Structural and functional investigation of type II NADH:quinone oxidoreductase from the pathogenic bacteria Vibrio cholerae and Staphylococcus aureus

Staphylococcus aureus and Vibrio cholerae are two pathogenic bacteria that, on their own, are responsible for more than 150,000 human deaths per year (affecting almost 5,000,000 people worldwide). Antibiotics and vaccines have been proved to work as a viable strategy to treat bacterial related epidemics such as cholera and MRSA associated infections. Nevertheless, new drugs are increasingly necessary due to the appearance of resistant strains

Reading the news through its structure: new hybrid connectivity based approaches

In this thesis a solution for the problem of identifying the structure of news published by online newspapers is presented. This problem requires new approaches and algorithms that are capable of dealing with the massive number of online publications in existence (and that will grow in the future). The fact that news documents present a high degree of interconnection makes this an interesting and hard problem to solve. The identification of the structure of the news is accomplished both by descriptive methods that expose the dimensionality of the relations between different news, and by clustering the news into topic groups. To achieve this analysis this integrated whole was studied using different perspectives and approaches. In the identification of news clusters and structure, and after a preparatory data collection phase, where several online newspapers from different parts of the globe were collected, two newspapers were chosen in particular: the Portuguese daily newspaper Público and the British newspaper The Guardian. In the first case, it was shown how information theory (namely variation of information) combined with adaptive networks was able to identify topic clusters in the news published by the Portuguese online newspaper Público. In the second case, the structure of news published by the British newspaper The Guardian is revealed through the construction of time series of news clustered by a kmeans process. After this approach an unsupervised algorithm, that filters out irrelevant news published online by taking into consideration the connectivity of the news labels entered by the journalists, was developed. This novel hybrid technique is based on Qanalysis for the construction of the filtered network followed by a clustering technique to identify the topical clusters. Presently this work uses a modularity optimisation clustering technique but this step is general enough that other hybrid approaches can be used without losing generality. A novel second order swarm intelligence algorithm based on Ant Colony Systems was developed for the travelling salesman problem that is consistently better than the traditional benchmarks. This algorithm is used to construct Hamiltonian paths over the news published using the eccentricity of the different documents as a measure of distance. This approach allows for an easy navigation between published stories that is dependent on the connectivity of the underlying structure. The results presented in this work show the importance of taking topic detection in large corpora as a multitude of relations and connectivities that are not in a static state. They also influence the way of looking at multi-dimensional ensembles, by showing that the inclusion of the high dimension connectivities gives better results to solving a particular problem as was the case in the clustering problem of the news published online.Neste trabalho resolvemos o problema da identificação da estrutura das notícias publicadas em linha por jornais e agências noticiosas. Este problema requer novas abordagens e algoritmos que sejam capazes de lidar com o número crescente de publicações em linha (e que se espera continuam a crescer no futuro). Este facto, juntamente com o elevado grau de interconexão que as notícias apresentam tornam este problema num problema interessante e de difícil resolução. A identificação da estrutura do sistema de notícias foi conseguido quer através da utilização de métodos descritivos que expõem a dimensão das relações existentes entre as diferentes notícias, quer através de algoritmos de agrupamento das mesmas em tópicos. Para atingir este objetivo foi necessário proceder a ao estudo deste sistema complexo sob diferentes perspectivas e abordagens. Após uma fase preparatória do corpo de dados, onde foram recolhidos diversos jornais publicados online optou-se por dois jornais em particular: O Público e o The Guardian. A escolha de jornais em línguas diferentes deve-se à vontade de encontrar estratégias de análise que sejam independentes do conhecimento prévio que se tem sobre estes sistemas. Numa primeira análise é empregada uma abordagem baseada em redes adaptativas e teoria de informação (nomeadamente variação de informação) para identificar tópicos noticiosos que são publicados no jornal português Público. Numa segunda abordagem analisamos a estrutura das notícias publicadas pelo jornal Britânico The Guardian através da construção de séries temporais de notícias. Estas foram seguidamente agrupadas através de um processo de k-means. Para além disso desenvolveuse um algoritmo que permite filtrar de forma não supervisionada notícias irrelevantes que apresentam baixa conectividade às restantes notícias através da utilização de Q-analysis seguida de um processo de clustering. Presentemente este método utiliza otimização de modularidade, mas a técnica é suficientemente geral para que outras abordagens híbridas possam ser utilizadas sem perda de generalidade do método. Desenvolveu-se ainda um novo algoritmo baseado em sistemas de colónias de formigas para solução do problema do caixeiro viajante que consistentemente apresenta resultados melhores que os tradicionais bancos de testes. Este algoritmo foi aplicado na construção de caminhos Hamiltonianos das notícias publicadas utilizando a excentricidade obtida a partir da conectividade do sistema estudado como medida da distância entre notícias. Esta abordagem permitiu construir um sistema de navegação entre as notícias publicadas que é dependente da conectividade observada na estrutura de notícias encontrada. Os resultados apresentados neste trabalho mostram a importância de analisar sistemas complexos na sua multitude de relações e conectividades que não são estáticas e que influenciam a forma como tradicionalmente se olha para sistema multi-dimensionais. Mostra-se que a inclusão desta dimensões extra produzem melhores resultados na resolução do problema de identificar a estrutura subjacente a este problema da publicação de notícias em linha

