9 research outputs found

    Documentos técnicos da prefeitura de Governador Valadares

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    Descrição de documentos técnicos da prefeitura de Governador Valadares. Os documentos podem ser acessados com autorização do Núcleo de Referencia Professor Paulo Neves de Carvalho.• Documento 1 - Ação Civil - Recurso Extraordinário (1998)• Documento 2 - Ação Civil - Recurso Extraordinário (1998) • Documento 3 - Ação Civil - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 4 - Ação Civil - Ação de mandado de segurança (1995) • Documento 5 - Ação Civil - Ação de Preservação da Probidade Administrativa (1995)• Documento 6 - Ação Popular • Documento 7 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1997)• Documento 8 - Contra-razões (1998)• Documento 9 - Contra-razões (1998)• Documento 10 - Agravo de Instrumento (1999) • Documento 11 - Agravo de Instrumento (1999)• Documento 12 - Agravo de Instrumento (1999)• Documento 13 - Mandado de Segurança – Contra-razões (1998) • Documento 14 - Contra-razões (1998) • Documento 15 - Recurso Extraordinário na Apelação (1998)• Documento 16 - Contra-razões (1999)• Documento 17 - Contra-razões• Documento 18 - Contra-razões (1998)• Documento 19 - Memorial (1998) • Documento 20 - Apelação (1995) • Documento 21 - Memorial • Documento 22 - Memorial (1998) • Documento 23 - Razões do Recurso (1998) • Documento 24 - Concessão de Serviço Público• Documento 25 - Contra-razões (1999)• Documento 26 - Contra-razões (2000)• Documento 27 - Contra-razões (1998)• Documento 28 - Contra-razões (1998)• Documento 29 - Contra-razões (1999)• Documento 30 - Contra-razões (1998)• Documento 31 - Contra-razões - Da controvérsia• Documento 32 - Contra-razões (1998)• Documento 33 - Contra-razões (1999)• Documento 34 - Contra-razões (1999)• Documento 35 - Contra-razões (1998)• Documento 36 - Contra-razões (1998)• Documento 37 - Contra-razões (1999)• Documento 40 - Contra-razões (1999)• Documento 41 - Contra-razões (1998)• Documento 42 - Contra-razões (1998)• Documento 43 - Contra-razões (1999)• Documento 44 - Contra-razões (1998)• Documento 45 - Contra-razões (1998)• Documento 46 - Contra-razões (1999)• Documento 47 - Contra-razões (1998)• Documento 48 - Contra-razões (1999)• Documento 49 - Contra-razões (1998)• Documento 50 - Contra-razões (1999)• Documento 51 - Contra-razões (1998)• Documento 52 - Contra-razões (1999)• Documento 53 - Contra-razões (1999)• Documento 54 - Contra-razões (1998)• Documento 55 - Correspondência (1996)• Documento 56 - Correspondência (1996)• Documento 57 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 58 - Decreto - Dispõe sobre declaração de desnecessidade de cargos públicos (1997)• Documento 59 - Contra-razões (1999)• Documento 60 - Contra-razões (1998)• Documento 61 - Contra-razões (1998)• Documento 62 - Contra-razões (1999)• Documento 63 - Impugnação aos embargos infringentes (1998) • Documento 64 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 65 - Contra-razões (1998)• Documento 66 - Impugnação aos embargos infringentes (1999)• Documento 67 - Impugnação aos embargos infringentes (1999) • Documento 68 - Agravo de Instrumento (1999)• Documento 69 - Agravo de Instrumento I (1999)• Documento 70 - Agravo de Instrumento II (1999) • Documento 71 - Agravo de Instrumento III (1999)• Documento 72 - Contra-razões (1999)• Documento 73 - Contra-razões (1999)• Documento 74 - Contra-razões (1998)• Documento 75 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 76 - Impugnação aos embargos infringentes (1999)• Documento 77 - Contra-razões (1998)• Documento 78 - Mandado de Segurança (1995) • Documento 79 - Mandado de Segurança (1995)• Documento 80 - Mandado de Segurança (1995)• Documento 81 - Contra-razões (1998)• Documento 82 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 83 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 84 - Impugnação aos embargos infringentes (1999)• Documento 85 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 86 - Memorial - O instituto da desnecessidade de cargo público, no colendo supremo tribunal federal • Documento 87 - Memorial I (1998) • Documento 88 - Memorial II • Documento 89 - Memorial (1998) • Documento 90 - Contra-razões (1998) • Documento 91 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 92 - Parecer - Décimo-terceiro subsídio (2001) • Documento 93 - Parecer - Subsídio e verba indenizatória de Vereador (2001) • Documento 94 - Ação Popular• Documento 95 - Ação de Preservação da Probidade Administrativa (1996)• Documento 96 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 97 - Projeto de Resolução - Dispõe sobre subsídios dos Vereadores• Documento 98 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 99 - Recurso Extraordinário (1998)• Documento 100 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 101 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 102 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 103 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 104 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 105 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 106 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 107 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 108 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 109 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 110 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 111 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 112 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 113 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 114 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 115 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1999) • Documento 116 - Impugnação aos embargos infringentes (1999)• Documento 117 - Contra-razões (1998)• Documento 118 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 119 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998) • Documento 120 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 121 - Recurso Extraordinário na Apelação Cível (1998)• Documento 122 - Parecer - Concessão de serviço público (1996) • Documento 123 - Parecer - Declaração de Desnecessidade de Cargo Público • Documento 124 - Parecer - Direito real de uso - Concessão de Uso - Licitação (1997)• Documento 125 - Parecer - Duração de contrato administrativo (1997)• Documento 126 - Parecer - Inconstitucionalidade de dispositivo (1996)• Documento 127 - Parecer - Prorrogação de Contrato (1996) • Documento 128 - Parecer - Vedação de atos administrativos, em período eleitoral (1996)• Documento 129 - Parecer - Prorrogação de contrato resultante de licitação (2003

