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Phenotypic and genotypic screening of rice genotypes at seedling stage for salt tolerance | Selección fenotípica y genotípica de genotipos de arroz para tolerancia a la salinidad en la etapa de plántulas
Selection for salinity tolerant genotypes of rice based on phenotypic performance alone is less reliable and will delay in progress in breeding. Recent advent of molecular markers, microsatellites or simple sequence repeats (SSRs), have been useful in finding salt tolerant rice genotypes. Three selected SSR markers already known to be polymorphic, viz., RM7075, RM336 and RM253, were used to evaluate rice genotypes for salt tolerance. Phenotypic and genotypic evaluation for salinity tolerance was done at the seedling stage. Phenotyping was done in hydroponic system using salinized (EC 12 dS/m) nutrient solution following IRRI standard protocol. Large variation in salinity tolerance among the rice germplasms was detected. Salt stress (EC 12 dS/m) reduced seedling height by 19.0% and total dry matter of tolerant lines by 40.6%,
whereas, total dry matter of susceptible lines were reduced by 46.0-73.5%. All the tested markers were polymorphic and were able to discriminate salt tolerant genotypes from susceptible. The genotypes having similar banding pattern with Pokkali were considered as salt tolerant. Markers RM7075, RM336 and RM253 identified eight, nine and seven salt tolerant genotypes, respectively. Through phenotypic and genotypic study, three genotypes viz., Pokkali, TNDB-100 and THDB
were identified as salt tolerant rice genotypes. These SSR markers might have sequence homology with salt tolerant rice genotypes and consequently the markers could able to identify salt tolerant rice genotypes from susceptible ones.
Key words: rice, salinity tolerance, SSR markers, seedling stage.
RESUMEN
La selección para resistencia a la salinidad de genotipos de arroz, basada solamente en el comportamiento fenotípico, es menos confiable y retarda el avance en el mejoramiento. Se han utilizado avances recientes en marcadores moleculares, microsatélites o repeticiones de secuencias simples (SSR por sus siglas en inglés) para determinar genotipos de arroz
tolerantes a la salinidad. Se utilizaron tres marcadores SSR viz., RM7075, RM336 y RM253 para evaluar genotipos de arroz para tolerancia a la salinidad. La evaluación fenotípica y genotípica para la tolerancia a la salinidad se realizó en la etapa de plántula. La fenotipificación de once genotipos se realizó en un sistema hidropónico utilizando solución nutritiva salinizada (CE 12 dS/m). Se siguió el protocolo estandarizado del IRRI para evaluar la tolerancia a la salinidad. Se detectó una gran
variación en la tolerancia a la salinidad entre el germoplasma de arroz. La altura de las plántulas y la materia seca total de las líneas tolerantes se redujeron en un 19,0 y 40,6%, respectivamente, bajo estrés salino (CE 12 dS/m), en tanto que las de las líneas susceptibles se redujeron en un 46,0% y 73,5%, respectivamente. Los marcadores mostraron polimorfismo y fueron capaces de discriminar los genotipos tolerantes a la salinidad de aquellos susceptibles. Los genotipos con un patrón
similar de bandas a Pokkali se consideraron como tolerantes a la salinidad. Los marcadores SSR (RM7075, RM336 y RM253) identificaron ocho, nueve y siete genotipos tolerantes a la salinidad, respectivamente. A través del estudio fenotípico y genotípico, tres genotipos viz., Pokkali, TNDB-100 y THDB se identificaron como cultivares de arroz tolerantes a la salinidad. Estos marcadores SSR podrían tener homología de secuencias con genotipos de arroz tolerantes a la salinidad y por consiguiente, los marcadores podrían ser capaces de identificar genotipos de arroz tolerantes a la salinidad de aquellos susceptibles.