O Impacto da pandemia no doente diabético em Portugal

Trabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, 2022, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia.A COVID-19 (doença de coronavirus), caracterizada por infeções respiratórias agudas causadas pelo Coronavírus 2 (SARS-CoV-2), trouxe consigo uma inesperada pandemia, e com ela uma mudança brusca nas nossas vidas. Especialmente notório durante os confinamentos ocorridos em todo o mundo, houve um impacto generalizado na sociedade, do qual na área da saúde não foi exceção. Os serviços de saúde tiveram de se adaptar e focar os seus recursos na luta contra esta pandemia, que se evidenciou como a prioridade número 1 ao longo de 2020 e 2021. Este foco, retirou inevitavelmente recursos alocados ao diagnóstico e tratamento de outras doenças. À data de 2018, em Portugal, a Diabetes assumia uma elevada prevalência com cerca de -13,6% da população diagnosticada com diabetes mellitus (DM). No passado mais recente, em 2020, com o Sistema Nacional de Saúde (SNS) largamente focado no combate à COVID-19, e a consequente deslocalização de recursos humanos, financeiros e materiais, os restantes programas de saúde foram parcial ou totalmente interrompidos. Esta decisão poderá ter tido consequências que começamos hoje a avaliar, nomeadamente na limitação no acesso a cuidados de saúde por parte dos doentes. Apesar do aparentemente óbvio impacto, avaliações oficiais do impacto da COVID-19 são ainda raras no panorama nacional. Os relatórios anuais como o “Diabetes – Factos e Números” deixaram de ser publicados. Devido à alarmante falta de informação oficial nesta matéria, o impacto da COVID-19 em doentes da com DM em Portugal é ainda desconhecido. Até à data de publicação da presente dissertação, e nas bases de dados que foram utilizadas, existe um único estudo publicado de domínio público. Este estudo consistiu numa análise preliminar do panorama nacional no que toca a doentes da diabetes DM em 2020 versus 2019. Neste contexto, o objetivo desta dissertação foi descrever e interpretar o impacto da COVID-19 na gestão da diabetes nos hospitais do SNS em Portugal recorrendo ao estudo referido e no período de tempo compreendido entre 2019 e 2020. Os resultados desta pesquisa demostram um aumento dos recursos e do peso relativo da diabetes na atividade hospitalar, apesar da diminuída “produção” do SNS em tempos de pandemia. Este aumento é principalmente devido ao escalar de complexidade e gravidade do doente diabético hospitalizado médio. Em última análise, este aumento observado durante a pandemia, poderá ter conduzido a um eventual aumento das taxas de mortalidade e de letalidade em meio hospitalar para o doente diabético em Portugal.The coronavirus disease (COVID-19) pandemic resulting from acute infections by the severe acute respiratory syndrome - Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) brought an unexpected change in our daily lives. Specially in the lockdowns noted across the world, a halt in production and activities was felt, in which healthcare was not an exception. Healthcare providers had to shift their focus and resources to fighting this pandemic, making it the number one priority all throughout 2020 and 2021. This of course resulted in a decline of treatments and diagnoses of other diseases. In Portugal, Diabetes has higher prevalence of 13.6% pouplation diagnosed cases of diabetes mellitus (DM), up to 2018. So, in 2020, with the Serviço Nacional de Saúde (SNS) focused on fighting COVID-19, with consequent concentration of human, material and financial resources, other national health programs were either partially or completely halted. With this, other patients may have suffered from a lack of healthcare. This decision might have had consequences with today we are starting to evaluate, namely in healthcare access limitations by DM patients. However, no evaluation was made so far. Yearly reports such as Diabetes – Factos e Números, stopped being published, due to COVID-19 restrictions. No further reports got published, either from official or independent sources. So, the impact of COVID-19 on DM patients in Portugal is currently unknown. So far, until the date of this publication, only one public domain study has been published, and it comprises a preliminary evaluation of the DM landscape in 2020, in comparison to the homologous period in 2019. As such, the scope of this dissertation is to describe and interpret Impacto da COVID-19 na Gestão da Diabetes nos Hospitais do SNS in Portugal, according to the study mentioned between 2019 and 2020.The results of this research showed a higher relative weight in hospital activity and resources allocated to these patients, despite a lower healthcare production of SNS overall. This increase was due to an increase in complexity and severity of the average DM hospitalisation, as a rise in complications related to DM increased. Ultimately suggesting an increase of mortality rates, and in-hospital lethality for DM patients

