancer biology using clinical correlates at an unprecedented scale. Analysis of clinicopathologic annotations for over 11,000 cancer patients in the TCGA program leads to the generation of TCGA Clinical Data Resource, which provides recommendations of clinical outcome endpoint usage for 33 cancer types

ВЫБОР СПОСОБА ЭНДОСКОПИЧЕСКОГО СТЕНТИРОВАНИЯ У ПАЦИЕНТОВ С НЕРЕЗЕКТАБЕЛЬНОЙ АДЕНОКАРЦИНОМОЙ ГОЛОВКИ ПОДЖЕЛУДОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

The purpose of the study was to comparatively assess the endoscopic plastic or nitinol stenting in patients with unresectable adenocarcinoma of the pancreatic head, who subsequently received systemic chemotherapy.Material and Methods. Between 2014 and 2018, 64 patients underwent retrograde stenting followed by chemotherapy. All patients were divided into 2 groups. Group I consisted of 21 patients, who underwent nitinol stent implantation. Group II comprised 43 patients, who underwent plastic stent implantation.Results. The technical success was 91.3 % in group I and 93.5 % in group II (р=0.324); clinical success was 95.2 % in group I and 90.6 % in group II (р=0.218). Complications according to the Clavien–Dindo classification in group I patients: Grade II in 2 (9.5 %), Grade III in 1 (4.5 %), and Grade IV 2 in (9.5 %). In group II patients, these complications were as follows: Grade II in 4 (9.3 %), Grade III in 4 (9.3 %), and Grade IV in 1 (2.3 %). The median duration of chemotherapy was 127.3 days. Stent dysfunction was observed in 5 (23.8 %) patients of group I and in 24 (55.8 %) patients of group II (р=0.026). The median time of stent patency was 108 ± 5.2 days in group I and 64 ± 4.3 days in group II (р=0.034). In group I patients, the median survival time was 100 days in 5 patients, 120 days in 9 patients, and 150 days in 5 patients. Two patients are alive. In group II patients, the median survival time was 100 days in 10, 120 days in 16, and 150 days in 13. Five patients are alive.Conclusion. Based on the results obtained, it is advisable to recommend the use of nitinol stents for resolving obstructive jaundice in patients with unresectable ductal adenocarcinoma of the pancreatic head, who are scheduled to undergo chemotherapy. Цель исследования заключалась в сравнительном анализе эндоскопического стентирования пластиковым или нитиноловым стентом у пациентов с нерезектабельной аденокарциномой головки поджелудочной железы, которые впоследствии получали системную химиотерапию.Материал и методы. В Боткинской больнице за период с 2014 по 2018 г. выполнено ретроградное стентирование у 64 пациентов, которым в последующем проводилась химиотерапия. Пациенты были разделены на две группы: 21 больному было выполнено стентирование нитиноловым стентом и 43 – стентирование пластиковым стентом.Результаты. Технический успех в первой группы больных составил 91,3 %, во второй – 93,5% (р=0,324); клинический успех – 95,2 % и 90,6 % соответственно (р=0,218). Количество осложнений по классификации Clavien–Dindo в первой группе: II – 2 (9,5 %), III – 1 (4,5 %), IV – 2 (9,5 %); во второй группе: II – 4 (9,3 %), III – 4 (9,3 %), IV – 1 (2,3 %). Средняя продолжительность химиотерапии составила 127,3 дня. Дисфункция стента в первой группе наблюдалась у 5 (23,8 %) пациентов, во второй – у 24 (55,8 %) больных (р=0,026). Средний период функционирования стента – 108 ± 5,2 и 64 ± 4,3 дня соответственно (р=0,034). Медиана выживаемости в первой группе: 5 пациентов – 100 дней, 9 пациентов – 120 дней, 5 пациентов – 150 дней, 2 пациента живы; во второй группе: 10 пациентов – 100 дней, 16 пациентов – 120 дней, 13 пациентов – 150 дней, 5 пациентов живы.Заключение. На основании полученных результатов целесообразно рекомендовать использование нитиноловых стентов для разрешения механической желтухи у пациентов с нерезектабельной протоковой аденокарциномой головки поджелудочной железы, которым планируется проведение химиотерапии.