Palabras clave: Arroz, tolerancia a la salinidad, marcadores SSR, etapa de plántulas
Phenotypic and genotypic screening of rice genotypes at seedling stage for salt tolerance
Selection for salinity tolerant genotypes of rice based on phenotypic performance alone is less reliable and will delay in
progress in breeding. Recent advent of molecular markers, microsatellites or simple sequence repeats (SSRs), have been
useful in finding salt tolerant rice genotypes. Three selected SSR markers already known to be polymorphic, viz., RM7075,
RM336 and RM253, were used to evaluate rice genotypes for salt tolerance. Phenotypic and genotypic evaluation for
salinity tolerance was done at the seedling stage. Phenotyping was done in hydroponic system using salinized (EC 12 dS/m)
nutrient solution following IRRI standard protocol. Large variation in salinity tolerance among the rice germplasms was
detected. Salt stress (EC 12 dS/m) reduced seedling height by 19.0% and total dry matter of tolerant lines by 40.6%,
whereas, total dry matter of susceptible lines were reduced by 46.0-73.5%. All the tested markers were polymorphic and
were able to discriminate salt tolerant genotypes from susceptible. The genotypes having similar banding pattern with
Pokkali were considered as salt tolerant. Markers RM7075, RM336 and RM253 identified eight, nine and seven salt tolerant
genotypes, respectively. Through phenotypic and genotypic study, three genotypes viz., Pokkali, TNDB-100 and THDB
were identified as salt tolerant rice genotypes. These SSR markers might have sequence homology with salt tolerant rice
genotypes and consequently the markers could able to identify salt tolerant rice genotypes from susceptible onesLa selección para resistencia a la salinidad de genotipos de arroz, basada solamente en el comportamiento fenotípico, es
menos confiable y retarda el avance en el mejoramiento. Se han utilizado avances recientes en marcadores moleculares,
microsatélites o repeticiones de secuencias simples (SSR por sus siglas en inglés) para determinar genotipos de arroz
tolerantes a la salinidad. Se utilizaron tres marcadores SSR viz., RM7075, RM336 y RM253 para evaluar genotipos de arroz
para tolerancia a la salinidad. La evaluación fenotípica y genotípica para la tolerancia a la salinidad se realizó en la etapa de
plántula. La fenotipificación de once genotipos se realizó en un sistema hidropónico utilizando solución nutritiva salinizada
(CE 12 dS/m). Se siguió el protocolo estandarizado del IRRI para evaluar la tolerancia a la salinidad. Se detectó una gran
variación en la tolerancia a la salinidad entre el germoplasma de arroz. La altura de las plántulas y la materia seca total de
las líneas tolerantes se redujeron en un 19,0 y 40,6%, respectivamente, bajo estrés salino (CE 12 dS/m), en tanto que las de
las líneas susceptibles se redujeron en un 46,0% y 73,5%, respectivamente. Los marcadores mostraron polimorfismo y
fueron capaces de discriminar los genotipos tolerantes a la salinidad de aquellos susceptibles. Los genotipos con un patrón
similar de bandas a Pokkali se consideraron como tolerantes a la salinidad. Los marcadores SSR (RM7075, RM336 y
RM253) identificaron ocho, nueve y siete genotipos tolerantes a la salinidad, respectivamente. A través del estudio
fenotípico y genotípico, tres genotipos viz., Pokkali, TNDB-100 y THDB se identificaron como cultivares de arroz
tolerantes a la salinidad. Estos marcadores SSR podrían tener homología de secuencias con genotipos de arroz tolerantes a
la salinidad y por consiguiente, los marcadores podrían ser capaces de identificar genotipos de arroz tolerantes a la salinidad
de aquellos susceptibles
Control of Phenolic Compound Secretion and Effect of Growth Regulators for Organ Formation from Musa spp. cv. Kanthali Floral Bud Explants
Selección fenotípica y genotípica de genotipos de arroz para tolerancia a la salinidad en la etapa de plántulas
Selection for salinity tolerant genotypes of rice based on phenotypic
performance alone is less reliable and will delay in progress in
breeding. Recent advent of molecular markers, microsatellites or simple
sequence repeats (SSRs), have been useful in finding salt tolerant rice
genotypes. Three selected SSR markers already known to be polymorphic,
