Mancha gris de la hoja del tomate: identificación, biología y genómica del agente etiológico

La mancha gris de la hoja del tomate es una enfermedad causada por tres especies del género Stemphylium: S. botryosum, S. solani y S. lycopersici. De amplia distribución mundial, fue reportada por primera vez en Argentina en 1990. Desde entonces, no solo ha aumentado en las áreas endémicas, sino que también se ha diseminado a nuevas regiones de cultivo. En base a la premisa que la patogenicidad de Stemphylium en plantas de tomate se debe a la expresión de efectores que vulneran los mecanismos de defensa del hospedador, en la presente tesis se indagó sobre la biología y genómica del agente etiológico con particular énfasis en el repertorio de efectores. Como primer paso, se comprobó que S. lycopersici es el principal agente causal de la mancha gris de la hoja del tomate en Argentina. Los aislados exhibieron una gran diversidad según lo evaluado mediante su morfología, genética y agresividad en tomate. Luego, se seleccionó un representante a partir del cual se generó el primer genoma borrador de S. lycopersici mediante secuenciación de segunda generación. Se utilizó al genoma mitocondrial para inferir la historia evolutiva de este fitopatógeno. El mitogenoma reveló una estructura dinámica, rica en secuencias repetitivas y elementos móviles, con algunas particularidades como la ausencia de los genes atp8 y atp9 y la fusión de los genes cox1 y cox2. Finalmente, el genoma borrador fue utilizado como insumo en la identificación y caracterización del secretoma in silico y de los clusters de genes de metabolitos secundarios. De esta manera, se determinó que el secretoma de S. lycopersici está compuesto por 1005 proteínas (11,12 % del proteoma), 363 de las cuales presentan características de efectores. En general, se encontró un repertorio de proteínas típico al de un hongo necrótrofo; variedad y cantidad de enzimas que degradan la pared celular, efectores LysM y enzimas que intervienen en la eliminación de las especies reactivas del oxígeno. Por otra parte, se identificaron 36 clusters de genes de metabolitos secundarios, con predominio de clusters de genes biosintéticos de policétidos. Se encontró que el genoma de S. lycopersici contiene genes claves para la biosíntesis de melanina vía 1,8-dihidroxinaftaleno y L-dihidroxifenilalanina. Asimismo, posee el gen codificante de la 4-hidroxifenilpiruvato dioxigenasa, enzima clave en la biosíntesis de piomelanina. Estos datos sientan bases sólidas para el desarrollo de estudios funcionales dirigidos a caracterizar tanto el metabolismo secundario como así también el secretoma in vivo de S. lycopersici bajo cualquier condición fisiológica, siendo de particular interés durante su interacción con el tomate. El conocimiento de las moléculas intervinientes en esta interacción será clave para el diseño racional de estrategias para el manejo de la mancha gris de la hoja del tomate.Facultad de Ciencias Naturales y Muse

Evaluación de fungicidas comerciales

Se evaluó el efecto de tres fungicidas comerciales, en distintas dosis, sobre el crecimiento de Stemphylium lycopersici * En el centro de cada placa (pocillo) se sembró 100 ul de fungicida a la concentración especificada; agua para el control. * El recuento en placa por el método de las diluciones dió 20x104 propágulos/ul. Esa fue la carga de hongo. * Cada tratamiento consistió en 4 réplicasServicio eventual. Evaluación de fungicidas comerciales. 2017-10-01 - 2017-11-01. Ensayos rutinarios y/o experimentale

Draft Genome Sequence and Gene Annotation of <i>Stemphylium lycopersici</i> Strain CIDEFI-216

Stemphylium lycopersici is a plant-pathogenic fungus that is widely distributed throughout the world. In tomatoes, it is one of the etiological agents of gray leaf spot disease. Here, we report the first draft genome sequence of S. lycopersici, including its gene structure and functional annotation.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Antagonism and modes of action of Chaetomium globosum species group, potential biocontrol agent of barley foliar diseases

