Reconstructing pedigrees using probabilistic analysis of ISSR amplification

Data obtained from ISSR amplification may readily be extracted but only allows us to know, for each gene, if a specific allele is present or not. From this partial information we provide a probabilistic method to reconstruct the pedigree corresponding to some families of diploid cultivars. This method consists in determining for each individual what is the most likely couple of parent pair amongst all older individuals, according to some probability measure. The construction of this measure bears on the fact that the probability to observe the specific alleles in the child, given the status of the parents does not depend on the generation and is the same for each gene. This assumption is then justified from a convergence result of gene frequencies which is proved here. Our reconstruction method is applied to a family of 85 living accessions representing the common broom {\it Cytisus scoparius}.Comment: 5 figure

La botanique : de l'inventaire du 18ème siècle à la phylogénie du 21ème siècle

International audienceDepuis l'époque de la rédaction de l'Encyclopédie, la botanique, l'une des sciences listée dans le Système figuré des connaissances humaines, a beaucoup évolué. Toutefois, et pour des raisons d'espace, seules quelques pratiques (et des compétences) des botanistes sont étudiées, en particulier les pratiques d'inventaire, de description, de dénomination, de classification et d'identification des végétaux. Nous abordons également la botanique comme une discipline, et pas uniquement comme la science qui traite des végétaux, ce qui autorise une prise en compte des lieux où elle se pratique et où certaines compétences sont enseignées. ABSTRACT : Since the period of writing the Encyclopedy, botany, one of the sciences listed in the « Système figuré des connaissances humaines », has deeply evolved. However, because of size limitations, only botanist practices (and skills) are studied, particularly inventorying, describing, naming, classifying and identifying plants. We will also consider botany as a discipline, and not only as the science dealing with plants. This allows us to take into account places where botany is done and where some skills are learned. Le lecteur peut visionner l'enregistrement vidéo de cette conférenc

Identification and assessment of variable single-copy orthologous (SCO) nuclear loci for low-level phylogenomics: a case study in the genus Rosa (Rosaceae)

International audienceBackground: With an ever-growing number of published genomes, many low levels of the Tree of Life now contain several species with enough molecular data to perform shallow-scale phylogenomic studies. Moving away from using just a few universal phylogenetic markers, we can now target thousands of other loci to decipher taxa relationships. Making the best possible selection of informative sequences regarding the taxa studied has emerged as a new issue. Here, we developed a general procedure to mine genomic data, looking for orthologous single-copy loci capable of deciphering phylogenetic relationships below the generic rank. To develop our strategy, we chose the genus Rosa, a rapid-evolving lineage of the Rosaceae family in which several species genomes have recently been sequenced. We also compared our loci to conventional plastid markers, commonly used for phylogenetic inference in this genus

ZOOTAXA

www.mapress.com/zootaxa

Taxinomiste et nomenclateur en 2012 - entre milliers (millions) de données et histoire des sciences

Taxinomiste et nomenclateur en 2012 - entre milliers (millions) de données et histoire des science

La botanique : de l'inventaire du 18ème siècle à la phylogénie du 21ème siècle

International audienceDepuis l'époque de la rédaction de l'Encyclopédie, la botanique, l'une des sciences listée dans le Système figuré des connaissances humaines, a beaucoup évolué. Toutefois, et pour des raisons d'espace, seules quelques pratiques (et des compétences) des botanistes sont étudiées, en particulier les pratiques d'inventaire, de description, de dénomination, de classification et d'identification des végétaux. Nous abordons également la botanique comme une discipline, et pas uniquement comme la science qui traite des végétaux, ce qui autorise une prise en compte des lieux où elle se pratique et où certaines compétences sont enseignées. ABSTRACT : Since the period of writing the Encyclopedy, botany, one of the sciences listed in the « Système figuré des connaissances humaines », has deeply evolved. However, because of size limitations, only botanist practices (and skills) are studied, particularly inventorying, describing, naming, classifying and identifying plants. We will also consider botany as a discipline, and not only as the science dealing with plants. This allows us to take into account places where botany is done and where some skills are learned. Le lecteur peut visionner l'enregistrement vidéo de cette conférenc

La géographie des plantes - Aux Origines des Plantes. 1 des plantes anciennes à la botanique du XXIe siècle

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Enquête et bilan sur l'enseignement et la recherche en systématique en France

National audienceIn 2005, the French Systematics Society did a series of investigations into the teaching systematics in France. From these investigations it rises a decomposition of systematic into five elements, namely identification, classification, phylogeny, evolution, and the taxonomy – nomenclature unit. According to the education levels (primary education, secondary education, university), these various elements are, or not, studied. All in all, whatever is the education level, phylogeny is always approached, generally together with identification and classification. In addition, an analysis of the publication and PhD thesis indicate that two areas are dominant for plant systematics, the Paris region and Languedoc-Roussillon, and the themes approached are mainly centered on the crop plants from temperate countries and the tropical wild plantsEn 2005, la Société Française de Systématique a réalisé des enquêtes sur l’enseignement de la systématique en France. De ces enquêtes il découle une décomposition de la systématique en cinq éléments de formation : l’identification, la classification, la phylogénie, l’évolution, et l’ensemble taxinomie – nomenclature. Selon les niveaux de formation (primaire, secondaire, université), ces divers éléments sont, ou non, étudiés. Globalement, quel que soit le niveau de formation, l’aspect phylogénie est toujours abordé, généralement avec ceux de l’identification et de la classification. D’autre part, une analyse des publications et des thèses indique que deux régions sont dominantes en systématique végétale : la région parisienne et le Languedoc-Roussillon, et les thématiques abordées sont principalement centrées sur les plantes cultivées tempérées et les plantes sauvages tropicale

Les règles de nomenclature - Histoire et fonctionnement.

National audienc

La nomenclature botanique : les Codes internationaux de nomenclature botanique et horticole - Peut-on classer le vivant ? Linné et la systématique aujourd’hui.

La nomenclature botanique : les Codes internationaux de nomenclature botanique et horticole - Peut-on classer le vivant ? Linné et la systématique aujourd’hui