Stability of Citrus tristeza virus protective isolates in field conditions

O objetivo deste trabalho foi monitorar a manutenção da estabilidade de isolados protetores contra Citrus tristeza virus (CTV) em clones selecionados de laranja 'Pêra' (Citrus sinensis) pré-imunizados ou infectados naturalmente pelo vírus, após sucessivas propagações clonais. O trabalho foi realizado em condições de campo, no norte do Estado do Paraná. A análise do gene da capa protéica (GPC) de 33 isolados, coletados de 16 clones de laranjeira 'Pêra', foi realizada com o uso da técnica polimorfismo conformacional da fita simples (SSCP). Inicialmente, os isolados foram caracterizados por meio de sintomas de caneluras observados nos clones. Em seguida, o genoma viral foi extraído e utilizado como molde para a amplificação do GCP com uso da transcrição reversa da reação em cadeia da polimerase (RTPCR). Os perfis eletroforéticos dos produtos da RTPCR foram analisados alterações nos perfis dos isolados de CTV. Contudo, a estabilidade dos complexos protetores foi mantida, com exceção dos isolados presentes em dois dos clones analisados. Foi observada baixa variabilidade genética nos isolados durante os anos avaliados.The objective of this work was to monitor the maintenance of Citrus tristeza virus (CTV) protective isolates stability in selected clones of 'Pêra' sweet orange (Citrus sinensis), preimmunized or naturally infected by the virus, after successive clonal propagations. The work was carried out in field conditions in the north of Paraná State, Brazil. Coat protein gene (CPG) analysis of 33 isolates collected from 16 clones of 'Pêra' sweet orange was performed using single strand conformational polymorphism (SSCP). Initially, the isolates were characterized by symptoms of stem pitting observed in clones. Then viral genome was extracted and used as template for the amplification of CPG by reverse transcription polimerase chain reaction (RTPCR). RTPCR products electrophoretic profiles were analyzed using the Jaccard coefficient and the UPGMA method. The majority of the clones had weak to moderate stem pitting symptoms and its CTV isolates showed alterations in the SSCP profiles. However, the stability of the protective complex has been maintained, except for isolates from two analised clones. Low genetic variability was observed within the isolates during the studied years

Stability of Citrus tristeza virus protective isolates in field conditions

O objetivo deste trabalho foi monitorar a manutenção da estabilidade de isolados protetores contra Citrus tristeza virus (CTV) em clones selecionados de laranja 'Pêra' (Citrus sinensis) pré-imunizados ou infectados naturalmente pelo vírus, após sucessivas propagações clonais. O trabalho foi realizado em condições de campo, no norte do Estado do Paraná. A análise do gene da capa protéica (GPC) de 33 isolados, coletados de 16 clones de laranjeira 'Pêra', foi realizada com o uso da técnica polimorfismo conformacional da fita simples (SSCP). Inicialmente, os isolados foram caracterizados por meio de sintomas de caneluras observados nos clones. Em seguida, o genoma viral foi extraído e utilizado como molde para a amplificação do GCP com uso da transcrição reversa da reação em cadeia da polimerase (RTPCR). Os perfis eletroforéticos dos produtos da RTPCR foram analisados alterações nos perfis dos isolados de CTV. Contudo, a estabilidade dos complexos protetores foi mantida, com exceção dos isolados presentes em dois dos clones analisados. Foi observada baixa variabilidade genética nos isolados durante os anos avaliados.The objective of this work was to monitor the maintenance of Citrus tristeza virus (CTV) protective isolates stability in selected clones of 'Pêra' sweet orange (Citrus sinensis), preimmunized or naturally infected by the virus, after successive clonal propagations. The work was carried out in field conditions in the north of Paraná State, Brazil. Coat protein gene (CPG) analysis of 33 isolates collected from 16 clones of 'Pêra' sweet orange was performed using single strand conformational polymorphism (SSCP). Initially, the isolates were characterized by symptoms of stem pitting observed in clones. Then viral genome was extracted and used as template for the amplification of CPG by reverse transcription polimerase chain reaction (RTPCR). RTPCR products electrophoretic profiles were analyzed using the Jaccard coefficient and the UPGMA method. The majority of the clones had weak to moderate stem pitting symptoms and its CTV isolates showed alterations in the SSCP profiles. However, the stability of the protective complex has been maintained, except for isolates from two analised clones. Low genetic variability was observed within the isolates during the studied years

Distribuição espaço-temporal de cigarrinhas (Hemiptera: Cicadellidae) vetores da Xylella fastidiosa em pomares cítricos

