Genomska tipizacija i filogenetska analiza izolata pasjeg parvovirusa izdvojenih u državi Odisha u Indiji.

Canine parvovirus type 2 (CPV-2) comprises three major antigenic variants CPV-2a, CPV-2b and CPV-2c. Their mutated variants in geographically distinct locations need to be investigated to understand viral evolution and for development of effective management measures. In the present study, 71 faecal and 12 blood samples from suspected dogs in the state of Odisha, India were analyzed by PCR. Faecal lysate, extracted by the fast boiling method was found to be more sensitive as a template for PCR compared to DNA extracted from faecal samples by the phenol-chloroform method. The results revealed 29 positive cases (583 bp amplicon) out of 71 faecal samples, and 5 positive cases out of 12 blood samples examined, with a few variations in the results from blood and faecal samples in the same cases, thus suggesting the necessity of screening both blood and faecal samples for diagnosis. Restriction digestion of the 583 bp PCR amplicon with MboII (PCR-RFLP) confirmed the strain not to be CPV-2c. Further sequencing of the 583 bp fragments recognized the variant as one of the mutated CPV-2a strain. Interestingly, an additional presence of CPV-2a mutant of 525 bp was observed in eleven of the positive faecal samples, along with the 583 bp fragment in PCR that needs further characterization. These two CPV-2a variants shared a common clade with other CPV-2a variants in the phylogenetic tree separating CPV-2b and CPV-2c. Our results confirm the dynamic changes in CPV variants and emphasize the importance of CPV surveillance for understanding of viral epidemiology.Pasji parvovirus tip 2 (PPV-2) ima tri glavne antigenske varijante: PPV-2a, PPV-2b i PPV-2c. Radi razumijevanja njegove evolucije i razvijanja učinkovitih mjera suzbijanja potrebno je istražiti njegove mutante iz različitih geografskih područja. U ovom je radu lančanom reakcijom polimerazom bio pretražen 71 uzorak fecesa i 12 uzoraka krvi pasa sa sumnjom na parvovirusnu infekciju u državi Odisha u Indiji. Postupak dobivanja fekalnog lizata brzim ključanjem pri 100 °C pokazao se osjetljivijim u odnosu na ekstrakciju DNA iz uzoraka fecesa fenol-kloroformom. Rezultati su pokazali da je od 71 pretraženog uzorka fecesa 29 bilo pozitivnih (583 bp umnožak), a od 12 pretraženih uzoraka krvi sedam pozitivnih s različitim nalazima kod istih slučajeva, što govori da je za postavljanje dijagnoze potrebno pretražiti oba uzorka od iste životinje. Cijepanje odsječka 583 bp restrikcijskim enzimom MboII (PCR-RFLP) pokazalo je da izdvojeni soj ne pripada PPV-2c. Daljnjim sekvencioniranjem fragmenata od 583 bp pokazalo se da izolat pripada mutiranoj varijanti PPV-2a. Zanimljivo je da je u 11 pozitivnih uzoraka fecesa usporedno s fragmentima od 583 bp bila dokazana i prisutnost mutanta PPV-2a s fragmentom od 525 bp što iziskuje daljnju karakterizaciju. Te dvije varijante PPV-2a svrstane su u zajedničku skupinu u filogenetskom stablu, različitu od PPV-2b i PPV-2c. Naši rezultati potvrđuju dinamiku promjena varijanata PPV s naglaskom na važnost istraživanja za razumijevanje njegove epizootiologije