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    Associativismo Juvenil Enquanto Estratégia de Integração Social:

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    Na Guin√©-Bissau, o √≠mpeto associativo juvenil coincidiu com a institucionaliza√ß√£o das reivindica√ß√Ķes sindicais, transformando estes actores e as suas organiza√ß√Ķes numa massa de defesa de novas formas de integra√ß√£o social, o que teve como impacto a integra√ß√£o de grupos de jovens exclu√≠dos e em vias de marginaliza√ß√£o em Associa√ß√Ķes, resultado de uma m√° interpreta√ß√£o do conceito da liberaliza√ß√£o pol√≠tica pelo Estado. A inquietude social perante os problemas e necessidades sociais dos jovens e a vontade pela transforma√ß√£o da realidade, foram bases que os assistiram, associado a exist√™ncia duma forte motiva√ß√£o pelo trabalho comunit√°rio. Este facto obrigou o governo pela primeira vez a ensaiar a elabora√ß√£o duma pol√≠tica nacional de juventude. Mas a institucionaliza√ß√£o precoce do movimento reivindicativo juvenil teve um car√°cter reflexivo inibidor, pois, contribuiu para obstaculizar a forma√ß√£o de verdadeiros movimentos sociais, assistindo-se a uma degrada√ß√£o do √≠mpeto inicial, transformando-as num espa√ßo de disputas, monotonias, aliena√ß√£o pol√≠tico-partid√°ria. Esta comunica√ß√£o visa perceber em que medida esses jovens conseguiram construir bases para a sua integra√ß√£o na sociedade, sem perder de vista o empoderamento das suas estruturas e dos seus membros, e por outro lado, contribuir para o bem-estar social

    Tissue donation context in Portugal: defining a strategy for improvement

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    The scarcity of tissue available for transplantation is a problem all over the world, especially in Portugal, as demand exceeds the available supply. In this context the central problem of this work is to know how the current context of chronic shortage of tissues available for transplantation can be improved. Therefore, the objective of this work is to contribute to the understanding of the problem of tissue donation and to define strategies to improve the context of shortage of tissues available for transplantation in Portugal. Methodology: On this research, a qualitative methodology was used with a systematic and consistent literature review, interviews with experts, informal meetings, nonparticipative observations, applications for official data and search in institutional websites, bibliographic databases and governmental websites. For a more objective analysis of the donation processes in Portugal, its gaps and problems, the content analysis method was used to analyze 6 semi-formal interviews. This analysis had the support of TROPES¬ģ software, versions 8.4 and 7.2. The SWOT analysis summarized all the information in order to facilitate the understanding of the context and establish possible strategies for improvement. Results: The content analysis results showed that economic restrains are leading to a policy of cost control and an institutional-based policy limiting the development of new and more efficient procedures. Results highlight the importance of a centralized system to fight the clear lack of resources in Portugal. The Spanish paradigm may be used to improve the current Portuguese model in order to increase its efficiency and effectiveness. Conclusions: It‚Äôs very important to optimize the few resources allocated to the activity and perform regulation updates to provide the foundation necessary on which to build a centralized and more efficient system.A escassez de tecidos dispon√≠veis para transplanta√ß√£o √© um problema em todo o Mundo, nomeadamente em Portugal, pois a procura excede a oferta dispon√≠vel. Neste contexto a problem√°tica central deste trabalho consiste em saber como pode ser melhorado o contexto atual de escassez cr√≥nica de tecidos dispon√≠veis para transplanta√ß√£o. Portanto, o objetivo deste trabalho √© contribuir para a compreens√£o da problem√°tica da doa√ß√£o de tecidos e definir estrat√©gias para melhorar o contexto de escassez de tecidos dispon√≠veis para transplanta√ß√£o em Portugal. Metodologia: Neste estudo foi utilizada uma metodologia qualitativa com recurso a uma revis√£o sistem√°tica e consistente da literatura, entrevistas com especialistas, reuni√Ķes informais, observa√ß√Ķes n√£o participativas, pedidos de dados oficiais e pesquisa em sites institucionais, bases de dados bibliogr√°ficas e sites governamentais. Para uma an√°lise mais objetiva dos processos de doa√ß√£o em Portugal, das suas lacunas e problemas, foi utilizado o m√©todo de an√°lise de conte√ļdo para a an√°lise de 6 entrevistas semiformais. Esta an√°lise foi efetuada com o apoio do software TROPES¬ģ vers√Ķes 8.4 e 7.2. A an√°lise SWOT foi utilizada para integrar toda a informa√ß√£o de forma a facilitar a compreens√£o do contexto e estabelecer poss√≠veis estrat√©gias de melhoria. Resultados: Os resultados da an√°lise revelaram que as restri√ß√Ķes econ√≥micas est√£o a levar a uma pol√≠tica de controlo de custos e a uma pol√≠tica institucional que limita o desenvolvimento de procedimentos novos e mais eficientes. Os resultados destacam a import√Ęncia de um sistema centralizado para combater a clara falta de recursos em Portugal. O paradigma Espanhol poder√° servir de para melhorar o modelo Portugu√™s atual no sentido de aumentar a sua efici√™ncia e efic√°cia. Conclus√Ķes: √Č importante otimizar os poucos recursos alocados para a atividade e realizar atualiza√ß√Ķes de regulamentos para fornecer a base necess√°ria para construir um sistema centralizado e mais eficiente

