The aim is the isolation and identification of blue-green algae (cyanobacteria) obtained from thermal waters of Izmir and around by using molecular methods in laboratory. The four types of blue-green algae (cyanobacteria) were collected from 3 centers which are Zeytindalı kaplıcaları, Sifne Termal Otel ve Balcova Termal Otel. The obtained four types of blue green algae (cyanobacteria) are isolated by purifying in culture medium at laboratory. Then DNA from the cells is isolated and amplified by PCR. Afterwards using the primers that are specific for blue green algae (cyanobacteria), 16S rRNA gene spaces are amplified by PCR and the resulting sequence was analyzed filogenetically in order to determine the species. According sequence analysis, three of the species was Geitlerinema sp. and the other one species is unculturedİzmir ili ve çevresindeki termal tesislerden elde edilen mavi-yeşil algler (siyanobakteriler) laboratuar ortamında izole edilip, moleküler yöntemlerle tür tayini çalışılmıştır. Zeytindalı kaplıcaları, Şifne Termal Otel ve Balçova Termal Otel olmak üzere 3 istasyondan elde edilen 4 mavi-yeşil alg (siyanobakteri) türü, laboratuarda kültür ortamında saflaştırılarak izole edilmişlerdir. Daha sonra elde edilen hücrelerden, DNA izolasyonu sonucu elde edilen DNA’lar PCR’da çoğaltılmıştır. Siyanobakterilere özgü primerler kullanılarak 16S rRNA gen bölgeleri tekrar PCR’da çoğaltılarak elde edilen dizi analizi verileri bilgisayar programlarında yorumlanarak filogenetik bakımdan tür tayini yapılmaya çalışılmıştır. Dizi analizlerine göre yapılan tür tayini doğrultusunda, örneklerden üçünün Geitlerinema cinsi olduğu diğer 1 türün ise kültürü belirlenmemiş tür olduğu belirtilmiştir