Морфологическое обоснование применения интраоперационной лучевой терапии для профилактики локорегионального рецидива у больных с протоковой аденокарциномой поджелудочной железы

Background. It is well recognized that pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is associated with very poor prognosis, early locoregional invasion and distant metastases. One reason for this is the proliferation of tumor growth through perineural spaces.Aim. To evaluate the efficacy of intraoperative radiation therapy (IORT) for the extrapancreatic perineural invasion (EPPI) in the development of locoregional recurrence in patients with PDAC. Results. In 14.5% (22/152) the tumor was pT1–2, pN0, extraPn 0, R0. R1 detected in 32.1% (49/152). ExtraPn was detected in 36.8% of cases (56/152). Metastases in regional lymph nodes was found in 62.5% (95/152) of cases. In the study of autopsybasic morphological parameters speakers include locoregional tumor progression and / or a distant progression. Locoregional recurrence was found in 85% of cases (29/34), which is manifested by the presence of perineural invasion. The mean time from surgery until locoregional recurrence without extraPn –14 months, with the presence of extraPn – 9 months.Conclusion. Thus, the absence of regional lymph nodes and/or with positive surgical margin does not preclude the development of locoregional recurrence in patients with PDAC. This is what necessitates a combined approach to the treatment of these patients, including surgery, supplemented by conducting IORT that effectively influences on tissues and reduces the number of local recurrence.Введение. Протоковая аденокарцинома поджелудочной железы ассоциируется с очень плохим прогнозом, ранней локорегиональной инвазией и быстрым развитием отдаленных метастазов. Одной из причин этого является высокая частота периневральной инвазии. Цель. В данном исследовании показана необходимость комбинированного подхода к лечению больных с протоковой аденокарциномой поджелудочной железы в видеприменения радикального хирургического вмешательства, дополненного ИОЛТ.Результаты. В 14,5% (22/152) можно утверждать об ограничении опухоли в пределах ПЖ, что соответствует рТ 1–2, pN0, extraPn 0, R0. Показатель R1 обнаружен в 32,1% случаев (49/152). Экстрапанкреатическая периневральная инвазия выявлена в 36,8% случаев (56/152). Метастазы в региональных лимфатических узлах  бнаружили в 62,5% (95/152) случаев ПАК ПЖ. При исследовании аутопсийного материалаосновные морфологические параметры динамики опухоли включают локорегионарную прогрессию и/или дистантную прогрессию. Локорегионарный рецидив обнаружен в 85% случаев (29/34), проявляющийся наличием экстарпанкреатической периневральной инвазии в ложе удаленной опухоли. Среднее время от оперативного лечения до локорегионарного рецидива без extraPn – 14 месяцев, с наличием extraPn – 9 месяцев.Выводы. Локорегионарный рецидив у больных непосредственно cвязан с наличием именно экстрапериневральной инвазии. Выявленная субпопуляция больных без дистантной прогрессии, а только с наличием локорегионарного распространения, диктует необходимость применения комбинированного подхода с обязательным использованием ИОЛТ для достижения максимального эффекта от проведенного хирургического лечения и увеличения продолжительности жизни больных с протоковым раком поджелудочной железы

Genomic, Pathway Network, and Immunologic Features Distinguishing Squamous Carcinomas

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smokin

Pan-cancer Alterations of the MYC Oncogene and Its Proximal Network across the Cancer Genome Atlas