    Alternative splicing detection across different tissues in cork oak

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    Tese de mestrado, Bioinform√°tica e Biologia Computacional (Bioinform√°tica) Universidade de Lisboa, Faculdade de Ci√™ncias, 2017As florestas de sobreiro (Quercus suber L.) s√£o recursos √ļnicos e emblem√°ticos em Portugal, com elevado impacto econ√≥mico, ecol√≥gico e social. A disponibilidade recente da sequ√™ncia do genoma de sobreiro forneceu um importante contributo para revitalizar a pesquisa em temas como desenvolvimento de corti√ßa e melhoramento da planta, assim como promover a competitividade da ind√ļstria da corti√ßa. No entanto, √© ainda necess√°rio adicionar mais detalhe √† anota√ß√£o estrutural do genoma, nomeadamente ao n√≠vel dos transcritos, incluindo previs√£o de eventos de splicing alternativo. O splicing alternativo (AS) √© um processo usado durante a express√£o g√©nica que origina diferentes variantes de transcritos (isoformas) e produtos proteicos a partir um √ļnico gene. No presente estudo, procedemos √† an√°lise de dezasseis bibliotecas de RNA-seq, preparadas a partir de quatro tecidos de sobreiro (folhas, felema, entrecasco e xilema), de modo a prever novas formas de AS para genes j√° previstos e melhorar a anota√ß√£o estrutural do genoma. Um protocolo bioinform√°tico foi definido para testar o desempenho do software HISAT2 e STAR para mapeamento de reads de RNAseq no genoma de refer√™ncia, e do software Cufflinks e StringTie para (re)constru√ß√£o de transcritos. O alinhamento de reads no genoma efetuado com STAR resultou em taxas de mapeamento (de 84,22% a 86,86%) superiores aos resultados atingidos com HISAT2 (73,88% a 76,55%). Assim, os resultados de mapeamento com STAR foram utilizados para a (re)constru√ß√£o de transcritos. O uso do StringTie para este processo foi globalmente mais conservador do que com Cufflinks, gerando menos transcritos novos, mas com melhor cobertura de reads por pares de base. Para melhorar a precis√£o da anota√ß√£o e reduzir falsos positivos, foi realizado um passo adicional de otimiza√ß√£o com StringTie. Desta otimiza√ß√£o resultou uma anota√ß√£o que prev√™ a ocorr√™ncia de 7 958 novos transcritos (8% dos transcritos totais), dos quais 5 453 s√£o novas isoformas para genes previstos na anota√ß√£o de refer√™ncia. Esta nova anota√ß√£o foi utilizada como refer√™ncia para estimar a abund√Ęncia dos transcritos em cada um dos tecidos estudados e efetuar a an√°lise de express√£o diferencial. Cerca de 16% de todos os genes expressos nos quatro tecidos e que cont√™m intr√Ķes apresentaram splicing alternativo, e os principais eventos de splicing foram alternative acceptor site e intron retention. Grupos de transcritos com express√£o diferencial entre os quatro tecidos foram identificados e a an√°lise de enriquecimento funcional confirmou os principais processos biol√≥gicos esperados para cada tecido: os transcritos mais expressos nas folhas e no xilema estavam relacionados com a fotoss√≠ntese e com transporte, respetivamente; transcritos mais expressos na periderme (felema e entrecasco) mostraram um enriquecimento em categorias funcionais relacionadas com a s√≠ntese de suberina e outros componentes de parede celular presentes nas c√©lulas de corti√ßa. Estes grupos espec√≠ficos mostraram tamb√©m um enriquecimento em transcritos envolvidos na resposta ao stresse (bi√≥tico ou abi√≥tico). Nos tecidos que comp√Ķem a periderme, este enriquecimento foi observado principalmente no entrecasco, enquanto