Multiple Statistical Analysis Techniques Corroborate Intratumor Heterogeneity in Imaging Mass Spectrometry Datasets of Myxofibrosarcoma

MALDI mass spectrometry can generate profiles that contain hundreds of biomolecular ions directly from tissue. Spatially-correlated analysis, MALDI imaging MS, can simultaneously reveal how each of these biomolecular ions varies in clinical tissue samples. The use of statistical data analysis tools to identify regions containing correlated mass spectrometry profiles is referred to as imaging MS-based molecular histology because of its ability to annotate tissues solely on the basis of the imaging MS data. Several reports have indicated that imaging MS-based molecular histology may be able to complement established histological and histochemical techniques by distinguishing between pathologies with overlapping/identical morphologies and revealing biomolecular intratumor heterogeneity. A data analysis pipeline that identifies regions of imaging MS datasets with correlated mass spectrometry profiles could lead to the development of novel methods for improved diagnosis (differentiating subgroups within distinct histological groups) and annotating the spatio-chemical makeup of tumors. Here it is demonstrated that highlighting the regions within imaging MS datasets whose mass spectrometry profiles were found to be correlated by five independent multivariate methods provides a consistently accurate summary of the spatio-chemical heterogeneity. The corroboration provided by using multiple multivariate methods, efficiently applied in an automated routine, provides assurance that the identified regions are indeed characterized by distinct mass spectrometry profiles, a crucial requirement for its development as a complementary histological tool. When simultaneously applied to imaging MS datasets from multiple patient samples of intermediate-grade myxofibrosarcoma, a heterogeneous soft tissue sarcoma, nodules with mass spectrometry profiles found to be distinct by five different multivariate methods were detected within morphologically identical regions of all patient tissue samples. To aid the further development of imaging MS based molecular histology as a complementary histological tool the Matlab code of the agreement analysis, instructions and a reduced dataset are included as supporting information

Répteis em fragmentos de Cerrado e Mata Atlântica no Campo das Vertentes, Estado de Minas Gerais, Sudeste do Brasil

Os dados sobre a fauna reptiliana em Minas Gerais são pontuais e revelam carência de informações sobre esse grupo, principalmente em regiões de transição entre a Mata Atlântica e o Cerrado. A área do estudo está situada no município de Ritápolis (21° 01' 37.07" S e 44° 19' 11.84" O), microrregião Campo das Vertentes, Estado de Minas Gerais, Sudeste do Brasil. Pretendeu-se com a presente pesquisa conhecer a composição da fauna de répteis local. As observações, capturas e coletas foram realizadas quinzenalmente, durante dois dias consecutivos, de agosto de 2005 a julho de 2006. As capturas foram realizadas por meio de armadilhas de interceptação e queda, distribuídas em oito sítios, sendo quatro em área de mata de galeria e quatro em área aberta, perfazendo um esforço amostral de 6.912 horas-balde. Foi também realizada procura ativa e encontros ocasionais com registros fotográficos dos espécimes, e, no caso de serpentes, alguns exemplares foram entregues por terceiros quando encontradas mortos. Registrou-se a presença de 31 espécies de répteis, sendo duas espécies de cágados, nove de lagartos, duas de anfisbenas e 18 de serpentes. Apenas os lagartos Cercosaura ocellata, Enyalius bilineatus e Tupinambis merianae e as serpentes Leptodeira annulata e Apostolepis assimilis foram capturados nas armadilhas de queda. Os lagartos mais comuns foram Ameiva ameiva e Mabuya frenata, e as serpentes mais abundantes foram Oxyrhophus guibei e Sibynomorphus mikanii. Os lagartos estão bem representados na área, com espécies típicas de mata, como Enyalius bilineatus, e de áreas aberta de cerrado, como Ameiva ameiva e Mabuya frenata. A fauna de serpentes possui representantes típicos de áreas abertas do Cerrado, como O. guibei e Micrurus frontalis, e de regiões florestadas, como Liophis poecilogyrus e Philodryas olfersii. A diversidade de espécies de répteis e o registro prévio de Amphisbaena dubia e Hydromedusa tectifera para o Estado de Minas Gerais indicam a grande potencialidade do Campo das Vertentes em revelar a ocorrência de espécies novas ou a ampliação na distribuição de outras