viz., RM7075, RM336 and RM253, were used to evaluate rice genotypes for
salt tolerance. Phenotypic and genotypic evaluation for salinity
tolerance was done at the seedling stage. Phenotyping was done in
hydroponic system using salinized (EC 12 dS/m) nutrient solution
following IRRI standard protocol. Large variation in salinity tolerance
among the rice germplasms was detected. Salt stress (EC 12 dS/m)
reduced seedling height by 19.0% and total dry matter of tolerant lines
by 40.6%, whereas, total dry matter of susceptible lines were reduced
by 46.0-73.5%. All the tested markers were polymorphic and were able to
discriminate salt tolerant genotypes from susceptible. The genotypes
having similar banding pattern with Pokkali were considered as salt
tolerant. Markers RM7075, RM336 and RM253 identified eight, nine and
seven salt tolerant genotypes, respectively. Through phenotypic and
genotypic study, three genotypes viz., Pokkali, TNDB-100 and THDB were
identified as salt tolerant rice genotypes. These SSR markers might
have sequence homology with salt tolerant rice genotypes and
consequently the markers could able to identify salt tolerant rice
genotypes from susceptible ones.La selección para resistencia a la salinidad de genotipos de
arroz, basada solamente en el comportamiento fenotípico, es menos
confiable y retarda el avance en el mejoramiento. Se han utilizado
avances recientes en marcadores moleculares, microsatélites o
repeticiones de secuencias simples (SSR por sus siglas en inglés)
para determinar genotipos de arroz tolerantes a la salinidad. Se
utilizaron tres marcadores SSR viz., RM7075, RM336 y RM253 para evaluar
genotipos de arroz para tolerancia a la salinidad. La evaluación
fenotípica y genotípica para la tolerancia a la salinidad se
realizó en la etapa de plántula. La fenotipificación de
once genotipos se realizó en un sistema hidropónico
utilizando solución nutritiva salinizada (CE 12 dS/m). Se
siguió el protocolo estandarizado del IRRI para evaluar la
tolerancia a la salinidad. Se detectó una gran variación en
la tolerancia a la salinidad entre el germoplasma de arroz. La altura
de las plántulas y la materia seca total de las líneas
tolerantes se redujeron en un 19,0 y 40,6%, respectivamente, bajo
estrés salino (CE 12 dS/m), en tanto que las de las líneas
susceptibles se redujeron en un 46,0% y 73,5%, respectivamente. Los
marcadores mostraron polimorfismo y fueron capaces de discriminar los
genotipos tolerantes a la salinidad de aquellos susceptibles. Los
genotipos con un patrón similar de bandas a Pokkali se
consideraron como tolerantes a la salinidad. Los marcadores SSR
(RM7075, RM336 y RM253) identificaron ocho, nueve y siete genotipos
tolerantes a la salinidad, respectivamente. A través del estudio
fenotípico y genotípico, tres genotipos viz., Pokkali,
TNDB-100 y THDB se identificaron como cultivares de arroz tolerantes a
la salinidad. Estos marcadores SSR podrían tener homología de
secuencias con genotipos de arroz tolerantes a la salinidad y por
consiguiente, los marcadores podrían ser capaces de identificar
genotipos de arroz tolerantes a la salinidad de aquellos susceptibles
Pathway-Centric Integrative Analysis Identifies RRM2 as a Prognostic Marker in Breast Cancer Associated with Poor Survival and Tamoxifen Resistance
Fatty Acid Oxidation-Driven Src Links Mitochondrial Energy Reprogramming and Oncogenic Properties in Triple-Negative Breast Cancer
Transmitochondrial cybrids and multiple OMICs approaches were used to understand mitochondrial reprogramming and mitochondria-regulated cancer pathways in triple-negative breast cancer (TNBC). Analysis of cybrids and established breast cancer (BC) cell lines showed that metastatic TNBC maintains high levels of ATP through fatty acid β oxidation (FAO) and activates Src oncoprotein through autophosphorylation at Y419. Manipulation of FAO including the knocking down of carnitine palmitoyltransferase-1A (CPT1) and 2 (CPT2), the rate-limiting proteins of FAO, and analysis of patient-derived xenograft models confirmed the role of mitochondrial FAO in Src activation and metastasis. Analysis of TCGA and other independent BC clinical data further reaffirmed the role of mitochondrial FAO and CPT genes in Src regulation and their significance in BC metastasis