que no felema foi detetado um enriquecimento em transcritos envolvidos no metabolismo secund√°rio. A presente tese permitiu a defini√ß√£o de um protocolo padr√£o que poder√° ser usado para estudar o splicing alternativo no sobreiro e para uma an√°lise mais aprofundada na nova vers√£o do genoma, que estar√° dispon√≠vel em breve.Cork oak (Quercus suber L.) forests are unique and emblematic resources for Portugal, with high economical, ecological and social significance. The recent availability of the cork oak genome sequence provided an important contribution to reinvigorate research in fundamental topics such as cork development and plant improvement, and to promote the competitiveness of cork industry. Yet, further analysis is required to add detail to genome structure annotation, namely at the transcript level, also taking into account alternative splicing. Alternative splicing (AS) is a process used during gene expression to yield different transcript variants and protein products derived from a single gene. In the present study, we analyzed sixteen RNA-seq libraries prepared from four cork oak tissues (leaf, xylem, phellem and inner bark), in order to predict new AS forms for the already predicted genes and improve genome structural annotation. A bioinformatics pipeline was defined in order to test the performance of HISAT2 and STAR for read mapping against the reference genome, and Cufflinks and StringTie for transcript assembly. STAR yielded higher mapping efficiencies (84.22% to 86.86%) for the cork oak datasets, as compared to HISAT2 (73.88% to 76.55%), and the corresponding mapping data was selected for transcript assembly. The use of StringTie for this step was globally more conservative than Cufflinks, generating less novel transcripts, but with better support by read per base coverage. A further optimization step was performed using StringTie in order to improve annotation precision. The final transcript annotation was selected from this optimization step, predicting 7,958 novel transcripts (8% of total transcripts in the new annotation), 5,453 of which were novel isoforms for genes in reference annotation. This new annotation was used as reference to estimate transcript abundance in each tissue and differential expression analysis. Approximately 16% of all intron-containing genes expressed in the four tissues were alternatively spliced and the main event found in the four cork oak tissues was alternative acceptor site, followed by intron retention. Transcript clusters showing differential expression among the four tissues were identified and functional enrichment analysis confirmed the main biological processes expected for each tissue: transcripts highly expressed in leaves and xylem were mostly related to photosynthesis and transport, respectively; transcripts highly expressed in peridermis (phellem and inner bark) showed an enrichment in functional categories related to the synthesis of suberin and other component of cork cell walls. These tissue-specific clusters also showed an enrichment in transcripts involved in the response to stress (biotic or abiotic). Yet, in peridermis, this enrichment was mostly observed in inner bark samples, while phellem samples showed an enrichment in transcripts related to secondary metabolism. This thesis allowed the definition of a standard workflow that can be used to study alternative splicing in cork oak and used for further analysis on the new improved genome version that will be available soon

