Arrayed molecular barcoding of leukemic stem cells

Functional screens on cancer cells using compound or protein libraries are usually performed in vitro. However, to assess the effects on leukemia stem cells (LSCs) in a screening setting, methodologies that allow for a high-throughput in vivo readout of leukemia-initiating activity are needed. One experimental approach to solve this issue is to genetically label, also referred to as “barcoding,” the leukemia cells in an arrayed format prior to exposing them to separate experimental conditions. The cells can then be pooled and injected into mice for competitive readout of leukemia-initiating activity. Here, we describe a procedure for combining lentiviral arrayed molecular barcoding of leukemia cells with next-generation sequencing, to enable screens on leukemia cells ex vivo followed by an in vivo competitive readout of LSC function. This methodology can also be applied to other model systems in which a competitive in vivo readout of cells is needed

Origines des enrichissements en biotite dans les granites de type S : évidences pétrogéochimiques et pétrogéniques du granite de Wuluma, Australie

De nombreux travaux expérimentaux ont été effectués, au cours des dernières décennies pour recréer des magmas anatectiques felsiques à partir de la fusion par déshydratation de différents types de roches tels que des métasédiments ou des roches ignées. Cependant, les granites naturels de type S sont beaucoup plus enrichis en fer et magnésium que tous les liquides felsiques qui ont pu être obtenus expérimentalement. De plus, des analyses de liquides felsiques en inclusion dans les minéraux métamorphiques ont montré les mêmes résultats que les travaux expérimentaux. Récemment, Pentrainement de phases péritectiques lors de l'extraction du liquide a été démontré comme étant l'un des processus responsables de ces enrichissements. Seulement, un certain nombre des granites de type S riches en fer et en magnésium ne contiennent pas de minéraux tels que le grenat ou la cordiérite mais seulement un fort enrichissement enbiotite. L'hypothèse testée au cours de ce doctorat est que le processus responsable de l'enrichissement en FeO* (tout le fer est considéré comme étant du Fe2+) et MgO est l'incorporation et la désagrégation de matériel riche en FeO* et MgO lors de l'extraction et de la mise en place du granite et, que les réactions de ce matériel avec le magma entraînent la formation de biotite. Pour se faire, une étude de terrain, pétrologique et géochimique ainsi qu'une modélisation à l'aide du logiciel THERMOCALC, ont été effectuées sur un pluton granitique de croûte profonde : Le granite de Wuluma en Australie Centrale. Cette étude a permis de montrer que les enrichissements en FeO* et MgO dans le granite de Wuluma venaient principalement d'enrichissements en biotite, sous forme de schlieren, d'agrégats, ou bien dans la matrice. L'origine de trois types de schlieren a été déterminée. Les schleiren associés aux enclaves et les schleiren longs proviennent de la désagrégation et retirement d'enclaves et de lambeaux de roches encaissantes (pris entre les différents dykes de magmas). Les schlieren wispy viennent de la déformation de porphyroblastes de minéraux ferromagnésiens dans le granite. Une fois incorporés dans le granite, les minéraux ferromagnésiens présents dans les enclaves, roches encaissantes et porphyroblastes sont progressivement remplacés par la biotite. Cette étude montre que la cristallisation des phases anhydres entraine une augmentation de la teneur en H2O du magma, ce qui permet de remplacer tous les minéraux ferromagnésiens présents par de la biotite. Le temps pendant lequel le système va rester ouvert et la teneur en H2O du magma sont des facteurs déterminants pour engendrer ces réactions de remplacement. Cette étude a permis de mieux définir ce qu'il advient des minérauxpéritectiques après avoir été entraînés dans le magma anatectique et des xénocristaux incorporés lors de la mise en place du magma, avant qu'ils ne soient érodés et dispersés dans le granite, comme c'est le cas pour les granites ayant vu passer des quantités de magmas plus importantes ou mis en place à des niveaux supérieurs dans la croûte

The emerging link between cancer, metabolism, and circadian rhythms

The circadian clock is a complex cellular mechanism that, through the control of diverse metabolic and gene expression pathways, governs a large array of cyclic physiological processes. Epidemiological and clinical data reveal a connection between the disruption of circadian rhythms and cancer that is supported by recent preclinical data. In addition, results from animal models and molecular studies underscore emerging links between cancer metabolism and the circadian clock. This has implications for therapeutic approaches, and we discuss the possible design of chronopharmacological strategies