Ações poéticas: percursos nas ruas da cidade.

Neste artigo apresento parte da investigação que realizo no Programa de Pós-Graduação em Arte, da Universidade Federal de Santa Maria/RS. A pesquisa tem como propósito a execução de ações poéticas no espaço urbano que partem do conceito do pôster lambe-lambe. As imagens usadas nas intervenções são gravadas e impressas em xilogravura, as quais tem como referência objetos utilizados como utensílios de iluminação nos interiores das casas, antes da instauração da rede de distribuição elétrica na sociedade. As xilogravuras fixadas em postes de luz se dá em determinados percursos do espaço urbano da cidade de Santa Maria (RS), e tem possibilitado construir reflexões entre as dimensões interna e externa do artista (Arendt) caracterizando parte desta produção reflexiva em  arte contemporânea.&nbsp

Aprendizagem baseada em equipes e educação em saúde: relato de experiência

Introdução: Diante do rápido desenvolvimento técnico-científico e das mudanças socioeconômicas e políticas a Team Based Learning (TBL), apresenta-se como uma estratégia inovadora de aprendizagem integrada e contextualizada, centrada no aluno, que tem por base a investigação para a resolução de problemas, a partir dos conhecimentos previamente adquiridos.1-2 Objetivo: Relatar a experiência de acadêmicos do grupo PET-Saúde Interprofissionalidade no desenvolvimento de atividades de educação em saúde a partir do TBL. Metodologia: Relato de experiência acerca das atividades de educação em saúde do “Gravi Dia”, realizada em uma Estratégia de Agentes Comunitários de Saúde no município de Três Lagoas-MS. Buscou-se desenvolver uma roda de conversa junto às gestantes da comunidade e a equipe de saúde, informando e esclarecendo dúvidas em relação à gestação. Optou-se pelo método TBL de forma a proporcionar um ambiente motivador e cooperativo entre a equipe. Consideramos para sua implementação, as quatro etapas disponíveis na literatura: 1) preparação individual; 2) avaliação da garantia de preparo; 3) aplicação dos conceitos e 4) avaliação entre os pares.2 Resultados: Na primeira etapa, fase de preparo e desenvolvimento do material, todos da equipe estavam envolvidos. Essa etapa deve envolver mais do que a simples leitura de textos. Os alunos devem estar aptos a formular questões e demonstrar o entendimento das mesmas através da síntese das informações. Na segunda etapa, foram discutidas e esclarecidas dúvidas quanto ao assunto que seria abordado, permitindo um feedback imediato para cada aluno. Como cada curso tem os conhecimentos específicos de sua área a respeito da temática abordada, houve uma troca de experiência entre os acadêmicos. Foi perceptível a falta de envolvimento de alguns acadêmicos, os quais demonstraram falta de conhecimento sobre a temática. Esta dificuldade pode ser decorrente da falta de interesse ou preparo prévio do aluno, ou do fato de apresentarem diferenças no nível de conhecimento básico sobre o assunto. Já na etapa três, a partir das orientações e dicas de todos os participantes, a equipe pode aprimorar a atividade, avistando-se o cenário prático. Na quarta e última etapa, a avaliação entre os pares foi considerada uma fragilidade, pois não ocorreu, mas sim uma avaliação da ação e do desempenho do grupo como um todo.  Após a atividade observou-se que com uma melhor organização, motivação e dedicação foi possível atingir os resultados esperados. Percebe-se a importância de realizar posteriormente a avaliação entre os pares, como estratégia de incentivar as contribuições individuais e valorizar o trabalho em equipe.  Considerações Finais: Pretende-se utilizar o TBL nas próximas atividades, buscando não somente um maior conhecimento dos participantes, mas também um aprimoramento das habilidades de comunicação, solução de problemas e colaboração interprofissional. Palavras-chave: Aprendizagem Baseada em Problemas. Educação em Saúde. Atenção Primária à Saúde. Educação Baseada em Competências

Mobilização do paciente crítico em ventilação mecânica: relato de caso

A polineuropatia do paciente crítico (PNPC) é uma patologia relativamente comum no ambiente de terapia intensiva e ocasiona aumento do tempo de internação e de ventilação mecânica. Uma das causas relacionadas a essa patologia é a imobilização do paciente. O caso relatado é de um paciente de 18 anos, desnutrido, usuário de crack e com vírus da imunodeficiência humana e tuberculose pulmonar e intestinal. O paciente apresentou insuficiência respiratória necessitando de ventilação mecânica (VM) prolongada e PNPC associada. A fisioterapia com mobilização do paciente mesmo em uso de VM parece ter sido fundamental para a melhora da recuperação funcional associada à adequada nutrição e o tratamento das patologias apresentadas pelo paciente

