The Sonoyta pupfish (Cyprinodon eremus) is an endangered species endemic to the Sonoyta River basin in northwestern Mexico and southwestern United States. To assist the conservation efforts for this species in Mexico, a refuge population was established in an artificial pond in 1988 at Centro Ecológico de Sonora in Hermosillo, Sonora by translocating individuals from the Sonoyta River population. We used multivariate morphometric methods to delineate body shape variations in the refuge population after 29 years of isolation in comparison with wild individuals collected from the same sample. Significant variations were observed in the body shape between the refuge and wild populations. These variations are potentially attributable to different environmental conditions that influenced the refuge and wild populations.El pez cachorrito de Sonoyta (Cyprinodon eremus) es una especie en peligro de extinción endémica de la cuenca del Río Sonoyta en el noroeste de México y el suroeste de Estados Unidos. Para ayudar en los esfuerzos de conservación de esta especie en México, se estableció una población de refugio en un estanque artificial en 1988 en el Centro Ecológico de Sonora en Hermosillo, Sonora mediante la translocación de individuos de la población del Río Sonoyta. Usamos métodos morfométricos multivariados para delinear las variaciones en la forma del cuerpo en la población del refugio después de 29 años de aislamiento en comparación con individuos silvestres recolectados de la misma muestra. Se observaron variaciones significativas en la forma del cuerpo entre las poblaciones del refugio y las silvestres. Estas variaciones son potencialmente atribuibles a diferentes condiciones ambientales que influyeron en las poblaciones silvestres y del refugio
