Implantació de sistemes de millora contínua al laboratori de la FCIM

Des del mes de Gener del 2008 i fins al Juliol del mateix any vaig estar com a enginyer de processos al Laboratori de tecnologies avançades de la producció de la Fundació Privada Centre CIM. Les tasques que vaig desenvolupar durant aquest període van consistir en coordinar equips de millora contínua per tal d’implantar sistemes i metodologies de treball que permetessin fer les instal·lacions més eficients i productives. La necessitat d’aquesta implantació va néixer de l’increment de la demanda tant en l’àrea de prototipatge ràpid com en la de mecanitzat, això feia necessari millorar l’eficiència en aquests equips, a nivell de disponibilitat de la màquina, qualitat del producte i rendiment de les instal·lacions. Es va veure que en molts punts existia potencial de millora i es va decidir impulsar la detecció i explotació d’aquest potencial mitjançant la figura del coordinador d’equips de millora en col·laboració amb tot el personal del Laboratori. En la primera part de la memòria es presenta la Fundació CIM, el Laboratori de tecnologies avançades de la producció i l’estructura i organització d’aquest. En la segona part es descriu com funciona el sistema de millora contínua del Laboratori: objectius, participants i metodologia. Finalment, s’exposa amb detall dues de les millores que s’han dut a terme: els motius que han fet necessària la implantació de la millora, la metodologia emprada per realitzar-la i els resultats obtinguts

Estudi prospectiu dels pacients que es diagnostiquen de càncer en un servei de Medicina Interna

S'han analitzat de forma prospectiva els malalts ingressats en un Servei de Medicina Interna diagnosticats de càncer durant 19 mesos. S'han avaluat 95 pacients amb edat mitja de 69 anys, la majoria homes. Les neoplàsies més freqüents han estat respiratòries, digestives i hematològiques. Han consultat per símptomes inespecífics, de llarga evolució i sovint amb malaltia disseminada. Conèixer el perfil que presenten aquests pacients ens pot permetre millorar el temps que tarden a consultar, optimitzar el procés diagnòstic per a què sigui el menys invasiu possible, precís i cost-efectiu; i agilitzar el temps fins al tractament

Heterozygous rare genetic variants in non-syndromic early-onset obesity

BACKGROUND: Obesity is a very heterogeneous disorder at both the clinical and molecular levels and with high heritability. Several monogenic forms and genes with strong effects have been identified for non-syndromic severe obesity. Novel therapeutic interventions are in development for some genetic forms, emphasizing the importance of determining genetic contributions. OBJECTIVE: We aimed to define the contribution of rare single-nucleotide genetic variants (RSVs) in candidate genes to non-syndromic severe early-onset obesity (EOO; body mass index (BMI) >+3 standard deviation score, <3 years). METHODS: Using a pooled DNA-sequencing approach, we screened for RSVs in 15 obesity candidate genes in a series of 463 EOO patients and 480 controls. We also analysed exome data from 293 EOO patients from the "Viva la Familia" (VLF) study as a replication dataset. RESULTS:Likely or known pathogenic RSVs were identified in 23 patients (5.0%), with 7 of the 15 genes (BDNF, FTO, MC3R, MC4R, NEGR1, PPARG and SIM1) harbouring RSVs only in cases (3.67%) and none in controls. All were heterozygous changes, either de novo (one in BDNF) or inherited from obese parents (seven maternal, three paternal), and no individual carried more than one variant. Results were replicated in the VLF study, where 4.10% of probands carried RSVs in the overrepresented genes. RSVs in five genes were either absent (LEP) or more common in controls than in cases (ADRB3, LEPR, PCSK1 and PCSK2) in both obese datasets. CONCLUSIONS: Heterozygous RSVs in several candidate genes of the melanocortin pathway are found in ~5.0% patients with EOO. These results support the clinical utility of genetic testing to identify patients who might benefit from targeted therapeutic intervention.Clara Serra-Juhé, Gabriel Á. Martos-Moreno, Francesc Bou de Pieri, Raquel Flores, Julie A. Chowen, Luis A. Pérez-Jurado, Jesús Argent