Illustration of Java execution errors for beginner programmers

Programming is a subject that is learned by students all around the world. Many students encounter programming for the first time in introductory classes and face many new concepts they have never seen before. One of the main difficulties they encounter concerns understanding execution errors. Introductory classes do not address execution errors in a clear way that makes it easier for students to comprehend what they mean and how to avoid them. The Java stack trace is not easy to decipher without previous knowledge and experience on what each type of exception means and not specific enough for a beginner to pinpoint where the problem occurs. Several pedagogical programming tools exist that provide better explanations than the stack trace alone, taking leverage of variable roles and illustrations but neglecting exceptions in the process. The approach of this thesis was to develop a pedagogical tool that focused in providing explanations of execution errors. Using text and illustrations, the tool helps students by giving them better explanations of exceptions and facilitating the process of discovering what part of the code triggered the execution error. Roles of variables are also implemented, helping students by dividing variables into different use cases to better explain how they fit into the code. To determine whether the tool is effective, a study was carried out involving students in which they carried out some exercises to determine whether the tool is effective in assisting with execution errors.A programação é um assunto aprendido por estudantes de todo o mundo. Muito estudantes encontram programação pela primeira vez em aulas introdutórias e enfrentam muitos conceitos novos que nunca tinham visto antes. Uma das principais dificuldades que encontram são os erros de execução. As aulas introdutórias de programação com a linguagem Java não abordam os erros de execução de uma forma clara e fácil para os estudantes compreenderem o que são e como os evitar. A stack trace do Java não é fácil de decifrar sem conhecimento e experiência prévios sobre os vários tipos de exceções e não é fácil de descobrir onde os erros se localizam. Existem diversas ferramentas de programação pedagógicas que fornecem melhores explicações que a stack trace do Java, aproveitando os papéis das variáveis e utilizando ilustrações, mas ignorando exceções no processo. A abordagem para esta dissertação foi desenvolver uma ferramenta de programação pedagógica que se focasse em erros de execução. Utilizando texto e ilustrações, a ferramenta ajuda os estudantes dando-lhes melhores explicações sobre as exceções e facilitando o processo de descobrir que parte do código desencadeou o erro de execução. Os papéis das variáveis foram também implementados na ferramenta, para ajudar os estudantes ao dividir variáveis em diferentes casos de utilização de forma a explicar melhor como encaixam no código. Para determinar se a ferramenta é eficaz foi realizado um estudo que envolveu vários estudantes, no qual estes realizaram alguns exercícios para determinar se a ferramenta é eficaz na assistência a erros de execução

Rio 2016: an assessment of the impacts of the Olympic Games on health and physical activity of women living in a low socio-economic status community

In 2016, the XXXI Summer Olympic Games took place in Rio de Janeiro. In line with the bidding procedure and the hope for an Olympic legacy, the Brazilian government and the Rio de Janeiro City Council made commitments to deliver lasting improvements to the city’s residents. These improvements relate to infrastructure like transport and facilities, but also residents’ health and well-being. Such health benefits, in particular those concerning physical activity (PA), were promised to be delivered through national and regional policies and interventions. According to official documents, changes would begin to be implemented in the years preceding the Games and one of the legacy promises was to use the event to stimulate people to engage in LTPA/sport. The main purpose of this thesis was therefore to assess the impact of the 2016 Olympic Games on LTPA/sport participation of the local population. Specifically, the investigation focused on women living in Cidade de Deus, a low socio economic status (SES) community located closely to the Olympic park. A mixed-methods design using document analyses, interviews, observations and a questionnaire were used to produce data. The results of the investigation provided insights into sport policies delivered for this low income community, the physical environment for the practice of LTPA and sport available in Cidade de Deus, the PA patterns of women from this community and how public health discourses concerning health and PA have a significant impact in shaping the health and PA discourses of these women

Do strategic alliances in the airline industry create value?

