Current status of healthcare-associated enteroviral (non-polio) infections

Here we present the data on foreign research publications describing healthcare-associated enteroviral (nonpolio) infections (HAI) sought in the Worldwide Database for Nosocomial Outbreaks (Institut für Hygiene und Umweltmedizin, Universitȁtmedizincomplex “Charite”, Germany) as well as PubMed search engine (The United States National Library), covering 1936–2017 timeframe. The publications retrieved contained the data on 28 nosocomial outbreaks caused by Enterovirus A (EV-A71), В (Echoviruses 11, 17, 18, 30, 31, 33, Coxsackie viruses А9, В2, В5) and D (EV-D68). It was discovered that the majority of the nosocomial enteroviral (non-polio) outbreaks occurred in obstetric hospitals and neonatal units so that children were mainly maternally infected. In addition, a case associated with intrauterine infection was described. It was shown that outbreaks might be started by an infected child at the incubation period. Single publications reported nosocomial outbreaks in geriatric hospitals. Generally, nosocomial enteroviral (non-polio) outbreaks were characterized by polymorphic clinical picture caused by any certain pathogen serotype and within a single site of the infection. Few lethal outcomes were recorded. Enterovirus B species dominated among identified etiological agents. Violated hospital hygiene and infection control contributing to spread of infection were among those found in neonatal units: putting used diapers out on baby bed prior disposal, sharing bathtub, toys and household objects as well as poor hand hygiene in medical workers. One of the measures recommended to improve diagnostics of enteroviral (non-polio) infections was virology screening of children with suspected sepsis in case of unidentified etiology. It was established that etiological decoding of nosocomial outbreaks was impossible without applying pathogen-specific diagnostic tools, mainly nested RT-PCR and direct sequencing of followed by subsequent phylogenetic analysis

Predicting the dynamics of norovirus infection using time series models

The aim of the study is to evaluate accuracy of time-series models for forecasting of norovirus incidence (on Sverdlovsk region dataset).Цель исследования – оценить возможность создания модели временных рядов для прогнозирования заболеваемости НВИ на примере Свердловской области

Infections associated with giving medical care in hospitals of Russia: experience of meta analysis of morbidity

We conducted the meta-analysis of morbidity by infections associated with giving medical care in hospitals of Russia. A total of 23 publications were included in the review, and random effects model by the maximum likelihood method was applied to summarize their results. High heterogeneity of sample estimates was revealed, which is apparently associated with different approaches to the identification and synthesis of cases. The highest morbidity rates were recorded among patients of emergency department and intensive care (353 ‰, 95 % CI = 268–439) and patients undergoing surgery on the abdominal organs (194, 163–224); infections of the bloodstream (36, 28–43 ‰), postoperative pneumonia (26, 22–31 ‰), PSI (purulent septic infections) of newborns (30, 27–32 ‰) and new mothers (23, 20–27 ‰) were less commonПроведен мета-анализ заболеваемости инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи, в стационарах России. Всего в обзор было включено 23 публикации, для обобщения их ре зультатов применена модель случайных эффектов по методике наибольшего правдоподобия. Выявлена высокая гетерогенность выборочных оценок, связанная, по-видимому, с неодинаковыми подходами к выявлению и обобщению случаев. Наибольшие показатели заболеваемости регистрировались среди пациентов отделений реанимации и интенсивной терапии (353 ‰, 95 %ДИ = 268–439 ‰) и перенесших оперативное вмешательство на органах брюшной полости (194 ‰, 163–224 ‰); реже регистрировались инфек- ции кровотока (36 ‰, 28–43 ‰), послеоперационные пневмонии (26 ‰, 22–31 ‰), ГСИ новорожденных (30 ‰, 27–32 ‰) и родильниц (23 ‰, 20–27 ‰), ГСИ новорожденных (30 ‰, 27–32 ‰) и родильниц (23 ‰, 20–27 ‰)

Norovirus infection in Sverdlovsk region: a descriptive study

The purpose of the study is to analyze and describe the epidemiological situation with NVI in the Sverdlovsk region for the period from 2009 to 2022.Цель исследования – проанализировать и описать эпидемиологическую ситуацию с НВИ в Свердловской области за период с 2009 по 2022 гг

Forecasting the incidence of norovirus infection in Sverdlovsk region based on a time-series models