    Additional file 7: Tables S3 and S4. of Quantitative analysis of cryptic splicing associated with TDP-43 depletion

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    All repeat elements enriched in mouse (ST3) and human (ST4) cryptic exons. For each class of repeat element that was enriched in a set of cryptic exons, the exact overlapping repeat element was compiled into a table. The strand column refers to the orientation of the gene, not the repeat element. For the simple repeats, all annotations are made in the positive direction. Therefore (AC)n containing repeats in the antisense direction are in fact (GT)n repeats for genes on the negative strand. Figure S5. The RNA sequence of the B2 SINE in the antisense orientation. The DNA sequence of the B2 SINE was downloaded from lncrnadb [71] and converted to the reverse complement to get its antisense orientation. Ts were changed to Us to reflect the RNA sequence. Stretches of UG and GU are highlighted in red. (PDF 123 kb

    Additional file 6: Figure S4. of Quantitative analysis of cryptic splicing associated with TDP-43 depletion

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    Motif finding with HOMER The top ten motifs reported by the algorithm when comparing flanked cryptic exons with adjacent intronic sequence. The red asterisk indicates that the motif is potentially a false positive result. (TIF 1799 kb

    Additional file 4: Tables S1 and S2. of Quantitative analysis of cryptic splicing associated with TDP-43 depletion

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    Quantification of all results for each cryptic exon discovered by CryptEx in mouse (ST1) and human (ST2). Change in percent spliced in (∆PSI) scores were calculated by taking the difference of ratios of novel splice junctions over the sum of novel and annotated (intron-spanning) splice junctions in control and depletion samples for the 5′ and 3′ splice junctions. (ZIP 8 kb

    Additional file 5: Tables S5 and S6. of Quantitative analysis of cryptic splicing associated with TDP-43 depletion

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    Inclusion of cryptic exons in normal mouse (ST5) and human (ST6) tissues. RNA-seq data from multiple mouse tissues from [52] and multiple human tissues from the GTEx project [53] was downloaded from the Sequence Read Archive (accession PRJNA177791) and dbGap (phs000424.v6.p1) respectively. All samples were aligned with STAR using two-pass mapping. The resulting junction coordinates were grouped into overlapping clusters for each tissue using Leafcutter [31]. A custom R script then queried the resulting junction tables for evidence of junctions belonging to the previously discovered mouse and human cryptic exons, as well as the canonical junctions in which the cryptic exons splice to and from. The counts of upstream and downstream junctions in each sample were divided by the counts of the canonical junction to produce an inclusion ratio. For each cryptic exon that was detected, the mean inclusion ratio for each tissue is presented with the standard deviation. For the 52 mouse cryptic exons, only 4 showed any evidence of being included in normal tissues. Reep3 E001i1 and Adipor2 E010i2 are included in a few tissues at very low levels. Elmod1 E003i2 is seen in brain tissue at an inclusion rate above 10%, whereas Thoc7 E007i1 was included in every tissue bar heart. However, the inclusion rates were highly variable. Among the 95 human cryptic exons, only three were detected in 49 different human tissues from the GTEx project. MPDZ E015i1, UHRF2 E017i2 and DEAF1 E005i2 were all detected in at least 1 tissue. Only UHRF2 E017i2 was regularly seen above 10% inclusion, albeit with very high variance between samples. (PDF 66 kb

    <i>Tardbp<sup>Q101X/Q101X</sup></i> embryos die in development before E6.5.

