Transcriptomics and Functional Genomics of ROS-Induced Cell Death Regulation by RADICAL-INDUCED CELL DEATH1

Peer reviewe

Arabidopsis RCD1 coordinates chloroplast and mitochondrial functions through interaction with ANAC transcription factors

Reactive oxygen species (ROS)-dependent signaling pathways from chloroplasts and mitochondria merge at the nuclear protein RADICAL INDUCED CELL DEATH 1 (RCD1). RCD1 interacts in vivo and suppresses the activity of the transcription factors ANAC013 and ANAC017, which mediate a ROS-related retrograde signal originating from mitochondrial complex III. Inactivation of RCD1 leads to increased expression of mitochondrial dysfunction stimulon (MDS) genes regulated by ANAC013 and ANAC017. Accumulating MDS gene products, including alternative oxidases (AOXs), affect redox status of the chloroplasts, leading to changes in chloroplast ROS processing and increased protection of photosynthetic apparatus. ROS alter the abundance, thiol redox state and oligomerization of the RCD1 protein in vivo, providing feedback control on its function. RCD1-dependent regulation is linked to chloroplast signaling by 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate (PAP). Thus, RCD1 integrates organellar signaling from chloroplasts and mitochondria to establish transcriptional control over the metabolic processes in both organelles

Värähtelyeristimien dynaamisten ominaisuuksien testaus ja mallintaminen

Tämä tutkimus koostuu kahdesta osasta: värähtelyeristintestausjärjestelmän tutkimuksesta ja värähtelyeristimien dynaamisten ominaisuuksien mallintamisesta. Tavoitteena oli tutkia kehitetyn värähtelyeristintestausjärjestelmän toimintaa suhteessa standardin ISO 10846 asettamiin vaatimuksiin. ISO 10846 käsittelee kolmea erityyppistä värähtelyeristimien dynaamisten ominaisuuksien mittausmenetelmää. Nämä ovat suora (direct), epäsuora- (indirect) ja syöttöpistemenetelmä (driving point method). Testausjärjestelmä on rakennettu käyttämään suoraa menetelmää sekä tarvittaessa syöttöpistemenetelmää. Tavoitteena oli myös kehittää mittaustuloksia hyödyntäviä matemaattisia malleja värähtelyeristimille. Mallien tulee toimia erilaisissa simulointiohjelmistoissa aika- ja taajuustasossa. Mallien käytännön toimivuus testataan käyttämällä niitä kaupallisessa simulointiohjelmistossa. Aluksi työssä esitellään teoriat joiden pohjalta tutkimukset tehtiin. Teoriaosuuden jälkeen käydään läpi standardin vaatimukset ja sitten esitellään mittaustulokset. Testausjärjestelmän tutkimuksen jälkeen on lyhyt eristintutkimus, jonka pohjalta on tehty matemaattisia malleja. Lopuksi mallit esitellään ja niitä vertaillaan keskenään. Testausjärjestelmää kokeiltiin vaijeri- sekä kumieristimille ja tulokset täyttivät standardin asettamat vaatimukset kummallakin eristintyypillä. Järjestelmä on nyt valmis eristimien testaukseen. Käsiteltyjä matemaattisia malleja oli kolme kappaletta: analyyttinen, puolianalyyttinen ja empiirinen malli. Empiirinen malli toimii kummallekin eristintyypille taajuustasossa, toiset kaksi sopivat pelkästään kumieristimille. Puolianalyyttistä mallia voidaan käyttää sekä taajuus- että aikatasossa. Mallien vertailu mitattuihin tuloksiin osoitti niiden olevan valmiita käyttöön. Puolianalyyttistä mallia kokeiltiin ADAMS simulointiohjelmistossa menestyksekkäästi