Inactivation efficacy of H5N1 avian influenza virus by commonly used sample preparation reagents for safe laboratory practices

The objective of this study was to determine the inactivation efficiency of common sample preparation reagents against highly pathogenic avian influenza A (HPAI) H5N1 virus. HPAI H5N1 virus has caused infections in humans with a mortality rate of over 50%. Due to the high mortality and the risk of aerosol transmission of that virus to humans and birds, infectious HPAI H5N1 viruses are contained in a biosafety level 3 laboratory. However, many procedures for further molecular analyses would be easier in lower biosafety conditions. To ensure the laboratory safety the successful inactivation procedures should be demonstrated before the samples are transferred to a lower containment facility. We tested the inactivation capacity of commonly used cell lysis buffer radio-immuno precipitation assay (RIPA) buffer for protein samples, cell fixatives methanol (MeOH) and paraformaldehyde (PFA) and guanidine isothiocyanate-containing lysis buffer for RNA isolation (RLT, Qiagen) in H5N1-infected cells. Based on our results RLT buffer, 90% MeOH (20 min, −20 °C) and 4% PFA (30 min, RT) all completely inactivated the HPAI H5N1 virus. However, RIPA buffer alone was not sufficient to inactivate the HPAI H5N1 virus in infected cell samples but, instead, combining RIPA lysis buffer and boiling for 10 min the samples in Laemmli buffer led to complete inactivation of the virus.</p

Näkökulmaa bioturvallisuuteen ja biologisen riskin arviointiin

</p

Minästä kiinni – Perusopetuksen oppimateriaali moninaisista identiteeteistä

Ota minästä kiinni, vahvista luokan yhteisöllisyyttä ja opasta oppilaasi kiehtovalle matkalle omiin identiteetteihinsä! Minästä kiinni ja Kielestä koppi -oppimateriaalipari sisältää toiminnallisia, yhteisöllisiä ja innostavia tehtäviä moninaisten identiteettien tarkasteluun, kielitietoiseen oppimiseen sekä monikielisten taitojen kehittämiseen. Tehtäviä tukee tiivis pedagoginen teoriaosuus. Tämän materiaalin avulla opettajan on helppo tuoda opetussuunnitelman edellyttämä kieli- ja kulttuuritietoisuus osaksi opetusta! Minästä kiinni -materiaali tarjoaa opettajalle välineitä jokaisen oppilaan moninaisuuden, identiteettien ja vahvuuksien esiintuomiseen. Lisäksi se herättelee keskustelua yksilön ja yhteiskunnan arvoista, eriarvoisuudesta sekä mahdollisuuksista. Oppimateriaalia voidaan käyttää kaikissa oppiaineissa sekä monialaisissa oppimiskokonaisuuksissa kaikilla perusopetuksen vuosiluokilla. Asioita lähestytään itseilmaisun ja yhdessä tekemisen kautta turvallisessa ilmapiirissä. Materiaali on kehitetty Turun yliopistolla yhteistyössä alan eri asiantuntijoiden ja opettajien kanssa.</p