The aim of the study – to evaluate the applicability of a time-series forecasting to monitor norovirus infections in Sverdlovsk regionЦель исследования – оценить возможность создания статистической модели для прогнозирования заболеваемости НВИ на примере Свердловской област

Developing an r it solution using adaptive interface forms for estimating the reproduction number and projection the infectious disease incidence

An IT solution for estimating the reproduction number, Rt, and short-term projection the infectious disease future incidence (for a one- to three-week period, optimally for two weeks at most), including that of COVID-19, was developed. The computing procedures employed by the software described in detail by their developers, validated and openly published as an R code, have high operating characteristics. A method earlier described by Cori et al. based on incidence modelling and the serial interval using Poisson distribution was employed to estimate the reproduction number, Rt. For the projection purposes, a method based on building disease spread scenarios by sampling with Markov chain Monte Carlo using the Rt value obtained by the above method was implemented. The named techniques for estimating the reproduction number and forecasting the infectious disease incidence were implemented to create a free cross-platform graphic add-in to R with a simple and clear interface. The proposed software development approach enables the epidemiologists to leverage the most user-friendly frontline analytical algorithms and IT solutions in a fast and effective manner.Разработано программное средство для расчета коэффициента репродукции Rt и краткосрочного (1-3 недели, оптимально не более двух недель) прогнозирования числа случаев инфекционных заболеваний, включая COVID-19. Реализованные в программе методики вычисления детально описаны их разработчиками, валидированы и открыто опубликованы в виде кода на языке R, обладают высокими операционными характеристиками. Для расчета коэффициента репродукции Rt применен ранее описанный Cori и соавторами метод, основанный на моделировании числа случаев заболевания и серийного интервала (serial interval) с использованием распределения Пуассона. Для задач прогнозирования реализован метод, основанный на построении сценариев распространения заболевания путем семплирования марковской цепью МонтеКарло с использованием полученного вышеописанным способом значения Rt. Указанные методы расчета индекса репродукции и прогнозирования реализованы в виде бесплатной кроссплатформенной программы – графической надстройки к языку R с простым и понятным интерфейсом. Предлагаемый подход к созданию программных средств дает возможность оперативно внедрять в практику эпидемиологов самые передовые аналитические алгоритмы и решения с обеспечением максимальной дружественности пользовател

Methods for modellind and forecasting dynamics of infectious diseases

Materials and methods Literature review in field of modelling and forecasting of infectious diseases without restrictions by publication date was conducted. Publication activity was estimated using text mining software.Цель работы – на основании данных научной литературы систематизировать существующие методики моделирования и прогнозирования заболеваемости инфекционными болезнями

Epidemiological portrait of noroviral infection

This study aims to present a global overview and trends in noroviral epidemiology and highlights the important biological properties of norovirus.Цель работы – систематизировать текущие данные об эпидемиологии норовирусной инфекции (НВИ) и биологических свойствах норовирусов в данном контексте

Meta-analysis of the effectiveness of pentavalent live oral vaccine for the prevention of severe forms of rotavirus gastroenteritis in children

