Tämän tutkimuksen tarkoituksena on arvioida KTTK:n tarkastusaineiston jatilamallilaskelmien avulla, mitä kustannuksia aiheutuu muuntogeenisen ja tavanomaistenperunalajikkeiden erilläänpidosta tilatasolla ja mille osapuolelle kustannukset kohdistuvat. Tutkimusarvioi myös, millainen tulee olemaan sopimustuotannon rooli lajikkeiden erilläänpidonvarmistamiseksi. Rinnakkaisviljely on kallis toteuttaa. Mitä tiukemmat erilläänpitovaatimukset ovat,sitä korkeammaksi kustannukset nousevat. Kustannuksia kohdentuu myös muille kuin muuntogeenisiälajikkeita tuottaville viljelijöille. Yhden välivuoden vaatimus siirryttäessä gm-perunasta tavanomaisenperunan viljelyyn nostaa perunan tuotantokustannusta 8,58 senttiä/kg. Viljelijän aloittaessamuuntogeenisten perunalajikkeiden viljely, hänen ei ole enää taloudellisesti kannattavaa palatasamoilla lohkoilla tavanomaisten perunalajikkeiden viljelyyn. 10 metrin suojakaistavaatimusperunalohkojen, jossa viljellään gm- ja tavanomaista perunaa, välille nostaa perunantuotantokustannuksia 2,34 senttiä/kg. Kustannusten noustessa sekä gm- että tavanomaisen perunan japerunatuotteiden tuontipaine ulkomailta lisääntyy. Ongelmallisinta rinnakkaisviljelyn toteuttamisensuhteen on viljely kotitarvepalstoilla sekä maatilojen oman siemenlisäyksen toteuttaminen. Ongelmanaon myös lajittelujätteen käsittely ja markkinointi. Ongelmat saattavat johtaa peitellyn toiminnan(moral hazard problem) esiintymiseen. Geenitekniikan käyttöönotto lisää tarjontaketjun verkottumista:gm-siemen tulee markkinoille lajike-edustajien kautta. Perunalajikkeiden jalostaja kerää osan hyödystäitselleen ketjujen kautta. Mitä tiukemmat ovat gm-vapaan perunan lajikesekaannusrajat, sitä enemmänlajike-edustaja kykenee hyötymään suhteessa viljelijään. Gm-perunan täytyy kuitenkin hyödyttäämyös viljelijää, muuten viljelijät eivät ota gm-lajikkeita viljelykseen