Biouhkat ja turvallisuus : uhkaksi kutsutusta uhkaksi muodostuneet

In Finland, the governmental security policy has traditionally been linked to foreign and defence policy. During the last few decades, the narrow approach to security has been widened to contain new types of threats. These new threats are being managed under the concept of comprehensive security. Biological threats such as pandemics, naturally occurring epidemics, accidents, bioterrorism, and the misuse of biological agents have gained attention nationally and internationally. This doctoral thesis studies how biological threats have become one of the threats that are being prepared for under the concept of comprehensive security. What biological threats are considered as threats in the strategic security policy documents, and what biological threats have been selected to be governed? The aim of this study was to examine what types of instruments are being used to govern biological threats and how the response to biological threats has been institutionalized to be a part of the whole-of-society preparedness. The theory framework is based on the securitization theory. The materials used in the study include governmental security policy reports, National Security Strategies, National Risk Assessments, legislation, government proposals, and other strategies concerning the management of biological threats. Also, expert interviews were conducted for the study. The content analysis and interpretative policy analysis were applied in the empirical study. This doctoral thesis shows that biological threats have become threats presented in the official security policy reports and security strategies in the 2000s. The understanding of biological threats as security threats has widened from the use of weapons of mass destruction and biological weapons to naturally occurring biological threats such as epidemics and pandemics. Infectious disease threats have widened the understanding of security and security policy. The concept of comprehensive security has been used in the preparedness for biological threats, but in reality, the governance of biological threats is scattered. The actors that have a role in the governance of biological threats are being scattered in different government branches and levels all the way from the central government to the local level. The instruments to govern biological threats are a wide collection of different kinds of tools and regulations that reflect the views of different government sectors. The Finnish approach to defining security threats is based partly on risk assessments and the interaction between different kinds of security documents. The likelihood and severity of risks is assessed in the National Risk Assessments, security issues are declared security threats in The National Security Policy, and general measures and principles to manage the risks are described in The Security Strategy for Society. According to the collective securitization theory, security speech and the means to govern the threat became a part of the status quo which leads to the securitizing becoming the norm. This model is self-intensifying. The securitization has happened as a part of the international development that includes The World Health Organization and The European Union making securitizing moves on infectious diseases and requiring the member states to manage the biological threats. In this case it might not be correct to call the securitization in Finland as an active process but more of a passive one as a part of the international development. The coronavirus pandemic has demonstrated in practice what it means to securitize an infectious disease. It has also raised the discussion on how much individual's rights can be restricted due to the intention to contain a disease. Traditionally, infectious diseases policies have been developed by health experts and based on scientific knowledge. This study supports the findings that biological threats have been strategically used to improve the preparedness. Pandemic preparedness has been regarded as a means to draw the authorities' attention to new pathogens, unknown threats and the need to implement new measures to detect and prevent new epidemics. Pandemic preparedness has been integrated into daily practices. When there's the need to securitize a new biological threat, as it was during the coronavirus pandemics, the instruments to do it are already in place. In the documents studied in this doctoral thesis, the threats are being managed mostly with normal political practices, such as delegating the responsibility to a ministry or an organization or by distributing resources. The relationship between securitization and politization is a very complex one. During the coronavirus pandemics, it has been evident that the epidemics is also being governed by political decisions.Suomessa turvallisuuspolitiikan käsite on perinteisesti liitetty ulko- ja puolustuspolitiikkaan. Kapea turvallisuuskäsitys on viimeisten vuosikymmenten aikana laajentunut käsittämään uudenlaisia uhkia, joita pyritään hallitsemaan kokonaisturvallisuuden konseptin avulla. Erilaiset biologiset uhkat kuten pandemiat, luonnolliset epidemiat, onnettomuudet tai bioterrorismi ja muu biologisten tekijöiden väärinkäyttö ovat nousseet huomion kohteeksi niin kansainvälisesti kuin kansallisesti. Tässä tutkimuksessa tarkasteltiin sitä, miten erilaiset biologiset uhkat ovat muuttuneet yhdeksi niistä uhkista, joihin varaudutaan kokonaisturvallisuuden lähestymistavalla. Mitkä biologiset uhkat nähdään uhkina kansallisissa strategissa turvallisuusdokumenteissa, ja mitkä biologiset uhkat ovat valikoituneet hallintatointen kohteeksi? Tavoitteena oli tutkia, millaisilla instrumenteilla biologisia uhkia pyritään hallitsemaan, ja miten vaste on institutionalisoitunut osaksi yhteiskunnan varaumista. Tutkimus tehtiin turvallistamisteorian (securitization theory) viitekehyksessä. Tutkimusaineistona käytettiin turvallisuusselontekoja, Yhteiskunnan turvallisuusstrategioita, Kansallisia riskiarviointeja, lakitekstejä, hallituksen esityksiä sekä muita biologisten uhkien hallintaan liittyviä strategioita. Lisäksi tutkimusta varten haastateltiin eri hallinnonalojen asiantuntijoita. Tutkimuksen empiirinen osa rakentuu sisällönanalyysin ja tulkitsevan policyanalyysin varaan. Väitöskirjan osoittaa, että 2000-luvun aikana biologiset uhkat on otettu Suomessa osaksi virallisia, turvallisuuspoliittisissa selonteoissa ja turvallisuusstrategioissa käsiteltyjä uhkakuvia. Näkemys biologisten uhkien aiheuttamasta uhkasta Suomen turvallisuudelle on vuosien varrella laajentunut joukkotuhoaseiden ja biologisten aseiden käytöstä luonnollisiin biologisiin uhkiin kuten epidemioihin ja pandemioihin. Tartuntatautiriskit ovat puolestaan laajentaneet käsitystä turvallisuudesta ja turvallisuuspolitiikasta. Biologisiin uhkiin varaudutaan kokonaisturvallisuuden konseptin alla, mutta biologisten uhkien hallintaan liittyy kuitenkin kauttaaltaan pirstaleisuus. Biologisten uhkien hallintaan liittyvät toimijat jakaantuvat useille eri hallinnonaloille ja hallinnon tasoille aina keskushallinnosta paikallisiin toimijoihin. Erilaisten biologisten uhkien hallintainstrumentit ovat laaja kokoelma erilaisia säädöksiä, jotka käsittelevät biologista uhkaa oman hallinnonalansa näkökulmasta. Suomalainen turvallisuusuhkien määrittelyn malli perustuu osittain riskinarvioinnille sekä eri dokumenttien väliseen vuorovaikutukseen. Kansallisissa riskiarvioissa arvioidaan potentiaalisten uhkien todennäköisyys ja vakavuus, selonteossa julistetaan jokin asia turvallisuusuhkaksi ja Yhteiskunnan turvallisuusstrategiassa määritellään hallintakeinot. Kollektiivisen turvallistamisteorian mukaisesti turvallisuuspuhe ja uhkaa vastaan luodun hallintakeinot tulevat osaksi vallitsevaa status quoa, mikä johtaa siihen, että turvallistamista tulee osa normaalia. Tämä malli on itseään vahvistava. Turvallistumiskehitys on tapahtunut osana kansainvälistä kehitystä, jossa esimerkiksi Maailman terveysjärjestö ja Euroopan unioni ovat toimineet tartuntatautien turvallistajina sekä edellyttäneet jäsenvaltioilta toimia biologisiin uhkiin vastaamiseksi. Tällöin ei yksittäisen valtion kuten Suomen kohdalla voi välttämättä puhua tartuntatautien aktiivisesta turvallisestamisesta, vaan ainakin osittain tartuntatautien turvallistumisesta osana kansainvälistä kehitystä. Koronaviruspandemia on osoittanut käytännössä, mitä tartuntataudin turvallistaminen tarkoittaa. Se on myös lisännyt keskustelua siitä, kuinka paljon yksilön oikeuksia voidaan rajoittaa tartuntataudin leviämisen estämisen varjolla. Tartuntatautipolicyt ovat perinteisesti olleet terveysalan asiantuntijoiden tekemiä ja tieteelliseen tietoon perustuvia. Tämän tutkimuksen tulokset tukevat päätelmää siitä, kuinka biologisia uhkakuvia on käytetty strategisesti valmiuden parantamiseen. Pandemiavalmiutta on pidetty keinona, jolla terveysasiantuntijat saivat kiinnitettyä viranomaisten huomion uusiin patogeeneihin, tuntemattomiin uhkiin ja tarpeeseen ottaa käyttöön uusia keinoja epidemioiden tunnistamiseksi ja rajoittamiseksi. Pandemiavalmius on integroitu jokapäiväisiin toimiin. Kun syntyy tarve turvallistaa jokin biologinen uhka nopeasti, kuten koronapandemian yhteydessä on käynyt, instrumentit siihen ovat jo valmiina. Tutkituissa dokumenteissa esitettyjä uhkakuvia pyritään hallitsemaan ennen kaikkea normaaleilla poliittisilla keinoilla, esimerkiksi vastuuttamalla asian hoitaminen jollekin ministeriölle tai organisaatiolle, tai resurssienjaolla. Turvallistamisen ja politisoinnin suhde onkin hyvin monimutkainen. Pandemiatilanteessa on myös tuonut esiin, kuinka tartuntatautitilannetta hallitaan myös poliittisilla päätöksillä