Rotavirus infection is ubiquitously distributed and represents a global public health problem. Some studies showed that vaccination with pentavalent oral live vaccine was effective in prevention of severe forms of rotavirus gastroenteritis among children up to 3 years of age. Previous randomized placebo-controlled studies assessing this issue were repeatedly conducted. However, due to the features of the epidemiology of pediatric rotavirus infection in Russia, a metaanalysis was conducted in the risk group — children under the age of 3 years by administering a full vaccination course for a single vaccine registered in the Russian Federation. A search was performed by two independent reviewers covering 1994 to February 2019, without restrictions on language, in five databases on medical and biological publications: Russian Science Citation Index, PubMed, Web of Science, MEDLINE, Scopus, and in contents of thematic journals and bibliographic lists. The meta-analysis included multicenter randomized controlled trials comparing the efficacy of placebo and completed full vaccination course with pentavalent live oral rotavirus vaccine in children under 3 years of age. The primary endpoint of the study was the incidence of severe gastroenteritis among children according to the Vesikari evaluation system. Data processing and generation of forest-plots to evaluate summarized results were carried out by the RevMan 5.3 free software distributed on the Cochrane Community website. The implementation of the “trim and fill” method was performed by using Stata 14.2 software. The meta-analysis consisted of 7 original publications performed as multicenter randomized, placebo-controlled double-blind studies. In the experimental and control group there were enrolled 19,384 and 19,425 subjects, respectively. Three-dose vaccination protocol markedly reduced a risk of infection with severe rotavirus gastroenteritis in the experimental group compared to control group, the odds ratio was 0.34 [95%, CI 0.19–0.60]. Cluster analysis also confirmed the protective effect of the full vaccination course. Group assessment of the vaccination effectiveness against rotavirus infection in countries of Africa and Southeast Asia showed significant protection, the odds ratio was 0.60 [95%, CI 0.52–0.70]. While evaluating the effectiveness of vaccination against rotavirus infection in Finland, the odds ratio was set at the level of statistical significance and reached 0.07 [95%, CI 0.04–0.11]. Thus, a full vaccination course with pentavalent live oral vaccine against rotavirus infection lowers a risk of developing severe rotavirus gastroenteritis in young children.Ротавирусная инфекция имеет убиквитарное распространение и входит в число глобальных проблем мирового здравоохранения. Вакцинация пятивалентной оральной живой вакциной, по данным ряда исследований, является эффективной мерой для профилактики тяжелых форм ротавирусного гастроэнтерита у детей до 3-летнего возраста. Ранее неоднократно проводились рандомизированные плацебо-контролируемые исследования, посвященные данной тематике. Однако в связи с особенностями эпидемиологии ротавирусной инфекции у детей в России был проведен метаанализ в группе риска: среди детей в возрасте до 3 лет при применении полного курса вакцинации единственной вакциной, зарегистрированной на территории Российской Федерации. Поиск производился двумя независимыми рецензорами за период с 1994 по февраль 2019 гг., без ограничений по языку, и осуществлялся в пяти базах данных медицинских и биологических публикаций: РИНЦ, PubMed, Web of Science, MEDLINE, Scopus, а также в оглавлениях тематических журналов и библиографических списках. В метаанализ включались многоцентровые рандомизированные контролируемые исследования, в которых сравнивалась эффективность плацебо и законченного курса вакцинации пентавалентной живой пероральной вакциной против ротавирусной инфекции у детей до 3-х лет. Первичной конечной точкой исследования была частота возникновения тяжелого острого гастроэнтерита у детей по системе оценки Vesikari. Обработка данных и построение лесных графиков для оценки обобщенных результатов производилось в свободно распространяемой программе RevMan 5.3 на сайте Кокрановского сообщества. Реализация метода «trim and fill» осуществлялась при помощи Stata 14.2. В метаанализ были включены 7 оригинальных публикаций, представлявших собой многоцентровые рандомизированные плацебо-контролируемые исследования с двойным ослеплением. Количество участников опытной группы составило 19 384 человека, контрольной — 19 425. Трехкратная вакцинация значительно снижала шанс заболеть тяжелым ротавирусным гастроэнтеритом в опытной группе, по сравнению с контрольной, отношение шанса составило 0,34 [95%, ДИ 0,19–0,60]. В ходе кластерного анализа также был подтвержден протективный эффект от полного курса вакцинации. Групповая оценка эффективности вакцинации против РВИ в странах Африки и Юго-Восточной Азии имела статистически значимые результаты, показатель отношения шансов составил 0,60 [95%, ДИ 0,52–0,70]. При оценке эффективности вакцинации против РВИ в Финляндии показатель отношения шансов установлен на уровне статистической значимости и составляет 0,07 [95%, ДИ 0,04–0,11]. Полный курс вакцинации пятивалентной живой оральной вакциной против ротавирусной инфекции снижает шанс заболеть тяжелым ротавирусным гастроэнтеритом у детей раннего возраст

Meta-analysis of the effectiveness of pentavalent live oral vaccine for the prevention of severe forms of rotavirus gastroenteritis in children

