How is tailored implementation undertaken using a self-guided toolkit? Qualitative study of the ItFits-toolkit in the ImpleMentAll project

BackgroundThe process of tailored implementation is ill-defined and under-explored. The ItFits-toolkit was developed and subsequently tested as a self-guided online platform to facilitate implementation of tailored strategies for internet-based cognitive behavioural therapy (iCBT) services. In ImpleMentAll, ItFits-toolkit had a small but positive effect on the primary outcome of iCBT normalisation. This paper investigates, from a qualitative perspective, how implementation teams developed and undertook tailored implementation using the toolkit within the trial.MethodsImplementation teams in thirteen sites from nine countries (Europe and Australia) used the ItFits-toolkit for six months minimum, consistent with the trial protocol. A qualitative process evaluation was conducted. Descriptive data regarding goals, barriers, strategies, and implementation plans collected within the toolkit informed qualitative data collection in real time. Qualitative data included remote longitudinal interviews (n = 55) with implementation team members (n = 30) and observations of support calls (n = 19) with study sites. Qualitative data were analysed thematically, using a team-based approach.ResultsImplementation teams developed and executed tailored implementation projects across all steps in the toolkit process. Working in a structured way but with room for flexibility, decisions were shaped by team members' ideas and goals, iterative stakeholder engagement, internal and external influences, and the context of the ImpleMentAll project. Although teams reported some positive impacts of their projects, 'time', both for undertaking the work, and for seeing project impacts, was described as a key factor in decisions about implementation strategies and assessments of success.ConclusionThis study responds directly to McHugh et al.'s (2022) call for empirical description of what implementation tailoring looks like in action, in service settings. Self-guided facilitation of tailored implementation enables implementers in service settings to undertake tailoring within their organisations. Implementation tailoring takes considerable time and involves detailed work but can be supported through the provision of implementation science informed guidance and materials, iterative and ongoing stakeholder engagement, and working reflectively in response to external influencing factors. Directions for advancement of tailored implementation are suggested

A la recherche de la fonction des systèmes toxine-antitoxine chromosomiques d'E. coli K12

Les systèmes toxine-antitoxines (TA) sont abondants dans la majorité des génomes bactériens séquencés à ce jour. Ces systèmes codent une toxine stable qui inhibe soit la transcription, soit la traduction, et une antitoxine qui contrecarre l’effet de la toxine par formation d’un complexe avec celle-ci. L’antitoxine est instable suite à sa dégradation continue par les protéases ATP-dépendantes. Afin de maintenir un ratio antitoxine :toxine constant en condition normale de croissance, l’expression des systèmes TA est régulée négativement au niveau transcriptionnel par le complexe toxine-antitoxine.Au début de notre travail, cinq systèmes TA étaient identifiés dans le chromosome d’E. coli. Il avait été montré par notre laboratoire que parmi ces systèmes, seul yefM-yoeB était activé en condition de surproduction de la protéase ATP-dépendante Lon. Ce résultat était surprenant puisque Lon était connue pour dégrader également l’antitoxine RelB du système chromosomique relBE. Un des objectifs de notre travail était de comprendre les mécanismes sous-jacents à cette spécificité. Nous avons montré que l’antitoxine YefM était dégradée à la fois par Lon et les protéases ClpAP et ClpXP. Nous avons également montré qu’en condition de surproduction de Lon, YefM était fortement instable (t1/2~ 10 min. vs 60 min en condition normale). Cette instabilité accrue permet donc l’activation du système yefM-yoeB, c’est-à-dire la libération de la toxine YoeB du complexe qu’elle forme avec YefM. Nous avons également avons montré que le t1/2 de RelB n’était pas affecté par la surproduction de Lon, ce qui explique pourquoi le système relBE n’est pas activé dans ces conditions. Notre hypothèse était qu’un cofacteur soit nécessaire à la dégradation de RelB par Lon et que celui-ci serait limitant dans nos conditions expérimentales. Le crible génétique que nous avons réalisé n’a cependant pas permis d’identifier de cofacteur de dégradation ni de régulateur transcriptionnel en trans du système relBE. Un deuxième volet de notre travail de thèse a consisté en l’étude de la fonction des systèmes TA chromosomiques. L’hypothèse prévalente au début de notre travail était que les systèmes TA soient intégrés dans les voies adaptatives de réponses au stress. Cependant, le résultat de leur activation était controversé. L’hypothèse du groupe de Gerdes était que leur activation mène à un état bactériostatique réversible alors que le groupe d’Engelberg-Kulka montrait que le système mazEF était un système de mort programmée. Afin d’éclaircir le rôle des cinq systèmes TA dans la physiologie d’E. coli, nous avons testé l’effet de nombreux stress sur la croissance et la viabilité de souches sauvages et de souches délétées de ces systèmes. Aucune des conditions que nous avons testées n’a entraîné une diminution de la viabilité excluant de manière définitive l’hypothèse de la mort programmée. De plus, l’inhibition de croissance causée par ces différents stress s’est avérée être indépendante des cinq systèmes, de même que la phase de récupération suivant les différents stress. Enfin, nos expériences de compétition ont clairement démontré que les cinq systèmes ne procuraient aucun avantage sélectif aux bactéries dans des conditions de compétition en carence nutritive. Les systèmes TA étudiés dans ce travail ne jouent donc aucun rôle dans l’adaptation aux stress que nous avons testé puisqu’ils n’améliorent ni l’aptitude (fitness), ni la compétitivité des bactéries dans ces conditions. Doctorat en Sciencesinfo:eu-repo/semantics/nonPublishe

