Solubilização de proteínas de membrana utilizando líquidos iónicos

Mestrado em Biotecnologia, ramo biotecnologia industrial e ambientalThe main goal of this work consists on the study of the ability of ionic liquids (ILs) to extract membrane proteins from biological membranes while keeping their integrity in aqeuous solutions. Since typical surfactants are mainly used for this purpose, ILs are here investigated as a new class of extraction agents. For the evaluation of the ILs solvation ability power, four proteins were selected to be overexpressed in Escherichia coli and to be used as model proteins, namely the Outer Membrane Protein F (OmpF) and Outer Membrane Protein C (OmpC), that are β-barrel proteins, and two bacteriorhodopsins, Haloarcula marismortui (HmBRI) and Haloarcula walsbyi (HwBR), that α-helix proteins. In this work, the investigations carried out with OmpC failed during cloning and OmpF failed during the purification step. On the other hand, the two bacteriorhodopsins were expressed and purified successfully. Although some adjustments (mainly the His-tag) must be performed to improve the expression and the purification level, 1 mg/L of HmBRI and 0.1 mg/L of HwBR were purified. The protein HmBRI was then chosen as a model protein to test the extraction ability of several aqeuous solutions of ILs. Its interesting feature of producing solutions and pellets with a purple colour, and its specific absorbance at 552 nm, make of HmBRI an excellent model protein since it can be easily monotired by Vis-spectroscopy and analysis of its colour. Iimidazolium-, phosphonium-and cholinium-based ILs were investigated in several concentrations in aqueous solutions. None of the ILs studied revelaed to be able to extract HmBRI without denaturation. However, cholinium decanoate was able to extract a higher amount of protein from the biological membrane compared to the commercial detergent decyl maltoside. Mixtures using cholinium decanoate and decyl maltoside were then used to extract the HmBR altough no further improvements on the extraction were observed. Since HmBRI is reported as a good fusion tag for other membrane proteins, avian specific antibodies (polyclonal) were finally produced by immunizing quails to evaluate the performance of HmBRI as a fusion tag.O objetivo principal deste trabalho consistiu no estudo da capacidade de líquidos iónicos para extrair proteínas de membrana de membranas biológicas, assim como em manter a sua integridade em solução aquosa. Para a avaliação da capacidade de extração, foram selecionadas quatro proteínas para sobreexpressar em Escherichia coli, nomeadamente Outer Membrane Protein F (OmpF) e Outer Membrane Protein C (OmpC), que são proteínas em barril-β, e duas bacteriorodopsinas, Haloarcula marismortui (HmBRI) e Haloarcula walsbyi (HwBR), que são compostas por hélices-α. Infelizmente a produção de OmpC falhou durante o passo de clonagem enquanto que a obtenção de OmpF falhou durante o passo de purificação. Por outro lado, as duas bacteriorodopsinas foram expressas e purificadas com sucesso. Embora alguns ajustes (principalmente ao nível da His-tag) devam ainda ser realizados para melhorar a expressão e a purificação num futuro próximo, por cada litro de cultura foram purificados 1 mg de HmBRI e 0,1 mg de HwBR. A proteína HmBRI foi finalmente escolhida como proteína modelo para testar a capacidade de extração e solubilização de vários líquidos iónicos. A sua característica interessante de produzir soluções e pellets com cor roxa, assim como a sua absorvência específica a 552 nm, faz da HmBRI uma excelente proteína modelo facilmente monitorizada.Os líquidos iónicos estudados são derivados de catiões imidazólio, fosfónio e colinio. De um modo geral, nenhum líquido iónico foi capaz de extrair HmBRI sem a desnaturar. No entanto, o decanoato de colinio foi capaz de extrair mais proteínas da membrana biológica em comparação com o detergente comercial, decilo maltosideo. Por fim, foram estudadas misturas de decanoato de colina e surfactante comercial para extrair, apesar de os resultados serem semelhantes ao quando utilizando apenas líquido iónico. Uma vez que a HmBRI é uma boa proteína de fusão para outras proteínas de membrana, foram produzidos anticorpos específicos de aves (policlonais) pela imunização de codornizes, sendo estes anticorpos posteriormente purificados a partir de gema de ovo. Estes anticorpos são muito úteis na investigação de HmBRI como tag fusão