Antagonismo y mecanismos de acción de hongos del grupo de especies Chaetomium globosum, potenciales biocontroladores de enfermedades fúngicas foliares de la cebada. La “mancha en red y la “mancha borrosa” son enfermedades foliares de cebada causadas por Drechslera teres y Bipolaris sorokiniana, respectivamente. Una alternativa para su manejo es el control biológico. El objetivo de este trabajo fue identificar dos aislamientos del género Chaetomium (C2 y C5), endofíticos de plántulas de cebada y estudiar sus interacciónes in vitro con D. teres y B. sorokiniana, aisladas de semillas del mismo hospedante. Todos los microorganismos se caracterizaron cultural y morfológicamente. Los aislamientos de Chaetomium además se caracterizaron molecularmente. Se realizaron pruebas de cultivos duales y se registraron los efectos del antagonista a nivel microscópico en la morfología de los patógenos. Los resultados confirmaron la identidad de los patógenos y de los aislamientos de Chaetomium spp. como Chaetomium globosum grupo de especies. Bipolaris sorokiniana fue inhibida en un 30% por C2 y en un 31.2 % por C5 respecto al control. D.teres fue inhibida en un 40% por C2 y en un 36% por C5 en referencia al control. Los mecanismos de acción frente a B. sorokiniana fueron antibiosis y competencia. Microscopicamente se observaron conidios aberrantes. Frente a D. teres se registró competencia y micoparasitismo. Microscópicamente se evidenció plasmólisis, enrollamiento y pigmentación anaranjada.“Net blotch” (Drechslera teres) and “Bipolaris spot blotch” (Bipolaris sorokiniana) are foliar diseases of barley. Biological control is currently considered as an efficient alternative to chemical management of these plant diseases. The aim of the present study was to identify 2 isolates of Chaetomium (C2 and C5), endophytics on barley seedlings and to study the in vitro interactions with D. teres and B. sorokiniana, isolated from seeds of the same host. Cultural and morphological characterization of all microorganisms was done. In addition, molecular characterization of Chaetomium spp. was conducted and dual culture tests were carried out to find, by microscopic observations, the effects of the antagonist on the morphology of the pathogens. The results confirm the identity of the pathogens and the isolates of Chaetomium spp. as Chaetomium globosum species group. Inhibition of B. sorokiniana and D. teres by C2 and C5 accounted for 30% and 31.2 %, and 40% and 36% respectively, compared with the control. The mechanisms of action against B. sorokiniana and D. teres were antibiosis and competition and mycoparasitism, respectively. Microscopic observation revealed deformed conidia in B. sorokiniana and plasmolisis, coiling and orange pigmentation in D. teres.Centro de Investigaciones en Fitopatologí

Draft Genome Sequence of the Plant-Pathogenic Fungus <i>Stemphylium lycopersici</i> Strain CIDEFI-216

Stemphylium lycopersiciis a pathogenic fungus that provokes the leaf spot disease on over 30 host genera worldwide, among them Tomato. Here we report the draft genome sequence ofS. lycopersicistrain CIDEFI-216. Total genomic DNA was isolated from a monosporic culture using the DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) and was used to construct 100 bp paired-end libraries, which were then sequenced by Illumina HiSeq 2000 technology. Reads were assembled using SOAPdenovo2 software at Macrogen (Korea).Gene prediction was performed by Fgenesh software (Softberry), functional annotation was carried out with Blast2GO software (BioBam) and tRNAs and rRNAs were predicted usingtRNAscan-SE and HMM-rRNA tools from WebMGA server. The paired-end libraries produced 31117554 reads with a total of 3142872954 bp, representing an average coverage of 77.39 X. The genome was assembled into 419 scaffolds with a total length of 35.18 Mbp (1000 bp; N50=498048 bp) and an overall G+C content of 50.5 %. A total of 8998 protein-coding genes were predicted, whose functional annotation is discussed. Additionally, 94 tRNAs and 44 rRNAs were found. This draft genome sequence, the first available forS. lycopersici, represents a new resource for further research into the taxonomy, biology and phytopathology of this plant pathogen.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Antagonism and modes of action of Chaetomium globosum species group, potential biocontrol agent of barley foliar diseases

Antagonismo y mecanismos de acción de hongos del grupo de especies Chaetomium globosum, potenciales biocontroladores de enfermedades fúngicas foliares de la cebada. La “mancha en red y la “mancha borrosa” son enfermedades foliares de cebada causadas por Drechslera teres y Bipolaris sorokiniana, respectivamente. Una alternativa para su manejo es el control biológico. El objetivo de este trabajo fue identificar dos aislamientos del género Chaetomium (C2 y C5), endofíticos de plántulas de cebada y estudiar sus interacciónes in vitro con D. teres y B. sorokiniana, aisladas de semillas del mismo hospedante. Todos los microorganismos se caracterizaron cultural y morfológicamente. Los aislamientos de Chaetomium además se caracterizaron molecularmente. Se realizaron pruebas de cultivos duales y se registraron los efectos del antagonista a nivel microscópico en la morfología de los patógenos. Los resultados confirmaron la identidad de los patógenos y de los aislamientos de Chaetomium spp. como Chaetomium globosum grupo de especies. Bipolaris sorokiniana fue inhibida en un 30% por C2 y en un 31.2 % por C5 respecto al control. D.teres fue inhibida en un 40% por C2 y en un 36% por C5 en referencia al control. Los mecanismos de acción frente a B. sorokiniana fueron antibiosis y competencia. Microscopicamente se observaron conidios aberrantes. Frente a D. teres se registró competencia y micoparasitismo. Microscópicamente se evidenció plasmólisis, enrollamiento y pigmentación anaranjada.“Net blotch” (Drechslera teres) and “Bipolaris spot blotch” (Bipolaris sorokiniana) are foliar diseases of barley. Biological control is currently considered as an efficient alternative to chemical management of these plant diseases. The aim of the present study was to identify 2 isolates of Chaetomium (C2 and C5), endophytics on barley seedlings and to study the in vitro interactions with D. teres and B. sorokiniana, isolated from seeds of the same host. Cultural and morphological characterization of all microorganisms was done. In addition, molecular characterization of Chaetomium spp. was conducted and dual culture tests were carried out to find, by microscopic observations, the effects of the antagonist on the morphology of the pathogens. The results confirm the identity of the pathogens and the isolates of Chaetomium spp. as Chaetomium globosum species group. Inhibition of B. sorokiniana and D. teres by C2 and C5 accounted for 30% and 31.2 %, and 40% and 36% respectively, compared with the control. The mechanisms of action against B. sorokiniana and D. teres were antibiosis and competition and mycoparasitism, respectively. Microscopic observation revealed deformed conidia in B. sorokiniana and plasmolisis, coiling and orange pigmentation in D. teres.Centro de Investigaciones en Fitopatologí