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    <p>Timed matings were set-up to establish survival of <i>Tardbp</i><sup>Q101X/Q101X</sup> mice. No homozygous embryos were identified at time-points assessed. We were unable to genotype resorptions. At E6.5 χ2 = 8.3, p = 0.0158 versus an expected ratio of 1∶2:1– <i>Tardbp</i><sup>+/+</sup>: <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>: <i>Tardbp</i><sup>Q101X/Q101X</sup>.</p

    No interactive effects between <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> and <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> mice.

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    <p>(<b>A</b>) Grip strength of <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> mice (both sexes) is not affected by the Q101X mutation in <i>Tardbp</i>. <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> mice show progressive loss of grip strength (versus <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> p = 0.002, LSD test from one-way ANOVA), however there is no difference between <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> and <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> mice (p>0.05). Data are mean±SEM. (<b>B</b>) Progressive bodyweight loss in <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> mice is not affected by the Q101X mutation in <i>Tardbp</i>. Data are mean±SEM. (<b>C</b>) Survival plots for female (left panel) and male (right panel) mice show no effect of the Q101X mutation on survival of <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> mice. Endstage was defined as humane end-point or greater than 20% weight loss. <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> 256±4 days n = 22, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> 263±8 days n = 19 (total number including both sexes, with equal ratio), p = 0.227 (Kaplan Meier log rank statistic) (<b>D</b>) Body tone phenotype of <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> is replicated but not significantly different in <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> mice (female mice: left panel; male mice: right panel). Mean age at which body tone phenotype was shown for both sexes combined: <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> = absent, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> = 32 weeks of age (more than 50% of females), <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> = absent, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> n = 26 weeks (50% for both sexes). <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> versus <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> p = 0.042, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> versus <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> p = 0.982, <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> versus <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> p = 0.006 (Kaplan Meier log rank statistic). Overall p = 0.008, with no significant difference between sexes within genotypes. Female mice: <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> n = 10, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> n = 5, <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> n = 14, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> n = 14. Male mice: <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> n = 12, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> n = 10, <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> n = 15, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i>, <i>SOD1<sup>G93Adl</sup></i> n = 14.</p

    Limb-clasping and body tone abnormalities in <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> mice.

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    <p>(<b>A</b>) <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> mice develop hindlimb clasping. Plots show onset of hindlimb-clasping. The Y-axis is percentage of mice <i>not</i> showing the phenotype. At 7 weeks of age no mice showed limb clasping. Female mice (left panel): <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> n = 12, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> n = 15; Male mice (right panel): <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> n = 16, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> n = 16. Overall difference between <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> and <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> p = 0.002 (Kaplan Meier log rank statistic), with a significant difference also noted between male and female <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> mice up to one year (p = 0.046). (<b>B</b>) Progressive development of abnormal body tone in male and female <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> mice. No mice displayed softer, abnormal body tone at 7 weeks of age. Male mice: <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> n = 16, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> n = 16. Female mice <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> n = 12, <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> n = 15. <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> versus <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> p<0.0001 (Kaplan Meier log rank statistic), with a trend in sex differences of <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> genotype up to one year of age, p = 0.07 (Kaplan Meier log rank statistic).</p

    The Q101X mutation in <i>Tardbp</i> alters splicing of TDP43 targets <i>Sort1</i> and <i>Pdp1</i>.

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    <p>(<b>A</b>) Exon inclusion of <i>Sort1</i>, determined from cDNA generated from brain from 18-month old mice, is significantly increased in <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> (n = 5) mice compared to <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i> mice (n = 5). Bar charts show abundance of exon-included transcript relative to total transcript (included and excluded). <i>Sort1</i> exon inclusion: <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i>24.4%±1.3% versus <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> 31.3%±2.6%, p = 0.044 (student’s two-tailed t-test). Data are mean±SEM. (<b>B</b>) Exon inclusion of <i>Pdp1</i> is also significantly increased in brain tissue from <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> mice at 18 months of age. Exon inclusion: <i>Tardbp<sup>+/+</sup></i>39.0%±2.0% (n = 5), <i>Tardbp<sup>+/Q101X</sup></i> 50.3%±1.3% (n = 5), p = 0.0013 (student’s two-tailed t-test). Data are mean±SEM.</p
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