Novos métodos sintéticos de heterociclos de oxigénio e nitrogénio

Heterocyclic compounds have a considerable occurrence in the realm of the natural compounds being constituent parts of essential molecules for the sustain of living beings – sugars, amino acids, nucleobases, vitamins, etc. – and exhibit great importance and value in the pharmaceutical and agrochemical sciences. The search for new and alternative methodologies for the synthesis of these structures has been a considerable point of interest for the organic chemists and the pursuit for a better procedure keeps active nowadays. Therefore, in this work we explore new methods for the synthesis of heterocycles – morpholines and azaxanthones. In accordance, we looked to develop a new methodology for the synthesis of functionalized morpholine derivatives via amide activation facilitated by triflic anhydride. Through the optimization of this method, we were able to synthesize morpholine-amidines. The amidines hydrolysis, promoted by heat, allowed th synthesis of morpholine-lactams. During the scoping of the synthesis of the morpholine-amidines, we have noticed the cleavage of a C—C bond of the morpholine ring mediated by light and oxygen yielding formamidines. Simultaneously, a new procedure for the synthesis of azaxanthones was studied using 3-formylchromone as the starting material with the purpose of making the production of this structure simpler and more rentable. We explored the reaction of 3-formylchromone with propargyl amine, an aza-Wittig strategy, reactions promoted by TMSCl and TMSCN, but the desired azaxanthones were not obtained. Two other strategies were testing using nitromethane and Kröhnke salts. In the reaction with nitromethane we were able to produce the dimer (5-nitro-1,3-phenylene)bis[(2-hydroxyphenyl)methanone]. In the Kröhnke pyridine synthesis, we have also obtained (5-amino-6-phenylpyridin-3-yl)(2-hydroxyphenyl)methanone, which resulted by the pyrone ring opening and addition of a primary amine as substituent.Estruturas heterocíclicas encontram-se muitas vezes presentes em compostos naturais, sendo encontradas em moléculas essenciais para os seres vivos – açucares, aminoácidos, bases nucleicas, vitaminas, etc. – e apresentam grande valor e relevância nas ciências farmacêutica e agroquímica. A procura por novos métodos alternativos para a síntese destas estruturas tem sido foco de muitos grupos de investigação em química orgânica e a busca por melhores procedimentos continua bastante ativa. Consequentemente, neste trabalho propusemo-nos desenvolver metodologias novas e alternativas para a síntese de alguns tipos de compostos heterocíclicos, morfolinas e azaxantonas. Na primeira parte desta dissertação, exploramos novos procedimentos para a síntese de derivados de morfolina funcionalizados, através da estratégia de ativação de amidas promovida por anidrido tríflico. Após a otimização do método, derivados de morfolina-amidina foram sintetizados. A hidrólise das amidinas, promovida por calor, permitiu obter derivados de morfolina-lactamas. Durante o estudo da reação de síntese dos derivados de morfolina-amidina foi possível verificar a quebra de uma ligação C—C da morfolina mediada por luz e oxigénio levando à formação de formamidinas. Na segunda parte desta dissertação, exploramos a ideia de desenvolver um novo método para a síntese de azaxantonas, usando a 3-formilcromona como composto de partida com o objetivo de tornar o processo de síntese destas estruturas mais simples e expedito. Exploramos a reação de 3-formilcromona com propargil-amina, utilizando algumas estratégias de reatividade distintas como, reação de aza-Wittig, reações promovidas por TMSCl e TMSCN mas em nenhuma destas estratégias foi possível obter as azaxantonas desejadas, mas conseguimos obter compostos com novas estruturas. Duas outras metodologias foram exploradas, usando nitrometano e sais de Kröhnke. Na reação de 3-formilcromona nitrometano formaram-se dímeros do tipo (5-nitro-1,3-fenileno)bis[(2-hidroxifenil)metanona]. Na síntese de piridinas de Kröhnke, além das esperadas piridinas, observou-se a abertura do anel da pirona e a adição de uma amina primária como substituinte.Mestrado em Químic

Educar para os media e para cidadania: a casa da juventude da Póvoa de Varzim como alicerce estratégico de desenvolvimento local

