Characterisation of erwinias causing blackleg and soft rot in Finland

Potato stems showing blackleg or wilting were collected during 2003-2004 and the erwinias were isolated based on cavity forming on pectate-containing media followed by anaerobic growth test. Bacteri were also isolated from rotting tubers and from water samples collected from rivers in southern and western Finland

Social Movements within Interfaces in Urban Environments: Flash Mobs as Kinaesthetic Marketing and Political Campaigns

The design of our physical and virtual environments highly rules how we act and interact in space and among other people. This paper focuses on analysing event-based campaigns and marketing, particularly, how they appeal to our kinaesthetic sense, concretely by moving our affective bodies. We introduce choreography as a theoretical concept to understand in depth the systems of social movements within devices in urban environments

Dickeya-sukuiset bakteerit, uusi riesa perunanviljelyssä

Perunantyvi- ja märkämätä ovat perunalla esiintyviä bakteeritauteja, jotka mädättävät perunan varsientyviosia sekä perunan mukuloita pellolla ja varastossa. Näitä tauteja aiheuttavien bakteereiden esiintyminenon vakava laatuongelma varsinkin siemenperunan viljelyssä. Taudin esiintyminen heikentää luottamustakotimaisen siemenen laatuun, lisää paineita ulkomaisen siemenperunan tuontiin ja haittaa suomalaisensiemenperunan vientimahdollisuuksia. Lisäksi mukuloita pilaava märkämätä aiheuttaa vuosittain satojentuhansien kilojen varastohävikkejä etenkin ruokaperunateollisuudessa. Perunantyvi- ja märkämätääaiheuttavat bakteerit luettiin aiemmin Erwinia-sukuun, mutta niiden taksonomia on uudistettu hiljattain,minkä seurauksena ne jaetaan nykyään kahteen sukuun, Pectobacterium ja Dickeya.Pectobacterium-sukuisten bakteereiden on tiedetty jo kauan aiheuttavan tautia perunoilla Suomessa. Perunantautitilanteen on kuitenkin epäilty huonontuneen viime vuosina, minkä vuoksi perunoissa ja jokivesissäesiintyvät bakteerit kartoitettiin vuosina 2004-2007 toteutetussa tutkimuksessa. Tulokset osoittivat, että noin20% tyvimädästä johtui todennäköisesti Dickeya-sukuisista bakteereista (edelliseltä nimeltään Erwiniachrysanthemi). Näitä bakteereita on aiemmin pidetty kasvitautien aiheuttajana lämpimissä ja trooppisissamaissa. Ne ovat levinneet viime vuosina huolestuttavasti Keski-Euroopassa ja nyt niitä tavataan siis myösmeillä. Tutkimuksen tulokset osoittivat myös, että Suomesta löydetyt bakteerit voitiin jakaa kolmeenryhmään, joista kahta voitiin eristää sekä jokivesistä että perunoista ja yhtä löydettiin vain jokivesistä Etelä- jaLänsi-Suomesta. Osa sekä perunoista että jokivesistä eristetyistä kannoista oli hyvin virulentteja. Kaikkienvirulenteimmat kannat kuuluivat Dickeya dianthicola -lajiin, joka on karanteenitaudinaiheuttajakoristekasvien kasvihuoneviljelyssä. Monet eristetyt kannat aiheuttivat tyypillisiä tyvimätäoireita muttamyös nekroottisia oireita, jotka eivät muistuttaneet tyypillistä tyvimätää. Tämä saattaa aiheuttaa ongelmiakasvustotarkastuksissa, sillä uudet bakteerit saattavat jäädä niissä havaitsematta. Syyt Dickeya-sukuistentaudinaiheuttajien leviämiseen maahamme eivät ole selvät. Leviäminen saattaa olla seurausta ilmastonlämpenemisestä mutta myös lisääntyneestä maataloustuotteiden tuonnista tai bakteereiden sopeutumisestakylmempään ilmastoon