The perceived impact of the European registration system for genetic counsellors and nurses

The aim of the European Board of Medical Genetics has been to develop and promote academic and professional standards necessary in order to provide competent genetic counselling services. The aim of this study was to explore the impact of the European registration system for genetic nurses and counsellors from the perspectives of those professionals who have registered. Registration system was launched in 2013. A cross-sectional, online survey was used to explore the motivations and experiences of those applying for, and the effect of registration on their career. Fifty-five Genetic Nurses and Counsellors are registered till now, from them, thirty-three agreed to participate on this study. The main motivations for registering were for recognition of their work value and competence (30.3%); due to the absence of a registration system in their own country (15.2%) and the possibility of obtaining a European/international certification (27.3%), while 27.3% of respondents registered to support recognition of the genetic counselling profession. Some participants valued the registration process as an educational activity in its own right, while the majority indicated the greatest impact of the registration process was on their clinical practice. The results confirm that registrants value the opportunity to both confirm their own competence and advance the genetic counselling profession in Europe.</p

Clinical utility of chromosomal microarray analysis in invasive prenatal diagnosis

Novel methodologies for detection of chromosomal abnormalities have been made available in the recent years but their clinical utility in prenatal settings is still unknown. We have conducted a comparative study of currently available methodologies for detection of chromosomal abnormalities after invasive prenatal sampling. A multicentric collection of a 1-year series of fetal samples with indication for prenatal invasive sampling was simultaneously evaluated using three screening methodologies: (1) karyotype and quantitative fluorescent polymerase chain reaction (QF-PCR), (2) two panels of multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA), and (3) chromosomal microarray-based analysis (CMA) with a targeted BAC microarray. A total of 900 pregnant women provided informed consent to participate (94% acceptance rate). Technical performance was excellent for karyotype, QF-PCR, and CMA (~1% failure rate), but relatively poor for MLPA (10% failure). Mean turn-around time (TAT) was 7 days for CMA or MLPA, 25 for karyotype, and two for QF-PCR, with similar combined costs for the different approaches. A total of 57 clinically significant chromosomal aberrations were found (6.3%), with CMA yielding the highest detection rate (32% above other methods). The identification of variants of uncertain clinical significance by CMA (17, 1.9%) tripled that of karyotype and MLPA, but most alterations could be classified as likely benign after proving they all were inherited. High acceptability, significantly higher detection rate and lower TAT, could justify the higher cost of CMA and favor targeted CMA as the best method for detection of chromosomal abnormalities in at-risk pregnancies after invasive prenatal sampling

The methylation status of the embryonic limb skeletal progenitors determines their cell fate in chicken

Digits shape is sculpted by interdigital programmed cell death during limb development. Here, we show that DNA breakage in the periphery of 5-methylcytosine nuclei foci of interdigital precursors precedes cell death. These cells showed higher genome instability than the digit-forming precursors when exposed to X-ray irradiation or local bone morphogenetic protein (BMP) treatments. Regional but not global DNA methylation differences were found between both progenitors. DNA-Methyl-Transferases (DNMTs) including DNMT1, DNMT3B and, to a lesser extent, DNMT3A, exhibited well-defined expression patterns in regions destined to degenerate, as the interdigital tissue and the prospective joint regions. Dnmt3b functional experiments revealed an inverse regulation of cell death and cartilage differentiation, by transcriptional regulation of key genes including Sox9, Scleraxis, p21 and Bak1, via differential methylation of CpG islands across their promoters. Our findings point to a regulation of cell death versus chondrogenesis of limb skeletal precursors based on epigenetic mechanisms.We thank Prof. Miguel Lafarga for helpful comments and advice. We thank Dr Jose E Gomez-Arozamena for helping us with the irradiation experiments. We are grateful to Montse Fernandez Calderon, Susana Dawalibi, and Sonia Perez Mantecon, for excellent technical assistance. This work was supported by a Grant (BFU2017–84046-P) from the Spanish Science and Innovation Ministry to JAM. C.S.F is recipient of a FPI grant (BES-2015–074267)

Genetic, genomic and epigenetic alterations in congenital malformations : implications in genetic counseling