Biological roles of the Lon ATP-dependent protease.

The Lon ATP-dependent protease plays a major role in protein quality control. An increasing number of regulatory proteins, however, are being identified as Lon substrates, thus indicating that in addition to its housekeeping function, Lon plays an important role in regulating many biological processes in bacteria. This review presents and discusses the involvement of Lon in different aspects of bacterial physiology, including cell differentiation, sporulation, pathogenicity and survival under starvation conditions.Journal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov'tReviewSCOPUS: sh.jinfo:eu-repo/semantics/publishe

What is the benefit to Escherichia coli of having multiple toxin-antitoxin systems in its genome?

The Escherichia coli K-12 chromosome encodes at least five proteic toxin-antitoxin (TA) systems. The mazEF and relBE systems have been extensively characterized and were proposed to be general stress response modules. On one hand, mazEF was proposed to act as a programmed cell death system that is triggered by a variety of stresses. On the other hand, relBE and mazEF were proposed to serve as growth modulators that induce a dormancy state during amino acid starvation. These conflicting hypotheses led us to test a possible synergetic effect of the five characterized E. coli TA systems on stress response. We compared the behavior of a wild-type strain and its derivative devoid of the five TA systems under various stress conditions. We were unable to detect TA-dependent programmed cell death under any of these conditions, even under conditions previously reported to induce it. Thus, our results rule out the programmed-cell-death hypothesis. Moreover, the presence of the five TA systems advantaged neither recovery from the different stresses nor cell growth under nutrient-limited conditions in competition experiments. This casts a doubt on whether TA systems significantly influence bacterial fitness and competitiveness during non-steady-state growth conditions.Journal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov'tSCOPUS: ar.jinfo:eu-repo/semantics/publishe

An alternative flexible conformation of the E. coli HUbeta(2) protein: structural, dynamics, and functional aspects.

The histone-like HU protein is the major nucleoid-associated protein involved in the dynamics and structure of the bacterial chromosome. Under physiological conditions, the three possible dimeric forms of the E. coli HU protein (EcHUalpha(2), EcHUbeta(2), and EcHUalphabeta) are in thermal equilibrium between two dimeric conformations (N(2) I(2)) varying in their secondary structure content. High-temperature molecular dynamics simulations combined with NMR experiments provide information about structural and dynamics features at the atomic level for the N(2) to I(2) thermal transition of the EcHUbeta(2) homodimer. On the basis of these data, a realistic 3D model is proposed for the major I(2) conformation of EcHUbeta(2). This model is in agreement with previous experimental data