Mobilization of the critically ill patient in mechanical ventilation

A polineuropatia do paciente crítico (PNPC) é uma patologia relativamente comum no ambiente de terapia intensiva e ocasiona aumento do tempo de internação e de ventilação mecânica. Uma das causas relacionadas a essa patologia é a imobilização do paciente. O caso relatado é de um paciente de 18 anos, desnutrido, usuário de crack e com vírus da imunodeficiência humana e tuberculose pulmonar e intestinal. O paciente apresentou insuficiência respiratória necessitando de ventilação mecânica (VM) prolongada e PNPC associada. A fisioterapia com mobilização do paciente mesmo em uso de VM parece ter sido fundamental para a melhora da recuperação funcional associada à adequada nutrição e o tratamento das patologias apresentadas pelo paciente.Polyneuropathy of critically ill patients, a relatively common condition in intensive care settings, increases length of hospitalization and mechanical ventilation. This disease is associated with patient immobilization. This report describes the case of an 18-year-old malnourished crack user and HIV-positive patient that had intestinal and pulmonary tuberculosis. The patient developed respiratory failure, which required prolonged mechanical ventilation, and polyneuropathy. Physical therapy with mobilization of the patient even while receiving mechanical ventilation, together with appropriate nutrition and treatment of the diseases, was instrumental in improving functional recovery

Evolução genômica do grupo de espécies Neotropical Drosophila saltans (Diptera Drosophilidae)

The Neotropical region is renowned for its biodiversity, driven by the diverse array of environments that have fostered the evolution of a wide range of plant and animal species. Many studies have aimed to uncover the factors contributing to generating and sustaining biodiversity, but there is a notable scarcity of research focused on the genomic evolution specific to the Neotropical region. This thesis focuses on the saltans group of Drosophila, which encompasses 23 species, classified under five subgroups, namely saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata, and elliptica. The classification was proposed using primarily male genitalia characters and has been confirmed multiple times using other markers, but the relationships between and within each subgroup remain unclear. Indeed, species of the saltans group exhibit varying levels of reproductive isolation and a distinctive codon usage pattern compared to other species in the Sophophora subgenus. These characteristics present a challenge in deciphering the evolution of the saltans group. To address this matter, two aspects were focused on, namely the phylogenetic relationships within the group using genomic data and the impact of codon usage bias on phylogeny inference. Each aspect consisted a part of my thesis. In the first part,the phylogenetic relationships were reconstructed using newly generated genomic data for 16 species. The analysis, while revealing a consistent pattern of relationships among the subgroup, uncovered some minor conflicts between the autosomes and the X chromosome, as well as between the nuclear and mitochondrial genomes. To quantify the level of genomic incongruencies within these groups, a novel test called 2A2B was introduced. The test unveiled high rates of reticulation within the saltans subgroup and among specific species within the sturtevanti subgroup, but not within the elliptica subgroup. Reticulation patterns showed exponential correlations with high speciation rates and overlap of ancestral geographical ranges. The last part of the thesis explored potential shifts in codon usage patterns within the broader Drosophilidae family. For this analysis, codon usage patterns in 3285 single-copy genes across 174 drosophilid genomes were investigated, and a distinct shift in codon usage within the saltans-willistoni clade was identified, which was not observed for its sister clade, Lordiphosa. Remarkably, when utilizing the first, second, or third base of each codon in phylogenetic analyses, significant alterations in branch positioning were