Dissertação de Mestrado - Área de Especialização em Ciências da Comunicação, Educação e CidadaniaA presente tese de mestrado incide sobre o tema educação para os media e para cidadania, procurando elaborar uma proposta de acção educativa com vista a preparar a juventude para agir melhor social e civicamente. O estudo tem como foco privilegiado a Casa da Juventude da Póvoa de Varzim, uma instituição que desenvolve um trabalho de cariz socializante, através da animação sociocultural. Nesse contexto, de preparação dos indivíduos para o futuro, procurámos realçar a Educação para os Media para além da educação formal, ampliando a oferta interactiva entre a instituição e os utentes, socorrendo-nos de uma matéria tão relevante e atractiva para as novas gerações como são os media, reforçando a Casa da Juventude como parceiro estratégico no desenvolvimento local. O nosso caminho procurou conjugar três eixos de formação social: a Educação para os Media, a Cidadania e a Animação Sociocultural, promovendo novas competências formativas, inclusão, responsabilidade e acção social. Os media ocupam um lugar central na vida dos cidadãos, pelo que, a implementação de um programa de acção educativa para entender e lidar com os media adquire um estatuto equivalente aos saberes de base, como aprender a ler, a escrever e a contar, para se alcançar uma vida autónoma. A ideia base do projecto é constituir uma plataforma de comunicação, O VirtuaJovem, que procurará ser um meio diversificado de comunicação entre as novas gerações, com vista à produção, ao intercâmbio, ao debate e à exposição das suas ideias.The present masters’ thesis falls upon the subject media education and citizenship, looking for creating an educational program proposal in order to prepare youth to act better social and civically. The study is mainly focused on Póvoa de Varzim’s Youth House, an institution which develops a work of socializing countenance through sociocultural activities. Within this context of preparing individuals for the future, we cared to emphasize Media Education beyond formal education, increasing the interactive offer between the institution and its users. So as to achieve this purpose, we decided to use the media, therefore appealing and relevant to the new generations, strengthening the Youth House as a strategic partner on local development. Our approach attempted to conjugate three axis of social learning: Media Education, Citizenship and Sociocultural Activities, promoting new formative skills, inclusion, responsibility and social action. The media have a main place in citizens lives, consequently, the implementation of an educational program to understand and deal with the media, acquires an equivalent status to the knowing basis, such as, learning how to read, writing and counting, to reach an autonomous life. The basic idea of this project is to build a moodle, the Virtua.Jovem, which will try to be a diverse way of communication among the new generations, to produce, exchange, debate and expose their ideas

HIV infection in Angola : Molecular epidemiology, diagnosis and antibody neutralization

The UNAIDS fast-track goals established the need to reduce 75% of new HIV cases and deaths by 2020 and 90% by 2030, compared to 2010 [1]. However, it is estimated that no country in sub-Saharan Africa has reached the target of 75% reduction in new cases of HIV infection [2]. HIV-1 incidence in Angola increased 61.2% from 2010 to 2018 and the prevalence is now stable with 340,000 people living with HIV [2, 3]. Women and children are the most affected populations [3]. The aims of this thesis were: 1) to get a better understanding of the HIV-1 diversity, transmission dynamics and transmitted drug resistance (TDR) in Angola, 2) improve the early infant diagnosis (EID) in Angola and 3) characterize the neutralizing antibody responses against HIV-1 and assess the possible viral and host factors associated with it. The HIV epidemics in Angola is peculiar, since highly divergent forms of the virus circulates in the population. In this context our first objective was to assess HIV-1 diversity, transmission dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) in Angola in 2009, in 139 drug naïve HIV-1 infected individuals and compare the results before ART scale-up (chapter 2). We saw an increase in genetic diversity between 2001 and 2009, with the prevalence of subtype A decreasing significantly while the prevalence of unique recombinant forms (URFs) increased 2-fold. Also, local U/H recombinants were newly identified. TDR mutation K103N was found in one (0.7%) patient. Overall, transmission of drug resistant strains was still negligible in Luanda in 2009 and the emergence of new URFs are consistent with a rising HIV-1 epidemics. Our second objective was to develop and validate a sensitive, simple and cheap qualitative proviral DNA PCR-based assay for early infant diagnosis (EID) in HIV-1-exposed infants (n=139) using dried blood spots (DBS) (chapter 3). We were able to successfully validate the assay, the limit of detection (LOD) using several integrase recombinant plasmids was 14 copies and clinical sensitivity and specificity were high. The percentage of HIV-1 mother-to-child-transmission (MTCT) between January 2012 and October 2014 was only 2.2%. In chapter 4 we performed the first detailed characterization of the neutralizing antibody response in 322 Angolan HIV-1 infected patients and identified its determinants. Remarkably, 56% of the individuals had broad cross-neutralizing activity. Also, cross-clade neutralization was positively associated with subtype C infection and negatively associated with CD4 counts and antibody binding titers against envelope C2V3C3 region was a good indicator of neutralization breadth and potency. In chapter 4 we concluded that development of broad and elite antibody neutralization against HIV-1 requires long-term and low-level envelope V3C3 stimulation from highly diverse subtype C isolates