Although theMYConcogene has been implicated incancer, a systematic assessment of alterations ofMYC, related transcription factors, and co-regulatoryproteins, forming the proximal MYC network (PMN),across human cancers is lacking. Using computa-tional approaches, we define genomic and proteo-mic features associated with MYC and the PMNacross the 33 cancers of The Cancer Genome Atlas.Pan-cancer, 28% of all samples had at least one ofthe MYC paralogs amplified. In contrast, the MYCantagonists MGA and MNT were the most frequentlymutated or deleted members, proposing a roleas tumor suppressors.MYCalterations were mutu-ally exclusive withPIK3CA,PTEN,APC,orBRAFalterations, suggesting that MYC is a distinct onco-genic driver. Expression analysis revealed MYC-associated pathways in tumor subtypes, such asimmune response and growth factor signaling; chro-matin, translation, and DNA replication/repair wereconserved pan-cancer. This analysis reveals insightsinto MYC biology and is a reference for biomarkersand therapeutics for cancers with alterations ofMYC or the PMN

Spatial Organization and Molecular Correlation of Tumor-Infiltrating Lymphocytes Using Deep Learning on Pathology Images

Beyond sample curation and basic pathologic characterization, the digitized H&E-stained images of TCGA samples remain underutilized. To highlight this resource, we present mappings of tumorinfiltrating lymphocytes (TILs) based on H&E images from 13 TCGA tumor types. These TIL maps are derived through computational staining using a convolutional neural network trained to classify patches of images. Affinity propagation revealed local spatial structure in TIL patterns and correlation with overall survival. TIL map structural patterns were grouped using standard histopathological parameters. These patterns are enriched in particular T cell subpopulations derived from molecular measures. TIL densities and spatial structure were differentially enriched among tumor types, immune subtypes, and tumor molecular subtypes, implying that spatial infiltrate state could reflect particular tumor cell aberration states. Obtaining spatial lymphocytic patterns linked to the rich genomic characterization of TCGA samples demonstrates one use for the TCGA image archives with insights into the tumor-immune microenvironment

ЭНДОСКОПИЧЕСКАЯ РЕЗЕКЦИЯ СОМАТОСТАТИНОМЫ АМПУЛЫ БОЛЬШОГО ДУОДЕНАЛЬНОГО СОСОЧКА ПОД КОНТРОЛЕМ УЛЬТРАЗВУКОВОГО ИССЛЕДОВАНИЯ У БОЛЬНОЙ С НАСЛЕДСТВЕННЫМ НЕЙРОФИБРОМАТОЗОМ

Case report. We present the case of a 50-year-old female patient with inherited type 1 neurofibromatosis, who was found to have a tumor in the major duodenal papilla. She underwent endoscopic ultrasound-guided resection of the major duodenal papilla with subsequent histological and immunohistochemical examination. Discussion. Somatostatinomas are rare neuroendocrine tumors of the gastrointestinal tract with an annual incidence of 1 case per 40 million people. The combination of type 1neurofibromatosis and somatostatinoma of the ampulla of the major duodenal papilla occurs extremely rarely. Endoscopic ultrasound provides visualization of tumor spread in all layers of the intestinal wall and in the major duodenal papilla, thus giving opportunity to perform radical surgery by minimally invasive method. Conclusions. Minimally invasive endoscopic surgery in patients with a combination of type 1 neurofibromatosis and somatostatinoma is a good alternative to pancreatic resection in this rare category of patients. Further follow-up studies are needed.Описание клинического случая. Пациентка В., 50 лет, страдающая наследственным нейрофиброматозом 1-го типа, обратилась в ГКБ им. С.П. Боткина в связи с выявленным образованием в проекции большого дуоденального сосочка (БДС). Проведена папилэктомия с последующим морфологическим и иммуногистохимическим исследованием. Обсуждение. Частота встречаемости соматостатиномы составляет около 1 случая на 40 млн. человек. Сочетание нейрофиброматоза 1-го типа и соматостатиномы именно ампулы БДС исчисляется единицами. Благодаря визуализации распространения опухоли во всех слоях стенки кишки и БДС посредством эндосонографии появилась возможность выполнять радикальные эндохирургические операции. выводы. Применение органосберегающих эндоскопических резекционных вмешательств у больных с сочетанием наследственного нейрофиброматоза и соматостатиномы ампулы большого дуоденального сосочка малых размеров может служить альтернативой панкреатогастродуоденальной резекции.