Draft Genome Sequence of the Plant-Pathogenic Fungus <i>Stemphylium lycopersici</i> Strain CIDEFI-216

Stemphylium lycopersiciis a pathogenic fungus that provokes the leaf spot disease on over 30 host genera worldwide, among them Tomato. Here we report the draft genome sequence ofS. lycopersicistrain CIDEFI-216. Total genomic DNA was isolated from a monosporic culture using the DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) and was used to construct 100 bp paired-end libraries, which were then sequenced by Illumina HiSeq 2000 technology. Reads were assembled using SOAPdenovo2 software at Macrogen (Korea).Gene prediction was performed by Fgenesh software (Softberry), functional annotation was carried out with Blast2GO software (BioBam) and tRNAs and rRNAs were predicted usingtRNAscan-SE and HMM-rRNA tools from WebMGA server. The paired-end libraries produced 31117554 reads with a total of 3142872954 bp, representing an average coverage of 77.39 X. The genome was assembled into 419 scaffolds with a total length of 35.18 Mbp (1000 bp; N50=498048 bp) and an overall G+C content of 50.5 %. A total of 8998 protein-coding genes were predicted, whose functional annotation is discussed. Additionally, 94 tRNAs and 44 rRNAs were found. This draft genome sequence, the first available forS. lycopersici, represents a new resource for further research into the taxonomy, biology and phytopathology of this plant pathogen.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Draft Genome Sequence and Gene Annotation of <i>Stemphylium lycopersici</i> Strain CIDEFI-216

Stemphylium lycopersici is a plant-pathogenic fungus that is widely distributed throughout the world. In tomatoes, it is one of the etiological agents of gray leaf spot disease. Here, we report the first draft genome sequence of S. lycopersici, including its gene structure and functional annotation.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Draft Genome Sequence of the Plant-Pathogenic Fungus <i>Stemphylium lycopersici</i> Strain CIDEFI-216

Stemphylium lycopersiciis a pathogenic fungus that provokes the leaf spot disease on over 30 host genera worldwide, among them Tomato. Here we report the draft genome sequence ofS. lycopersicistrain CIDEFI-216. Total genomic DNA was isolated from a monosporic culture using the DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) and was used to construct 100 bp paired-end libraries, which were then sequenced by Illumina HiSeq 2000 technology. Reads were assembled using SOAPdenovo2 software at Macrogen (Korea).Gene prediction was performed by Fgenesh software (Softberry), functional annotation was carried out with Blast2GO software (BioBam) and tRNAs and rRNAs were predicted usingtRNAscan-SE and HMM-rRNA tools from WebMGA server. The paired-end libraries produced 31117554 reads with a total of 3142872954 bp, representing an average coverage of 77.39 X. The genome was assembled into 419 scaffolds with a total length of 35.18 Mbp (1000 bp; N50=498048 bp) and an overall G+C content of 50.5 %. A total of 8998 protein-coding genes were predicted, whose functional annotation is discussed. Additionally, 94 tRNAs and 44 rRNAs were found. This draft genome sequence, the first available forS. lycopersici, represents a new resource for further research into the taxonomy, biology and phytopathology of this plant pathogen.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Draft Genome Sequence of <i>Bacillus thuringiensis</i> Strain m401, Isolated from Honey in Argentina

We report here the 6,092,003-bp draft genome sequence of Bacillus thuringiensis strain m401, a tetracycline-resistant isolate recovered from honey. The isolate contained three plasmids of 8,307 bp, 9,934 bp, and 69,561 bp and a tetracycline resistance gene with high homology to tet45 in a contig of 236,180 bp.Centro de Investigaciones en Fitopatologí