Ecuador cuenta con una amplia diversidad de especies vegetales que han sido usadas como medicina tradicional, entre ellas la especie Argemone mexicana (Cardo Santo), la cual se encuentra distribuida en varias zonas de la sierra central, el látex es usado en forma tópica, de manera directa y en emplastos, debido a que presenta propiedades antifúngicas. El presente trabajo de investigación se enfoca en la caracterización e identificación de las especies químicas presentes en el látex de dicha especie, para lo cual se obtuvieron dos extractos (acuoso y etanólico). Se realizaron cortes en la planta y mediante jeringuillas esterilizadas, se extrajo el látex para su posterior caracterización por medio de un tamizaje fitoquímico (análisis químico referencial) y la técnica de CG-EM (cromatografía de gases acoplado a espectrometría de masas). Paralelamente, se realizaron pruebas de bioactividad, mediante la técnica de Kirby Bauer, con las cepas de hongos Botrytis cinerea y Cladoosporium spp, y con dos medios de cultivo (agar PDA y Saoubourad), donde se logró comprobar la actividad antifúngica del extracto acuoso del látex a concentraciones de 10 µl y 20 µl del extracto, mediante la observación evidente de la formación de halos de inhibición bien definidos. Utilizando los metabolitos secundarios identificados por cromatografía de gases-detector de masas se realizó una comparación de sus estructuras químicas y bioactividad con trabajos similares reportados en la literatura, lo que permitió atribuirle la actividad antifúngica a los compuestos identificados, pudiendo ser responsables de la actividad biológica observada.Ecuador has a wide diversity of plant species that have been used as traditional medicine, including the Argemone mexicana specie (Cardo Santo), which is distributed in various areas of the central highlands, latex is used topically, directly and in plasters, because it has antifungal properties. The present research work focuses on the characterization and identification of the chemical species present in the latex of said species, for which two extracts (aqueous and ethanolic) were obtained. Cuts were made in the plant and the latex was extracted using sterilized syringes for its subsequent characterization by means of a phytochemical screening (referential chemical analysis) and GC-MS technique (gas chromatography coupled to mass spectrometry). At the same time, bioactivity tests were carried out, using the Kirby Bauer technique, in the strains of fungi Botrytis cinerea and Cladoosporium spp, and with two culture media (PDA and Saubourad agar), where it was possible to verify the antifungal activity of the aqueous extract of the latex at concentrations of 10 µl and 20 µl of the extract, through the evident observation of the formation of well-defined inhibition halos. Using the secondary metabolites identified by gas chromatography-mass detector, a comparison of their chemical structures and bioactivity with similar works reported in the literature was made, which allowed attributing the antifungal activity to the identified compounds that could be responsible for the observed biological activity.