Mechanisms underlying congenital malformations are largely unknown despite its high incidence, affecting 2-3% of liveborn infants. A broader knowledge about the causes of birth defects would provide valuable information regarding the outcome and prognosis of the anomaly, the development and establishment of diagnostic protocols, the design of therapeutic strategies and genetic counseling to the family. Different approaches have been used in the present thesis regarding technologies and model diseases to elucidate the contribution of genetic and epigenetic alterations in the etiopathogenesis of congenital malformations. Copy number variations, methylation patterns, as well as point mutations have been explored. Moreover, a study to analyze genetic counseling in relation to one of the new molecular techniques used has been performed. Obtained data reveal a relevant role of genetic and epigenetic alterations in congenital malformations, in some cases as a unique cause to explain the disease and in others as part of an oligogenic or multifactorial model.Els mecanismes causants de les malformacions congènites són poc coneguts malgrat l’elevada incidència d’aquestes patologies, que afecten el 2-3% de recent nascuts. Un coneixement més ampli de les causes de les anomalies congènites proporcionaria informació rellevant pel que fa al pronòstic de l’anomalia, el desenvolupament i establiment de protocols diagnòstics, el disseny d’estratègies terapèutiques, així com l’assessorament genètic a la família. En la tesi que es presenta s’han utilitzat diferents estratègies, pel que fa a tecnologies i models de malalties, amb l’objectiu d’esbrinar la contribució d’alteracions genètiques i epigenètiques en l’etiopatogènia de les malformacions congènites. S’han analitzat variacions en número de còpia, patrons de metilació, així com mutacions puntuals. D’altra banda, també s’ha realitzat un estudi per aprofundir en l’assessorament genètic en relació a una de les noves tècniques moleculars utilitzades. Els resultats obtinguts indiquen que les altercacions genètiques i epigenètiques tenen una contribució molt rellevant en l’etiologia de les malformacions congènites, en alguns casos com a causa única de la malaltia i en altres com a component d’un model oligogènic o multifactorial

Implantació de sistemes de millora contínua al laboratori de la FCIM

Des del mes de Gener del 2008 i fins al Juliol del mateix any vaig estar com a enginyer de processos al Laboratori de tecnologies avançades de la producció de la Fundació Privada Centre CIM. Les tasques que vaig desenvolupar durant aquest període van consistir en coordinar equips de millora contínua per tal d’implantar sistemes i metodologies de treball que permetessin fer les instal·lacions més eficients i productives. La necessitat d’aquesta implantació va néixer de l’increment de la demanda tant en l’àrea de prototipatge ràpid com en la de mecanitzat, això feia necessari millorar l’eficiència en aquests equips, a nivell de disponibilitat de la màquina, qualitat del producte i rendiment de les instal·lacions. Es va veure que en molts punts existia potencial de millora i es va decidir impulsar la detecció i explotació d’aquest potencial mitjançant la figura del coordinador d’equips de millora en col·laboració amb tot el personal del Laboratori. En la primera part de la memòria es presenta la Fundació CIM, el Laboratori de tecnologies avançades de la producció i l’estructura i organització d’aquest. En la segona part es descriu com funciona el sistema de millora contínua del Laboratori: objectius, participants i metodologia. Finalment, s’exposa amb detall dues de les millores que s’han dut a terme: els motius que han fet necessària la implantació de la millora, la metodologia emprada per realitzar-la i els resultats obtinguts

Estudi prospectiu dels pacients que es diagnostiquen de càncer en un servei de Medicina Interna

S’han analitzat de forma prospectiva els malalts ingressats en un Servei de Medicina Interna diagnosticats de càncer durant 19 mesos. S’han avaluat 95 pacients amb edat mitja de 69 anys, la majoria homes. Les neoplàsies més freqüents han estat respiratòries, digestives i hematològiques. Han consultat per símptomes inespecífics, de llarga evolució i sovint amb malaltia disseminada. Conèixer el perfil que presenten aquests pacients ens pot permetre millorar el temps que tarden a consultar, optimitzar el procés diagnòstic per a què sigui el menys invasiu possible, precís i cost-efectiu; i agilitzar el temps fins al tractament