Bernardo Rodrigues de Sousa Fernandes. “Do Strategic Alliances in the Airline Industry Create Value?” This paper investigates airlines’ stock price response to the announcement that an airline is going to join an airline alliance. The paper attempts to evaluate whether or not strategic alliances create value for airline companies. On the three major global airline alliances we were able to observe a positive average cumulative abnormal return from the day of the announcement up to 6 trading days after the announcement. Evidence was found to support that strategic alliances in the airline industry create value for new members. However, for existing alliance members no evidence was found to support that new members entering the alliance create value for existing members.Bernardo Rodrigues de Sousa Fernandes. “Do Strategic Alliances in the Airline Industry Create Value?” A presente dissertação investiga a reação dos preços das ações das companhias aéreas aquando uma companhia aérea anuncia a sua integração numa aliança aérea. Esta tenta avaliar se uma aliança estratégica cria valor para as companhias aéreas. Nas três maiores alianças aéreas, a nível global, observámos um retorno cumulativo anormal positivo, desde o dia do anúncio da entrada na aliança até seis dias após esse mesmo anúncio. Foram encontradas evidências de que as alianças estratégicas na indústria aérea criam valor para os novos membros. No entanto, não foram encontradas evidências de que a entrada de novas companhias aéreas na aliança criem valor para os membros já existentes

The contributing factors of large wildfires : exploring the main structural factors driving large wildfire ignition and spread in central Portugal (2005-2015)

Dissertation presented as partial requirement for obtaining the Master’s degree in Statistics and Information Management, with a specialization in Information Analysis and ManagementLarge wildfires have devastating human, environmental and economic consequences and are responsible for the majority of total burned area in Mediterranean Europe, even though they account for only a marginal portion of all fire occurrences. Most predictions suggest a global intensification of fire danger, and among all European Mediterranean countries Portugal displays the highest fire incidence. The purpose of this work is to examine the main factors driving large wildfire ignition and spread in central Portugal between 2005 and 2015, contributing with empiric knowledge on their importance and variability throughout the study area. This research was successful at listing a comprehensive set of elements contributing to fire occurrence and at gathering data on these phenomena. Spatial cluster analysis was used to find homogeneous regions within the study area concerning the main factors influencing both fire ignition and burned area. Probit and two-part regression techniques were used to model the contribution of the different elements driving large fire occurrence and propagation. The main findings of this analysis confirm the presence of spatial variability in the contribution exerted by most structural factors driving large wildfire ignition and spread in central Portugal. Additionally, while vegetation characteristics appear much more relevant for fire propagation, socioeconomic elements seem to be connected to fire incidence. All in all, this research provides relevant input with implementation in different fields, from large fire awareness and prevention to the development of wildfire policies, as well as appropriate contributions to methodological concerns in fire danger and fire risk analyses.Os grandes incêndios rurais têm como consequência impactos socioeconómicos e ambientais devastadores e são responsáveis pela maior parte do total de área ardida na Europa mediterrânica, ainda que representem apenas uma fração pouco expressiva do total de ocorrências. A maioria dos estudos prevê uma intensificação do perigo de incêndio, sendo que, entre todos os países europeus da bacia mediterrânica, é Portugal quem apresenta a mais alta incidência deste fenómeno. O objetivo deste trabalho é estudar os fatores que mais contribuíram para a ignição e propagação de grandes incêndios rurais no centro de Portugal entre 2005 e 2015, concorrendo assim com conhecimento empírico relativamente à sua importância e variabilidade na área de estudo. Esta investigação conseguiu listar um conjunto abrangente de elementos que contribuem para a ocorrência de incêndios rurais, assim como reunir os dados necessários. Uma análise de clusters espacial foi aplicada para identificar regiões homogéneas dentro da área de estudo no que respeita aos principais fatores influenciando a ignição e o alastrar dos grandes incêndios. Modelos probit e em duas partes foram utilizados para analisar a contribuição dos diferentes elementos para a ocorrência e propagação dos fogos. Os resultados deste estudo confirmam a presença de variação espacial no impacto exercido pela maioria dos fatores estruturais que contribuem para a ocorrência e propagação dos grandes incêndios rurais. Por outro lado, enquanto as características da vegetação se revelam mais relevantes na perspetiva do alastrar dos incêndios, os fatores socioeconómicos parecem estar relacionados com a ignição destes fenómenos. Em suma, este estudo contribui com informação relevante, a implementar em diferentes âmbitos, desde a consciencialização das populações à prevenção e ao desenvolvimento de políticas na área dos fogos rurais. Este apresenta ainda contributos apropriados na área de metodologias de análise do perigo e risco de incêndio