Sensory marketing in health clubs: Importance of the senses in acquisition, retention and cancellation of memberships

The number of health clubs in Portugal have been growing over the years. However, this growth leads to more market competition and less opportunities to differentiate the services provided. The sensorial marketing has increasingly been used in services to create a different experience for consumers. Here, we present a marketing strategy to determine if a sensorial approach can be relevant in the acquisition, retention and cancelation of memberships in health clubs. To accomplish this objective two research strategies were carried out, one focused on the concepts from relevant literature and another one on empirical research, through quantitative method, questionnaire. From the empirical research, three groups of respondents depending on the health club situation were formed – are enrolled, were enrolled but are not anymore and never been enrolled. Our findings suggested that senses’ relevancy is correlated with age but not with gender. Moreover, and according to respondents who are enrolled, senses are not statically related to the frequency of members go to the health club, as well as, not being a cancellation factor. Regarding respondent’s opinion about senses, smell and touch are the most and least important ones for consumers in health clubs, respectively. Furthermore, and regardless the group, not smelling from sweat and smelling from sweat are the stimuli that positively and negatively influence respondent’s perception of health clubs, respectively. Overall the results show that this strategy could positively influence the perception and experience in the health club but is not a decisive factor to choose.O número de health clubs em Portugal tem aumentado nos últimos anos. Este crescimento leva a uma maior competitividade no mercado e menos oportunidades para diferenciar o serviço prestado. O marketing sensorial tem sido cada vez mais utilizado em serviços, para criar uma experiência diferente para os consumidores. Através da pesquisa desenvolvida e recolha de informação, propomos uma estratégia de marketing para determinar o grau de relevância de uma abordagem sensorial na aquisição, retenção e cancelamento de inscrições em health clubs. Para tal, duas abordagens de pesquisa, uma focada em conceitos pertinentes da literatura, outra numa pesquisa empírica, através de método quantitativo, questionário. Do estudo empírico, três grupos de respondentes foram formados, dependendo da situação no health club – está inscrito, já esteve inscrito e nunca esteve. As principais conclusões sugerem que a relevância dos sentidos está correlacionada com a idade, mas não com o sexo do respondente. Além disso, de acordo com os que estão inscritos, estatisticamente não existe uma relação entre os sentidos e a frequência com que frequenta o health club, não influenciando um eventual cancelamento. Em relação à opinião sobre os sentidos, o olfato e o tato são considerados respetivamente o mais e o menos importante. Além disso, independentemente do grupo, não cheirar a suor e o cheiro a suor, são os estímulos que influenciam positiva e negativamente a perceção dos respondentes. Concluindo, os resultados mostram que esta estratégia pode influenciar positivamente a perceção e a experiência no health club, não sendo, contudo, um fator decisório

