Malaria adalah penyakit yang masih menjadi masalah kesehatan dunia, dengan prevalensi antara 300-500 juta kasus klinis dan kematian mencapai 1-1,5 juta penduduk pertahun, penyakit ini ditularkan melalui gigitan nyamuk Anopheles yang terinfeksi oleh plasmodium. Wanita hamil selain mudah terinfeksi malaria juga mudah terinfeksi berulang hingga komplikasi berat yang dapat berisiko pada kematian ibu dan janin. Penelitian ini bertujuan mengetahui faktor risiko kejadian malaria pada ibu hamil di wilayah kerja Puskesmas Prafi Manokwari Papua Barat dengan jumlah populasi 420 ibu hamil. Jenis penelitian yang digunakan adalah observasional analitik dengan rancangan case control study. Sampel dalam penelitian ini adalah semua ibu hamil yang bertempat tinggal di wilayah kerja Puskesmas Prafi Manokwari, yaitu sebanyak 136 dengan jumlah kasus 68 dan kontrol 68. Data dianalisis dengan menggunakan uji OR, dengan CI 95%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa variabel perilaku pencegahan malaria (1,195<OR<6,436) dan kebiasaan berada di luar rumah pada malam hari (1,509<OR<6,279) merupakan faktor risiko terhadap kejadian malaria pada ibu hamil. Kesimpulan dari penelitian ini bahwa umur, pendidikan, jumlah persalinan merupakan faktor risiko terhadap kejadian malaria tetapi tidak bermakna secara statistik. Kunjungan ANC bukan merupakan faktor risiko, sedangkan perilaku pencegahan dan kebiasaan keluar rumah pada malam hari merupakan faktor risiko dan bermakna secara statistik