Perunantyvi- ja märkämätää aiheuttavaa Erwinia-lajistoa kartoitetaan

Piilevä perunantyvi- ja märkämätä aiheuttaa ongelmia siemenperunan tuotannossa. MTT:n (Maa- ja elintarviketalouden tutkimuskeskus) ja Helsingin yliopiston välisessä yhteisprojektissa etsitään keinoja tyvi- ja märkämädän hallintaan bioteknisin menetelmin. Tutkimuksen tarkoituksena on selvittää, mikä on eri perunantyvi- ja märkämätää aiheuttavien Erwinia-bakteerilajien merkitys taudinaiheuttajana Suomessa ja mikä on mahdollisten luonnonkantojen rooli. Tyvi- ja märkämätää aiheuttavassa bakteerilajistossa on havaittu 2000-luvulla merkittäviä muutoksia Euroopan tärkeimmillä perunantuotantoalueilla. Projekti aloitettiin kartoittamalla Erwinia-lajistoa keräämällä näytteitä sairaista perunan varsista ja mukuloista sekä jokivesistä Etelä-Suomesta ja Etelä-Pohjanmaalta. Näytteistä eristettiin bakteerikantoja puhdasviljelmiksi käyttäen pektaattia sisältävää alustaa. Eristetyt bakteerikannat tunnistettiin Erwinia-spesifisin PCR-testein. Vuoden 2004 kartoitus osoitti, että Suomen oloihin tyypillinen Erwinia carotovora alalaji atroseptica (Eca) oli vielä vallitseva tyvimädän aiheuttaja ja Erwinia carotovora alalaji carotovora (Ecc) märkämädän aiheuttaja. Lisäksi kartoitus paljasti, että lämpimimmissä ilmastoissa tyvi- ja märkämätää aiheuttavaa E. chrysanthemi –lajia (Ech) esiintyy nyt Suomessa. Uuden tulokaslajin osuus oli merkittävä kaikissa näytetyypeissä, vaikka se olikin rajoittunut muutamaan siemenerään. Kaikki vesinäytteistä eristetyt kannat olivat Ech:ta. Yleisesti Ech:ta on pidetty lämpimien ilmasto-olojen lajina, mutta on mahdollista, että Ech-lajista on kehittynyt viileässä ilmastossa menestyviä kantoja. On kuitenkin ilmeistä, että aggressiivisia Ech-kantoja löytyy meillä sekä perunoista että jokivedestä, joten Ech on todennäköisesti pysyvä ongelma, joka on otettava diagnostiikassa ja siementarkastuksessa huomioon. Eristetyistä Erwinia-kannoista otettiin kattava otos ja ne sekvensoitiin 16S-23S rDNAvälialueelta käyttäen universaaleja alukkeita. Sekvensoidut kannat ryhmiteltiin fylogeneettisten puiden perusteella. Puiden estimointiin käytettiin Bayesiläisiä fylogenetiikan menetelmiä. Ryhmittely osoitti, että Eca-kannat olivat hyvin homologisia, kuten aikaisemmin on esitetty. Ecc- ja Ech-kannoissa oli enemmän vaihtelua. Tulkinnasta riippuen kummankin lajin kannat voitiin jaotella useampaan ryhmään.Jatkossa selvitetään, onko näillä ryhmillä yhteyttä taudinaiheuttamiskykyyn, jota tutkitaan mukula- ja varsimädätystesteillä kasvihuoneella sekä kenttäkokeissa. Mielenkiinnon kohteena on, voidaanko perunaerän tyvi- ja märkämädän puhkeamisriskiä ennakoida huomioiden bakteerikantojen geneettinen vaihtelu

Smittsamma sjukdomar i Finland 2013

Rapporten Smittsamma sjukdomar i Finland beskriver de viktigaste fenomenen och epidemierna under året och förekomsten av sjukdomar. I publikationen hittar man information om luftvägs- och tarminfektioner, hepatiter, könssjukdomar och antimikrobiell resistens. År 2013 förmedlades Salmonella Typhimurium-smitta via opastöriserad mjölk. EHEC-bakterien orsakade två omfattande utbrott. Källan till en nordisk hepatit Aepidemi misstänktes vara djupfrysta bär. På ett hotell i Esbo insjuknade närmare 200 personer i magsjuka, och först efter undersökningar i ett expertlaboratorium kunde man konstatera att norovirus var den mikroorganism som låg bakom epidemin. Det förekommer fortfarande stora regionala variationer i incidensen för Clostridium difficile. I Finland konstaterades den första epidemin orsakad av den karbapenemasproducerande bakterien K. pneumoniae. Fem ovaccinerade barn under två år insjuknade i en allvarlig pneumokocksjukdom orsakad av vaccinserotyper. I rapporten jämförs de nyaste uppgifterna med tidigare år, vilket synliggör också långsiktiga förändringar i förekomsten av smittsamma sjukdomar. I rapporten sammanställs uppgifter från registret över smittsamma sjukdomar som förs av Institutet för hälsa och välfärd