A clorose variegada dos citros (CVC) é uma doença de plantas cítricas, constatada, em 1987, inicialmente nos municípios do noroeste paulista e da região do triângulo mineiro. Ela é causada por uma bactéria de xilema, denominada Xylella fastidiosa. Sua disseminação ocorre através de borbulhas contaminadas ou por meio de insetos vetores da ordem Hemiptera e família Cicadellidae. Objetivou-se com este trabalho identificar as espécies de cigarrinhas vetoras da Xylella fastidiosa, bem como determinar a sua distribuição espaço-temporal em pomar comercial de laranja doce (Citrus sinensis (L.) Osbeck). O experimento foi realizado em um talhão comercial de laranja doce, variedade Pêra, enxertada sobre limão ‘Cravo’, localizado na região Noroeste do Paraná. Para a amostragem, foram utilizadas armadilhas adesivas amarelas, distribuídas na área periférica e central do pomar, com quatro repetições por rua amostrada (5ª, 30ª, 55ª e 80ª Planta), tendo cada planta sido considerada uma unidade amostral. Foram avaliadas dez ruas do talhão, totalizando 40 armadilhas por amostragem. A cada trinta dias durante o período de avaliação, as armadilhas foram renovadas no pomar. As principais espécies capturadas foram Acrogonia citrina e Dilobopterus costalimai. As maiores incidências ocorreram do inverno para a primavera e do verão para o outono do ano seguinte. De acordo com as análises geoestatísticas, a distribuição espacial dessas espécies se concentra na zona periférica da parcela, onde foi capturada a maior incidência de espécies. Os resultados revelam que há necessidade de adoção de práticas de manejo para as cigarrinhas vetoras de X. fastidiosa diferenciadas no espaço e no tempo

Evaluation of damage caused by anthracnose (Colletotrichum lindemuthianum (Sacc.& Magn.) Scribner) of bean (Phaseolus vulgaris)

Foram realizados ensaios de campo com a antracnose do feijoeiro (Colletotrichum lindemuthianum em três épocas diferentes de plantio, de março a maio e de junho a setembro de 1993, em Piracicaba-SP, e de abril a junho de 1994, em Maringá-PR, com as linhagens Carioca e Rosinha, com o objetivo de quantificar danos causados por esta doença. A severidade da doença, mensurada através do uso de escalas diagramáticas, não apresentou correlação com os danos no patossistema em estudo, resultado do constatado pela regressão linear entre a área sob a curva de progresso da doença (AUDPC) e a produção. O uso de uma nova abordagem na quantificação de danos, utilizando as variáveis explanatórias absorção da área foliar sadia (HAA) e duração de área foliar sadia (HAD) apresentou correlação linear positiva em relação à produção, em todos os ensaios realizados. As plantas possuidoras de maior área foliar, independentemente da época de plantio e da linhagem apresentaram maior produção. As variáveis explanatórias absorção de área foliar sadia (HAA) e duração de área foliar sadia (HAD) e seus respectivos coeficientes de determinação (R2) obtidos na regressão linear entre estes e a produção. A absorção de área foliar sadia apresenta-se como um parâmetro promissor para ser usado na implementação de um sistema de manejo integrado desta doença.Field trials were carried out in three cropping times, from March to May and from June to September, 1993, in Piracicaba, SP, and from April to June, 1994, in Maringá, PR, in order to quantify the damage caused by anthracnose of bean (lines Carioca and Rosinha). Disease severity, measured through diagrammatic scales, did not show any correlation with damage in the studied pathosystem, as indicated by linear regression between the area under the disease progress curve and yield. The use of a new approach of damage quantification employing the explanatory variables healthy leaf area absorption (HAA) and duration of healthy leaf area (HAD) showed positive linear correlation in relation to yield in all trials. Plants with greater leaf area, regardless of cropping time and bean line, showed higher yield. HAA and HAD and their respectives coefficients of determination (R2) obtained in the linear regression between them and yield confirmed this tendency. Healthy leaf area absorption revealed to be a promissing parameters to be used in the implementation of an integraded management system of this disease

Evaluation of damage caused by anthracnose (Colletotrichum lindemuthianum (Sacc.& Magn.) Scribner) of bean (Phaseolus vulgaris)

Foram realizados ensaios de campo com a antracnose do feijoeiro (Colletotrichum lindemuthianum em três épocas diferentes de plantio, de março a maio e de junho a setembro de 1993, em Piracicaba-SP, e de abril a junho de 1994, em Maringá-PR, com as linhagens Carioca e Rosinha, com o objetivo de quantificar danos causados por esta doença. A severidade da doença, mensurada através do uso de escalas diagramáticas, não apresentou correlação com os danos no patossistema em estudo, resultado do constatado pela regressão linear entre a área sob a curva de progresso da doença (AUDPC) e a produção. O uso de uma nova abordagem na quantificação de danos, utilizando as variáveis explanatórias absorção da área foliar sadia (HAA) e duração de área foliar sadia (HAD) apresentou correlação linear positiva em relação à produção, em todos os ensaios realizados. As plantas possuidoras de maior área foliar, independentemente da época de plantio e da linhagem apresentaram maior produção. As variáveis explanatórias absorção de área foliar sadia (HAA) e duração de área foliar sadia (HAD) e seus respectivos coeficientes de determinação (R2) obtidos na regressão linear entre estes e a produção. A absorção de área foliar sadia apresenta-se como um parâmetro promissor para ser usado na implementação de um sistema de manejo integrado desta doença.Field trials were carried out in three cropping times, from March to May and from June to September, 1993, in Piracicaba, SP, and from April to June, 1994, in Maringá, PR, in order to quantify the damage caused by anthracnose of bean (lines Carioca and Rosinha). Disease severity, measured through diagrammatic scales, did not show any correlation with damage in the studied pathosystem, as indicated by linear regression between the area under the disease progress curve and yield. The use of a new approach of damage quantification employing the explanatory variables healthy leaf area absorption (HAA) and duration of healthy leaf area (HAD) showed positive linear correlation in relation to yield in all trials. Plants with greater leaf area, regardless of cropping time and bean line, showed higher yield. HAA and HAD and their respectives coefficients of determination (R2) obtained in the linear regression between them and yield confirmed this tendency. Healthy leaf area absorption revealed to be a promissing parameters to be used in the implementation of an integraded management system of this disease