Rotavirus infection is ubiquitously distributed and represents a global public health problem. Some studies showed that vaccination with pentavalent oral live vaccine was effective in prevention of severe forms of rotavirus gastroenteritis among children up to 3 years of age. Previous randomized placebo-controlled studies assessing this issue were repeatedly conducted. However, due to the features of the epidemiology of pediatric rotavirus infection in Russia, a metaanalysis was conducted in the risk group — children under the age of 3 years by administering a full vaccination course for a single vaccine registered in the Russian Federation. A search was performed by two independent reviewers covering 1994 to February 2019, without restrictions on language, in five databases on medical and biological publications: Russian Science Citation Index, PubMed, Web of Science, MEDLINE, Scopus, and in contents of thematic journals and bibliographic lists. The meta-analysis included multicenter randomized controlled trials comparing the efficacy of placebo and completed full vaccination course with pentavalent live oral rotavirus vaccine in children under 3 years of age. The primary endpoint of the study was the incidence of severe gastroenteritis among children according to the Vesikari evaluation system. Data processing and generation of forest-plots to evaluate summarized results were carried out by the RevMan 5.3 free software distributed on the Cochrane Community website. The implementation of the “trim and fill” method was performed by using Stata 14.2 software. The meta-analysis consisted of 7 original publications performed as multicenter randomized, placebo-controlled double-blind studies. In the experimental and control group there were enrolled 19,384 and 19,425 subjects, respectively. Three-dose vaccination protocol markedly reduced a risk of infection with severe rotavirus gastroenteritis in the experimental group compared to control group, the odds ratio was 0.34 [95%, CI 0.19–0.60]. Cluster analysis also confirmed the protective effect of the full vaccination course. Group assessment of the vaccination effectiveness against rotavirus infection in countries of Africa and Southeast Asia showed significant protection, the odds ratio was 0.60 [95%, CI 0.52–0.70]. While evaluating the effectiveness of vaccination against rotavirus infection in Finland, the odds ratio was set at the level of statistical significance and reached 0.07 [95%, CI 0.04–0.11]. Thus, a full vaccination course with pentavalent live oral vaccine against rotavirus infection lowers a risk of developing severe rotavirus gastroenteritis in young children.Ротавирусная инфекция имеет убиквитарное распространение и входит в число глобальных проблем мирового здравоохранения. Вакцинация пятивалентной оральной живой вакциной, по данным ряда исследований, является эффективной мерой для профилактики тяжелых форм ротавирусного гастроэнтерита у детей до 3-летнего возраста. Ранее неоднократно проводились рандомизированные плацебо-контролируемые исследования, посвященные данной тематике. Однако в связи с особенностями эпидемиологии ротавирусной инфекции у детей в России был проведен метаанализ в группе риска: среди детей в возрасте до 3 лет при применении полного курса вакцинации единственной вакциной, зарегистрированной на территории Российской Федерации. Поиск производился двумя независимыми рецензорами за период с 1994 по февраль 2019 гг., без ограничений по языку, и осуществлялся в пяти базах данных медицинских и биологических публикаций: РИНЦ, PubMed, Web of Science, MEDLINE, Scopus, а также в оглавлениях тематических журналов и библиографических списках. В метаанализ включались многоцентровые рандомизированные контролируемые исследования, в которых сравнивалась эффективность плацебо и законченного курса вакцинации пентавалентной живой пероральной вакциной против ротавирусной инфекции у детей до 3-х лет. Первичной конечной точкой исследования была частота возникновения тяжелого острого гастроэнтерита у детей по системе оценки Vesikari. Обработка данных и построение лесных графиков для оценки обобщенных результатов производилось в свободно распространяемой программе RevMan 5.3 на сайте Кокрановского сообщества. Реализация метода «trim and fill» осуществлялась при помощи Stata 14.2. В метаанализ были включены 7 оригинальных публикаций, представлявших собой многоцентровые рандомизированные плацебо-контролируемые исследования с двойным ослеплением. Количество участников опытной группы составило 19 384 человека, контрольной — 19 425. Трехкратная вакцинация значительно снижала шанс заболеть тяжелым ротавирусным гастроэнтеритом в опытной группе, по сравнению с контрольной, отношение шанса составило 0,34 [95%, ДИ 0,19–0,60]. В ходе кластерного анализа также был подтвержден протективный эффект от полного курса вакцинации. Групповая оценка эффективности вакцинации против РВИ в странах Африки и Юго-Восточной Азии имела статистически значимые результаты, показатель отношения шансов составил 0,60 [95%, ДИ 0,52–0,70]. При оценке эффективности вакцинации против РВИ в Финляндии показатель отношения шансов установлен на уровне статистической значимости и составляет 0,07 [95%, ДИ 0,04–0,11]. Полный курс вакцинации пятивалентной живой оральной вакциной против ротавирусной инфекции снижает шанс заболеть тяжелым ротавирусным гастроэнтеритом у детей раннего возраст