Complete mitochondrial genome sequence of a Hungarian red deer (Cervus elaphus hippelaphus) from high-throughput sequencing data and its phylogenetic position within the family Cervidae

Recently, there has been considerable interest in genetic differentiation in the Cervidae family. A common tool used to determine genetic variation in different species, breeds and populations is mitochondrial DNA analysis, which can be used to estimate phylogenetic relationships among animal taxa and for molecular phylogenetic evolution analysis. With the development of sequencing technology, more and more mitochondrial sequences have been made available in public databases, including whole mitochondrial DNA sequences. These data have been used for phylogenetic analysis of animal species, and for studies of evolutionary processes

Development of an InDel marker set to establish hybridization between wild boar and domestic pig (Sus scrofa) breeds

Wild boar and domestic pig breeds belong to the same species (Sus scrofa), so they can easily have viable offspring. This could be a problem in preserving the genetic lines of wild boars, keeping clean the food industry from lower-grade hybrid boar meat, and „producing” ethically questionable trophies, too. The aim of our study was to develop a cost-efficient, fast, easy and accurate marker set which can separate the wild boars from hybrids and domestic pig breeds. The InDel markers were developed using 59 full pig genomes of 17 different breeds (e.g. Duroc, Large White, Landrace, Mangalica, wild boar). Sequence differences between the genomes of wild boars and domestic breeds were identified in variant call files, and verified using the IGV software. Wild boar, mangalica and duroc specific primers to amplify the chosen InDel regions were designed using Primer3. After preliminary tests five markers were chosen, three wild boar specific, one Mangalica specific and one Duroc specific one. Fluorescently labelled primers were used to make the valuation easier and more accurate with capillary electrophoresis instead of gel-electrophoresis. The markers were optimised individually and in multiplex conditions and tested in samples of 11 breeds. In conclusion, a new, faster and cheaper set was developed to separate the wild boars from the hybrids and domestic breeds. Based on the preliminary testing on wild boars, duroc and mangalica breeds zero samples resulted false negative, so it is 100% accurate. In addition, it is a much more cost- and time-effective way than testing every single sample with STR sets

X- and Y-chromosome-specific variants of the amelogenin gene allow non-invasive sex diagnosis for the detection of pseudohermaphrodite goats

The Polled Intersex Syndrome (PIS) is responsible for the absence of horns in homozygous and heterozygous goats causing a female-to-male sex reversal in the homozygous polled genotypic female (XX) goats. A simple and efficient non-invasive method was elaborated to detect the genotypic sex from hair and faecal samples using a pair of primers to amplify the X- and Y-linked alleles of the amelogenin gene. The PCR products were easily distinguishable using agarose gel electrophoresis: we detected an X-specific single band in samples originating from healthy phenotypic females and double (X- and Y-) bands in samples from males. The new PCR method is applicable for diagnosing the sex of PIS-affected animals already as newborn kids, in contrast with the phenotypic findings appearing only after puberty, and thus it may replace the cumbersome chromosome investigations

Előkísérletek házi méh (Apis Mellifera) genotipizálására és spermium mélyhűtésére = Preliminary experiments for the genotyping of domestic bee (Apis mellifera) and sperm freezing

A krajnai méh Kárpát-medencei állomány genetikai diverzitásának és tisztaságának felmérését kezdtük el genomikai alapon fejlesztett DNS markerek segítségével. A különböző családokban az anyák genotípusait STR markerek segítségével tudjuk meghatározni, és kiválasztani, mit érdemes hosszútávon ex-situ tárolni. A felolvasztott spermiumokkal méhanyák mesterségesen termékenyíthetők és visszaállíthatók, illetve irányított keresztezésekbe állíthatók az eltárolt vonalak. Ezért a herék spermiumainak kinyerésére és mélyhűtésére egy jól használható módszert kell kidolgoznunk. Kifejlesztettünk egy saját, sztereomikroszkópos preparálási módszert, az ivarsejteket a szeminális vezikulumból nyertük ki. A spermiumokat tartalmazó médiumot 2 percig 700g-vel centrifugáltuk, a felülúszót eltávolítottuk, és a csapadékot meghatározott mennyiségre hígítottuk, majd 3:2 arányban kevertük össze a krioprotektív anyagokkal (CPA): DMSO25%+BSS+tojássárgája; DMSO10%+BSS+tojássárgája, DMSO25%+Harbo+tojássárgája, DMSO10%+Harbo+tojássárgája. Megállapítottuk, hogy a DMSO-s keverék nem toxikus a spermiumok számára. A 10µl-nyi CPA-val kevert spermiumot 80µl hígítót, 10µl CPA-t tartalmazó 0,25µl-es műszalmákba töltöttük. Tört jégen történő inkubáció után a minták egyik felét közvetlenül a folyékony nitrogént tartalmazó tartályba helyeztük, a másik felét pedig programozható fagyasztógéppel 3oC/perc sebességgel, -40oC-ig hűtöttük. A felolvasztást 38,5oC-os vízfürdőben végeztük, majd a mintákat 38,5oC-on inkubáltuk 10 percig, majd a motilitást fázis kontraszt mikroszkóppal újból megvizsgáltuk. A 10%-os töménységű DMSO-s oldattal kevert spermiumok kivétel nélkül elpusztultak a fagyasztás során, míg a 25%-os koncentrációjú DMSO-s oldattal kevert spermiumok 80%-a (amelyeket programozott lassú hűtéssel fagyasztottunk) túlélte a kezelést, de a felolvasztást követően gyengébb motilitást mutattak