Dynamische ziekteverwekkers; wat we (willen) weten over oömyceten

Inaugurele rede bij de aanvaarding van het ambt van persoonlijk hoogleraar bij het Laboratorium voor Fytopathologie aan Wageningen Universiteit op 11 juni 2009: "Dynamische ziekteverwekkers : Wat we (willen) weten over oömyceten". In deze rede over oömyceten wordt ingegaan op de plaats van deze ziekteverwekker in de evolutie. Daarna op de oömoceet Phytophthora infestans, de verwekker van de aardappelziekte, ziektebestrijding en resistentieveredeling, de diversiteit van Phytophthora en zijn gastheren en de genetische blauwdruk: het DNA, de genen, de effectoren en de resistentiegene

Phytophthora-genomics: nieuwe mogelijkheden en uitdagingen

Het onderzoek aan de ziekteverwekker Phytophthora infestans is in een stroomversnelling geraakt. Dit is grotendeels te danken aan de stormachtige ontwikkelingen in genomics en de nieuwe inzichten die uit het genoomonderzoek voortvloeien. De DNA-code van het genoom van Phytophthora infestans en van enkele verwante soorten is ontrafeld en via internet beschikbaar. We staan pas aan het begin van het ontginnen van een schat aan gegevens die in de genoomsequentie verborgen ligt maar er zijn nu al verrassende vindingen gedaan die kunnen leiden tot nieuwe strategiëen voor de bestrijding van de aardappelziekte. De moleculaire basis van de 'gen-om-gen'-interactie tussen aardappel en Phytophthora infestans wordt steeds duidelijker en we kunnen, op basis van geconserveerde motieven in effectoreiwitten, genen aanwijzen die een rol spelen in gastheerspecifiteit. Nu kunnen we bestaande theoriën gaan staven met experimentele bewijzen en voorspellingen doen over de duurzaamheid van resistentiegenen. We hebben genen gevonden die coderen voor eiwitten die niet voorkomen in andere organismen en daarom mogelijk interessante aangrijpingspunten zijn voor nieuwe Phytophthora-bestrijdingsmiddelen of een ingang bieden voor alternatieve vormen van bestrijding. Er is nu onomstotelijk bewijs dat Phytophthora, ondanks zijn schimmelachtige uiterlijk, niet tot schimmelrijk behoort maar groene voorouders heeft die over fotosynthetiserende organellen beschikte

Voetsporen van evolutie: de dynamiek van effectorgenen in het Phytophthora-genoom

Het geslacht Phytophthora omvat meer dan 65 verwoestende plantenpathogene soorten die ernstige schade toebrengen aan landbouwgewassen en aan planten, struiken en bomen in de natuur. Economisch belangrijke pathogenen zijn onder andere Phytophthora infestans, de veroorzaker van de aardappelziekte, Phytophthora sojae, die wortel- en stengelrot op sojaboon veroorzaakt. Een onlangs ondekte soort, Phytophthora ramorum, is verantwoordelijk voor het Sudden Oak Death-syndroom en verwoest eikenbomen langs de westkust van de Verenigde staten. Phytophthora behoort tot de oömyceten die, samen met plantenpathogene schimmels, de belangrijkste groep plantpathogenen vormen. Morfologische gezien lijken oömyceten en schimmels op elkaar maar ze behoren tot verschillende rijken, respectievelijk de Stramenopila en de Fungi. Convergente evolutie heeft ertoe geleid dat oömyceten en schimmels een vergelijkbaar wapenarsenaal hebben dat nodig is om planten aan te valle

Veegerelateerde MRSA: epidemiologie in dierlijke productieketens, transmissie naar de mens en karakterisatie van de kloon

Onderzoek waarin gepoogd werd om meer inzicht te krijgen in het voorkomen van MRSA in de Nederlandse veehouderij. De varkenshouderij, vleeskalverhouderij en pluimveehouderij werden onderzocht. Geconcludeerd wordt dat MRSA wijdverspreid voorkomt in de intensieve veehouderij en dat Nederland hierin niet uniek is. In het bijzonder het type ST398 vormt een probleem, omdat het zich goed kan verspreiden en aanpasse

Metapneumovirus: determinants of host range and replication

The general composition of the metapneumovirus genome is similar to that of pneumoviruses but differs in the number of genes and their order in the genome (Figure 2) (237). Metapneumoviruses do not encode the nonstructural proteins NS1 and NS2, and the small hydrophobic (SH) and attachment (G) protein genes follow the fusion (F), M2.1 and M2.2 protein genes, whereas for pneumoviruses this is the other way around. In evolutionary terms, this difference is very striking since recombination for members of the subfamily Pneumovirinae has been observed in a laboratory setting only (218). The 3’ and 5’ ends of the genome consist of short extragenic regions, referred to as the leader and trailer regions, and approximately the terminal 12 nt of the leader and the terminal 12 nt of the trailer are complementary, most likely due to the fact that each contains the basic elements of the viral promoter (21, 57, 163). The 3’ end of the viral RNA (vRNA) directs both replication and transcription, while the 5’ end of the genome contains signals that direct the replication of the antigenome. Each gene is preceded by a gene start (GS) signal at which the synthesis of mRNA initiates. Subsequently, each gene terminates with a semiconserved gene end (GE) signal that directs polyadenylation and termination of the completed mRNA. The genomes of metapneumoviruses consist of non-segmented negative stranded RNA and are smaller (~13.000 kb) than those of pneumoviruses (~15.000 kb) (70). For members of the subfamily Paramyxovirinae, the nucleotide length of each genome is a multiplicity of six (“rule of six”), reflecting a requirement of the nucleocapsid for RNA binding (e.g., binding units of six nucleotides) (34). This rule does not apply for the subfamily Pneumovirinae (201), although the reasons underlying this discrepancy have not been determined

Voedselpathogenen, niets menselijks is ze vreemd

Jaarlijks zijn er ongeveer een miljoen gevallen van voedselinfectie in Nederland. Salmonella, Campylobacter, E.coli en andere micro-organismen en virussen besmetten voedingsmiddelen en maken honderden slachtoffers tegelijk, soms met ernstige complicaties. De verantwoordelijke bacteriën blijken moeilijk te bestrijden doordat ze samenwerken en zo een voedselproductieketen chronisch kunnen besmetten