primarily evident within the saltans group. Taken together, these results resolved the phylogenetic relationships among species of the saltans group and identified possible historical and molecular factors that have influenced the diversification of an important, yet largely understudied, Neotropical clade. These findings enhance our understanding of how biodiversity evolves in the Neotropical region and introduce a novel model for assessing the genetic basis of tropical speciation.La région néotropicale est connue pour sa biodiversité, motivée par la diversité des environnements qui ont favorisé l'évolution d'un large éventail d'espèces végétales et animales. De nombreuses études ont visé à découvrir les facteurs contribuant à la génération et au maintien de la biodiversité, mais il existe une rareté notable de recherches axées sur l'évolution génomique spécifique à la région néotropicale. Cette thèse se concentre sur le groupe des saltans de Drosophila, qui comprend 23 espèces, classées en cinq sous-groupes, à savoir saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata et elliptica. La classification a été proposée en utilisant principalement des caractères génitaux masculins et a été confirmée à plusieurs reprises en utilisant d'autres marqueurs, mais les relations entre et au sein de chaque sous-groupe restent floues. En effet, les espèces du groupe saltans présentent différents niveaux d'isolement reproductif et un modèle d'utilisation des codons distinctif par rapport aux autres espèces du sous-genre Sophophora. Ces caractéristiques présentent un défi pour déchiffrer l'évolution du groupe des saltans. Pour résoudre ce problème, deux aspects ont été étudiés, à savoir les relations phylogénétiques au sein du groupe utilisant des données génomiques et l'impact des Biais d'usage du code sur l'inférence phylogénie. Chaque aspect constituait une partie de ma thèse. Dans la première partie, les relations phylogénétiques ont été reconstruites à l'aide de données génomiques nouvellement générées pour 16 espèces. L'analyse, tout en révélant un modèle cohérent de relations au sein du sous-groupe, a révélé quelques conflits mineurs entre les autosomes et le chromosome X, ainsi qu'entre les génomes nucléaire et mitochondrial. Pour quantifier le niveau d'incongruences génomiques au sein de ces groupes, un nouveau test appelé 2A2B a été introduit. Le test a révélé des taux élevés de réticulation au sein du sous-groupe des saltans et parmi des espèces spécifiques du sous-groupe des sturtevanti, mais pas au sein du sous-groupe des elliptica. Les modèles de réticulation ont montré des corrélations exponentielles avec des taux de spéciation élevés et un chevauchement des aires géographiques ancestrales. La dernière partie de la thèse a exploré les changements potentiels dans les modèles d'utilisation des codons au sein de la famille plus large des Drosophilidae. Pour cette analyse, les modèles d'utilisation des codons dans 3 285 gènes à copie unique dans 174 génomes de drosophiles ont été étudiés et un changement distinct dans l'utilisation des codons au sein du clade Saltans-Willistoni a été identifié, ce qui n'a pas été observé pour son clade sœur, Lordiphosa. Remarquablement, lors de l'utilisation de la première, deuxième ou troisième base de chaque codon dans des analyses phylogénétiques, des modifications significatives dans le positionnement des branches étaient principalement évidentes au sein du groupe des saltans. Pris ensemble, ces résultats ont résolu les relations phylogénétiques entre les espèces du groupe Saltans et identifié d'éventuels facteurs historiques et moléculaires qui ont influencé la diversification d'un clade néotropical important, mais largement sous-étudié. Ces résultats améliorent notre compréhension de l'évolution de la biodiversité dans la région néotropicale et introduisent un nouveau modèle pour évaluer les bases génétiques de la spéciation tropicale.A região neotropical é conhecida por sua biodiversidade, impulsionada pela vasta gama de ambientes que promoveram a diversificação de espécies. Muitos estudos têm como objetivo descobrir os fatores que contribuem para gerar e manter a biodiversidade, mas há uma notável escassez de pesquisas focadas na evolução de espécies neotropicais. Esta tese se concentra no grupo saltans de Drosophila, que apresenta 23 espécies descritas, classificadas em cinco subgrupos, sendo eles: saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata e elliptica. A classificação foi proposta principalmente com base em caracteres da genitália masculina e foi confirmada várias vezes usando outros marcadores, mas as relações entre e dentro de cada subgrupo permanecem incertas. De fato, as espécies do grupo saltans exibem níveis variados de isolamento reprodutivo e um padrão distinto de uso de códons em comparação com outras espécies do subgênero Sophophora. Essas características representam um desafio na decifração da evolução do grupo saltans. Para abordar essa questão, dois aspectos foram focados, as relações filogenéticas dentro do grupo usando dados genômicos e o impacto do viés de uso de códons na inferência filogenética. Na primeira parte, as relações filogenéticas foram reconstruídas usando dados genômicos recém-gerados para 16 espécies. A análise, embora tenha revelado um padrão consistente de relações entre os subgrupos, descobriu alguns conflitos menores entre os autossomos e o cromossomo X, bem como entre os genomas nuclear e mitocondrial. Para quantificar o nível de incongruências genômicas dentro desses grupos, um novo teste chamado 2A2B foi produzido e aplicado. O teste revelou altas taxas de reticulação dentro do grupo saltans e com 3 pontos de maior reticulação, sendo eles dentro dos subgrupos sturtevanti e saltans, bem como no ramo saltans-cordata-elliptica, contudo não foi encontrada evidências de reticulação em todos os subgrupos, caso do subgrupo elliptica. Os padrões de reticulação mostraram correlações exponenciais com taxas de especiação e sobreposição de faixas geográficas ancestrais. A última parte da tese explorou possíveis mudanças nos padrões de uso de códons na família Drosophilidae. Para essa análise, os padrões de uso de códons em 3285 genes de cópia única em 174 genomas foram investigados, com foco no clado saltans-willistoni, vez que analises com poucos genes e um único genoma sugeriam mudança no uso de códons neste clado. A mudança no uso de códons foi confirmada, o que não foi observado em seu clado irmão, Lordiphosa. Notavelmente, ao utilizar o primeiro, segundo ou terceiro nucleotídeo de cada códon em análises filogenéticas, alterações significativas na posição dos ramos foram principalmente evidentes no subgrupo saltans. Em conjunto, esses resultados esclarecem significativamente as relações filogenéticas entre as espécies do grupo saltans e identificaram possíveis fatores históricos e moleculares que influenciaram a diversificação de um clado neotropical importante, mas em grande parte pouco estudado. Essas descobertas aprimoram nossa compreensão de como a biodiversidade evolui na região neotropical e introduzem um novo modelo para avaliar a base genética da especiação tropical

Evolução genômica do grupo de espécies Neotropical Drosophila saltans (Diptera Drosophilidae)

The Neotropical region is renowned for its biodiversity, driven by the diverse array of environments that have fostered the evolution of a wide range of plant and animal species. Many studies have aimed to uncover the factors contributing to generating and sustaining biodiversity, but there is a notable scarcity of research focused on the genomic evolution specific to the Neotropical region. This thesis focuses on the saltans group of Drosophila, which encompasses 23 species, classified under five subgroups, namely saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata, and elliptica. The classification was proposed using primarily male genitalia characters and has been confirmed multiple times using other markers, but the relationships between and within each subgroup remain unclear. Indeed, species of the saltans group exhibit varying levels of reproductive isolation and a distinctive codon usage pattern compared to other species in the Sophophora subgenus. These characteristics present a challenge in deciphering the evolution of the saltans group. To address this matter, two aspects were focused on, namely the phylogenetic relationships within the group using genomic data and the impact of codon usage bias on phylogeny inference. Each aspect consisted a part of my thesis. In the first part,the phylogenetic relationships were reconstructed using newly generated genomic data for 16 species. The analysis, while revealing a consistent pattern of relationships among the subgroup, uncovered some minor conflicts between the autosomes and the X chromosome, as well as between the nuclear and mitochondrial genomes. To quantify the level of genomic incongruencies