COMPARATIVE EVALUATION OF CONVENTIONALVERSUS RAPIDMETHODS FOR AMPLIFIABLE GENOMIC DNA ISOLATION OF CULTUREDA zospirillum sp. JG3

Abstract

As an initial attempt to reveal genetic information of Azospirillum sP. JG3 strain, which is still absence despite of the strains\u27 ability in producing valued enzymes, two groups of conventional methods: lysis-enzyme and columnkitand two rapid methods: thermal disruption and intact colony were evaluated. The aim is to determine the most practical method for obtaining high-grade PCR product using degenerate primers as part of routine-basis protocols for studying the molecular genetics of the Azospirillal bacteria. The evaluation includes the assessment of electrophoresis gel visualization, pellet appearance, preparation time, and PCR result of extracted genomic DNA from each method. Our results confirmed that the conventional methods were more superior to the rapid methods in generating genomic DNA isolates visible on electrophoresis gel. However, modification made in the previously developed DNA isolation ,protocol giving the simplest and most rapid method of all methods used in this study for extracting PCR-amplifiable DNA of Azospirillum sP. JG3. Intact bacterial cells (intact colony) loaded on electrophoresis gel could present genomic DNA band, but could not be completely amplified by PCR without thermal treatment. It can also be inferred from our result that the 3 to 5-min heating in dH20 step is critical for the pretreatment of colony PCR of Azospirillal cells. Sebagai langkah awal untuk mendapatkan informasi genetik strain bakteri Azospirillum sP. JG3 yang masih belum diketahui walaupun kemampuan strain tersebut dalam memproduksi enzim komersial telah teruji, dua kelompok metode konvensional : lisis-enzim dan kolom - kit, serta dua metode cepat: perlakuan termal dan koloni langsung dievaluasi. Tujuannya adalah untuk menentukan metode yang paling praktis untuk mendapatkan produk PCR berkualitas menggunakan primer degenerate sebagai bagian dari protokol dasar dan rutin untuk mempelajari genetika molekuler bakteri Azospirilla. Evaluasi yang dilakukan meliputi penilaian visualisasi gel elektroforesis, tampilan pelet, waktu eksperimen, dan hasil PCR terhadap DNA genom yang diekstraksi dari setiap metode. Hasil yang diperoleh mengkonfirmasi bahwa metode konvensional lebih unggul dibandingkan metode cepat dalam menghasilkan DNA genom isolat yang dapat tervisualisasi pada gel elektroforesis. Namun demikian, modifikasi yangldilakukan terhadap metode perlakuan termal yang telah ada sebelumnya menghasilkan protokol yang palinglsederhana dan paling cepat dari semua metode yang digunakan dalam penelitian ini untuk mengekstraksi DNA Azospirillum sP. JG3 yang dapat diamplifikasi oleh PCR. Sel bakteri utuh (koloni langsung) yang dilewatkan pada gel elektroforesis dapat menampilkan pita DNA genom, namun tidak dapat sepenuhnya mengamplifikasi produk PCR tanpa perlakuan termal. Dapat disimpulkan juga dari penelitian ini bahwa pemanasan 3-5 menit dalam dH20 merupakan tahapan menentukan dalam pra-perlakuan PCR koloni untuk sel-sel Azospirillal.

    Similar works