Oncogenic miRNAs and the Perils of Losing Control of a Stem Cell’s Epigenetic Identity

Pathways that regulate epigenetic control of stem cell identity are critical to the molecular etiology of cancer. In back-to-back articles in Cell and Cell Stem Cell, Song et al. identify miR-22 as both a repressor of TET proteins and a powerful oncogene in the mammary epithelium and hematopoietic system

Identification of gene expression logical invariants in Arabidopsis.

Numerous gene expression datasets from diverse tissue samples from the plant variety Arabidopsis thaliana have been already deposited in the public domain. There have been several attempts to do large scale meta-analyses of all of these datasets. Most of these analyses summarize pairwise gene expression relationships using correlation, or identify differentially expressed genes in two conditions. We propose here a new large scale meta-analysis of the publicly available Arabidopsis datasets to identify Boolean logical relationships between genes. Boolean logic is a branch of mathematics that deals with two possible values. In the context of gene expression datasets we use qualitative high and low expression values. A strong logical relationship between genes emerges if at least one of the quadrants is sparsely populated. We pointed out serious issues in the data normalization steps widely accepted and published recently in this context. We put together a web resource where gene expression relationships can be explored online which helps visualize the logical relationships between genes. We believe that this website will be useful in identifying important genes in different biological context. The web link is http://hegemon.ucsd.edu/plant/

Identification of single chain antibodies to breast cancer stem cells using phage display

Recent evidence suggests that most malignancies are driven by “cancer stem cells” sharing the signature characteristics of adult stem cells: the ability to self renew and to differentiate. Furthermore these cells are thought to be quiescent, infrequently dividing cells with a natural resistance to chemotherapeutic agents. These studies theorize that therapies, which effectively treat the majority of tumor cells but ‘miss’ the stem cell population, will fail, while therapies directed at stern cells can potentially eradicate tumors. In breast cancer, researchers have isolated ‘breast cancer stem cells’ capable of recreating the tumor in vivo and in vitro . Generated new tumors contained both additional numbers of cancer stem cells and diverse mixed populations of cells present in the initial tumor, supporting the intriguing self-renewal and differentiation characteristics. In the present study, an antibody phage library has been used to search for phage displayed-single chain antibodies (scFv) with selective affinity to specific targets on breast cancer stem cells. We demonstrate evidence of two clones binding specifically to a cancer stem cell population isolated from the SUMl59 breast cancer cell line. These clones had selective affinity for cancer stem cells and they were able to select cancer stem cells among a large population of non-stem cancer cells in paraffin-embedded sections. The applicability of these clones to paraffin sections and frozen tissue specimens made them good candidates to be used as diagnostic and prognostic markers in breast cancer patient samples taking into consideration the cancer stern cell concept in tumor biology. © 2009 American Institute of Chemical Engineers Biotechnol. Prog., 2009Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/64553/1/285_ftp.pd

Problemas de programación: algunos nexos posibles entre la enseñanza y el aprendizaje

En la enseñanza de la programación ha habido muchos cambios desde sus inicios. Hoy coexisten varios enfoques sobre cómo enseñar programación pero sin que se haya llegado a un consenso sobre cuál es la mejor manera de enseñar los conceptos básicos de la misma. Esta ha sido la motivación fundamental que nos ha inducido a la realización de este trabajo. Nos propusimos como objetivo determinar las estrategias utilizadas por los estudiantes para resolver problemas referidos a algoritmos de programación, en el primer tramo de la Licenciatura en Informática, cuando cursan la carrera Analista de sistemas de Computación en el Instituto Leibnitz. A su vez, poder apreciar también posibles relaciones entre la resolución de tales problemas y los modos de enseñanza de los docentes de nuestra Institución. Participaron 22 alumnos. Confeccionamos un instrumento con una situación problema que involucraba varias estrategias que los alumnos debían conocer, como por ejemplo: la definición de variables simples y subindexadas, la utilización de estructuras condicionales a las que se le agregó la intervención del usuario indicando la condición de ejecución de las distintas acciones a seguir. Hemos realizado algunas propuestas, para los alumnos, en función de los resultados hallados y para las estrategias de enseñanza.Eje: Educación en TecnologíaRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Problemas de programación: algunos nexos posibles entre la enseñanza y el aprendizaje

En la enseñanza de la programación ha habido muchos cambios desde sus inicios. Hoy coexisten varios enfoques sobre cómo enseñar programación pero sin que se haya llegado a un consenso sobre cuál es la mejor manera de enseñar los conceptos básicos de la misma. Esta ha sido la motivación fundamental que nos ha inducido a la realización de este trabajo. Nos propusimos como objetivo determinar las estrategias utilizadas por los estudiantes para resolver problemas referidos a algoritmos de programación, en el primer tramo de la Licenciatura en Informática, cuando cursan la carrera Analista de sistemas de Computación en el Instituto Leibnitz. A su vez, poder apreciar también posibles relaciones entre la resolución de tales problemas y los modos de enseñanza de los docentes de nuestra Institución. Participaron 22 alumnos. Confeccionamos un instrumento con una situación problema que involucraba varias estrategias que los alumnos debían conocer, como por ejemplo: la definición de variables simples y subindexadas, la utilización de estructuras condicionales a las que se le agregó la intervención del usuario indicando la condición de ejecución de las distintas acciones a seguir. Hemos realizado algunas propuestas, para los alumnos, en función de los resultados hallados y para las estrategias de enseñanza.Eje: Educación en TecnologíaRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Problemas de programación: algunos nexos posibles entre la enseñanza y el aprendizaje