within these groups, a novel test called 2A2B was introduced. The test unveiled high rates of reticulation within the saltans subgroup and among specific species within the sturtevanti subgroup, but not within the elliptica subgroup. Reticulation patterns showed exponential correlations with high speciation rates and overlap of ancestral geographical ranges. The last part of the thesis explored potential shifts in codon usage patterns within the broader Drosophilidae family. For this analysis, codon usage patterns in 3285 single-copy genes across 174 drosophilid genomes were investigated, and a distinct shift in codon usage within the saltans-willistoni clade was identified, which was not observed for its sister clade, Lordiphosa. Remarkably, when utilizing the first, second, or third base of each codon in phylogenetic analyses, significant alterations in branch positioning were primarily evident within the saltans group. Taken together, these results resolved the phylogenetic relationships among species of the saltans group and identified possible historical and molecular factors that have influenced the diversification of an important, yet largely understudied, Neotropical clade. These findings enhance our understanding of how biodiversity evolves in the Neotropical region and introduce a novel model for assessing the genetic basis of tropical speciation.La région néotropicale est connue pour sa biodiversité, motivée par la diversité des environnements qui ont favorisé l'évolution d'un large éventail d'espèces végétales et animales. De nombreuses études ont visé à découvrir les facteurs contribuant à la génération et au maintien de la biodiversité, mais il existe une rareté notable de recherches axées sur l'évolution génomique spécifique à la région néotropicale. Cette thèse se concentre sur le groupe des saltans de Drosophila, qui comprend 23 espèces, classées en cinq sous-groupes, à savoir saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata et elliptica. La classification a été proposée en utilisant principalement des caractères génitaux masculins et a été confirmée à plusieurs reprises en utilisant d'autres marqueurs, mais les relations entre et au sein de chaque sous-groupe restent floues. En effet, les espèces du groupe saltans présentent différents niveaux d'isolement reproductif et un modèle d'utilisation des codons distinctif par rapport aux autres espèces du sous-genre Sophophora. Ces caractéristiques présentent un défi pour déchiffrer l'évolution du groupe des saltans. Pour résoudre ce problème, deux aspects ont été étudiés, à savoir les relations phylogénétiques au sein du groupe utilisant des données génomiques et l'impact des Biais d'usage du code sur l'inférence phylogénie. Chaque aspect constituait une partie de ma thèse. Dans la première partie, les relations phylogénétiques ont été reconstruites à l'aide de données génomiques nouvellement générées pour 16 espèces. L'analyse, tout en révélant un modèle cohérent de relations au sein du sous-groupe, a révélé quelques conflits mineurs entre les autosomes et le chromosome X, ainsi qu'entre les génomes nucléaire et mitochondrial. Pour quantifier le niveau d'incongruences génomiques au sein de ces groupes, un nouveau test appelé 2A2B a été introduit. Le test a révélé des taux élevés de réticulation au sein du sous-groupe des saltans et parmi des espèces spécifiques du sous-groupe des sturtevanti, mais pas au sein du sous-groupe des elliptica. Les modèles de réticulation ont montré des corrélations exponentielles avec des taux de spéciation élevés et un chevauchement des aires géographiques ancestrales. La dernière partie de la thèse a exploré les changements potentiels dans les modèles d'utilisation des codons au sein de la famille plus large des Drosophilidae. Pour cette analyse, les modèles d'utilisation des codons dans 3 285 gènes à copie unique dans 174 génomes de drosophiles ont été étudiés et un changement distinct dans l'utilisation des codons au sein du clade Saltans-Willistoni a été identifié, ce qui n'a pas été observé pour son clade sœur, Lordiphosa. Remarquablement, lors de l'utilisation de la première, deuxième ou troisième base de chaque codon dans des analyses phylogénétiques, des modifications significatives dans le positionnement des branches étaient principalement évidentes au sein du groupe des saltans. Pris ensemble, ces résultats ont résolu les relations phylogénétiques entre les espèces du groupe Saltans et