Pengangkatan dan pemberhentian Panglima TNI sebagaimana yang diatur dalam pasal 13 Undang-Undang Nomor 34 Tahun 2004 tentang TNI harus mendapatkan persetujuan DPR. Diketahui bahwa hal tersebut dapat menimbulkan potensi konflik dalam sistem Pemerintahan Presidensial yang seharusnya keputusan tertinggi dalam pengangkatan tersebut berada di tangan Presiden sebagai Kepala Negara dan Kepala Pemerintahan. Potensi konflik dapat diminimalisir dengan cara/upaya pencegahan konflik kepentingan antara Eksekutif dan Legislatif berdasarkan prinsip Trias Politika. Pisau analisis seperti teori kebijakan publik, teori konflik kepentingan, teori relasi aktor serta pendekatan kualitatif, deskriptif analitis serta wawancara mendalam dan studi literatur digunakan untuk mendukung sistem Pemerintahan Presidensial yang tentunya berpengaruh terhadap keamanan nasional. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pengangkatan Panglima TNI dewasa ini perlu diadakan perbaikan atau penyempurnaan terutama untuk peraturan perundang-undangan yang mengaturnya serta pemaksimalan tugas-tugas lembaga sesuai tugas pokok fungsi masing-masing