Positive stances toward cultural and linguistic diversity in Finnish schools after educational reforms

This study examined students’ (N = 659) and teachers’ (N = 74) stances toward linguistic and cultural diversity in Finland after national educational policy reforms. The students’ and teachers’ stances were positive, and the students felt appreciated at school; however, differences were found based on the gender, age, and first language of the students and between teacher groups. Positive stances toward languages and language use seemed to decrease with age, and older students and students with other L1 than Finnish had a lower sense of belonging. Targeted attention should be paid to further increasing culturally sustaining and linguistically responsive school cultures.

Kielestä koppi – Oppimateriaali kielitietoiseen perusopetukseen

Ota kielestä koppi, kesytä kielitietoisuus ja opasta oppilaasi kiehtovalle matkalle kielten ulottuvuuksiin! Kielestä koppi ja Minästä kiinni -oppimateriaalipari sisältää toiminnallisia, yhteisöllisiä ja innostavia tehtäviä kielitietoiseen oppimiseen ja monikielellisten taitojen kehittämiseen sekä moninaisten identiteettien tarkasteluun. Tehtäviä tukee tiivis pedagoginen teoriaosuus. Tämän materiaalin avulla opettajan on helppo tuoda opetussuunnitelman edellyttämä kieli- ja kulttuuritietoisuus osaksi opetusta! Kielestä koppi -materiaali tarjoaa strategioita lukemiseen ja kirjoittamiseen, kieleilyyn ja kielitietoisuuden lisäämiseen. Lisäksi se herättelee valmiuksia kielten oppimiseen sekä antaa tukea monikielisten oppilaiden huomioimiseen. Oppimateriaalia voidaan käyttää kaikissa oppiaineissa sekä monialaisissa oppimiskokonaisuuksissa kaikilla perusopetuksen vuosiluokilla. Materiaali on kehitetty Turun yliopistolla yhteistyössä alan eri asiantuntijoiden ja opettajien kanssa.</p

Phylogeography of Francisella tularensis subspecies holarctica in Finland, 1993-2011

201