identifié d'éventuels facteurs historiques et moléculaires qui ont influencé la diversification d'un clade néotropical important, mais largement sous-étudié. Ces résultats améliorent notre compréhension de l'évolution de la biodiversité dans la région néotropicale et introduisent un nouveau modèle pour évaluer les bases génétiques de la spéciation tropicale.A região neotropical é conhecida por sua biodiversidade, impulsionada pela vasta gama de ambientes que promoveram a diversificação de espécies. Muitos estudos têm como objetivo descobrir os fatores que contribuem para gerar e manter a biodiversidade, mas há uma notável escassez de pesquisas focadas na evolução de espécies neotropicais. Esta tese se concentra no grupo saltans de Drosophila, que apresenta 23 espécies descritas, classificadas em cinco subgrupos, sendo eles: saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata e elliptica. A classificação foi proposta principalmente com base em caracteres da genitália masculina e foi confirmada várias vezes usando outros marcadores, mas as relações entre e dentro de cada subgrupo permanecem incertas. De fato, as espécies do grupo saltans exibem níveis variados de isolamento reprodutivo e um padrão distinto de uso de códons em comparação com outras espécies do subgênero Sophophora. Essas características representam um desafio na decifração da evolução do grupo saltans. Para abordar essa questão, dois aspectos foram focados, as relações filogenéticas dentro do grupo usando dados genômicos e o impacto do viés de uso de códons na inferência filogenética. Na primeira parte, as relações filogenéticas foram reconstruídas usando dados genômicos recém-gerados para 16 espécies. A análise, embora tenha revelado um padrão consistente de relações entre os subgrupos, descobriu alguns conflitos menores entre os autossomos e o cromossomo X, bem como entre os genomas nuclear e mitocondrial. Para quantificar o nível de incongruências genômicas dentro desses grupos, um novo teste chamado 2A2B foi produzido e aplicado. O teste revelou altas taxas de reticulação dentro do grupo saltans e com 3 pontos de maior reticulação, sendo eles dentro dos subgrupos sturtevanti e saltans, bem como no ramo saltans-cordata-elliptica, contudo não foi encontrada evidências de reticulação em todos os subgrupos, caso do subgrupo elliptica. Os padrões de reticulação mostraram correlações exponenciais com taxas de especiação e sobreposição de faixas geográficas ancestrais. A última parte da tese explorou possíveis mudanças nos padrões de uso de códons na família Drosophilidae. Para essa análise, os padrões de uso de códons em 3285 genes de cópia única em 174 genomas foram investigados, com foco no clado saltans-willistoni, vez que analises com poucos genes e um único genoma sugeriam mudança no uso de códons neste clado. A mudança no uso de códons foi confirmada, o que não foi observado em seu clado irmão, Lordiphosa. Notavelmente, ao utilizar o primeiro, segundo ou terceiro nucleotídeo de cada códon em análises filogenéticas, alterações significativas na posição dos ramos foram principalmente evidentes no subgrupo saltans. Em conjunto, esses resultados esclarecem significativamente as relações filogenéticas entre as espécies do grupo saltans e identificaram possíveis fatores históricos e moleculares que influenciaram a diversificação de um clado neotropical importante, mas em grande parte pouco estudado. Essas descobertas aprimoram nossa compreensão de como a biodiversidade evolui na região neotropical e introduzem um novo modelo para avaliar a base genética da especiação tropical

Evolução genômica do grupo de espécies Neotropical Drosophila saltans (Diptera Drosophilidae)

La région néotropicale est connue pour sa biodiversité, motivée par la diversité des environnements qui ont favorisé l'évolution d'un large éventail d'espèces végétales et animales. De nombreuses études ont visé à découvrir les facteurs contribuant à la génération et au maintien de la biodiversité, mais il existe une rareté notable de recherches axées sur l'évolution génomique spécifique à la région néotropicale. Cette thèse se concentre sur le groupe des saltans de Drosophila, qui comprend 23 espèces, classées en cinq sous-groupes, à savoir saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata et elliptica. La classification a été proposée en utilisant principalement des caractères génitaux masculins et a été confirmée à plusieurs reprises en utilisant d'autres