    LADAR based mapping and obstacle detection system for service robots

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    Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de ComputadoresWhen travelling in unfamiliar environments, a mobile service robot needs to acquire information about his surroundings in order to detect and avoid obstacles and arrive safely at his destination. This dissertation presents a solution for the problem of mapping and obstacle detection in indoor/outdoor structured3 environments, with particular application on service robots equipped with a LADAR. Since this system was designed for structured environments, offroad terrains are outside the scope of this work. Also, the use of any a priori knowledge about LADAR’s surroundings is discarded, i.e. the developed mapping and obstacle detection system works in unknown environments. In this solution, it is assumed that the robot, which carries the LADAR and the mapping and obstacle detection system, is based on a planar surface which is considered to be the ground plane. The LADAR is positioned in a way suitable for a three dimensional world and an AHRS sensor is used to increase the robustness of the system to variations on robot’s attitude, which, in turn, can cause false positives on obstacle detection. The results from the experimental tests conducted in real environments through the incorporation on a physical robot suggest that the developed solution can be a good option for service robots driving in indoor/outdoor structured environments

    Do grego antigo ao portugu√™s contempor√Ęneo: o sortil√©gio da l√≠ngua e a epifania da cultura

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    Quando Martin Heidegger publica o decisivo Sein und Zeit (Ser e Tempo), em 1927, na revista de Husserl Jahrbuch f. Phil. Und ph√§nomelog. Forschung, afirma-se, acima de tudo, um esfor√ßo singular para libertar das garras aduncas do esquecimento a quest√£o do ser, num gesto tit√Ęnico e prometeico do pr√≥prio pensamento. O centro da reflex√£o de Heidegger √© o homem e o sentido do ser, o modo como aparece a si mesmo e se revela como passo na caminhada para a compreens√£o do ser em geral. Assim, o fil√≥sofo utiliza o m√©todo fenomenol√≥gico de modo a analisar a ontologia fundamental a fim de descobrir as estruturas ontol√≥gicas do Dasein (ser - a√≠). Por outro lado, h√° que pensar as rela√ß√Ķes entre o homem e o mundo pois ele √© um ser-no-mundo (In - der - Welt - sein) constituindo este um verdadeiro horizonte a partir do qual reflecte e compreende as coisas e a si pr√≥prio

    Duas nótulas queirosianas: I - O Crime do Padre Amaro como reflexo da evolução estético-ideológica de Eça de Queirós

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    Polémico e atemporal, O crime do padre Amaro configurará ad aeternum a sinergia de contributos estéticos e ideológicos que presidiu ao processo da sua publicação, bem como representará, na prática, um percurso da evolução literária. Encetemos uma subtil peregrinação de modo a equacionarmos, não com um pensativo cigarro, mas tão só com uma sinóptica pena, o itinerário da obra e do autor

    Humanismo e Erasmismo no Renascimento português. Pedro Sanches e a musa de Roterdão: o (des)velado Cálamo de pendor Erasmista

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    O Manuscrito F.G. 6368 da Biblioteca Nacional de Lisboa, relic√°rio da obra de Pedro Sanches, inclui um poema em 161 hex√Ęmetros dact√≠licos, com o t√≠tulo De Superstitionibus Abrantinorum, ou seja, ¬ęAcerca das Supersti√ß√Ķes dos Abrantinos¬Ľ, que mereceu aturado estudo por parte do Doutor Am√©rico da Costa Ramalho 1 e que se revela um texto basilar para a compreens√£o da personalidade do nosso humanista. Este poema denota um pendor erasmista se tivermos em mente um desvelado c√°lamo que ousou entrar nos dom√≠nios da cr√≠tica do exerc√≠cio da religi√£o. Por√©m, se o texto pode atestar o perfume da Musa de Roterd√£o, o autor, talvez devido √†s suas grandes responsabilidades na Corte - ¬ęSupremi Senatus a Secretis, rege Sebastiano¬Ľ, de acordo com o Ms. F.G. 6368 da B.N.L. - n√£o o publicou, nem a outros semelhantes que talvez tivesse escrito, pelo que o c√°lamo erasmista de Sanches se apresenta velado, em rela√ß√£o √† sua √©poca e em rela√ß√£o ao pr√≥prio perfil do humanista, no que concerne √† sua simpatia para com Erasmo

    Luís António Verney e o Verdadeiro Método de Estudar: Um Pensamento Inovador entre Portugal e a Europa.

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    Em Portugal, o s√©culo XVIII apresenta uma dimens√£o mult√≠moda relativamente a estilos de √©poca que nos possibilita identificar uma est√©tica barroca retardat√°ria, um neoclassicismo arc√°dico, um estilo rococ√≥ e um pr√©-romantismo em germina√ß√£o que se ir√° afirmar progressivamente. Esta riqueza ecl√©tica de valores constitui, por excel√™ncia, uma epifania da renova√ß√£o mental que se operou neste s√©culo e que perdurar√° ad aeternum em conex√£o √≠ntima com esse movimento √ļbere que foi o Iluminism

    Duas nótulas queirosianas: II - Eça de Queirós e Emile Zola - do palimpsesto ao autógrafo, entre Les Rougon-Macquart e os Maias

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    Em literatura, n√£o raro encontramos posi√ß√Ķes cr√≠ticas pautadas pelo manique√≠smo simplista que resvalam para o depauperamento do objecto de an√°lise. Todavia, o leitor cr√≠tico deve procurar a compreens√£o mult√≠moda que enforma uma reflex√£o pertinente e atenta. Esta premissa ilumina esta n√≥tula sobre o autor de Os Maias, riqu√≠ssimo exemplo de um polifacetado percurso est√©tico-ideol√≥gico. De facto, a obra de E√ßa conheceu reflex√Ķes e leituras baseadas na descoberta do texto que existe sob outro texto, em busca dos caracteres realistas e naturalistas. Por√©m, um leitor atento deve conciliar o fen√≥meno palimps√©stico com o percurso do autor, demandando o aut√≥grafo da originalidade
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