Migrasi pelarian Muslim Filipina ke Sabah telah direkodkan berlaku pada awal tahun 1970-an. Sehingga kini, kewujudan mereka telah memberikan pelbagai impak sama ada dari sudut ekonomi, politik, sosial dan keselamatan negeri Sabah. Walaupun kewujudan mereka dominan memberikan impak negatif, namun dari suatu sudut mereka merupakan golongan yang terdedah kepada ancaman bahaya yang memerlukan kepada perlindungan. Oleh itu, makalah ini bertujuan untuk menganalisis hak dan perlindungan terhadap golongan pelarian. Hak dan perlindungan tersebut dibahaskan dari aspek undang-undang dan praktik Malaysia serta dibandingkan dengan syariah Islam. Hak dan perlindungan yang ditumpukan adalah hak mendapatkan perlindungan suaka, hak tidak dihantar pulang (nonrefoulement), hak tidak didiskriminasikan dan hak pendidikan kanak-kanak pelarian. Kajian ini merupakan kajian kualitatif dengan menggunakan metode kepustakaan melalui instrumen analisa dokumen. Dapatan menunjukkan hak dan perlindungan golongan pelarian Filipina Muslim di Sabah masih kabur dan tidak menepati piawaian undang-undang antarabangsa dan syariah Islam. Golongan tersebut masih berada di persimpangan dalam mendapatkan kelangsungan hidup yang lebih baik dan terjamin. Diharapkan makalah ini dapat memberikan garis panduan kepada penggubal dasar sesebuah negara Islam dalam berdepan dengan golongan pelarian antarabangsa yang majoritinya melibatkan orang-orang Islam