Modern approaches to artificial gene synthesis: aspects of oligonucleotide synthesis, enzymatic assembly, sequence verification and error correction

Synthetic biology is a rapidly developing field aimed at engineering of biological systems with predictable properties. Synthetic biology accumulates the achievements of modern biological sciences, programming and computational model­ing as well as engineering technologies for creation of biologi­cal objects with user-defined properties. Evolution of synthetic biology has been marked by a number of technological developments in each of the mentioned fields. Thus, significant reduction in cost of DNA sequencing has provided an easy access to large amounts of data on the genetic sequences of various organisms, and decreased the price of the DNA sequence synthesis, which, analogous to Moore’s law, resulted in an opportunity to create a lot of potential genes without the time – consuming and labor – intensive traditional methods of molecular biology. Development of system biology has allowed forming a deeper understanding of the functions and relationship of natural biological models, as well as of the computational models describing processes at the cell and system levels. Combination of these factors has created an op­portunity for conscious changes of natural biological systems. In this review the modern approaches to oligonucleotide gene assembly synthesis are discussed, including such aspects as protocols for gene assembly, sequence verification, error cor­rection and further applications of synthesized genes

RNase T1 mimicking artificial ribonuclease

Recently, artificial ribonucleases (aRNases)—conjugates of oligodeoxyribonucleotides and peptide (LR)4-G-amide—were designed and assessed in terms of the activity and specificity of RNA cleavage. The conjugates were shown to cleave RNA at Pyr-A and G–X sequences. Variations of oligonucleotide length and sequence, peptide and linker structure led to the development of conjugates exhibiting G–X cleavage specificity only. The most efficient catalyst is built of nonadeoxyribonucleotide of unique sequence and peptide (LR)4-G-NH2 connected by the linker of three abasic deoxyribonucleotides (conjugate pep-9). Investigation of the cleavage specificity of conjugate pep-9 showed that the compound is the first single-stranded guanine-specific aRNase, which mimics RNase T1. Rate enhancement of RNA cleavage at G–X linkages catalysed by pep-9 is 108 compared to non-catalysed reaction, pep-9 cleaves these linkages only 105-fold less efficiently than RNase T1 (kcat_RNase T1/kcat_pep-9 = 105)

Intellectual Technologies in the System of Control of Students' Knowledge

Розглянуто питання здійснення контролю знань студентів на основі нейронних мереж. Принцип роботи заснований на застосуванні методів штучного інтелекту.The question of monitoring students' knowledge on the basis of neural networks is considered. The principle of operation is based on the application of artificial intelligence methods

Model Student in Intelligent Knowledge Assessment System

Робота присвячена проблемі розробки ефективних автоматизованих систем контролю знань шляхом додавання інтелектуальної функціональності та інтеграції в систему моделі учня.The work is devoted to the development of effective automated control systems of knowledge by adding intelligent functionality and system integration model student

Plans and specifications of a shop area for high pressure fuel pump 236-1111005 plunger assembly repair including the study of plunger assembly wear

Роботу виконано на кафедрі автомобілів Тернопільського національного технічного університету імені Івана Пулюя Міністерства освіти і науки України. Захист відбудеться 22 грудня 2020 р. о 15:00 годині на засіданні екзаменаційної комісії № 10 у Тернопільському національному технічному університеті імені Івана Пулюя за адресою: 46001, м. Тернопіль, вул. Текстильна, 28, навчальний корпус № 9, ауд. 106.В кваліфікаційній роботі розроблено технологію ремонту плунжерних пар паливного насосу високого тиску 236-1111005, а також досліджено процес спрацювання плунжерних пар.The qualification work developed the technology of repair of plunger pairs of high-pressure fuel pump 236-1111005, as well as the process of triggering plunger pairs.Вступ... 1 ЗАГАЛЬНО-ТЕХНІЧНИЙ РОЗДІЛ... 1.1 Аналіз причин зношування деталі. Характер, вид та величина зносу... 1.2 Характеристика технологічних особливостей плунжерних пар ПНВТ двигуна ЯМЗ-236... 1.3 Висновки та постановка завдання на магістерську роботу... 2 ТЕХНОЛОГІЧНИЙ РОЗДІЛ... 2.1 Технічні умови на відновлення деталі... 2.2 Обґрунтування вибору раціонального способу відновлення деталі... 2.3 Аналіз базового технологічного процесу відновлення плунжерних пар... 2.4 Розробка структурної послідовності запропонованого технологічного процесу відновлення плунжерних пар... 2.5 Вибір установчих баз при виконанні технологічних операцій... 2.6 Обґрунтування вибору технологічного обладнання, ріжучого, вимірювального і контрольного інструменту... 2.7 Розрахунок і вибір режимів виконання технологічних операцій відновлення плунжерних пар... 2.8 Визначення трудо затрат при виконанні ТП... 2.9 Розрахунок кількості робочих місць, робітників, обладнання... 2.10 Техніко-економічне обґрунтування впроваджуваного технологічного процесу по відновленню деталі... 3 КОНСТРУКТОРСЬКИЙ РОЗДІЛ... 3.1 Обґрунтування вибору та призначення пристосування... 3.2 Порядок роботи стенда для притирання плунжерних пар... 3.3 Основні розрахунки проектуємої конструкції... 4 НАУКОВО-ДОСЛІДНИЙ РОЗДІЛ... 4.1 Гідроабразивне зношування деталей плунжерної пари... 4.2 Величина і характеристика зносу робочих поверхонь деталі... 4.3 Підвищення ресурсу плунжерної пари технологічними методами... 5 ОХОРОНА ПРАЦІ ТА БЕЗПЕКА В НАДЗВИЧАЙНИХ СИТУАЦІЯХ... 5.1 Техніка безпеки при роботі з електролітами... 5.2 Медичні засоби захисту... ЗАГАЛЬНІ ВИСНОВКИ... БІБЛІОГРАФІЯ... ДОДАТК

Substrate properties of complexes formed by native and modified oligonucleotides in respect to DNA ligase

status: publishe