En la enseñanza de la programación ha habido muchos cambios desde sus inicios. Hoy coexisten varios enfoques sobre cómo enseñar programación pero sin que se haya llegado a un consenso sobre cuál es la mejor manera de enseñar los conceptos básicos de la misma. Esta ha sido la motivación fundamental que nos ha inducido a la realización de este trabajo. Nos propusimos como objetivo determinar las estrategias utilizadas por los estudiantes para resolver problemas referidos a algoritmos de programación, en el primer tramo de la Licenciatura en Informática, cuando cursan la carrera Analista de sistemas de Computación en el Instituto Leibnitz. A su vez, poder apreciar también posibles relaciones entre la resolución de tales problemas y los modos de enseñanza de los docentes de nuestra Institución. Participaron 22 alumnos. Confeccionamos un instrumento con una situación problema que involucraba varias estrategias que los alumnos debían conocer, como por ejemplo: la definición de variables simples y subindexadas, la utilización de estructuras condicionales a las que se le agregó la intervención del usuario indicando la condición de ejecución de las distintas acciones a seguir. Hemos realizado algunas propuestas, para los alumnos, en función de los resultados hallados y para las estrategias de enseñanza.Eje: Educación en TecnologíaRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

La problemática de la alimentación : el diseño didáctico y el cambio de teorías

El conocimiento sobre la alimentación posee un perfil conceptual y axiológico de múltiples enfoques para promover procesos adecuados de enseñanza. En este trabajo se presenta una innovación educativa, enmarcada en un estudio amplio sobre cambio representacional. Para movilizar las teorías implícitas sobre esta noción se construyó y evaluó el diseño de una secuencia instruccional, con enfoques de alfabetización ciudadana (CTS). El ajuste conceptual en esta noción necesitó de escenarios de activación cognitiva, que alternaron niveles de abstracción, complejidad conceptual y contextualización cultural. El anclaje representacional de la noción, se asocia a las prácticas y tradición de cocinas, necesitando para el cambio, de un mayor perspectivismo conceptual y modelos de actuación social, que contrasten actitudes y valores culturales

CD24 + Liver Tumor-Initiating Cells Drive Self-Renewal and Tumor Initiation through STAT3-Mediated NANOG Regulation

Tumor-initiating cells (T-ICs) are a subpopulation of chemoresistant tumor cells that have been shown to cause tumor recurrence upon chemotherapy. Identification of T-ICs and their related pathways are therefore priorities for the development of new therapeutic paradigms. We established chemoresistant hepatocellular carcinoma (HCC) xenograft tumors in immunocompromised mice in which an enriched T-IC population was capable of tumor initiation and self-renewal. With this model, we found CD24 to be upregulated in residual chemoresistant tumors when compared with bulk tumor upon cisplatin treatment. CD24 + HCC cells were found to be critical for the maintenance, self-renewal, differentiation, and metastasis of tumors and to significantly impact patients' clinical outcome. With a lentiviral-based knockdown approach, CD24 was found to be a functional liver T-IC marker that drives T-IC genesis through STAT3-mediated NANOG regulation. Our findings point to a CD24 cascade in liver T-ICs that may provide an attractive therapeutic target for HCC patients. © 2011 Elsevier Inc.postprin

Surface proteomic analysis of differentiated versus stem-like osteosarcoma human cells

Cancer stem cell characterization represents a breakthrough in cancer research. Despite evidence showing the existence and the role of cancer stem cells in osteosarcoma (OS) onset and progression, little is known about their specific surface phenotype. To address this issue, we carried out a cytometric analysis with an antibody-array comprising 245 membrane proteins comparing the stem and differentiated OS cells. As experimentalmodel, we chose the stem-like cell line 3aminobenzamide-OS and its parental, differentiated, cell line MG63. We identified 50 differentially expressed, 23 homogeneously expressed, and 172 not expressed proteins in the two cell line models, thus defining a surface protein signature specific for each of them. Furthermore, we selected ERK1/2 (p44/42 mitogen-activated protein kinases) as a potential pathway correlated with processes that characterize tumorigenic potential and stemness of 3aminobenzamide-OS cells

Expression of aldehyde dehydrogenase and CD133 defines ovarian cancer stem cells

Identification of cancer stem cells is crucial for advancing cancer biology and therapy. Several markers including CD24, CD44, CD117, CD133, the G subfamily of ATP‐binding cassette transporters (ABCG), epithelial specific antigen (ESA) and aldehyde dehydrogenase (ALDH) are used to identify and investigate human epithelial cancer stem cells in the literature. We have now systemically analyzed and compared the expression of these markers in fresh ovarian epithelial carcinomas. Although the expression levels of these markers were unexpectedly variable and partially overlapping in fresh ovarian cancer cells from different donors, we reliably detected important levels of CD133 and ALDH in the majority of fresh ovarian cancer. Furthermore, most of these stem cell markers including CD133 and ALDH were gradually lost following in vitro passage of primary tumor cells. However, the expression of ALDH and CD133, but not CD24, CD44 and CD117, could be partially rescued by the in vitro serum‐free and sphere cultures and by the in vivo passage in the immune‐deficient xenografts. ALDH + and CD133 + cells formed three‐dimensional spheres more efficiently than their negative counterparts. These sphere‐forming cells expressed high levels of stem cell core gene transcripts and could be expanded and form additional spheres in long‐term culture. ALDH + , CD133 + and ALDH + CD133 + cells from fresh tumors developed larger tumors more rapidly than their negative counterparts. This property was preserved in the xenografted tumors. Altogether, the data suggest that ALDH + and CD133 + cells are enriched with ovarian cancer‐initiating (stem) cells and that ALDH and CD133 may be widely used as reliable markers to investigate ovarian cancer stem cell biology.Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/88104/1/25967_ftp.pd