marqueurs, mais les relations entre et au sein de chaque sous-groupe restent floues. En effet, les espèces du groupe saltans présentent différents niveaux d'isolement reproductif et un modèle d'utilisation des codons distinctif par rapport aux autres espèces du sous-genre Sophophora. Ces caractéristiques présentent un défi pour déchiffrer l'évolution du groupe des saltans. Pour résoudre ce problème, deux aspects ont été étudiés, à savoir les relations phylogénétiques au sein du groupe utilisant des données génomiques et l'impact des Biais d'usage du code sur l'inférence phylogénie. Chaque aspect constituait une partie de ma thèse. Dans la première partie, les relations phylogénétiques ont été reconstruites à l'aide de données génomiques nouvellement générées pour 16 espèces. L'analyse, tout en révélant un modèle cohérent de relations au sein du sous-groupe, a révélé quelques conflits mineurs entre les autosomes et le chromosome X, ainsi qu'entre les génomes nucléaire et mitochondrial. Pour quantifier le niveau d'incongruences génomiques au sein de ces groupes, un nouveau test appelé 2A2B a été introduit. Le test a révélé des taux élevés de réticulation au sein du sous-groupe des saltans et parmi des espèces spécifiques du sous-groupe des sturtevanti, mais pas au sein du sous-groupe des elliptica. Les modèles de réticulation ont montré des corrélations exponentielles avec des taux de spéciation élevés et un chevauchement des aires géographiques ancestrales. La dernière partie de la thèse a exploré les changements potentiels dans les modèles d'utilisation des codons au sein de la famille plus large des Drosophilidae. Pour cette analyse, les modèles d'utilisation des codons dans 3 285 gènes à copie unique dans 174 génomes de drosophiles ont été étudiés et un changement distinct dans l'utilisation des codons au sein du clade Saltans-Willistoni a été identifié, ce qui n'a pas été observé pour son clade sœur, Lordiphosa. Remarquablement, lors de l'utilisation de la première, deuxième ou troisième base de chaque codon dans des analyses phylogénétiques, des modifications significatives dans le positionnement des branches étaient principalement évidentes au sein du groupe des saltans. Pris ensemble, ces résultats ont résolu les relations phylogénétiques entre les espèces du groupe Saltans et identifié d'éventuels facteurs historiques et moléculaires qui ont influencé la diversification d'un clade néotropical important, mais largement sous-étudié. Ces résultats améliorent notre compréhension de l'évolution de la biodiversité dans la région néotropicale et introduisent un nouveau modèle pour évaluer les bases génétiques de la spéciation tropicale.The Neotropical region is renowned for its biodiversity, driven by the diverse array of environments that have fostered the evolution of a wide range of plant and animal species. Many studies have aimed to uncover the factors contributing to generating and sustaining biodiversity, but there is a notable scarcity of research focused on the genomic evolution specific to the Neotropical region. This thesis focuses on the saltans group of Drosophila, which encompasses 23 species, classified under five subgroups, namely saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata, and elliptica. The classification was proposed using primarily male genitalia characters and has been confirmed multiple times using other markers, but the relationships between and within each subgroup remain unclear. Indeed, species of the saltans group exhibit varying levels of reproductive isolation and a distinctive codon usage pattern compared to other species in the Sophophora subgenus. These characteristics present a challenge in deciphering the evolution of the saltans group. To address this matter, two aspects were focused on, namely the phylogenetic relationships within the group using genomic data and the impact of codon usage bias on phylogeny inference. Each aspect consisted a part of my thesis. In the first part,the phylogenetic relationships were reconstructed using newly generated genomic data for 16 species. The analysis, while revealing a consistent pattern of relationships among the subgroup, uncovered some minor conflicts between the autosomes and the X chromosome, as well as between the nuclear and mitochondrial genomes. To quantify the level of genomic incongruencies within these groups, a novel test called 2A2B was introduced. The test unveiled high rates of reticulation within the saltans