Astrazeneca and pharmaceutical industry: sector overview and company valuation

JEL classification: G30, G32The present Master thesis aims to present a global description of the pharmaceutical industry and evaluate AstraZeneca. Company valuation is followed by a recommendation on the stock and a target price. Pharmaceutical industry has several unique features, due to its impact on public health. Those features will be assessed by analyzing the industry worldwide and by describing European pharmaceutical companies. AstraZeneca is a British multinational that operates in the pharmaceutical sector. The company is responsible for all the process of investigation, development, testing, production, advertising and selling of own medicines. The company develops its R&D activities in oncology, cardiology, gastrointestinal, infection, neuroscience, respiratory and inflammation. Among the medicines best sellers are Nexium, Crestor, Symbicort and Brilinta. Company shares quote on London Stock Exchange, Stockholm Stock Exchange and on New York Stock Exchange. It integrates FTSE 100 and OMX 30 country indices. Company valuation has been performed, using fundamental analysis, by the Discounted Cash Flow method and the Multiples method. Regarding the valuation of the company, historical data publically published from 2009 until 2014 was used. The forecasting period is 5 years, from 2015 to 2020. After evaluating the company, we conclude that the recommendation is HOLD, with a target price of ₤46.98.A presente projecto de Mestrado tem como objectivo a apresentação de uma descrição global da indústria farmacêutica e a avaliação da AstraZeneca. A avaliação da empresa será seguida de uma recomendação de investimento, baseada no cálculo do preço-alvo da acção. A indústria farmacêutica tem um conjunto de características únicas, devido ao seu impacto na saúde pública. Essas características irão ser avaliadas através da análise da indústria a nível mundial e através da descrição de empresas europeias do sector farmacêutico. A AstraZeneca é uma empresa multinacional inglesa, que opera no sector farmacêutico. A empresa é responsável por todo o processo de investigação, desenvolvimento, teste, produção, divulgação e venda de medicamentos próprios. Desenvolve investigação nas áreas de oncologia, cardiologia, gastrointestinal, infecção, neurociência, doenças respiratórias e inflamação. Entre os medicamentos mais vendidos destacam-se Nexium, Crestor, Symbicort e Brilinta. A empresa está cotada na Bolsa de Londres, na Bolsa de Estocolmo e na Bolsa de Nova Iorque. É parte integrante dos índices FTSE 100 e do OMX 30. A avaliação da empresa foi feita através do Método de Fluxo de Caixa Descontado e do método dos Múltiplos. No sentido de avaliar a empresa, dados históricos entre 2009 e 2014, foram utilizados. A projecção dos resultados foi feita por um período de 5 anos, de 2015 até 2020. Através da avaliação feita concluímos que a recomendação é MANTER, com um preço-alvo de ₤46.98

Using NLP to prove the Unified theory of acceptance and use of technology (UTAUT2)

Project Work presented as the partial requirement for obtaining a Master's degree in Data Science and Advanced Analytics, specialization in Business AnalyticsCom o presente trabalho pretende-se estudar se é possível aplicar as metodologias de “Natural Text Language Processing” e “Text Mining” a avaliações obtidas através da internet, usando a informação processada e avaliada, com recurso a “sentiment analysis” no modelo “Unified theory of acceptance and use of technology” (UTAUT2). Refira-se que estudos anteriores focaram-se em usar questionários como fontes de dados para os modelos UTAUT e UTAUT2. No presente trabalho foram utilizadas técnicas de “Natural Language Processing” para determinar a polaridade dos sentimentos reportados em avaliações on-line extraídas de um fórum de anime popular, designado “MyAnimeList” que também possui informação sobre uma grande variedade de séries e filmes de animação japonesa e a avaliação dos mesmos. Os dados respeitantes às informações pessoais e às avaliações foram extraídos e considerados mediante a sua polaridade, sendo analisados posteriormente utilizando métodos de “structural equation modelling” (SEM) e “partial least squares” (PLS). Do estudo efetuado descobrimos que, embora o modelo UTAUT2 passe nos critérios do modelo de medição, possui valor explicativo baixo, necessitando de melhorias para ser completamente aplicável.This study aims to discover whether it’s possible to apply Natural Language Processing and Text Mining to unprocessed raw data available online and use the processed and scored information, using Sentiment Analysis, with the Unified theory of acceptance and use of technology (UTAUT2) model. Previous studies have focused on using surveys and questionnaires as sources of data for the UTAUT and UTAUT2 model. This study uses Natural Language Processing techniques to determine the polarity of sentiments found in online reviews extracted from the popular anime forum, “MyAnimeList”, a website that also holds information on a multitude of animated shows and movies from Japan and reviews on said media. Data regarding user information and review content was extracted and scored, with it being analysed later using structural equation modelling (SEM) and partial least squares (PLS) methods. We found that whilst the UTAUT2 model passed the measurement model criteria, it has a low explaining power, therefore meaning it would require further tweaking to be totally usable