Comparison of protocols for the extraction of genomic DNA from Sharpshooters (Hemiptera: Cicadellidae) for the detection of Xylella fastidiosa

ABSTRACT: The bacterium Xylella fastidiosa, the causal agent of citrus variegated chlorosis (CVC), is dependent on vector insects for its spread and infection of citrus hosts. The insects, leafhoppers (Hemiptera: Cicadellidae) transmit the bacteria to healthy plants after feeding on infected plants. The objective of this study was to develop and compare methods for extracting genomic DNA from sharpshooters to detect X. fastidiosa. The DNA extraction from insects was performed according to a phenol-chloroform based DNA extraction in conjunction with two commercial kits, Dneasy® Plant Mini Kit and blood & tissue Dneasy® Handbook (Qiagen Inc., Valencia, CA, USA). The heads of the following species of sharpshooter were used: Dilobopterus costalimai, Acrogonia citrina, Oncometopia facialis, Bucephalogonia xanthophis, Macugonalia leucomelas and Homalodisca ignorata. Based on the numeric differences between independent samples, the results showed the use of the phenol:chloroform extraction method (36/50 positives) and the DNeasy® Plant Mini Kit (33/50) resulting in the most detections of X. fastidiosa from leafhopper samples. As these two methods detected Xylella in the greatest number of infected samples, they may be more efficient to use for detection purposes in leafhoppers

Análise espaço-temporal da clorose variegada dos citros no Noroeste do Paraná, com uso de PCR para detecção de Xylella fastidiosa = Spatio-temporal analysis of the citrus variegated chlorosis (CVC) in the Northwest of Paraná, using PCR for detection of Xylella fastidiosa

A citricultura é afetada por inúmeras doenças, como a clorose variegada do citros (CVC), causada pela bactéria Xylella fastidiosa. O objetivo deste trabalho foi determinar a distribuição espacial da doença dentro de pomares comerciais do Noroeste do Paraná com o uso de métodos moleculares. Foram selecionados pomares sintomáticos para CVC com as variedades ‘Pêra’, ‘Valência’ e ‘Folha Murcha’ (Citrus sinensis Osbeck). Foram marcadas para cada variedade, 4 plantas-referência positivas para CVC (por sintomas e análise molecular) e 8 plantas ao redor de cada uma das plantas-referência foram amostradas, num total de 36 plantas por variedade. Realizou-se o teste da Reação da Polimerase em Cadeia (PCR) para detecção da bactéria e na mesma época foram conduzidas avaliações visuais de sintomas de CVC. Os resultados da análise temporal, utilizando-se os modelos Monomolecular, Logístico e Gompertz, apontaram o modelo Logístico como o que melhor se ajustou para descrever o comportamento da doença no tempo, para todas as variedades estudadas. Observou-se que o comportamento espacial da doença diferiu quando a mesma área foiavaliada pelos métodos visual e molecular, resultando em uma diferença no padrão espacial das áreas avaliadas. Portanto, ambos os métodos empregados, sintomas e PCR, foram capazes de constatar asmudanças no padrão espacial apresentado, sendo que a análise molecular (PCR) foi mais sensível para detectar as mudanças ocorridas.<br><br>Countless diseases affect the citriculture, as the citrus variegated chlorosis (CVC) which is caused by the bacteria Xylella fastidiosa.The aim of this work was to determine the space distribution of the disease inside commercial orchards in the Northwest of Paraná, using molecular methods. Symptomatic orchards were selected for CVC with the varieties 'Pêra', 'Valência' and 'Folha Murcha' (Citrus sinensis Osbeck). For each variety, 4 positive reference-plant for CVC (presence of CVC symptoms or molecular analysis by PCR) and 8 plants around of each one reference-plant were evaluated, totaling 36 plants for variety. The detection of the bacteria was conduced by Polimerase Chain Reaction (PCR) technique. Simultaneously, evaluations through visual symptoms of CVC were conducted. The results of the temporal analysis were obtained using the Monomolecular, Logistic and Gompertz models. The Logistic model was the one that best fit to describe the behavior of the disease in the time, for all the studied varieties. Data showed that the space behavior of the disease differed when the same area was evaluated by visual and molecular methods, resulting in a difference in the space pattern of the evaluated areas. Therefore, the two used methods, symptoms and PCR, were capable of verifyingthese changes in the presented space pattern, but the molecular analysis (PCR) was better at detecting the happened changes