subgroup and among specific species within the sturtevanti subgroup, but not within the elliptica subgroup. Reticulation patterns showed exponential correlations with high speciation rates and overlap of ancestral geographical ranges. The last part of the thesis explored potential shifts in codon usage patterns within the broader Drosophilidae family. For this analysis, codon usage patterns in 3285 single-copy genes across 174 drosophilid genomes were investigated, and a distinct shift in codon usage within the saltans-willistoni clade was identified, which was not observed for its sister clade, Lordiphosa. Remarkably, when utilizing the first, second, or third base of each codon in phylogenetic analyses, significant alterations in branch positioning were primarily evident within the saltans group. Taken together, these results resolved the phylogenetic relationships among species of the saltans group and identified possible historical and molecular factors that have influenced the diversification of an important, yet largely understudied, Neotropical clade. These findings enhance our understanding of how biodiversity evolves in the Neotropical region and introduce a novel model for assessing the genetic basis of tropical speciation.A região neotropical é conhecida por sua biodiversidade, impulsionada pela vasta gama de ambientes que promoveram a diversificação de espécies. Muitos estudos têm como objetivo descobrir os fatores que contribuem para gerar e manter a biodiversidade, mas há uma notável escassez de pesquisas focadas na evolução de espécies neotropicais. Esta tese se concentra no grupo saltans de Drosophila, que apresenta 23 espécies descritas, classificadas em cinco subgrupos, sendo eles: saltans, sturtevanti, parasaltans, cordata e elliptica. A classificação foi proposta principalmente com base em caracteres da genitália masculina e foi confirmada várias vezes usando outros marcadores, mas as relações entre e dentro de cada subgrupo permanecem incertas. De fato, as espécies do grupo saltans exibem níveis variados de isolamento reprodutivo e um padrão distinto de uso de códons em comparação com outras espécies do subgênero Sophophora. Essas características representam um desafio na decifração da evolução do grupo saltans. Para abordar essa questão, dois aspectos foram focados, as relações filogenéticas dentro do grupo usando dados genômicos e o impacto do viés de uso de códons na inferência filogenética. Na primeira parte, as relações filogenéticas foram reconstruídas usando dados genômicos recém-gerados para 16 espécies. A análise, embora tenha revelado um padrão consistente de relações entre os subgrupos, descobriu alguns conflitos menores entre os autossomos e o cromossomo X, bem como entre os genomas nuclear e mitocondrial. Para quantificar o nível de incongruências genômicas dentro desses grupos, um novo teste chamado 2A2B foi produzido e aplicado. O teste revelou altas taxas de reticulação dentro do grupo saltans e com 3 pontos de maior reticulação, sendo eles dentro dos subgrupos sturtevanti e saltans, bem como no ramo saltans-cordata-elliptica, contudo não foi encontrada evidências de reticulação em todos os subgrupos, caso do subgrupo elliptica. Os padrões de reticulação mostraram correlações exponenciais com taxas de especiação e sobreposição de faixas geográficas ancestrais. A última parte da tese explorou possíveis mudanças nos padrões de uso de códons na família Drosophilidae. Para essa análise, os padrões de uso de códons em 3285 genes de cópia única em 174 genomas foram investigados, com foco no clado saltans-willistoni, vez que analises com poucos genes e um único genoma sugeriam mudança no uso de códons neste clado. A mudança no uso de códons foi confirmada, o que não foi observado em seu clado irmão, Lordiphosa. Notavelmente, ao utilizar o primeiro, segundo ou terceiro nucleotídeo de cada códon em análises filogenéticas, alterações significativas na posição dos ramos foram principalmente evidentes no subgrupo saltans. Em conjunto, esses resultados esclarecem significativamente as relações filogenéticas entre as espécies do grupo saltans e identificaram possíveis fatores históricos e moleculares que influenciaram a diversificação de um clado neotropical importante, mas em grande parte pouco estudado. Essas descobertas aprimoram nossa compreensão de como a biodiversidade evolui na região neotropical e introduzem um novo modelo para avaliar a base genética da especiação tropical